正确认识处理计划和市场的关系，是我国经济体制改革进程中的核心问题。陈云对这一问题的探索也是比较早的。
早在1956年，陈云在党的第八次代表大会上提出了“三个主体，三个补充”的思想，即在工商业经营方面，国家和集体经营为主，个体经营为辅；在生产计划方面，计划生产为主，按照市场变化而在国家计划许可范围内的自由生产为辅；在社会主义统一市场中，国家市场为主，自由市场为辅。这一思想的基本点被写进了八大的决议。
1979年3月8日，这是国民经济调整即将展开的前夜，陈云思考并写了一份讲话提纲，重点围绕计划和市场问题发表了他的见解：《陈云文选》(一九五六—一九八五)，人民出版社1986年版，第220—223页。
(一)计划工作的规则：有计划按比例。这一论点来之于马克思。
《资本论》是分析资本主义的一部政治经济学著作。
《资本论》是发现了资本主义生产是无政府状态的，生产力的发展必然与生产关系发生不可调和的矛盾，最后导致资本主义的灭亡。
在社会主义革命还没有在一个国家胜利以前，马克思就提出了社会主义经济将是有计划按比例地发展，这个理论是完全正确的。
(二)1917年后苏联实行计划经济，1949年后中国实行计划经济，都是按照马克思所说的有计划按比例的理论办事的。
当时苏联和中国这样做是完全对的，但是没有根据已经建立社会主义经济制度的经验和本国生产力发展的实际状况，对马克思的原理(有计划按比例)加以发展，这就导致现在计划经济中出现的缺点。
六十年来，无论苏联或中国的计划工作制度中出现的主要缺点：只有“有计划按比例”这一条，没有在社会主义制度下还必须有市场调节这一条。所谓市场调节，就是按价值规律调节，在经济生活的某些方面可以用“无政府”、“盲目”生产的办法来加以调节。
现在的计划太死，包括的东西太多，结果必然出现缺少市场自动调节的部分。
计划又时常脱节，计划机构忙于日常调度。
因为市场调节受到限制，而计划又只能对大路货、主要品种作出计划数字，因此生产不能丰富多彩，人民所需日用品十分单调。
(三)整个社会主义时期必须有两种经济：
(1)计划经济部分(有计划按比例的部分)；
(2)市场调节部分(即不作计划，只根据市场供求的变化进行生产，即带有盲目性调节的部分)。
第一部分是基本的主要的；第二部分是从属的次要的，但又是必需的。
既掌握了政权，又有了第一部分经济，就能够建设社会主义。第二部分只能是有益的补充(基本上是无害的)。
解放初期，只掌握了第一部分，私人资本主义经济还存在，但我们仍然是社会主义国家。
我们把一斤皮棉价定为八斤米价，结果棉花大发展。
问题的关键是，直到现在我们还不是有意识地认识到这两种经济同时并存的必然性和必要性，还没有弄清这两种经济在不同部门应占的不同比例。
所以目前存在着以下两种现象。
该严的(必须按比例的)不严，例如：
基本建设的战线太长；
电力、运输是必须先行的，非但不先行，反而落后；
原料工业与加工工业的比例失调，一般说来现在加工工业多于原料工业；
钢铁工业内部比例失调；
各工业部门之间的比例失调；
最大的问题当然是农业与工业比例失调。
该宽的不宽，例如：
计划权力太集中；
农业的非计划部分现在还太紧、太死，无论是集体的还是个人的；
地方财力用于建设太热心，因此地方财力真正机动的太少。
(四)忽视了市场调节部分的另一后果是，同志们对价值规律的忽视，即思想上没有“利润”这个概念。这是大少爷办经济，不是企业家办经济。
南斯拉夫受到苏联打击后，没有办法，只有大撒手，让市场经济部分大发展。看来那时计划部分太少，所以后来逐步增加了计划部分。
(五)我国社会经济的主要特点是农村人口占百分之八十，而且人口多，耕地少。
计划机关和工业、商业部门的同志对此没有深刻的认识。
如果不纠正这种认识上的盲目性，必然碰壁。
“农轻重”的排列，就是马克思主义与中国革命实践相结合。
(六)在今后经济的调整和体制的改革中，实际上计划经济和市场调节这两种经济的比例的调整，将占重要地位。不一定计划经济部分愈增加，市场调节部分所占绝对数额就愈缩小，可能是都相应地增加。
在这份提纲中，陈云针对计划过死、缺少调节的问题，提出整个社会主义时期必须要有两种经济，即计划经济部分和市场调节部分。而且从提纲的倾向来看，重在纠正人们缺乏和忽视对市场调节部分重要作用的认识，重在强调在经济体制改革中，市场调节部分的比重要相应的增加。这些观点与他1956年的构想相比，又大大前进了一步，在1979年的春天，这是十分新颖和颇具胆识的见解。这份讲话提纲在1982年公开发表后，为当时进行的经济体制改革提供了非常重要的思想。
