清初由于行政区域发生了较大变化，特别是北边荒凉的游牧地区部分划归山西，对山西商人的活动产生了积极深远的影响。清代以来，山西商人更加活跃，山西商人资本几乎垄断了中国北方的贸易和资金调拨，而且参与了亚洲、欧洲一些城市的商业活动。
晋商垄断了清代民间对蒙贸易。当时汉民族对蒙古游牧民族的贸易，都要跨越长城，经过张家口和杀虎口，俗称东口和西口，在东口张家口，“商贾皆出山右人，而汾介居多，踵世边居，婚嫁随之”。山西商民历来就有走西口的习惯，民歌《走西口》表现的就是商民将入北边时亲人送别的离愁和期盼。清代前中期全国著名的皇商介休范毓的先人范永斗，就是明末清初的张家口八大商之一。祁县范家在张家口的商号兴隆魁，清初开张，清末倒闭，就是关闭歇业的时候，员工也有七八百甚至千人左右。晋商的贸易当时规模很大，康熙年间（1662—1722）由祁县、太谷人创办的大盛魁商号，与蒙古贸易的最盛时期，仅驼队就有1.6万—2万峰骆驼，大盛魁的伙计、职员盛时也有六七千之众，人们形容说，大盛魁的钱财用50两重的银元可以从库伦到北京铺筑一条路。香奇国内贸易中，晋商的市场份额举足轻重。西北地区历来出产多种名贵中药，如甘草、枸杞、麝香等，还有大量的皮毛类商品也须向外输出；那里的日常用品如茶叶、布匹、绸缎则需要由外地购进，从事这种交易活动的主要就是山西商人。他们从宁夏、甘肃等地购得药材，销往河南、河北、天津、山东、湖北、湖南、上海、香港，甚至远至朝鲜、日本、印度尼西亚等地。山西商人在宁夏的著名商号有敬义泰、合盛恒、恒盛裕、庆泰亨等由万泉、平遥、榆次、猗氏、临晋商人开办的商号，宁夏的一半枸杞就由庆泰亨包办。在宁夏，商业主要由山西、陕西两省客商经营，其中以山西人居多；到宁夏进行贸易的时间也较早，如合盛裕、晋益老商号在宁夏业商有290年以上的历史，他们以宁夏为根据地，活动于西北各省的州县。
晋商在北京的商业活动也占了一席地位。清代北京的粮食米面行多为祁县商人经营，北京的油盐酒店多为襄陵人经营，北京的纸张店多为平阳和襄陵人经营，北京的布行多为翼城人经营，其他如颜料、染坊、干鲜水果等都是山西人占优势。当年虽然江浙商人、齐鲁商人、潮州商人都在京城逐利，而山西商人的优势最为明显。湖南、湖北、江西、安徽一带盛产名茶，很早就为晋中的商人看好，最盛时晋中有100多家商号在这些地区经营茶叶生意。在长江中下游一带，山西商人的活动特别频繁，扬州盐商、江西茶商、福建茶商以及长江口出海与日本的贸易，山西商人都是最为活跃。在边远省份的贵州，山西盐商携川盐入黔，创造了更加辉煌的业绩。有记载说，驰名世界的贵州茅台酒，是康熙四十三年（1704）到贵州业盐的山西盐商郭某雇工酿造而成，起初只是自酿自饮，后来才组织了专门的烧房，从山西雇得酿造杏花村汾酒的工人来茅台村和当地工人共同研制成功的。
晋商是国际贸易中的一支劲旅。康熙二十八年（1689）《中俄尼布楚条约》签订，其中规定两国人民持有护照者，均可越界往来互市，从此山西商人就开始了对俄贸易。雍正五年（1727）《恰克图条约》签订以后，两国以恰克图为贸易市场，扩大了贸易范围。恰克图位于中俄边界，中俄两方各建一城，两城毗连，中方叫买卖城，俄方称恰克图，以木为垣，建为方城。从陆路对俄贸易，最早的是山西商人。在恰克图贸易，政府不收市税，商人获利丰厚。这种自由交易的状况一直延续至咸丰年间（1851—1861），山西商人在这里积累了大量的资本，为山西票号的兴盛创造了极为有利的条件。实力雄厚的30来家山西商号云集一地，其中有榆次常家的大德玉、大升玉、独慎玉、大美玉、大泉玉、大珍玉等“玉”字商号，有祁县乔家的恒隆光商号，有太谷曹家的锦泉涌、锦泰亨商号。山西商人除了对俄贸易外，与朝鲜、日本等近邻也不时进行贸易，这些活动无疑为山西商人辉煌的历史书写了精彩纷呈的又一笔。
