然而，谁也不会想到，山本在给自己最好的朋友堀悌吉的信中是这样说的：“我下了和我的意愿完全相反的决心，没有别的选择，只得沿此道路走下去。有什么能比违背自己的意愿而更难以忍受的呢？难道说这是命中注定？”
随着时间的推移，日本军部的战争气焰日益嚣张。可是当战争贩子们在一片叫嚷声中等待近卫文麿的一声令下时，这位优柔寡断的首相却退缩了。在陆相东条英机的指责和嘲笑下，１０月１６日近卫内阁总辞职。
１０月１８日，素有“刺刀”之称的屠夫东条英机内阁成立。２３日，东条内阁决定，在决定开战的前提下，做好战争准备，同时继续执行外交谈判政策，利用外交途径迷惑美国。
从袭击珍珠港的计划确定开始，日本海军就着手于对珍珠港的侦察间谍活动了。１９４１年３月，军令部根据山本的要求，派遣海军情报专家吉川猛夫潜伏珍珠港。
经过了大约８个多月艰苦的侦察，这位并没有间谍经验但异常机警的情报人员对夏威夷的海军情况已了如指掌。１１月上旬，吉川顺利地把一份份极有价值的军事情报成功地送到日本，为联合舰队袭击珍珠港提供了可靠的资料。
11月５日，山本接到了军令部总长永野奉天皇旨意发来的“大海令第一号”命令，预定于１２月上旬对美、英、荷开战，命联合舰队做好一切战斗准备。
从５日至１１日，山本根据永野的命令，连续发布第一至三号作战密令，确定１２月８日向美国开战，由南云忠一中将担任司令官，袭击夏威夷珍珠港。
１１月１３日，山本参加了联合舰队作战会议，他在一段精彩的演说之后指出：在华盛顿举行的与美国的谈判，如果在Ｘ日（即１２月８日）的头一天上午11时以前达成妥协的话。我将命令作战部队撤回。
１１月２１日，山本发布联合舰队第5号作战令：机动部队务于１１月２６日自单冠湾出发，竭力保持行动隐蔽，１２月３日傍晚进入待机海域并加油完毕。按照这一命令，１１月２６日清晨６时３０分，由６艘航空母舰、３艘巡洋舰、１１艘驱逐舰、３艘潜艇、２艘高速战列舰以及７艘加油船等３０多艘舰只组成的机动舰队，按照空袭部队、警戒部队、支援部队、巡逻部队、破坏中途岛部队和补给部队编制，以所谓的“第１警戒航行序列”的环形队形，悄悄地朝珍珠港扑去。
就在袭击珍珠港部队出发后的第七天，即１２月２日，联合舰队司令部接到军令部根据天皇命令发来的“大海令第十二号”命令，最后确定了攻击日期为１２月８日。山本立即向南云机动舰队发出了“攀登新高山１２０８”的密电，即：开战日期决定在１２月８日零时，按计划偷袭珍珠港。
对于日本暗中进行的如此巨大的军事行动，大洋彼岸的美国人似有察觉。
11月２２日，美国的魔术情报（即海军密码破译小组）已经判断出日本将要发动战争的迹象。罗斯福总统甚至在给丘吉尔的电报中指出，我们必须面对日本即将发动战争，而且是在不久的将来这一事实。２５日，在白宫召开的最高军事会议上，罗斯福又提醒与会者，日本人在不宣而战这点上本来就是臭名昭着的，所以美国可能在１２月１日前后遭到攻击。
但是，美国军界认为，日本的矛头肯定是印度支那地区，他们做梦也不会料到日本偷袭珍珠港的计划已经投入实施了。
然而，美国仍然有时间做出必要的准备。就在１２月８日凌晨南云忠一下令攻击机群从指定海域起飞的时候，美国海军密码破译小组已经破译了日本政府给美国的“最后通牒”的最后部分，电文的内容是：“鉴于美国政府所采取的态度，日美之间已无法达成协议，特此通知美国政府，并深表遗憾。”然而，如此重要的情报，由于美海军作战部长斯塔克怕黎明前影响太平洋舰队司令金梅尔睡眠而被人为地耽误了。当参谋总长马歇尔上午11点看完破译电文后，他确信日本很快就会发动攻击，并决定向全军发出紧急戒备的指令。
不幸的是，马歇尔的电报命令并没有通过紧急通讯系统或海军无线电发出，而是被陆军情报局远东科科长布莱顿交给了陆军部信号中心，又被擅自决定通过商业通讯系统发出。布莱顿违背了马歇尔“以最快最安全的办法拍发给各级指挥官”的命令，当电报指令传送到各级指挥官手中时，已经是珍珠港遭袭击７个小时以后了。
美国高层的判断失误，军队中的松散习气，为山本五十六大胆而又缜密的行动创造了条件，偷袭珍珠港获得巨大成功。
美国时间１２月７日下午１时１９分（夏威夷时间１２月７日早晨７时４９分，东京时间１２月８日凌晨３点１９分），负责空袭的指挥官渊田命令发出了“脱，脱，脱”的攻击信号，“脱”在日语中是“突击”的第一个假名，音译为英语就成了“虎”的发音。
旋即，３５４架日本各型飞机分两个攻击波次向毫无准备、沉浸在假日欢乐中的美国海军发起猛烈袭击。霎时间，珍珠港内爆炸声隆隆，火光四起。
