1928年上半年，周恩来似乎不知不觉地陷于忧郁之中，尽管他的身体在香港已经康复，现在又回到了他久已熟悉的地方上海，同党的新领导人也明显和好了，而且还同他的妻子重新团聚了。在过去的一年中，他曾完全错误地估计了蒋介石，从而使上海工人面临一场令人震惊的大屠杀。以后，他按想法干，摆脱了俄国顾问的束缚，并组织了一次大规模的武装暴动，但由于领导人的优柔寡断和错误地估计了对手，这次暴动最终一事无成。周恩来本来应该成为党的领导人，然而受惠的却是别人。这可能有某些更为深刻的原因。
这时，中国共产党第一次在国外举行代表大会。然而，中国同志虽轻松地不再受国民党的折磨，但在俄国人的监督下却受到更大的折磨。甚至政治局候选人的名单也是由布哈林提出的。
党的情况不好，由于党员人数下降而士气低落，由于同国民党决裂而迷失了方向。它决心暂时放弃推翻国民党的尝试，集中精力在农村搞游击战和在城市搞地下工作。周恩来有先见之明地告诫别人，如果他们在农村地区征兵，他们就必须同农民旧思想的腐朽影响作斗争。但是如何才能把领导人团结起来呢？在莫斯科代表大会上出现了许多集团和派别：工联主义者、象毛泽东这样的面向农村的红军领导人、青年团集团、托洛茨基派，最后还有当时三位承担主要压力的领导人李立三、瞿秋白和周恩来。人们也许曾预期在南昌大失败的责任问题上会发生某些争吵，但这却是一次和解的代表大会。三位“出名的”领导人同意相互容忍，而不让未受过良好教育的农民或工人领导的新敌对派别有钻空子的机会。三位领导人不信任这些人的非知识分子成份。
经过妥协，一个来自上海实际上并不知名的工联主义者、船工领袖成了总书记。但实际工作是由李立三和周恩来分担的。周恩来决定充当李立三的“得力助手”，工作上与之紧密配合，使党和共产主义事业得以在中国振兴，但让李居于更高的正式职位。
他们组成了一个很好的班子，正如他们在法国时那样。周恩来温文有礼，李立三有如此雄辩的才能，而且，他们对中国的需要具有相同的理性上的洞察力。他们也许有一个默契，尽管俄国的帮助对中国党是必不可少的，但莫斯科影响中国同志的行动这一点精明的手段减少到最低限度。
但是，周恩来前一年的错误并没有被完全放过。象其他领导人一样，他不得不硬着头皮听布哈林的训话。这位俄国人宣称，“周恩来同志，你是负责中国党的军事事务的。你应该能比较精确地估计你们人员的实力。如果你做到了这一点，那就不会遭受这么多的灾难，不会如此盲目地求助于武装暴动。”
但这位俄国人没有想让他为自己辩护，他转而平心静气地斥责坐在周旁边的瞿秋白。
周恩来和他的妻子1928年的大部分时间是在苏联度过的，他们于年底回国。现在他让李立三负责处理他们的共同工作，而周恩来自己则不受干扰地从事改组党的巨大任务。他是带着许多关于秘密警察的俄国式新思想回国的，秘密警察可以在今后艰难的岁月中保护他的同志们。为此，他现在组织了一个特别机构，并任命在上海暴动中他的黑社会上级、声名狼藉的顾顺章来负责。
1929年夏天，当李立三在军事战略和没收土地问题上同他分裂时，他的建立一个稳定领导的希望破灭了。在9月一次党的会议上，这两个人不断争吵。船工领袖回忆说：“我一直充当他们的调停人。”这位领袖在名义上是党的负责人，但这是他力所不及的。
周恩来对党背离马克思主义的危险感到关切。特别是第四军表现出“各种非无产阶级思想，如单纯军事观点、流寇思想、军阀主义残余。”由周恩来授意的，并于9月发出的中央委员会致第四军的信，对问题作了充分的说明。周说：“红军中右倾思想如取消观念、分家观念、离队观念与缩小团体倾向，极端民主化，红军脱离生产即不能存在等观念，都非常错误，毕源于同志理论水平低，党的教育缺乏。这些观念不肃清，于红军前途有极大危险，前委应坚决以斗争的态度来肃清之。”
在井冈山，毛泽东显然是具有领导潜力的人物，而希望两方面都能满意的周恩来指示他不要发脾气，并出来按这些路线领导改组第四军。他命令别人来模仿毛的井冈山。并在一份红军的通告中写道：“在这里可以找到许多宝贵的经验，而且这些经验在中国是独一无二的，在此之前是见所未见、闻所未闻的……所有党支部和全国各红军部队必须学习这些经验。”
周恩来同李的争执恶化了。有勇无谋的李现在想要准备一次红军对政府军的总攻。1929——1930年的冬天，这两个人每天都就此进行争论。李越来越被他自己作为“中国的列宁”的个人威望所迷惑了。与这种妄自尊大相对照，周恩来既不关心个人的权力，也不关心个人的声誉。他只关心所能做的事情的实质，这就是为什么他不反对李的党的领导地位和为什么他能在权力空间中生存如此之久的原因。
