年羹尧死后，雍正帝生前，社会上便对年案颇多议论，不少人认为年羹尧被处死的原因和“舅舅”隆科多被幽禁死的原因一样，都是他们洞悉雍亲王与诸阿哥谋争储位的隐私，即所谓“怀疑诛忠”。此说是不无道理的。
隆科多之狱
雍正六年（1728年），顾命大臣、吏部尚书兼领理藩院事、一等公隆科多死于禁所。
隆科多，佟佳氏，满洲镶黄旗人，其先人本为汉人，佟姓。他的升官是靠与康熙皇帝的姻亲关系，康熙帝的孝懿仁皇后佟佳氏是隆科多的胞姐，父亲佟国维爵封一等公。康熙二十七年（1688年），他和许多满洲贵族子弟一样，在宫内充当一等侍卫。三十二年（1693）即做到二品銮仪使的高位。四十四年，因属下因罪被牵连，降为一等侍卫。六年以后，擢任提督九门步军巡捕三营统领，掌握了京城卫戍大权，成为举足轻重的红顶大员。
皇太子允礽被废除后，隆科多与作阿哥允禛一党的尚书阿灵阿、左都御史揆叙过往甚密，他的两个儿子岳兴阿、玉柱直接是允禛的党羽。隆科多老谋深算，城府很深，在诸皇子激烈的谋争嗣后的争斗中，一直未表现明显的倾向，因此受到康熙帝的赏识。康熙帝病危时，令隆科多在宫中侍奉。康熙六十一年（1722年）十一月十三日，隆科多和几位皇子在御榻前聆听康熙帝口谕，受顾命。
嗣皇帝胤禛即位，是为雍正皇帝。为了要坐稳东山，打击觊觎皇位的允禛、允禵诸皇子，雍正帝极力拢络掌握着京城内卫部队万余人的隆科多。首先任命隆科多为六部之首——吏部的尚书，任命他为总理大臣之一，并谕内阁：“嗣后启奏处书写‘舅舅隆科多’”。与另一位宠臣——川陕总督年羹尧一样，加太保衔，使之成为当朝正一品官。
青玉人物带佩年羹尧是雍正帝的姻亲，在藩邸时即为雍亲王心腹。因而特别受到雍正帝的器重。隆科多则不同，他是在受康熙帝遗诏顾命之时，才坚定了依附新皇帝的决心。当时，胤禛即位不但康熙诸皇子多有不满情绪，朝臣在思想感情上转弯子也需要一段时间，在这关键时刻，本来首鼠两端的隆科多，一下子变成了新皇帝的死党，甚至带着匕首侍卫在雍正帝左右，正急需用人的胤禛自然要对隆科多恩宠有加，因而形成了年羹尧在外，隆科多在内的内外夹辅局面。
雍正元年（1723年），隆科多的官运如日行中天，不但承袭了从前已被革除的一等公爵位，还担任了一些很体面的荣誉性职衔，如修圣祖实录、大清会典、明史的总裁官等。御赏四团龙补服、黄带、鞍马和紫辔，这和年羹尧的待遇一样。但隆科多显得比年羹尧老辣一些，他深知雍正帝的脾气，在烈火油煎似的权势之中看到了危机，曾说过：“白帝城受命之日，即死期将至之时。”他的行为比较谨慎，以致后来给他定罪的条款多很牵强。
正如隆科多所虑的那样，雍正帝的政权一旦稳固，他的死期也就不远了。雍正三年（1725年），年羹尧开始倒台，隆科多以与年羹尧结交，削太保，解颇有实权的步军统领之职。在奉旨办理年羹尧案中，隆科多所定的处分意见被雍正帝认为是时而畸轻，时而畸重，“确意扰乱”。不久，他被逐出朝，往阿兰善等处修理城池、开垦荒地。雍正帝谕九卿，遣责隆科多说：“朕御极这初，隆科多、年羹尧皆寄以心膂，毫无猜防，所以作其公忠，期其报效。孰知朕视如一德，伊竟有二心……朕岂能姑息养奸耶？”杀机从此透露。
雍正皇帝最先是集中力量对付年羹尧，所以只令隆科多戴罪效力，以示仁至义尽。而隆科多却很清醒地知道下场，知道皇帝有抄家的“爱好”，故尔事先把财产藏匿在亲友家和寺庙里。雍正帝治隆科多之罪与对年羹尧有所不同，并没有直接了当地从其本身下手。雍正四年（1726年），隆科多家恶仆牛伦挟势索贿被斩，隆科多坐“徇私容留”罪，被打发去料理阿尔泰等地边疆事务，并勘议与俄罗斯的边界。在这段时间里，雍正帝先后与隆科多一党的阿灵阿、揆叙等治罪，又把隆科多推荐的礼部侍郎查嗣庭以“纪载悖逆”罪斩首，还将隆科多的亲信，提供玉牒给他收存的辅国公阿布兰革爵囚禁。至此，隆科多的党羽大部分被翦除。
