当魏忠贤的阉党把明朝朝政闹得乌烟瘴气的时候，后金大汗努尔哈赤正不断在辽东进攻明军。萨尔浒大战以后，明王朝派了一位老将熊廷弼出关指挥辽东军事。熊廷弼是个很有才能的将领，可是担任广宁巡抚的王化弼却认为熊廷弼出关，影响了他的地位，千方百计阻挠熊廷贞的指挥。公元1622年，努尔哈赤向广宁进攻，王化贞带头逃进关内。熊廷弼无法抵御，只好保护一些百姓退到山海关内。
广宁失守，明王朝不分青红皂白，把熊廷弼和王化贞一起打进大牢。魏忠贤趁机向熊廷弼敲榨勒索，要熊廷弼拿出四万两银子，才免他死罪。熊廷弼是个正派人，哪来这些钱，当然拒绝。阉党就诬陷熊廷弼贪污军饷，把他处死。
明王朝杀了熊廷弼，派谁去抵抗后金军呢？掌管军事的兵部衙门正在着急。恰恰在这个时候，主事袁崇焕忽然失踪。衙门里的人找到他家里，家里的人也不知道他的去向。过了几天，袁崇焕才回来，原来他看到国事危急，单独一个人骑着马到山海关外视察去了。
袁崇焕详细研究了关内外的形势，回来向兵部尚书孙承宗报告，并且说：“只要给我人马军饷，我能负责守住辽东。”
一些朝廷大臣正被后金的攻势吓破了胆，听袁崇焕自告奋勇，也都赞成让袁崇焕去试一试。明熹宗批准给他二十万饷银，要他负责督率关外的明军。
关外经过几年战争，一片荒凉，遍地都是死亡兵士的尸骨，加上冰天雪地，野兽横行，环境十分艰苦。袁崇焕出关后，带着几个随从兵士，连夜在荒野上骑马奔驰，天没亮就到了宁远的前屯。他在那里收容难民，修筑工事。那里的将士对袁崇焕的勇气和毅力，没有一个不钦佩的。
袁崇焕在关外，经过一番实地考察，决心派兵进驻宁远，在那里修筑防守工事，他把他的主张报告朝廷后，立刻得到孙承宗的支持。
袁崇焕在宁远筑起三丈二尺高、二丈宽的城墙，装备了各种火器、火炮。孙承宗还派了几支人马分驻在宁远附近的锦州、松山等地方，声援宁远。
袁崇焕号令严明，受到军民的爱戴。关外各地的商人听说宁远防守巩固，从四面八方拥到宁远来。辽东的危急局面很快扭转过来。
正当孙承宗、袁崇焕守卫辽东有了进展的时候，却遭到魏忠贤的猜忌。魏忠贤唆使阉党说了孙承宗不少坏话，孙承宗被迫离职。
袁崇焕像魏忠贤排挤了孙承宗，派了他们的同党高第指挥辽东军事。高第是个庸碌无能的家伙，他一到山海关，就召集将领开会，说后金军太厉害，关外没法防守，要各路明军全部撤进山海关内。
袁崇焕坚决反对撤兵，他说：“我们好容易在关外站稳脚跟，哪能轻易放弃！”
高第硬要袁崇焕放弃宁远。袁崇焕气愤地说：“我的职守是防守宁远，要死也死在那里，决不后撤。”
高第说不服袁崇焕，只好答应袁崇焕带领一部分明军留在宁远，却下命令要关外其他地区的明军，限期撤退到关内。这道命令下得十分突然，各地守军毫无准备，匆匆忙忙地退兵，把储存在关外的十几万担军粮丢得精光。
努尔哈赤看到明军撤退的狼狈相，认为明朝容易对付，公元1626年，他亲自率领十三万大军，渡过辽河，进攻宁远。
那时候，守在宁远周围几个据点的明军都已经撤走，宁远城只剩下一万多兵士，处境十分孤立。但是袁崇焕并不气馁。他咬破指头，写了一份誓死抗金的血书，给将士们看，并且说了一番激励大家的话。将士们听了，都感动得热血沸腾，纷纷表示一定跟着袁将军一起死守宁远。