1930年初，周恩来从他的上海秘密总部建立起一个异常强大的军事支持网，这种支持来自各省由许多忠于他的指挥员所指挥的部队。麻烦的是，中央委员会中他那些热情奔放的同志们过快对他的军事组织计划寄予了过多的希望。纯粹出于实际原因，周恩来不得不放慢军事集结，并把红军指挥权的集中弄得模糊不清。这两个方面都使李立三感到失望，他要求直接向军队下命令，要他们准备好对大城市进行另一轮攻击。而周恩来的稳健也许很好地使党和红军避免了分裂。
可以说，周恩来在抛弃了李立三主义的夺取大城市的战略之后，现在正向毛泽东靠拢。毛在江西的形势和政策很快被证明是共产党夺取政权的最好途径。作家韩素音提出了这样的论点：这不是小看富有天才和献身精神的周恩来，以及他在领导南昌起义和后来汕头起义时所表现出来的巨大个人勇气、事业心和献身精神……但是，冲击城市的行动，不管意义有多么重大，并未导致党和军队的重新改建。
1930年初夏，周恩来再次被召到莫斯科，朋友们把这看成是最后提出要给他们“冕”。他一下火车就立即被想了解中国情况的俄国人包围了。由于感情容易冲动的文学家瞿秋白和歇斯底里的蛊惑人心者李立三现在已失去了信任，周恩来就被当作中国唯一的明智和老练的布尔什维克领导人而受到他们的尊敬。7月，周恩来应邀向苏联党代表大会发表讲话——这是少有的荣誉，而且是第一次给中国人以这种殊荣。在他的讲话中，他详细讲述了中国革命形势发展的“不平衡”和农民与城市工人之间的“不协调”。共产国际在一个新的指示中全部重述了这些话，只删掉了他煽动性的断言即“中国革命运动的新高潮已经成为无可争辩的事实！”——这一宣言对李立三是一个让步。
周恩来沉浸在莫斯科的欢迎之中。一位同志回忆说：“斯大林对他非常欣赏，赞扬他在处理军事和情报工作方面的一贯优良成绩，并夸奖他的才能和政治眼光。”他同克里母林宫负责中国事务的新人巴甫尔·米夫相处得很好。
李立三在国内正忙着往自己的脖子上套绞索。他制订了另一个在俄国军事帮助下夺取大城市的富有迷惑力的计划，并命令第四军去攻打长沙作为开端。第四军这么做了，但未能守住这个城市。
8月底，周回到中国，他得到了俄国人的充分信任。俄国人指望他9月在上海举行的中央委员会会议上改组中国党的领导。瞿秋白正在筹备这次会议，但没有周，他不敢着手。曾设想在这次会上将向李立三摊牌的同志失望了。瞿是会议主席，而周带着他的一贯特性成为第二把手。他们两人都没有真正谴责李立三，而把他的错误看作是策略上的错误，他们提出了一份报告，指责李“过高估计了局势的发展速度”。
结果是密切了党的团结，李立三仍是最高领导人。会议通过了一项决议，其中引用了一句李的主义即：“新高潮”的到来是无可争辩的。这句话，周曾在莫斯科重述过，但在决议的俄文本中却被俄国人删掉了。然而，为了安抚共产国际，周设法任命新近回国的、俄国人训练出来的“二十八个布尔什维克”集团的领导人王明担任这项高级职务。
周还使汇集在上海的代表们确信，他们同共产国际并无不和之处。当中国领导人筹划南昌和上海起义时，共产国际在原则上并未反对，只是“反对在今天或明天马上起义”。换句话说，中国中央委员会由于“在程度上和速度上”过高估计了革命的发展，仅仅犯了“个别的策略上的错误”。象往常一样，俄国人错误地判断了中国人在外国批评面前保持团结一致的本能。
周接着作了他著名的少山报告，赞赏者把这一报告视为党发展中的一个主要文件。在这一广泛分析中国共产党人所面临的国内形势的报告中，他首先论述了同共产国际分歧的性质。他争辩说：“今天尚没有全中国客观革命形势，也就是在今天尚不是全国的直接武装暴动的形势。”“中央的错误，是否路线上和国际不同呢？完全不是的。路线上没有什么不同的”，当然，中国中央委员会犯了一些错误。
“我自己也犯了错误。三个月来的工作总结，我们是接受国际批评，指出立三同志在思想上多负责一些，但不能允许任何同志的挑拨，如孟雄同志那样说‘立三主义’等话，同样在检查工作中，也是以集体精神来执行自我批评的。”
这使周恩来有机会把注意力从李身上转移到批评李的人的不当手法上去。
但在周的报告中有大量的东西都是积极的。关于富农问题——是没收他们的土地，还是保住他们的亲善——他宣称：
对富农有两种左倾毛病，在经济方面没收富农的土地，在政治上杀尽富农，这不但不应如此对待富农，在目前这样做，更加要动摇中农的……但今天决不能使中农离开我们。