雍正五年（1727年）十月初五，顺承郡王锡保等尊旨具隆科多狱词：大不敬之罪五、欺罔之罪四、紊乱朝政之罪三、奸党之罪六、不法之罪七、贪婪之罪十六，共四十一款。从所拟罪恶内容看，大多数都大可推敲，一些明显是欲加之罪，何患无词。其中最多的贪婪罪十六款，历数隆科多收受贿赂银五十余万两。从当时的情况看，无官不贪，作为超品大员多年，收若干银两的贿赂本不足为奇。其它罪名更是勉强，如大不敬二：“将圣祖仁皇帝御书贴在厢房”，很难说是“不敬”；欺罔罪之二：“搜查坛庙桌下”，本来是步军统领持职权所在；紊乱朝政罪一：“妄奏诸王心变”，正是隆科多忠于雍正帝的表现；不法罪一：“任吏部尚书时，所视的是欺罔罪第一款：“圣祖仁皇帝升遐之日，隆科多并未在御前，亦未派出侍御之人，乃诡称他身带匕首，以防不测。”而另一份定隆科多罪的上谕中却说：“但皇考升遐之日，大臣承旨者，惟隆科多一人”，显然是自相矛盾的。
“舅舅”隆科多的下场比内兄年羹尧好得多，雍正五年十月，雍正帝命于畅春园外造屋三间，将隆科多永远禁锢，家产籍没，长子岳兴阿革职，次子玉柱发往黑龙江当差。翌年六月，隆科多死后，雍正帝不但赦免了他的儿子，还将其公爵让他的弟弟承袭。
中俄的《恰克图条约》
清初，沙俄政府在不断侵扰我国东北黑龙江流域的同时，也将侵略矛头指向蒙古地区。康熙二十七年（1688年），沙俄支持准噶尔部噶尔丹叛乱势力大举入侵喀尔喀蒙古，使喀尔喀各部遭到巨大失败，数十万人被迫南迁。俄军趁火打劫，向南入侵，侵占了楚库伯兴以南大片地区。中俄《尼布楚条约》签订后，两国贸易迅速发展，俄国商队频繁地前来北京，销售大量毛皮，然后购进大批丝织品、布匹、药材等运回俄国。与此同时，俄国侵略军仍不断深入侵中国蒙古地区。掠夺人口，劫掠牛羊，在中国土地上设立侵略据点，使中俄中段边界形势日趋紧张。清政府不断向俄国提出抗议，要求迅速划定两国中段边界，但沙俄政府却置若罔闻。康熙五十七年（1718年），清政府决定暂停中俄贸易。康熙五十九年（1720年），沙俄政府派特使伊兹玛依洛夫停留了三个多月，康熙帝先后接见十余次，再三向其表明中国方面的和平诚意，希望尽快划定中俄两国中段边界，以保持边界地区的安定。但伊兹玛依洛夫却始终采取回避态度，使划界问题未能解决。伊兹玛依洛夫使团回国时，清政府允许使团秘书郎克继续留在北京。郎克勾结俄国东正教驻北京布道团在京进行了大量间谍活动。同时，俄国还在中国西北地区从事侵略颠覆活动，企图诱使准噶尔部策妄阿拉布坦叛乱势力归顺俄国。清政府闻知，立刻于康熙六十一年（1722年）再次宣布停止中俄贸易，将郎克逐出北京，中俄关系再度紧张。
雍正三年（1725年）沙皇彼得一世病逝，其妻叶卡捷琳娜一世根据彼得一世生前意愿，派萨瓦·符拉迪斯拉维奇为全权代表来中国进行贸易和边界谈判。行前，沙皇政府训令萨瓦，一定要中国让出“外贝加尔区、乌丁斯克、色楞格斯克以及尼布楚等地”。雍正四年（1726年），萨瓦一行到达中国边境地区。随同前来的，包括大批测绘技术人员、东正教传教士，以及由曾在准噶尔部活动多年的巴赫尔兹上校率领的1500多武装部队。当年十一月，萨瓦等人到北京祝贺雍正帝登基，并与清政府举行边界谈判。中国方面参加谈判的有吏部尚书察毕那、理藩院尚书特古忒、兵部侍郎图理琛。事前，萨瓦通过在京的耶稣会传教士巴多明，收买了清朝大学士马齐，大量窃取清政府和谈判代表团内部机密，使中国方面从一开始就处于极其被动的地位。北京谈判未能取得任何具体协议，只讨论了一般事宜，同时商定在布尔河继续谈判。事后，萨瓦建议沙俄政府尽速加强边界地区的军事力量，企图以武力逼迫清政府接受他们的谈判条件。
雍正五年（1727年）五月，中俄双方在布尔河畔再次谈判。谈判初期，中方首席代表隆科多态度坚决，拒绝了俄方提出的无理要求。萨瓦通过马齐等人，早已十分了解清政府内幕，知道隆科多即将倒台，遂命巴赫尔兹抢占战略要地，公然以武力威胁中国。六月中旬，雍正帝撤销隆科多首席代表职务，派额驸策凌、伯回格会同图理琛继续谈判。最后，中方接受了俄方提出的全部要求，于是年七月十五日与之签订中俄《布连斯奇条约》，将恰克图以北大片领土让给了俄国。《条约》规定：自额尔古纳河沿布尔古特山等处至博木沙鼐岭（即沙宾在巴哈）为两国边界；以恰克图为互市场所。萨瓦等喜出望外，不等边界正式划定，就迫不及待地在恰克图一带修筑塞，陈兵设防，侵占中国领土。
