由于施琅的手下老是在阵地前折腾，刘国轩的炮兵便开始疲倦了，也不朝下面开炮了。而施琅却不愿意罢休。他命手下仨人俩人一组的，干脆朝着炮兵阵地的附近摸去，有几组士兵，甚至摸到了一尊大炮的炮口下，慌得刘国轩的炮兵又赶紧连连开炮，还用火枪和弓箭向下射击。这样，一直到黎明前夕，刘国轩的炮兵阵地前才悄然安静下来。
黎明前夕是一天当中最为黑暗的时光。而这么一个黎明前夕，又无疑是施琅极为紧张的时刻。他的大脑里只在想着一个问题：哈啰的二千人马，都顺利地攀上峭壁了吗？
夜晚总是在等待着黎明的到来。而施琅却是在等待着哈啰在郑匪的炮兵阵地后面发动袭击。他一遍又一遍地催问观察的哨兵：“哈将军开始攻击了吗？”然而得到的回答却都是：郑匪的炮兵阵地上什么异样的动静也没有。
施琅不无担忧地思忖道：“难道，哈啰攀援峭壁不顺利？眼看着，天就要亮了。施琅心中的担忧越来越沉重。如果，哈啰等人攀援不成，那么，待天亮了之后，哈啰等人就没有什么机会了。
就在施琅忧心忡忡的当口，确切讲，就在天亮之前的那一瞬间，负责观察敌人炮兵阵地的哨兵突然朝着施琅喊道：“大人，郑匪炮兵阵地上开始骚乱了……”
施琅闻言，就像受到什么强烈的刺激似的，立即就从地面上反弹了起来，并迅即振臂高呼道：“弟兄们，向上冲啊！哈将军已经在郑匪的背后动手了！”
一万名士兵，几乎在地上趴了一夜，此时此刻，他们全部的精力都凝聚在了双腿上。他们哪里是在跑，他们简直是在飞。他们知道，他们早冲上去一刻，哈啰和那两千名弟兄就多了一点生还的可能。所以，这一万名士兵，在施琅的率领下，汇成了一股巨大的旋风，直向刘国轩的炮兵阵地上卷去。
有炮弹在施琅的身边爆炸，有火枪和弓箭从施琅的身边射过。但施琅全然不顾，依然一马当先地冲在最前头。
近了，更近了。刘国轩的炮兵阵地就在眼前。施琅看见，偌大的一个炮兵阵地上，也不知道有多少人正在面对面地厮杀。显然，刘国轩的三千炮兵已经被哈啰等人死死地缠住了。他们已经腾不出多少人手和时间来阻止施琅等人的进攻了。
但施琅同时也看见，哈啰等人已经被郑匪团团围住。不仅有刘国轩的三千炮兵，而且还有从刘国轩城堡里赶来的数千人马。施琅急对身后的手下喊道：“快上啊！快杀啊！”
施琅等一万清军杀人炮兵阵地，阵地上的情形顿时改观。毕竟施琅的清军在人数上占优，而且施琅还有三千人马在后面赶来，所以清军最后取胜似乎只是个时间上的问题。
厮杀至正午，战场的形势已经明朗。刘国轩的人马再也抵挡不住，节节向城堡败退。有手下建议乘胜追击，一举攻下城堡，但施琅没有同意。施琅的命令是：速速打扫战场，原地休息待命。
你道施琅为何不对刘国轩的人马乘胜追击？原来，刘国轩盘踞的那个城堡的确地势险要。这城堡位于澎湖大岛的最东端，三面环海，一面朝着施琅的方向。城堡内的房屋依地势而建，高低不平，参差不齐，房屋与房屋间的道路，时而宽，时而窄，时而长，时而短，时而笔直时而又弯曲，活像是一座座迷宫，确实易守难攻。刘国轩又有不少火枪和弓箭，如果冒冒失失地追过去，摸不清城堡里的道路，岂不都成了刘国轩火枪和弓箭的活靶子？
施琅下令停止追击，还有一个很重要的原因，那就是，炮兵阵地上的战斗已经结束了，可施琅却始终没有看见哈啰的身影。所以，他在下达了“打扫战场，原地待命”的命令后，紧接着又下达了第二个命令：打扫战场的同时，全力以赴寻找哈啰将军。施琅还重重地强调：寻找哈啰将军，活要见人，死要见尸。
施琅虽说是“活要见人，死要见尸”，但他心里面却异常地清楚，“活要见人”的可能性已经不复存在，因为，如果哈啰还活着的话，恐怕早就大呼小叫地跑来见施琅了。所以，施琅下达了第二个命令后，心情是异常地沉重的。不过，施琅心中却还有着这么一种想象：也许哈啰只是负了伤，正躺在一个什么地方，等着施琅派人去找他。
寻找哈啰的任务异常地艰巨。哈啰所率的那二千人的突击队，几乎全部阵亡，侥幸的是，为哈啰等人引路的那个渔夫，除受了一点皮外伤之外，居然安然无恙。施琅率众冲上炮兵阵地与刘国轩的兵马拚杀了半日，也死伤达三千人。而刘国轩则至少在炮兵阵地上丢下了五千具尸体。这样一来，近万具尸体横七竖八地堆放在炮兵阵地上，想从中找出一个哈啰来，也着实不易。
