日舰既要对空射击，又要躲开空中的炸弹和海中鱼雷，一时间乱了阵脚。“矢矧”号首先受创，在海面上直打转。“大和”号在它后面2海里的地方也被击中，甲板上歪七扭八地躺着一大堆炮手的尸体，后部的雷达室被炸毁，8个操纵手连完整的尸体都没有留下。它的左舷中了一枚鱼雷，但厚厚的装甲保护了它，使它仍能以20节的速度向冲绳前进。
在“大和”的指挥舱内，伊藤中将表情漠然地伫立在旁边，看着舰长有贺丰夫大佐手忙脚乱地指挥作战。第二、第三波攻击接踵而至，每波都有近150架飞机。米切尔的3个航母突击群、16艘航空母舰的攻击机几乎全部出动。他也站在自己的旗舰“列克星顿”号上，但他是信心百倍地目送着一批批战鹰远去，又一批批把它们收回来。舰上的升降机一刻不停地运转并把归来的飞机送入底舱加油装弹，把准备好的飞机从舱底送上舱面，进行再次出击。
“大和”号周围的海面上，鱼雷像洁白的剑鱼一样横冲直闯。有贺幸夫指挥着庞大的军舰作Ｚ形机动，然而，躲了这个躲不过那个，不断有鱼雷击中“大和”，周围护航的驱逐舰也有几艘受伤，但它们仍紧跟着“大和”号不舍，试图用自己的舰身为“大和”挡住鱼雷，但收效不大。
美机中也有中弹起火的，但即便中弹了他们也力争把鱼雷和炸弹投放下来，其勇猛之态不亚于冲绳海域的日本特攻机。军舰上的日本官兵见此情景有些想不通，因为长官一贯教导他们，大鼻子的美国人都是“脓包”、“软蛋”。
“大和”号连续中了8枚鱼雷，甲板上中了多少炸弹已不可计数。有贺和伊藤在指挥舱中看到倾斜器的指针已经指向18，表示舰体倾斜已达18度，左侧的舱室不断传来进水报告。
“快，右舱室注水，恢复平衡！”有贺抓过通往右舱室的话筒，高声命令着。这是唯一的挽救办法，舰体倾斜到一定程度，就会翻沉。右舷轮机舱的水手匆忙打开注水开关。但这时右舷也被鱼雷击中，大量的海水突涌而进，100多名水兵来不及撤出，竟被淹在舱内。
鱼雷仍在不断地命中“大和”，舰体倾斜已经达到30度。左舷中板已贴近水面，恢复平衡已经无望。有贺决定弃舰，但在弃舰前，他还必须完成一个动作：“转左舵，舰首向北！”因为按日本民间习俗，死人应该头向北。“大和”也应该这样。再说，北方就是日本列岛的所在，是日本人心日中“太阳升起的地方！”“大和”竭尽仅剩的一点动力扭动着笨重的躯体，但只转到一半角度，就再也转不动了。
有贺请伊藤长官离舰，伊藤拒绝了。他站在倾斜的司令舱门口，尽力保持着身体的平衡。他握了握副官的手，反身把自己关在舱里。舱里的一切摆设物都滑到了一角。在沉入海底前的这一刻，伊藤不知应做些什么。他想起等他归去一起赏樱的妻子，小觉黯然泪下。军舰的倾斜度还在不可遏止地增大，炸弹的爆炸声此起彼伏。
有贺也为自己安排好了结局，他怕万一自沉不成被抓去当战俘，就让一个士兵找来一根绳子把自己绑在罗盘仪上，几个士兵也想学有贺的样子，他的副官则拔出指挥刀，准备切腹。有贺一脚把他踢翻，狂暴地大叫：“八格！年轻人要活下去效忠天皇，快跳海！”成群的士兵，有的穿着救生衣，有的抱着一块木块，匆忙奔向大海。
“矢矧”号已经沉没、护卫的8艘驱逐舰4艘沉没、其余也均受创。下午2时25分，“大和”号终于横倒在海面上，主桅杆上的太阳旗也落入水中。弹药舱中特制的1170发巨型炮弹只打出了3发，随着舱体的旋转，这些炮弹开始猛烈撞击，只要有一发爆炸，就会引起全舰爆炸，“大和”号将粉身碎骨。
战舰在急速下沉，就在没入水面的那一刹那，海面形成一个深50米的巨大水窝，许多附近的落水者也被吸了进去。紧接着，弹药舱在水下爆炸，溅起的水柱直冲云霄，几乎要吞噬低空掠过的美机。
“大和”魂归海底，带着伊藤、有贺以及2496名舰员。作为日本海军联合舰队的象征，排水量6．8万吨的巨型战列舰“大和”号的沉没标志着联合舰队的彻底覆没，同时也宣告了巨舰大炮主义的彻底破产。
