不甘寂寞的陈独秀，出狱后仍想再干一番事业，然而，命运之神好像专门同他作对似的。他从南京到武汉后，北大学生、国民政府教育次长段锡明、陈钟凡向武汉大学校长王抚五推荐他去教书，而王抚五又是他的好友，当即应允欢迎他去武大任教，他拒绝了，并说：“抚五与我至好，武大不便聘我教书，我所学亦无以教人。”与此同时，托洛茨基和中国托派建议他去美国。他也拒绝了，他说：
“鄙人决不去美国。一是身体不好，二是像我这样的人物，国民党正式批准让其出国赴美，成功机会绝对没有的。”
托派王文元等人还劝他去香港，以便摆脱国民党对他的严密监视，他也不愿意。他说：
“我们拥护与参加抗战，就无论如何得留在抗战地区，利用人家不得不给我们的合法身份来公开批评；一去香港便自动放弃了这个身份。”
一条又一条出路被他堵塞之后，他不禁万分感叹，问苍茫大地，出路何在……
时局发展到1938年下半年，日军日益逼近武汉，形势十分险恶，日机轮番轰炸武汉三镇，造成一片惨景。
陈独秀正好住在武昌被炸区附近，每次轰炸，他和夫人潘兰珍就像在南京监狱时一样，老夫少妻紧抱着躲在客厅方桌之下。空袭之后，他目睹日机屠杀中国人民之惨状，怒火中烧。日本飞机、炸弹炸掉了他们这对老夫少妻庭院的平静生活。与此同时，国民政府迫于形势，从武汉又迁都重庆，随之大批难民又蜂涌重庆。此时，陈独秀的故乡安庆，亦已沦陷，他的养母谢氏及其三子陈松年一家，已先行入川避难。武汉告危，战火燃至眉头，他不得不改变何之瑜陪徐特立到武汉调解所谓“日特汉奸”事件时邀他去长沙岳麓山下专心著文字学的主意。他在致贺松生的信中说：
“湖南非乐土，城市将难免为战区，乡间亦不无土匪侵害，故决计入川也。”
陈独秀四海为家，浪迹人间，多年的政治生涯从工作以至衣食住行，大都是由党的组织给予安排和照顾。走南闯北，所到之处，均无须他为衣食住行操劳，有吃有住有车坐，还有秘书为他服务。然而，他离开了党的组织，就如同断了脊梁骨。1927年他潜回上海后，秘书黄文容离开他到郑超麟部下工作去了，中央再没给他派秘书。身边少了秘书这根拐杖，他的生活一下子乱了套。没人张罗吃饭，他就饥一顿饱一顿；没人催他换衣，他就不换，衣服穿得既脏又臭，也不知道脱下洗洗。不到一个月，他就把自己糟践得胡子拉碴，蓬头垢面，让当年西服革履的绅士风度荡然无存。现在一切事无巨细都得自己过问料理，许多事都还得靠朋友帮助解决，离开了朋友，寸步难行。他的夫人潘兰珍缺乏主见，一切都听从他的，对于她来说，精心照料陈独秀乃是她的天职，她对陈独秀可说是无限忠诚，默默奉献，无一点怨言。陈独秀几经人间沧桑之后，对“决计入川”思前想后，慎之又慎，并再三征询友人的意见。
一天，他应邀参加一次宴会，适逢当年支持国共合作的民主人士章伯钧、重庆《新蜀报》主编周钦岳等在场。故友相见，难免寒暄一番。席间章伯钧问陈独秀：
“仲甫先生，你积极宣传抗日，各界人士欢迎。当前武汉形势恶化，不知仲甫先生有何打算？”
“伯钧先生，积极宣传抗日，乃是鄙人应尽的微薄之力，也是一个中国人应做的事。鉴于武汉之形势，鄙人决计入川去重庆，在抗战大后方再做点力所能及的事。伯钧和钦岳先生，你们看怎么样？更望能得旧友的支持和帮助，重庆那儿人生地不熟。”
“钦岳先生，仲甫入川，你看怎么样？”章伯钧问周钦岳。
“仲甫先生入川，鄙人表示欢迎。”
“仲甫先生入川，请钦岳先生多方关照。”
“鄙人一定关照，吃住和其他生活方面的问题，鄙人可以负责。明日鄙人回川，都作安排，届时望仲甫先生电告行期，以便迎接。”
“谢谢！承蒙关照。”
“不过，有一点我想提请仲甫先生注意。”
“什么？请直说。”
“陪都重庆，各方要员都聚集在那里。希望仲甫先生入川，要多加小心，不要从事政治性的活动或发表政治性的文章，安心休养、治病，做你的学问就是了，免生是非。”周钦岳说。
