为了鼓励合作，通常需要包含某种惩罚作弊者的机制。这种机制有助于减少双方作弊的动机。在一次性博弈中，这种机制的作用无法发挥，因为没有下一次的合作，作弊的行为也就无法得到惩罚。但在重复博弈中，一方背叛的出现，会在日后以损失的形式使其得到惩罚。如在迟到问题上，当迟到者没能准时到达时，其受到的惩罚远远超过其迟到的收益，因此故意迟到的行为最终会消失。
通常来说，一般性的惩罚在解决一些简单的问题上是有效的。但对于重大问题来说，则又另当别论。如在价格战中，虽然双方都签订了合作的协议，有的甚至还制订了惩罚的办法，但由于没有执行这一机制的保证，那么各方都有动机偏离合作，因为一方背叛的收益还是要远远高于合作的收益。
我们知道，在重复的囚徒困境中，签订合作协议并不难，制订一个简单的惩罚办法也不是一件困难的事情，真正具有挑战的事情是如何保证这一协议对双方都有约束力。如果协议签订之后，没有执行惩罚机制的约束，最后的结果还是会令人失望，博弈参与者在有限次重复博弈中仍有作弊的动机。
霍布斯曾经说过：“不带剑的契约不过是一纸空文。它毫无力量去保证一个人的安全。”也就是说，没有约束力的合作协议对合作毫无帮助。
在人类社会的长期博弈中，早已形成的法律可以说是对合作协议的有力保证。从博弈论的角度来看，法律就是通过第三方强制实施的行为规范，由于这一规范的强制性和权威性，能够促使惩罚机制可信且有效执行。在一种有效的法治环境中，法律可以改善囚徒困境。
我们来看这样一个例子。假设公司甲与公司乙是商业上的合作伙伴，公司甲经常向公司乙购买原材料，由于两家公司在不同的城市，于是两个公司经过谈判之后签订买卖合同，一般在一周最后的那一天，公司甲将现金打入公司乙的银行账户，公司乙则发货到公司甲，若违约则处以2倍罚款。
实际上，公司甲与公司乙都是理性人，他们的合作就是一个有限次数重复博弈，在社会不存在法律的情况下，在两个公司任何一次交易中都有可能存在其中一家公司不遵守合同，逃款或逃货的风险，即使公司甲现金充裕，而公司乙货源充足。
然而，在我们理想的法律环境下，两公司最佳策略都是合作。我们不妨假设公司甲与公司乙每年的交易都有十几次，平均每笔生意为100万，若违约则罚款200万。公司乙的产品成本为80万，公司甲受到产品后可获得净收益也为20万。
如果两公司都选择合作，双方收益均为20万（指两公司各自的利润）；
如果公司甲合作，公司乙背叛，那么公司甲付款后，公司乙不发货，甲会损失100万，乙收益100万；
如果公司甲背叛，公司乙合作，那么公司乙发货后，公司甲不付款，公司甲收益120万（其中包含20万的利润），公司B损失80万（指公司B货物的成本，也就是收入减去利润）；
如果两公司都背叛，公司甲不付款，公司乙不发货，双方收益为零。
在没有法律背景的条件下，双方选择不合作是自然的纳什均衡点。然而当引入强制性的法律时，结果就会有所不同，这时他们所签合同具有法律效应，一旦有一方违约，另一方有权罚款其200万元，并且法院可以强制执行。
在这种情况下，合作才是两个公司的最佳策略。简单说来，就是法律通过惩罚的有力保证，改变了两个公司博弈的均衡结果。
霍布斯认为，国家以法律形式规定对某种行为如“违约”采取惩罚措施，但是如果惩罚措施不力，即使扣除惩罚的成本，行动者从“违约”策略中获取的好处也大于他采劝守信”策略所带来的好处，那么国家的法律措施是无效率的或者说是低效率的。因此国家法律的制定应以抑制对他人的危害行动为原则。这就是使得惩罚有效的一个重要前提。
在我们的社会中，当涉及公共物品时，普遍存在着“社会悖论”的问题。人类共有的资源是有限的，当每个人都从自身利益出发企图多占有一些资源时，就会产生个人利益与集体利益的冲突。公共地的悲剧、人口问题、大气污染等都可以在社会悖论中得以解释。在这些问题中，关键是要制订游戏规则来控制每个人的行为。
博弈智慧
作为第三方的法律无疑是一个有效的手段。法律以其强制性和至高无上的权威，能使所有的人都遵守法律的约定，包括制定与执行法律的人，否则必然要受到无法逃脱的惩罚。这一惩罚改变博弈的结果，使得合作得以促成。