清代以来，归绥一带的商贾多为山西和直隶商人，内蒙古商界中最有名的社团约有15个，其中醇厚社、聚锦社、青龙社、毡毯社、衡义社等主要会社是山西商人主管的联营会社，社外九社、八大庄口、四大店等众多的商号，均为山西人掌管。包头镇自古以来就是前往甘肃、新疆等地的交通枢纽，20世纪初，包头是一个拥有180人的中心市场，但商业组织寥寥无几，仅有的就是山西商人的公会组织包头公社和经营批发业务的货店、粮店等。20年代初，日本同文会编纂的《中国分省全志》第17卷《山西省志》载：包头公社成立于嘉庆七年（1802），原系直隶商人的会议所，后因山西商人在包头商界占了上风，会议所为山西商人承办，成为山西商人的公会组织。公社设在城内的老爷庙。当时包头的粮店多为忻州、祁县人开办，如通和店、德生玉店、义生诚店、巨川汇店、广生店、庆生店、庆生泰、义泰店、永和诚店等24家；货店股东多为忻州、太原人，如恒义德、广恒西、义同厚、广义公、三元合、集义公、广义垣、广义盛、长盛公。这些货店门市铺面建筑宏伟，有的院子面积达到了2000平方米。翻开清代的内蒙古地图，不难找到与山西地方有关的村镇名，如萨拉齐厅的祁家坝、宁武窑、寿阳营，和林格尔厅的偏关窑、崞县窑，宁远厅的盂县沟、万泉营、代窑，托克托城厅的崞县窑，丰镇厅的浑源窑、忻州窑等，这都说明当年山西人把自己的经商据点设在了蒙汉杂居的地方。
与晋商骄人的业商成就相辅相成，山西会馆也是全国之最，仅清代山西商人在北京设立的会馆就有三四十座之多。会馆是由有钱的商人为聚集同乡、沟通信息、发展贸易、扩大影响出资修建的，是身在异乡为异客的商人们找寻同乡亲友排遣寂寞、交流情感、洽谈生意的重要场所。据张正明先生在《晋商与经营文化》中的考证：晋商除了在北京设立几十座会馆外，分别还在天津、上海等新兴城市，在山东的聊城、东阿、济南，江苏的扬州、南京、苏州、镇江，湖北的汉口、当阳，河南的洛阳、开封、赊旗，湖南的长沙、湘潭等十几个省份的几十个市镇上，修建了华丽的山西会馆。保存至今的清代晋商会馆就有开封的山陕会馆、洛阳的山陕会馆、洛阳的潞泽会馆、苏州的三晋会馆、多伦诺尔（锡林郭勒）的山西会馆等。这些会馆都是规模宏大、建筑精美、雕梁画栋、富丽堂皇的人文建筑景观。会馆大多建有大殿、配殿、排楼、戏台，像多伦诺尔的山西会馆仅各类房屋建筑就有90余间，可以想见这里当年就是车马辐辏、人声鼎沸的喧闹之处。人文学者余秋雨先生提及山西的会馆时说：苏州有一个规模不小的中国戏曲博物馆，那个精妙绝伦的戏台和演出场所，连贝聿铭这样的国际建筑大师都视为奇迹，但整个博物馆的原址却是“三晋会馆”，即山西人当年到苏州做生意的一个聚会场所。生长在江南鱼米之乡的余先生感叹道：“说起来苏州也算富庶繁华了，没想到山西人轻轻松松盖了一个会馆就把风光占尽。要找一个南方戏曲演出的最佳舞台作为文物永久保存，找来找去竟在人家山西人的一个临时俱乐部里找到了。”这个被余秋雨先生欣赏的山西会馆，始建于清朝乾隆四十一年（1776），进入前厅，两侧各一座迎客奏乐的亭阁式吹鼓楼，楼内塑造6尊吹鼓手像，迎接远道而来的山西宾客。戏台高出地面大约两米，是会馆建筑的精华部分，飞檐高翘，三面临空。戏台的顶部采用了半球形状的内旋式圆顶，在米红色的顶壁花板上雕刻着300多只蝙蝠和云头，由下而上斜向盘旋，最后会集于顶部穹窿藻井的紫铜镜上，运用声学原理，起到了收音聚音的奇效。其余各地的会馆，建筑规模等级大体也都相当，屋宇高大，殿舍齐全，内部楹联、匾额、门楣充斥，华丽的牌坊、戏台比比皆是，成为山西商人经贸战中的一大文化景观。