“我不反对各方就是了。”
这样，陈独秀在朋友的帮助下，几经周折，才于7月初，携夫人潘兰珍，告别生活将近一年的武汉，搭乘“中央”、“中国”、“交通”、“农民”四银行包的专轮入川了。受北大同学会委托照顾陈独秀的罗汉，也随船而行。
这艘轮船由于是四大银行包船，沿途码头不停靠。虽是逆水行舟，但比其他客轮航速快得多，不日就停泊在朝天门码头了。早已迎候在码头的《新蜀报》、《新民报》的朋友周钦岳、张恨水、张彗剑以及好友、黄埔军校政治教员高语罕等，登船迎接陈独秀及其夫人潘兰珍，并请他们夫妇乘上迎候在那里的汽车，绕道山路，在上石板街15号川源公司楼前停下。这里是禁烟委员会主任李仲公的办事处，他们夫妇寓居在楼上。次日晚，朋友们设宴为他们夫妇洗尘，陈独秀对朋友的热情款待甚为感激。
重庆对于患有高血压等多种疾病的陈独秀来说，有很多不适应，尤其是那七月的酷暑闷热，更令他难忍，对病体不利。加之夫人热得中暑多日，他心中更觉不安。日本飞机连连空袭，四处轰炸，白天黑夜不得安宁，大后方也成了不安全的地方。再加上陪都重庆，国民党特务多如牛毛，虽然陈独秀已脱离共产党，表示以抗日为重，不反对蒋介石，但国民党对他仍不放心，处处监视他的行动，使他感到非常沮丧。
一天，他在夫人潘兰珍的搀扶下，去医院看病，沿途碰到几个盯梢的便衣特务。气得他连病也不看了，半途返回。躺在床上犹气愤不已。他痛彻肺腑地感到重庆的环境还不如武汉，真想插翅飞离山城。可是，眼下举目无亲，又寻找不到适合的地方居住，到哪儿去呢？这乱哄哄的时代，哪有他立足之地！每每想到这些，他总是连连叹息……他甚至认为，还是蹲在监狱好，不愁吃喝住，也无须到处飘泊不定。
正当陈独秀在山城不知何去何从，焦急不安，一筹莫展之时，一天，他突然意外地接到日本留学时的同乡好友、皖白山人邓石如后人邓仲纯先生寄自江津县的来信。
他拆开信一看，字里行间充满了友谊、同情。信中写道：
仲甫兄：
欣悉你己提前出狱，并于日前来渝，鄙人及家弟季宣为你祝贺！
当前，国难当头，日本猖獗，江津毗邻陪都重庆，在此避难的安徽同乡很多。你我都是同窗好友，同时已有多年未见。如果你及嫂夫人潘兰珍女士愿来江津避难，我及家弟热情欢迎，其住所和生活费用，均由我们兄弟二人承担，待抗战胜利，我们同返故乡。我们盼等你及嫂夫人的到来。
陈独秀对形影难离的潘兰珍，平日少言寡语，大多的时候板着面孔，什么事都是他说了算，而潘兰珍却一味夫唱妇随，她懂得老先生做事稳重，三思而后行，她只是个妇道人家，哪懂得世面上那些事。同时，她这些年来跟随陈独秀辗转飘流，多少也见过些世面，也接触了不少社会名流，她越来越感到老先生是个神秘而名气很大的人物，他到哪儿，哪儿都有朋友帮助他，衣食住行都不用担心。这样，她内心深处越来越崇敬老先生，对老先生的情爱，也越来越笃深。陈独秀看去俨然像个老夫子，其实内心在这选择新的生活去向之际，他十分尊重她，对她有着深深的爱。他带着征询的口气对夫人潘兰珍说：
“兰珍，邓仲纯先生邀请我们去江津，那儿安徽同乡人很多，你说江津去不去？”
“老先生，阿拉父母早已去世，家里已没人了。阿拉自嫁罢侬，就与侬相依为命，同生死。既然侬问阿拉，阿拉当然要说说阿拉的想法了。”潘兰珍深情地说。
“兰珍，快说，你的想法怎样？”陈独秀迫不及待地问。
“据阿拉看法，既然侬的好友邓先生一番好心相邀，目前国难之时，无处可去，重庆这个地方侬又不习惯，去江津避难，也是蛮好嘛。”
“兰珍，你说得对，同我的想法一样。就这样定了，你看行吗？”
“老先生，侬已拿定了主意，何必还问阿拉？”
1938年8月3日，这对患难与共的老夫少妻，终于告别那日子实在难熬的山城重庆，再度溯江而上，乘上自重庆到江津的“民惠”轮船……