日本仅用不到２个小时的时间，击毁美机１８８架，击伤１５９架，击沉或重创战舰１８艘。岛上的机场和设施遭到巨大破坏，击毙美国军民２４０３人，在港的美太平洋舰队主力遭到毁灭性打击。而日本只损失了２９架飞机，５５名飞行员，６艘潜艇。当远在日本海域停泊的“长门”号旗舰上的山本得到确切的消息时，只是睁大双眼，默默地点了点头。
几乎在南云忠一率领的联合机动舰队大获全胜的同时，由冢原三二四中将司令和大西泷治郎参谋长率领的第11航空舰队，开始袭击菲律宾的美军基地。
在日本的南进计划中，菲律宾具有十分重要的战略位置。这里不仅有丰富的物产资源，而且是处于通向东南亚和西南太平洋的交通枢纽。１９４１年７月，为了加强防御和对日本的制约，美国成立远东美军司令部，任命麦克阿瑟为远东军司令，在菲的美军基地得到了空前的加强。这就更加阻碍了日本的南扩进程，因此，按照山本的计划，必须在袭击珍珠港的同时，摧毁菲律宾的美军基地。
历史似乎在有意与美国人作对。如果说珍珠港在毫无防范中遭到毁灭性打击尚可原谅的话，菲律宾战役就太不应该了。按照计划，大西的近４００架飞机也应在１２月８日凌晨攻击美军空军基地。然而，是日凌晨日军基地却大雾弥漫，飞机无法起飞。直到南云部队袭击开始以后，大雾仍无散去迹象。这时，如果拥有３５架空中堡垒Ｂ－１７轰炸机的美军前来袭击，日本航空队必将遭到毁灭性打击。出人意料的是，老谋深算的麦克阿瑟元帅不仅未曾作如是设想，甚至对来自华盛顿的严重警示也未作出应有的反应。下午１２时４５分，近４００架日机几乎未遇到任何阻拦地到达美军机场上空。经过近１个小时的狂轰滥炸，１８架Ｂ－１７轰炸机，５３架Ｐ-４０战斗机和其他３０多架美军飞机被撕成碎片。日本以极小的代价夺得菲律宾的制空权。
极力主张与英美亲和的山本五十六，终因受武士道精神毒害之深，走出了袭击美军珍珠港的罪恶一步，成为日本军国主义的殉道者。
5.丧命太平洋
美国的大意失荆州，使珍珠港受到毁性灭的打击，气极败坏的美国政府立即对日宣战。听到天皇和东条煽动性极强的演说，正在南行迎接南云舰队的山本五十六这样写道：
“今我已下定决心，一旦奉大诏而堂堂出击，则置生死于度外，闯过难关。
然而此战为未曾有之大战，种种曲折亦必有之。倘存借名誉而保自身之私心，则绝不能完成此大任。因之以诗曰：
浩荡皇恩记心间，弃誉舍命何所惜。”
这些思想充分暴露了山本五十六作为一个十足战争贩子的罪恶灵魂。
山本终于有机会验证自己“航空优先”的观点了。不仅在袭击太平洋舰队和菲律宾美军基地中，日本飞机显示了巨大威力，就是在两天后马来亚海战中，山本也再一次证明了巨舰大炮时代的结束。
１２月１０日，英国“威尔士亲王”号和“反击”号军舰在日本飞机的猛烈轰炸中沉没，包括英国远东舰队司令菲利普上将在内的８００多名英国官兵遇难。
两天以后，裕仁天皇赐语山本五十六：“联合舰队航空部队歼灭敌方英国远东舰队主力于南中国海，宣扬威武于中外，朕特嘉奖。”
同一天，即１２月１０日凌晨，一支由３艘轻巡洋舰、６艘驱逐舰和４艘其它运输船只组成的日本舰队在袭击威克岛的战斗中失败。
１２月１６日山本派遣第２航空母舰战队和第８巡洋战队助战；数十架日机对威克岛进行了轮番轰炸，岛上美机全部炸毁，日军成功地占领威克岛。
为了扼制德日扩张势头，１９４２年初，盟军在东南亚建立统一作战司令部，海军司令由荷兰少将杜尔曼担任。这支由４国海军组成的作战部队，由于空中打击力量很差，而且各自独立作战，投入战斗不到３个月，就被拥有数百架飞机的南云舰队击溃。
１９４２年３月９日，日本海军控制了爪哇并结束了荷兰对东印度群岛３个世纪的统治。在短短３个月的时间里，日本海军席卷了整个西太平洋地区，在亚太地区的扩张达到了顶峰。
在国内外法西斯分子的一片颂扬声中，山本五十六从“长门”号旗舰迁至超级战列舰“大和”号上。这艘曾遭山本极力反对建造的豪华战舰成了新的海军指挥中心。
这时的山本，可谓踌躇满志了，南云舰队的连连捷报，使得这位工于心计、心狠手毒的战争赌徒飘飘然。
战争形势的发展使他突发奇想，认为要想更好地护卫本土免遭空袭，应当再次出击，彻底消灭美国太平洋舰队。他把自己的注意力放到太平洋中的一个小岛——中途岛上。日本海军创造了这么多奇迹，难道不能占领中途岛，以此为基地，进而消灭美国的航空母舰？山本又一次把大胆的设想告诉了军令部。这一次与夏威夷的作战计划有所不同了，山本的设想虽然开始遭到军令部的坚决反对，但海军的巨大战果使得海军中大多数人对山本崇敬备至，他的作战方案仅在上交的第８天，即４月１０日便得到了军令部的批准。又过了８天，一直沉浸在胜利狂热气氛中的日本遭到了美国的空袭，这一事件更加坚定了山本进攻中途岛的决心。