中国古代中医成功地把五行理论巧妙地运用于医学领域，以五行辩证的生克关系来认识、解释生理现象，适应内部自然规律用于养生，掌握人体运行机制以防病、治病，取得了丰富的经验和成果。
原始的五行物质元素说上升为五行学说之后，基本上已经不是单纯地指五种物质本身，而是作为事物属性的抽象概念来应用了。
首先，中医将事物的性质与五行的特性进行类比，如事物与木的特性相类似，则归属于木；与火的特性相类似，则归属于火。如以五脏配五行，由于肝主升而归属于木，心阳主温煦而归属于火，脾主运化而归属于土，肺主降而归属于金，肾主水而归属于水。
肝属于木，肝主筋并开窍于目，因此筋和目也归属于木；心属于火，因此脉和舌也属于火；脾属于土，因此肉和口也属于土；肺属于金，因此皮毛和鼻也属于金；肾属于水，因此骨和耳也属于水。
五行学说认为属于同一五行属性的事物都存在着一定的联系，如方位的东和自然界的风、木以及酸味的物质都与肝有关。
中医用五行说明脏腑的生理功能与相互关系，如肝喜条达，有疏泄的功能，有木生发的特性，因此以肝属木；心阳有温煦的作用，有火的特性，因此以心属火；脾为生化之源，有生化万物的特性，因此以脾属土；肺气主肃降，有清肃、收敛的特性，因此以肺属金；肾有主水、藏精的功能，有润下的特性，因此以肾属水。
在五行之间存在着相生、相克的联系。所谓相生，即相互滋生、促进、助长之意；所谓相克，即相互制约、克服、抑制之意。生克是五行学说用以概括和说明事物联系和发展变化的基本观点。
中医用五行说明人体脏腑组织之间生理功能的内在联系，如肾（水）之精养肝（木），肝（木）藏血可以济心（火），心（火）之热可以温脾（土），脾（土）化生水谷精微可以充肺（金），肺（金）清肃下行可以助肾水。这是五脏相生的关系。
肺（金）气清肃下降，可以抑制肝（木）阳的上亢；肝性条达，可以疏泄脾（土）的壅郁；脾（土）主运化，可以制止肾水的泛滥；肾（水）主滋润，可以防止心火的亢烈；心（火）主阳热，可以制约肺（金）清肃得太过。这就是五脏相克的关系。
在我国传统文化中，中医理论是阴阳五行成功运用的典范。它不是把人体的器官看成个体的独立系统，而是用阴阳五行学说把它们巧妙地、有机地联系起来，从而形成了完整的中医理论。一个成功的中医本身就是一个阴阳家，如名医扁鹊巧妙地利用中医完整的阴阳理论，精于望诊。在中医看来，人体外为阳，内为阴；表为阳，里为阴；背部为阳，腹部为阴；五脏心、肝、脾、肺、肾为阴，六腑胆、胃、大肠、小肠、膀胱、三焦为阳；五脏为阴，五情喜怒悲忧惊为阳。
当年，扁鹊路过蔡国都城时，见到蔡国国君蔡桓公气色不好，就断定他体内已经生病，便直言不讳地对他说：“主公有病在肤表，如不速治，病情会加重的。”蔡桓公听了，不以为然地说：“我好好的，有什么病啊？”扁鹊见他不听医嘱，只得走了。这时，蔡桓公对左右的人说：“凡是医生都是贪图名利的。他们没有本事，就把没病的人当有病的人来治，借以显示本领，窃取名利。”
过了五天，扁鹊又来见蔡桓公。观察一番之后，扁鹊对蔡桓公说：“主公的病已经到了血脉，如果不抓紧治疗，病情会加重的。”
蔡桓公听了这话，很不高兴，根本没把扁鹊的话放在心上，扁鹊只得无言而退。
又过了五天，扁鹊又来见蔡桓公。经过细致的观察，扁鹊严肃地对蔡桓公说：“主公的病已经进入肠胃，再不治就没救了！”
蔡桓公听了这话，十分生气，没理睬扁鹊的话。
等到扁鹊第四次来见蔡桓公时，只看了一眼就慌忙跑开了。
蔡桓公见扁鹊不理他，就派人询问原因。扁鹊回答说：“病在肤表，用汤熨可以治好；病入血脉，用针灸可以治好；病到肠胃，用酒剂也能治愈。如今主公的病已经深入骨髓，再也无法医治，我只好走开了。”
果然如扁鹊所言，五天后，蔡桓公病重而死。
扁鹊精通阴阳，熟知表里，因此能瞧病于初起之时。