但施琅不怕困难。他不仅命手下在尸骨堆里寻找哈啰，他自己也亲自在尸骨堆里细心地翻找。大热的天，成堆的尸体散发着一股股难以言表的怪味。苍蝇像发现了什么稀罕物似的，成群结队地在尸骨堆上嗡鸣、盘旋。然而施琅不顾，甚至都顾不上去擦一下额上豆大的汗珠，一门心事只顾细心寻找。
终于，一个时辰之后，有几个士兵找到了哈啰。只是，哈啰已经死了。
哈啰死时的情景很独特。他的身体呈一种前仆的姿式，他的右手是向前伸着的，右手中的长剑洞穿了一个郑匪的脊背，而哈啰自己的脊背上，却扎着一把致命的长剑。
哈啰死时的情形大概是这样的：一个郑匪想要逃跑，被哈啰发现了，哈啰一个鱼跃，用剑刺死了想要逃跑的郑匪，而与此同时，另一个郑匪却把一支长剑刺进了哈啰的脊背。因为这一切来得太突然，所以哈啰的双目不仅大开着，而且脸上还呈现出一种非常兴奋的表情，似乎他鱼跃刺死的那个郑匪，正是刘国轩。
不过，哈啰刺死的那个郑匪，虽然不是刘国轩，却也是个在郑匪中很有地位和影响的人物。为哈啰等人引路的那个渔夫认出了那个郑匪。他指着那个郑匪，声音有些异样地对着施琅言道：“大人，哈将军把刘国辕给刺死了……”
原来，哈啰鱼跃刺死的那个郑匪，正是刘国轩的兄弟刘国辕。这就难怪他要做出这么一种奋不顾身的鱼跃姿式，也难怪他的脸上会呈现出那么一种兴奋的神情。
杀死了刘国辕，对清军而言，自然是一件大快人心的事，也的确是一件可喜可贺的事，但是，对施琅而言，却是一件十分悲伤又十分沉痛的事，因为，为杀死这个刘国辕，却丢了哈啰的性命，而即使杀死十个刘国辕，终也换不回哈啰的一条性命了。
施琅急步跨到哈啰的跟前，然后缓缓地屈膝、弯腰、蹲身，再轻轻地拿去哈啰手中的剑又慢慢地合上哈啰的双眼，噙着热泪，哽咽着言道：“哈将军，你可以瞑目了……万没想到，你我真的会如此见面……”
早有人拔去了哈啰背上的长剑。施琅欷歔片刻，重新站直了身子。他吩咐手下道：“依哈啰将军生前所愿，就把他葬在为当今圣上尽忠的地方。”
环视了一下众人，施琅又道：“待施某攻下澎湖，收复台湾之后，定禀明当今圣上，为哈将军在此竖碑立传！”
据说，施琅收复了台湾之后，真的将此事禀奏了康熙皇上。康熙皇上一时感慨不已，不仅御准在澎湖大岛上为哈啰竖碑，而且还亲手为哈啰撰写了碑文。又据说，满清将军哈啰的功德碑，至今还竖立在澎湖大岛上，供游人参观、合影。至于这两种传说是真是假，似乎只有到过澎湖一游的人才能道出个根由来。当然，这是别话。
且说施琅安葬了哈啰的尸体之后，便开始部署对刘国轩进行最后一击了。施琅尚有一万左右人马，除去伤号和其他，至少还有八九千人可以投入战斗。而刘国轩满打满算，也至多还有五千兵力。也就是说，从军队的人数上看，施琅几乎是刘国轩的二倍。更主要的，施琅夺得了刘国轩的近五十门火炮，且足足有数千发炮弹可供发射。看来，刘国轩将这么多的炮弹囤积于此，是早就做好了与清军在此决一雌雄的准备。但刘国轩没有想到的是，他这一精心的准备，居然帮了施琅的忙。
施琅拥有绝对优势的兵力，又拥有威力巨大的火炮，攻下刘国轩的城堡，当不是什么难事。但是，施琅并没有急于向城堡发功进攻。原因是，城堡地形太过复杂，纵然有几十门火炮支援，若强攻进去，也必将招致重大损失。更主要的原因则是，刘国轩已将澎湖大岛上的万余百姓赶进了城堡。刘国轩这么做的目的，一是不让岛上的百姓为清军引路，二是在迫不得已的情况下，拿这些百姓做挡箭牌。如果施琅用火炮猛轰城堡，则城堡内的百姓也必然会有重大伤亡。
施琅想用一种比较和平的方式解决澎湖大岛上的这最后的战斗。他以为，清军已大兵压境，这种和平的方式是完全有可能实现的。所以，他就找来一个俘虏，让这俘虏捎了一封信给城堡里的刘国轩。施琅在信中，先分析了一下目前的形势，然后称，只要刘国轩将军率众投城，他施琅就绝对保证他们的人身安全。施琅在信中甚至还言称，如果刘国轩愿意协助清军收复台湾，那他施琅就一定在康熙皇上的面前为刘国轩请功。