由于美军反潜兵力雄厚，警戒严密，日本海军在冲绳海域活动的11艘潜艇未获任何战果，反被击沉8艘。至此，日本海军对冲绳岛守军的支援均告失利。
4.日本军疯狂虐杀国民
日本第32军往喜武半岛撤退的时候，野战医院处理伤员的暴行令人毛骨悚然。
位于丰见城的日军野战医院在6月初接到撤退的命令。命令要求还能够走动的伤员一律随军撤退，剩下的一律自杀或杀掉，不能投降当俘虏。军令如山，必须无条件服从，有的伤兵强忍疼痛坚持自己走出去。最后剩下七八十人，实在不能动弹，只好就地毙命。
卫生员对他们说，自杀的办法有3种：手榴弹自爆、氰化钾注射、枪杀，希望每个人提出自己的意见。有50多人希望注射药针；有16人希望用手榴弹自爆；还有身体严重伤残完全不能动弹的人，要求把他们抬到外边，吸一口新鲜空气以后再枪杀。
希望注射氰化钾的人，头部向北，并排躺在一起。大型注射器中抽满了氰化钾毒液，当室外杀死伤兵的枪声响起来的时候，便依次把毒液注射到伤兵的静脉中去。这些人相继寂静地停止了呼吸。然后是手榴弹的爆炸声。
据“冲绳战役回忆会”编辑的《冲绳战和和平教育》一书所载，这样处置的重伤兵共计约有1万人。
冲绳岛战役不仅日军官兵伤亡惨重，那些被强迫入伍的学生兵更是苦不堪言，无谓地做了炮灰。
据战后统计，冲绳县县立一中强制征兵600名，死266名；县立二中征兵248人，死165名；县立工业学校征兵130名，死106名；县立农村学校征兵170名，死66名；县立水产学校征兵45名，死28名；那霸市立商业学校征兵115名，死92名；私立开南中学征兵81名，死70名。才十几年的生命就白白断送了。
当时被征集的学生兵大田昌秀侥幸未死，战后在他所着的《铁血勤皇队》一书中，把学生遭受到的苦难如实地记述了下来。这些十几岁的学生，既被征兵，却又享受不到正规兵的待遇，饱受欺凌。从他写的文章中可以看到日本兵残暴的程度：
美机在天空盘旋着，我立刻跳到道路左下方去，看见一条横向地壕。入口处有一个简单的土墙，是防暴风用的，一看就知道是老百姓挖的防空壕。我绕过土墙正要躲避空袭时，一支枪口对准我的胸膛：“这不行！这个混蛋，谁让你进去的？你没有看见这个吗？出来！这个讨厌的学生！”一边申斥，一边又接着骂：“什么东西！这算皇军士兵吗？算神兵吗”他正骂着的时候，“嗒、嗒、嗒……”像割竹子那样脆响的飞机扫射声连成一片。旁边没有一点可藏身的东西，我不由自主地又朝地壕入口处移动了一步。那位士兵又吼道：“你这小子什么也不懂吗？再乱跑我就不饶你了！你没有看见那边滚的东西吗？”我向枪口指的方向一看，前方四五米远的山芋地里，一位老人仰身躺着，焦黑的衣服剥落，裸着胸膛，屁股、大腿旁边浸满浑浊紫黑的血。一看到这情景，我胸中满腔的愤怒消散开来。“还有这样的事？不不，不会的。”我努力想排去脑中的疑惑，摇晃着脑袋。可是，事实确实是那样，现实是无情的，我的头发昏、发胀起来。“你这小子，没有看见那里滚动的东西吗？学生，你这个东西！”那个士兵警告、训斥的语调我走到哪里也无法忘掉，脑子里充满不安和疑惑……
冲绳的女学生们都在接受了护士速成训练后被派到野战医院去服务。其中冲绳师范学校有187名女生加入到姬百合部队，死去117名名；县立第一女中的98名学生中有86名死在姬百合部队；县立第二女高中（护兰部队）10名学生中死1名；县立首里女高中（水仙部队）83名学生中死50名；私立积德女高中（积德部队）57名学生中死50名；私立昭和女高中(梯梧部队)67名学生中死54名。这些青年女学生被军国主义恶魔无情地剥夺了青春和生命。
冲绳战役中，日军对当地老百姓的虐待和暴行更是令人发指。