玛雅人既然已经在很久以前就创造了灿烂的人类文明，那么现代的人类文明为何又失去了玛雅人的行踪呢？
公元830年，科班城浩大的工程突然宣告停工。公元835年，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。公元889年，提卡尔正在建设的寺庙群工程中断了。公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱的工程。
这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林，这种背弃文明，回归蒙昧的做法，是出于自愿，还是另有其它原因？
史学界对此有着各种解释与猜测。譬如说，外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移。然而，这些假设和猜测都没有说服力。首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族，因此，外族侵犯之说站不住脚。气象专家几经查阅，仍在公元8世纪至9世纪间，南美大陆没有灾难性气候骤变的记载，同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨仍然保存完整，因此地震灾难之说可以排除。
至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无耗时如此长久的可能性。
有的人从部分祭司雕像被击毁，统治者宝座被推倒的现象上，做出阶级斗争的推测。阶级斗争的确在玛雅社会中存在并出现过，但这种情况是局部的，只在个别地方和城市发生的，而玛雅人的集体北迁却是全局性的。
有人试图从生态角度解开玛雅人大迁移的谜。譬如认为玛雅人采取了某种不恰当的耕种办法，破坏了森林，土地丧失了肥力等等，造成生存的困境被迫大迁移。可是不少学者在考察中发现，玛雅人在农业生产上却表现出颇为先进的迹象，他们很早就采取轮耕制，出现了早期的集约化生产，这样既保证了土地肥力不致丧失，又提高了生产效率。因而，试图从这个角度解开谜题的尝试也是行不通的。
这一切的一切，都是为什么呢？全世界的科学家也同人们一样，茫然不知。