孙承宗回到北京，即向熹宗明确阐述了其坚守宁远，以与觉华岛守军互为犄角、遥相呼应的战略计划，正式提出了“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的战略方针，并建议解除王在晋的兵部尚书及辽东经略之职。熹宗接受了孙承宗的意见，将王在晋调任南京兵部尚书。自此，八里铺筑城之议遂息。
王在晋调走后，山海关的防务采取并贯彻了孙承宗与袁崇焕主守关外的战略。此后，经数年艰辛的努力，布置成一道坚固的宁（远）锦（州）防线，成为后金骑兵不可逾越的障碍。从努尔哈赤到皇太极，始终都没能完全打破这道防线。在屡次碰壁之后，迫使他们望宁远而却步。这道防线不仅确保了山海关免受攻击，而且在此后的二十余年间，基本上稳定了辽西走廊的战局。
天启二年八月，孙承宗被任命为辽东经略。他即着手实施其欲保关门，必先固辽西；欲复辽东，亦必先固辽西的战略计划，积极部署宁锦防线。同时是修筑宁远城。天启三年（1623年）九月，孙承宗命祖大寿修复宁远，并令驻军尽速恢复山海关至宁远沿线被焚弃各城。召辽人回故居，垦荒屯田，重建家园。又发展采煤、煮盐、海运等事业，以充实民力，确保军需。宁远城竣工后，调袁崇焕镇守。孙承宗自己则坐守山海关，并备前屯，充当其后盾。随着宁远城守的日渐巩固，明军防线不断延伸。天启五年（1625年）夏，孙承宗遣将分据锦州、松山、杏山、石屯及大小凌河各城。这样，自宁远又向前推进二百里，从而形成了以宁远为中心的宁锦防线。
四年来，孙承宗重用袁崇焕等一大批忠直的文武将吏人才，边防大备。不但扭转了原先的那种颓败之势，且整个形势变得越来越好。正当他锐意恢复之际，却遭到了来自魏忠贤的打击。孙承宗功高权重，誉满朝野。魏忠贤为长久把持朝柄，一心想把孙承宗也拉到自己一边，故进行过多次试探，但均遭到拒绝，由此怀恨在心。
天启四年（1624年）十一月，孙承宗西巡至蓟、昌，报请以十一月十四日入朝贺万寿节，并面奏机宜。魏忠贤得知，当即命内阁拟旨，以“无旨擅离信地，非祖宗法”为名，令其返关。孙承宗无奈，只好返回。事后，阉党利用这件事攻击孙承宗“拥兵向阙，叛逆显然”，但熹宗没予理会。
天启五年（1625年）八月，柳河之败，导致了孙承宗的去职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯漒的话，派兵渡柳河，袭取耀州，中伏遭败。阉党借机小题大作，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗十分生气，连上二疏，自请罢官。九月回到了自己的家乡。
孙承宗辞职以后，兵部尚书高第出任辽东经略。高第为一文人，既不懂军事，也没打过仗。他一到任上，即一反孙承宗的部署，下令拆撤宁锦防线。关外驻防将士除镇守宁远的袁崇焕拒不从命外，其他诸城均撤一空。因而使孙承宗数年心血毁于一旦，明朝在山海关及其关外的军事形势顷刻陷入一场新的危机。只是由于以袁崇焕为首的广大将士的浴血奋战，才使明军在天启六年正月、天启七年五月相继取得“宁远大捷”和“宁锦大捷”，奇迹般地挡住了后金的凶猛进攻，从而不仅使宁锦防线经受住战争的考验，且使明朝避免了由于高第的错误军事决策而导致的军事大溃败。
崇祯二年（1629年），皇太极率军避开宁锦，假道内蒙，从喜峰口突入塞内，相继攻陷遵化、迂安、滦州、永平，直指北京。且行反间计，使崇祯帝囚系并最终杀害了袁崇焕。此事所谓“己巳虏变”。一时，明廷乱作一团。而袁崇焕的下狱，又导致军心涣散，将士东归。在此危难之际，明廷再次起用孙承宗，“诏以原官兼兵部尚书守通州”一，统筹全局。孙承宗首先晓以大义，安定了军心。其后协调各路军队，联合行动，经数月艰苦作战，取得“遵永大捷”，并于崇祯三年（1630年）五月将后金军驱逐出关。