《布连斯奇条约》签订后，中俄双方派出界务官，沿边界线设置界桩，具体勘定了整个中俄中段边界。九月初九日，双方订立了《阿巴哈依图界约》，确定从恰克图向东至额尔古纳河的边界；九月二十四日订立《色楞格界约》，确定从恰克图向西至沙宾达巴哈的边界。
雍正六年（1728年）五月十八日，中俄双方在北京、布尔河谈判的基础上，再次签订《恰克图条约》，共十一款。该条约最终确认了前此各个条约的一切条款，对中俄之间在政治、经济、宗教等各方面的关系作了具体规定。主要内容如下：确认《布连斯奇条约》规定的中俄中段边界；重申“乌第河及该处其他河流既不能议，仍保留原状”，双方均不得占领这一地区；俄商每三年可到北京贸易一次，人数不得超过二百，此外可以在尼布楚、恰克图通商；俄国可以派东正教传教士三人来北京，可以在北京俄罗斯馆内建立东正教堂；清政府接受俄国学生来北京学习中国语文；而后对两边挑犯双方皆应负责查办，并送交各自边界官员。
《布连斯奇条约》和《恰克图条约》的签订，使中国从法律上丧失了北部边境大片领土，并使沙俄获得了贸易和传教的权力，但划定了中俄中段边界也基本上遏止了沙俄对中国蒙古地区的进一步入侵，缓和了两国之间的紧张局势。在条约签订后的相当一段时间里，中俄两国边界保持稳定。
军机处的设立
清初承明朝旧制，“章疏票拟，主之内阁。军国机要，主之议政处”。至雍正年间，因与准噶尔部作战，往返战报频繁，而内阁距内廷过远，不能亲授机宜，为紧急处理西北军务，始左隆宗门内设立“军需房”，亦称“军机房”。挑选内阁中谨慎可靠的官员办理机密事务。雍正七年（1729年），任命怡亲王允祥，大学士蒋廷锡、张廷玉办理事务。次年添设军机章京。雍正十年（1732年）三月，大学士等奏请，军机处办理密行事件所需钤封印信用“办理军机印信”字样，移交礼部制造，并说明“贮办理军机处”。自此“军机房”改称“办理军机处”，简称“军机处”。军机成立的确切日期官书无记载，《清史稿·军机大臣年表》记雍正七年即有军机大臣，下注“六月始设军机房”；《光绪会典事例》卷一○五一中乾隆四十八年（1783年）上谕追述军机处设立于雍正八年（1730年），曾任军机章京的梁章钜在《枢垣记略·自序》中也持此说；现存军机处档案亦始自雍正八年。
军机处初设时所掌仅限军事，其后事权逐渐扩大，总职掌为“掌军国大政，以赞机务”，具体职权则既重要，又广泛。其作为皇帝私人的工作班子，直接听命于皇帝，“常日值禁廷以待召见”，拟定皇帝发布的谕旨，办理皇帝交议的大政，审办大狱案件，奏补文武官员，考查行军之山川道里与兵马钱粮，查考大典礼旧案与考证历史事件等等。并兼管方略馆和内翻书房。所谓“军国大计，罔不总揽”。且在京各衙门，唯军机处不在十五道稽察之内。故此，军机处在清代国家机关中，虽居于内阁之下，其实权却已超越内阁。军机处的设立，实质在于分内阁之权，以利于皇帝集权独裁，是为统治者加强君权的一种措施。
军机处值房军机处作为封建专制主义中央集权高度发展的产物，其特点为处理政务迅速而机密，但自身无独立性。军机处起草的谕旨，先下内阁，以次及于部院，层层下达者称“明发”；不经内阁，由军机处封缄严密，驿马传递，直达督抚者为“廷寄”，其主要传送重要机密事件，据缓急分为日行三、四、五、六百里或八百里。地方督抚的奏折亦直接送军机处直达皇帝。“廷寄”制度的建立，使皇帝的意志得以毫无阻碍直达地方，进一步加强了中央和地方的联系。军机处为办理机务，承写密旨之地，关防严密。皇帝召见军机大臣时不许太监在侧；部院大臣不得擅入军机处，即使高级王公大臣，非奉特旨亦不准进入军机值房；军机大臣不得私自交接外住官员；为防止泄漏机密，不准使用书吏办事，洒扫杂役人员亦选自内务府童子，至二十岁即换出。军机处虽然地位显赫，但须绝对听命附属于皇帝，没有丝毫独立行动和决策的余地。军机处的组织形式也很特别，既无官署，又无专官，亦无属吏，为非独立、非正式的衙门。