接着，袁崇焕就命令城外百姓全部带了粮食、用具撤进城里，把城外的民房烧掉，叫后金军队来了没有粮食和掩体。他向城里的官员分派了任务，有的管军粮供应，有的清查内奸。他还发信给山海关的明军守将，如果发现宁远逃回关内的官兵，要他们就地处斩。这几道命令一下，宁远的人心都安定下来，大家除了一心一意守城杀敌之外，没有别的念头。
过了二十来天，努尔哈赤带领后金军气势汹汹地到了宁远城下。大批后金兵士头顶盾牌，冒着明军的箭石、炮火，猛烈攻城。明军虽然英勇抵抗，但是后金兵倒下一批，又来一批。在这紧急的关头，袁崇焕下令动用早就准备好的大炮，向后金军发射。炮声响处，只见一团火焰，后金兵士被轰得血肉横飞，留下的也被迫后撤。
第二天，努尔哈赤亲自督战，集中大股兵力攻城。袁崇焕登上城楼望台，沉着地监视后金军的行动。直等到后金军冲到逼近城墙的地方，他才命令炮手瞄准敌人密集的地方发炮。这一炮使后金军受到更大伤亡。正在后面督战的努尔哈赤也受了重伤，不得不下令撤退。
袁崇焕听到敌人退兵，就乘胜杀出城去，一直追赶了三十里，才得胜回城。
努尔哈赤受了重伤，回到沈阳，跟他的部下说：“我从二十五岁以来，战无不胜，攻无不克，没想小小的宁远城攻不下来。”他又气又伤心，加上伤势越来越重，拖了几天，就咽了气。他的第八个儿子皇太极接替他做了后金大汗。
魏忠贤专权
魏忠贤初名进忠，河间肃宁人。少年时无赖，专好吃喝嫖赌，家财败尽，生活无依，于万历十七年（1589年）入宫，隶属于司礼监掌东厂太监孙暹。时熹宗为皇太孙，魏忠贤求为皇太孙母王才人掌管膳，也皇太孙照顾负责皇太孙的吃喝玩乐，深得皇太孙的欢心。魏忠贤深夜入宫，精心为皇太孙母办膳，是由魏朝引见的。魏朝是大太监王安属下，王安主持一宫之事，魏朝尽在王安面前表彰魏忠贤，故王安也很善视魏忠贤。魏朝初与太孙乳母客氏私通，即所谓“对食者”。然而，魏朝一方面侍候王安，又一方面又要侍奉太孙，忙碌不堪。魏忠贤乘间也与客氏私通。客氏，系定兴民侯二之妻，18岁进宫，20岁而寡，生一子名国兴。光宗登基，册立太孙为东宫，魏忠贤为太子典膳，全凭客氏之力。魏忠贤得益于魏朝，两人结为兄弟，都与客氏私通。熹宗即位刚数月，一日夜，魏忠贤与魏朝在乾清宫暖阁争抢拥抱客氏，两人大骂特骂，又打又拉，吵闹声远近以闻。时皇帝已寝，声达御前。官司打到皇帝前，都跪御榻前，听皇帝之令。因客氏厌恶魏朝儇薄，喜欢魏忠贤憨猛。熹宗皇帝由乳母客氏养大，故顺从乳母之意。从此，魏忠贤改了圣旨发落魏朝于凤阳，缢杀。从此客氏为忠贤专有。两人相结极深，后酿成魏忠贤专权乱政、尾大不掉之患。