孙承宗再任辽东经略后，仍坚持以积极防御为主的方针，继续加强宁锦防线，决心重筑被高第毁弃的大凌河、右屯二城。崇祯四年（1631年）七月，令祖大寿等率兵四千守大凌河，又征发一万四千人筑城。八月六日，动工筑城才二十天左右，大凌河城墙刚刚修完，雉堞仅修完一半，后金突然兵归城下，并于当天开始围城，明军仓促闭门拒战。“承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宗伟往救”。但宁远巡抚邱禾嘉“屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山”。至十月，大凌河已被围三月，守军粮尽援绝，祖大寿假降奔还锦州，“城复被毁”。大凌河失守，引起了明廷内部的互相倾轧，“延臣追咎筑城非策，文章论禾嘉及承宗”。孙承宗连疏引疾，求退。崇祯帝为平息朝议，准其归籍，孙承宗第二次被排挤下台。
军事著作
孙承宗遗留的军事著作有《车营扣答合编》。这是他在督师蓟辽，经营辽西防务时，筹划反攻辽东与其属下讨论军事问题的记录整理而成的。全书共一百零八个问答，由《车营总说》、《车营百八扣》、《车营百八答》和《车营百八说》等四部分组成，通过问、答、说、图等对车营编组方法、营阵布列、行军作战、后勤保障等问题，作了详细的分析和解说。在作战指导思想上，很重视发挥火器的作用与各兵种的协同动作。如说：“用车在用火”，“用火在叠阵”。所谓“用火”即是发扬火力；所谓叠阵即步、骑、炮重叠配置，彼此协同，长短相补。战斗队形也要因地制宜，灵活机动地使用方、圆、曲、直、锐等各种队形，向人们展示了火器和冷兵器并用时代，步、骑、炮等诸兵种协同作战的雏形，在军事思想发展史上，具有重要的史料价值。
崇祯十一年清崇德三年，（1638年），后金（清）兵深入内地。十一月九日围攻高阳。赋闲在家的孙承宗率全城军民与之血战。三天后，城破，孙承宗被俘，因拒不投降，被活活勒死。死后谥号文正。著作有《高阳集》。
黄道周
黄道周（1585年～1646年），自幼平，漳浦（今属福建）人，南明大臣，学者，书画家，天启年间进士，南明弘光帝时为礼部尚书，后又拥立隆武帝，在江西征战时为清兵所杀，潜心经学，擅长书画。
出关上任
当年轻的黄道周把自己锁在福建铜山（今属东山市）孤岛上一座小小的石室，刻苦攻读，立志当圣贤的时候，也曾经推演周易预卜自己的结局，据说准确地推算出自己将死于六十二岁这一年。
圣贤的传统道路，是治国平天下。翻开黄道周的履历表，就会发现他这条路走得极为艰难，以闽人固有的固执身处大厦将倾的末世，毫无成功的可能。自从天启二年中了进士以后，因为几次上疏奏事为倒霉的大臣求情，自己也跟着倒霉，屡调屡降，其中有几年还被斥为民。
崇祯十一年，因为弹劾大学士杨嗣昌，当面顶撞皇帝，被连贬六级赶出京城，到江西按察司当小小的照磨。过了两年，江西巡抚解学龙在评价所部官员时，偏偏对黄道周推崇备至。崇祯皇帝闻言大怒，说他们两个以党邪乱政，削了解学龙的学籍，把黄道周逮进刑部要求处死。如果黄道周就这么死了，不过是崇祯皇帝所随意屠戮的无数大臣中毫不起眼的一个，至多留下个忠谏的声名。幸好刑部尚书敢于抗旨，争辩说只有封疆或贪酷大臣才能以党邪乱政论死，以言论得罪，最多只能判处充军。
审了两年，最后是判处黄道周永戍广西。还没走到广西，圣旨又下来了，皇恩浩荡，赦免复官。但是黄道周已不再做治国平天下的梦了，一获赦免，便告老还乡，在龙海邺侯山背山临江盖了一座邺山讲堂开坛讲学。这时候，他已是公认的儒林领袖、一代宗师，被时人推崇为“字画为馆阁第一，文章为国朝第一，人品为海内第一，其学问直接周、孔，为古今第一”（徐霞客语），全国各地来听讲的人络绎不绝，门前的九龙江，号称因此有千帆相竞。重返家乡这一年，他已58岁了，他的打算，就是以传道授业了此残生了。然而大明的气数已尽。崇祯十七年（1644年），明思宗吊死在煤山，吴三桂打开山海关放进清兵，大明的国土很快只剩下了半壁江山，国难当头，黄道周的官运却忽然好了起来。福王在南京即位后（即弘光帝），马上下了诏书，命他赴南京担任吏部左侍郎。