在这里需要说明的是，陈云在这份提纲中用的是“市场经济”。1982年8月，在中央文献研究室编的《三中全会以来重要文献选编》中，用的是“市场调节”，以后出版的文集中，用的也是这个词。1985年5月第一版《陈云文选》用的仍然是“市场调节”，到1995年5月《陈云文选》第二版出版时，陈云在该文最后一段又改回原来的用语“市场经济”。本文引用的是《陈云文选》第一版的文字。
关于计划经济与市场经济的争论，在“文化大革命”后重新提起，著名经济学家吴敬琏教授有这样的叙述：据我所知，第一次正式重提这个问题，是在1978年7至9月间讨论怎样加快现代化建设的“国务院务虚会”上。在“四人帮”覆灭以后，面对濒临崩溃的国民经济，许多经济学家批评了要求消灭商品货币关系的“左”倾观点，提出应更多地发挥价值规律的作用。例如，已经平反的孙冶方重提“千规律，万规律，价值规律第一条”；曾长期担任经济工作领导人的资深经济学家薛暮桥提出应当为长途贩运平反，要利用市场活跃流通，等等。在这种情况下，当时的国务院副总理李先念在国务院务虚会作总结时，提出了“计划经济与市场经济相结合”的口号。从李先念后来所作的说明看，这个口号显然是从陈云1956年的“三为主、三为辅”脱胎而来的。1979年2月李先念在一次会议上说，他同陈云谈过计划与市场的问题。陈云同意在计划经济的前提下，搞点市场经济作补充，“计划经济和市场经济结合，以计划经济为主。市场经济是补充，不是小补充，而是大补充”。应当说明，当时对于市场经济和市场调节这两个概念往往是混用的。所以，李先念这里所说的计划经济与市场经济的关系，和陈云随后在《计划与市场问题》提纲中讲的“计划经济为主，市场调节为辅”，以及李先念在1979年4月中央工作会议讲话中根据陈云意见提出的“计划调节和市场调节相结合，以计划调节为主，同时充分重视市场调节的作用”的口号，其含义是相同的。《吴敬琏访谈录》，载《百年潮》，1998年第2期。
在这之后，陈云把他关于社会主义经济应该包括国家计划和市场调节两部分，计划和市场两者的关系，进一步明确为“计划经济为主，市场调节为辅”。陈云提出的这一思想为1981年《历史决议》所吸收；后在党的十二大政治报告中也得到进一步的论述。
在人们尚未从传统计划经济模式解放出来的时候，陈云较早地指出了传统计划经济体制的主要缺点是缺少市场调节，并提出要充分发挥市场调节在社会主义经济中的作用。应当说，这是很有启发和指导意义的。
随着改革的深入，当人们已开始在思想和行动上突破传统计划经济模式的束缚，市场已开始发挥出它特有的作用时，针对社会上出现的某种对计划经济简单化的全盘否定的倾向，陈云又开始提醒人们不要忽略国家干预的作用和摆脱国家计划的倾向。主张反复比较，用辩证法的观点看问题，他说，按经济规律办事是好现象，但对许多方面，在一定时期内，国家干预是必要的。再往后，陈云还提出过“鸟笼经济”的思路，实际上这都是在加强扩大市场作用方面的认识。
陈云对“鸟”与“笼子”的解说：朱佳木主编：《陈云和他的事业》，中央文献出版社1996年版，第452页。
搞活经济是在计划指导下搞活，不是离开计划的指导搞活。这就像鸟和笼子的关系一样，鸟不能捏在手里，捏在手里会死，要让它飞，但只能让它在笼子里飞。没有笼子，它就飞跑了。如果说鸟是搞活经济的话，那么，笼子就是国家计划。
陈云在我国政治上的威信，特别是他多年领导我国经济工作的经验，使他的“鸟”与“笼子”的比喻在世界上受到重视，外电曾多次加以报道，即使在报道他去世的消息时，有的外电也特别提到这一比喻。陈云“鸟”与“笼子”的比喻主要在于说明：在引入市场机制来搞活我国经济时，防止“出现摆脱国家计划的倾向”。“搞活经济、市场调节，这些只能在计划许可的范围内发挥作用，不能脱离开计划的指导。”换言之，计划与市场都是搞活经济的手段，必须把二者结合起来才能产生最好的效果。
陈云的这一观点，在国内外都引起了广泛重视，据此国外有的人认为这是“保守”和“退步”，甚至有的把陈云划为“保守派”，事实上，这是不了解中国国情和中国改革的实际所致，这种看法和划分既不正确，也并不科学。“鸟笼经济”的思想已远远突破了过去的计划体制。
经过30年的改革开放，我们对社会主义初级阶段计划与市场关系的认识已经比80年代大大前进了一步。“以计划经济为主，市场调节为辅”已不再是我国经济体制改革的目标模式，但这个过渡期提法则是以社会主义市场经济为改革目标模式得以最终形成的必要的认识探索阶段。
陈云关于加强社会主义国家宏观调控、建设规模要和国力相适应，搞好综合平衡，反对经济建设中片面追求速度的倾向等思想，是他多年领导经济建设宝贵经验的深刻总结，有许多是靠血的教训换来的，至今也仍然是值得人们重视的。