熹宗即位后不久，大太监王安见忠贤不断侵权，想重重的惩罚他。忠贤亦视王安为自己进行专权的最大障碍，于是凭借他善于拍马逢迎，极得熹宗的欢心的优势，在天启元年（1621年）八月，将王安矫杀。熹宗对忠贤、客氏都很宠爱，不足一月，封客氏为“奉圣夫人”，其子侯国兴、弟客光先以及忠贤兄魏钊均为锦衣千户。忠贤本来目不识丁，按例不能当任不当任司礼，由于客氏之力，成为司礼监秉笔太监。司礼监在明朝宦官机构二十四监中居于首位，而司礼监秉笔太监权势极重，太监能代替皇帝批答臣下奏章，向外朝传达皇帝旨意，既掌握最高机密，又便于假借皇帝之命干预朝政。后来魏忠贤又提督特务机构东厂，让他的大爪牙、“五彪”之一的许显纯掌握锦衣卫，还在北京宫内创立“内操”，建立一支由万余名宦官组成的武装，其党羽盘踞其中，使人不寒而慄。东厂和锦衣卫都是直接听命于皇帝的专门从事侦缉刑讯的军事专政机构。魏忠贤每日引熹宗皇帝在宫内宴戏作乐，倡优声伎，或到郊外玩狗马射猎。他又同熹宗乳母客氏狼狈为奸，利用熹宗昏庸而无能，窃取了皇帝最高权力。
魏忠贤矫杀大太监王安后，更为骄横。反东林党的各党官员看到魏忠贤大权在握，纷纷投靠魏忠贤，以魏忠贤为首的宦官与反东林党结合成了极端反动的阉党，这使明朝在明末出现了最黑暗最残酷的反动统治。魏忠贤在内阁、六部和外地总督、巡抚中遍植死党，“内外大权，一归忠贤”。大学士顾秉谦、阁臣魏广微等，对忠贤毕恭毕敬，如同奴仆，卑躬屈膝到了极点。有的朝臣路遇魏忠贤，在道旁拜伏于地，连连高呼“九千岁”。在北京城内、郊外以及全国许多府州县，到处为他建立生祠，如北京崇文门内立广仁祠，宣武门外立茂动灬祠，芦沟桥立隆恩祠，通州立怀仁祠，通州、昌平立崇仁祠和彰德祠，密云立崇功祠，苏州立普惠祠，杭州立普德祠，陕西立祝恩祠，四川立显德祠，杨州立沾恩祠，河南立戴德祠，湖广立隆仁祠，大同立嘉德祠等。不同意给他立生祠的官员，竟被逮捕入狱，惨遭毒打。魏忠贤的爪牙遍及全国，无处不有，其中最为凶狠险毒的有所谓“五虎”，是阉党的武臣干将，即崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕等，崔呈秀又为其首；还有所谓的“五彪”，是阉党的武臣干将，即田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元，许显纯又为其最凶者。还有所谓“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等，这些都是他专政乱政的得力心腹。在京师内外，有宫城内外，遍布魏忠贤的密探，有人背后或私下说魏一句坏话，被密探听到，立刻就会被逮捕，并进行严刑拷打，甚至遭到割舌头、挖眼睛、剥皮的酷刑。魏忠贤篡权乱政，采取了一整套军事的、特务的残酷手段，造成有明一代极端恐怖而黑暗的统治。
东林党人反对阉党的斗争，最初是限于弹劾追随魏忠贤的爪牙和阁臣，忠告熹宗不要受魏忠贤和客氏的蒙蔽。而魏忠贤及其死党，对不肯依附于他们，办事力主清廉的东林党人，则力加排挤和打击。在他的策动下，天启二年（1622年），刑部尚书王纪、大学士刘一燝、礼部尚书孙慎行、左都御史邹元标、副教御史冯从吾等人，被迫辞职。天启四年（1624年）三月，东林党人黄尊素在奏疏中不指名地揭责魏忠贤与客氏勾结，将会引起亡国之忧。魏忠贤为此大怒，决定要处以廷杖，幸韩火广相救，改为夺俸一年处分，才算了事。此年六月，左副都御史杨涟疏提出了魏忠贤二十四大罪，把反魏斗争推向了高潮。