弘光帝的任命下来，黄道周本来不打算去赴任，但当政的马士英派人逼迫：“先生德高望重，不出来作官，是打算跟随史可法拥立潞王吗？”在此之前，大臣们对该拥立福王还是潞王分成两派。以与崇祯血缘的亲疏而论，应该立福王，但此人臭名昭著，不可为人君，以史可法为首的朝中大臣都宁愿立亲缘较远名声却较好的潞王，还在犹豫不决，手握重兵的马士英抢先立了福王，乘机把朝柄捏在手中，而把史可法赶到了扬州前线。黄道周之所以不愿出山，正是不愿去给这些人当花瓶。但福王这一派的人，也不会把他留给其他藩王，软硬兼施之下，他也就只好上南京去了。到了南京，就被升为礼部尚书，地位不可谓不崇高，却仍然是摆设。弘光小朝廷，只在醉生梦死中残存了一年，当多铎的铁骑杀到南京来的时候，如果黄道周人在朝廷，绝无可能跟从钱谦益冒着大雨跪在城门口恭迎清兵，自然只有一死殉国，那样也不过是南京陷落时自杀的大臣中的一个。但上苍却不愿这么快就把他赶下悲壮的历史舞台，南京陷落的时候他恰好被派到浙江祭奠禹陵，无意中又躲过了一劫。弘光小朝廷一倒，黄道周平天下之心却更炽了。先是准备去跟随潞王，不料潞王才监国三日，就向清兵投降。然后是唐王监国，被郑芝龙、郑鸿逵兄弟拥戴着往福建跑。黄道周深知福建的地势易防守难出击，一进了福建，最多是关起门来当小朝廷，万难恢复故土。而且当时的福建乃是郑家的天下，去了那里，就是去当傀儡了。他写了一封信劝阻唐王入闽，信还没寄到，唐王已过了仙霞岭进了福建了。黄道周只好也回了福建，打算走小路回漳浦老家去，在半道上被唐王派人截了下来，迎到福州。唐王也在福州正式登基，即隆武帝。隆武帝是读书人，读书人大都敬重黄道周，他也的确要重用黄道周，封官武英殿大学士兼吏、兵二部的尚书，成了宰相了。但战时的宰相并不值钱，兵食大权都掌握在郑芝龙手里，不仅黄道周动用不了，连隆武帝也动用不了，君臣相见，对此只有相对而泣。这时候清廷已下了剃发令，为此在江南制造了一系列惨绝人寰的屠城惨案。江南人民一面奋起反抗，一面向隆武朝廷求援。但郑芝龙却不准备发一兵一卒。他的人生哲学很简单，当年他当海盗大王，明廷招降了他，给他高官厚禄，以后清兵来了，再投降就是了，还会有高官厚禄的。而黄道周名为兵部尚书，却调动不了一兵一卒，只能到家乡发动子弟兵了。隆武帝无法给黄道周一件武器，一分军饷，一担军粮，他给黄道周的，只有几百张空白文书。黄道周就带着这几百张空白文书上了路，每到一地，就用它来写奖状，谁参了军，就送一张亲笔书写的奖状，最后竟然也给他拉起了一支几千人的队伍，筹到了一个月的兵粮。
隆武元年（1645年）九月十九日，这支以锄头扁担为武器的“扁担兵”，这支只有不到十匹马、只带了一月兵粮的乌合之众，这支完全靠忠义之气纠结起来的家乡子弟兵，在一位毫无作战经验的文人率领下，浩浩荡荡开出了仙霞关，永别了家乡，去跟凶残的征服者做最后的决战。当蔡夫人在家中听到丈夫出关的消息，长叹一声：“哪有将在内相在外而能成大事的？道周死得其所了！”
亲自上阵
黄道周出关后，又一路招募新兵，江西的义师也都赶来汇合，加起来有上万人。十月初抵达广信（今上饶），一进了广信就开坛讲学，借机募捐，又筹到了三个月的兵粮。几天之后，分兵三路，向清兵发起了进攻，一路向西攻抚州（今临川），另外两路北上分别攻婺源和休宁。这是一场在军事史上没有留下任何影响的决战。《明史》的编撰者甚至不承认这是一场决战，对整场战役的叙述只有十九个字：“由广信出衢州，十二月进至婺源，遇大清兵，战败。”仿佛是稀里糊涂在路上碰上了清兵而被收拾了的。这是一场任何军事分析家都会嗤之以鼻的决战。黄道周所面对的，并不是八旗子弟，而是洪承畴的队伍。这支以前大明最精锐的部队，掉转刀口杀向自己的族人时，一点也不比八旗子弟逊色。一方是没有受过任何军事训练的乌合之众，一方是身经百战、横扫大半个中国的劲旅，其结果如何，还没开战就已决定了。但是我们还能指望有更精彩的对垒吗？几个月前几十万南京守军不战而降，现在又有几十万正规军龟缩在关内准备几个月后不战而降，保家卫国的责任被推卸到了平民百姓肩上，这与其说是患得患失的两军交战，不如说是义无反顾的垂死反抗。婺源离得最近，这一路首先战败，随后休宁、抚州之师也被击溃，这么一来，连广信也守不住了。向朝廷求援吧，请兵不至，请饷不给，黄道周召集诸将计议：与其坐而待毙，不如倾巢而出做一决战，不能让清兵笑中国无人！婺源县令本是黄道周的门人，这时捎来一信说愿意弃暗投明当内应，不管是真是假，就再打一次婺源吧。