那个俘虏带着施琅的亲笔信走进城堡的时候是正午。施琅耐心地等待，至下午，那个俘虏也没有出来。施琅并没有灰心，又写了一封信，又打发一个俘虏走进城堡。至黄昏，杳无音信。施琅有些失望了，但还是写了第三封信，派了第三个俘虏再次走入城堡。这一回，天黑的时候，第三个俘虏走出了城堡。施琅喜孜孜地迎了上去。那俘虏给施琅带回了一封刘国轩的亲笔信。刘国轩的亲笔信很简短，也很扼要，只有四个字：少说废话。
施琅气了，更怒了。他以为，自己已经做得仁至义尽了，既然刘国轩不想以和平的方式解决此事，那就不能怪他施琅不客气了。当然，既要开战，他施琅也就顾不得城堡里的什么百姓苍生了。
不过，施琅虽然生气，虽然动怒，但也还算冷静。他并没有连夜就向刘国轩的城堡发动进攻，而是命令军队好好地休息一夜，养足精神，待明日凌晨，再向刘国轩的城堡发动总攻。施琅对官兵们言道：“用三天时间，彻底解决这场战斗！”
次日凌晨，施琅开始动手了。他把约九千人的军队分成上、中、下三个纵队，每个纵队配备火炮十五门：炮弹千余发。施琅对三个纵队的指挥官命令道：“不管其他，只管往城堡里面打，一点一点地，一步一步地，把刘国轩和他的城堡蚕食掉！”
总攻开始了。清军的数十门火炮，分上、中、下三路，对着刘国轩的城堡狂轰滥炸。火炮打到哪里，清军就冲到哪里。然后炮火再向前延伸，清军再接着往前冲。这种进攻，虽然进展较慢，但却在很大程度上减少了清军的伤亡。因为清军猛烈的炮火，的的确确摧毁了刘国轩许许多多苦心经营的工事。
然而，清军炮火再猛，终也不能将刘国轩所有的工事都摧毁。刘国轩手下许多火枪手和弓箭手都隐藏在石洞里或由岩石垒成的房屋里。清军的火炮很难将那些石洞和岩房毁坏。待清军炮击停止之后，那些火枪手和弓剩手便开始朝着冲上来的清军射击。这样一来，清军就必须逐洞逐房地与刘国轩的手下争夺。如此，清军进攻的速度不仅很慢，而且进攻的伤亡也着实很大。几乎每前进一步，就会有绝望的清军士兵倒下。
但清军毕竟在人数和火力上占压倒性的优势，加上清军在施琅的鼓动下，一个个视死如归、功势如潮，所以，尽管刘国轩的手下依仗着有利地形负隅顽抗，但清军的进攻却依然稳步地向前发展着。
激战了二天二夜后，三路清军终于占领了大部分城堡。刘国轩的残兵败将被迫龟缩在城堡的东南角上，清军的最后胜利，已经触手可及了。
清军的损失显然很惨重，但施琅一时间却无心去清点自己的军队，只吩咐轻伤者将重伤者带到后方去治疗、休息。令施琅倍感痛心的是，尽管有许许多多的老百姓从刘国轩的魔爪中逃了出来，但依然有数以千计的老百姓惨死在清军的炮火中。
这便是残酷的战争，而战争又总是与残酷相伴的。施琅虽然痛惜那么多的老百姓无辜惨死，但残酷的战争却依然还在继续。施琅虽然是康熙皇上派来的钦差大臣，却也无力去改变战争的这一残酷性质。也甭说施琅了，世上任何人，包括至高无上的康熙皇上，恐也不能够使战争变得温柔亲切起来。只要有战争，就必然要流血，要死人，不管你是参加战争的士兵，还是没有参加战争的百姓，概不能例外。
施琅让自己的军队稍稍地喘息了一下。激战了二天二夜，死了的人倒也罢了，还活着的人也着实疲惫不堪。所以，在攻打城堡的第三天，施琅让自己的军队休息了一上午。反正，刘国轩和他的残兵败将龟缩在城堡的东南一角，已是插翅难飞。
下午，施琅把所有还能参加战斗的清军士兵都集中起来，先用数十门火炮把剩下的炮弹都打出去，然后便指挥清军士兵对刘国轩发动了最后一击。
清军的这最后一击，虽然打得很艰难，却也顺利。至黄昏时分，仅剩的刘国轩的数百名残兵败将被迫投降。澎湖之战从此宣告结束。这是公元一六八三年的六月二十二日。
然而，刘国轩却逃跑了。据俘虏交待，刘国轩是在清军就要取得最后胜利的前一刻，乘一只小船向台湾方向逃去的。
施琅一时很是后悔。他后悔的是自己有些冲动了。所谓智者千虑、必有一失。他施琅为什么就没有想到事先派战船把刘国轩的逃路给封锁住呢？刘国轩这一逃回台湾，虽不能用“放虎归山”来形容，但却必然会给清军最后收复台湾带来不小的麻烦。