杨涟在疏中指出：“忠贤原一市井邙赖人耳。中年净身，夤入内地。初犹谬为小忠小信以得恩，不久就为大奸大恶以乱政。”其主要罪状有：自魏擅权后，皇帝旨意多由他传达，或“径自内批”，破坏了自明朝建立以来二百多年的“祖制”。凡不听从于魏的清廉正直官吏，一概排斥、打击，不容盛时有正色立朝的直臣。害死秉性贞静、不肯附己的嫔妃，如将光宗选侍赵氏赐死，裕妃张氏方姙，魏与客氏勾结，谮于熹宗，将其饿死；革成妃李氏封；皇后张氏娠，客氏以计坠其胎，使帝从此无子。他执掌东厂，到处逮杀百姓，竟把不肯杀人媚人、不善罗织兴狱的比较正直的官员削职为民。对魏家子侄滥加封赏，如魏良弼、魏良材、魏良卿等，五侯七贵，甚至连乳臭小儿也封侯赐爵，如封魏鹏翼为安平伯、鹏翼仅二岁，封魏良栋为东安侯、良栋时仅三岁。二三岁小子，口皆乳臭，竟被封侯、伯，实为历史笑柄。魏忠贤出外，竟然僭用皇帝仪仗，“俨然乘舆”，故驾驷马，羽幢青盖，夹护环遮，好不威风。在宫内组织万人武装，钲鼓之声喧阗宫禁，使识者寒心。等等。魏党的这些逆迹，臣下都畏祸而不敢揭，外庭又皆观望而不敢言，既使有时内廷奸状有所败露，由客氏向熹宗掩饰。杨涟进一步深刻地指出，魏忠贤篡夺皇权竟然达到这样的地步：宫廷之中，知有忠贤不知有皇上；都城之内，知有忠贤不知有皇上。”“宫中、府中、大事、中事，无一不是忠贤擅权，反觉皇上为名，忠贤为实”。杨涟坚决要求严惩魏忠贤，“以正国法”，把客氏逐出内宫，“用消隐忧”。
继杨涟上疏者，又有给事陈良训、魏大中、万燝、周之纲等，御史袁化中、周宗建、李应升、黄尊素等，科道徐宽卿等，兵部尚书赵彦，吏部郎中邹维涟等数十人，不下百余疏，先后申奏，或专或合，无不危悚激切，严惩魏忠贤。此年八月，明朝最高学府国子监祭酒礼部右侍郎蔡毅中及其全监师生千余人，也纷纷上疏，一致要求弹劾魏忠贤。由于熹宗昏庸已极，魏忠贤仍然继续掌权，他为了报复那些上奏弹劾他的人，首先从屯田司郎中、东林党人、奏劾者之一的万燝开刀，指使群阉将万燝从家中拖出，活活杖死。由于当时的东林党人，在朝中还有一定权力，所以他还不敢立即向东林党人进行大规模的屠杀，只是以杀万燝，树其阴威。
天启四年（1924年）七月，在阉党的排斥打击下，首辅叶向高被迫辞职。十月，吏部尚书赵南星和左都御史高攀龙要惩办犯了贪脏罪的御史崔呈秀。崔连夜找到魏忠贤向他求救，当场求魏收他为养子，不久崔呈秀就成魏贼集团的“五虎”之首。他在魏前说：“高攀龙、越南星皆东林，不除去南星、攀龙等，吾辈未知死所。”接着，魏忠贤斥责高、赵两人“朋谋结党”，矫旨将他们削官回籍。十一月，魏又捏造罪名，把东林党人杨涟和佥都御史左光斗削职为民。在魏的威迫下，首辅韩火广也被迫辞职。同月，督师山海关的大学士孙承宗要入京觐见皇帝，阉党一方面阻止他入京，一方面又攻击他，使孙只好于第二年辞职。至此，东林党人基本上被剥夺了参预朝政的权力。