动物机体的组织细胞虽然在各种致病因子作用下可发生不同形式的损伤，但同时也有着很强的修补和恢复能力，即通过损伤部位周围的健康组织细胞的分裂增生而对损伤或死亡的细胞、组织进行修补、重建和对病理性产物进行改造的过程。这种修复不仅表现在组织结构的恢复上，而且还可以不同程度地恢复细胞、组织原有的功能。修复的方式有再生、肉芽组织形成、创伤愈合、病理产物的机化、包囊形成和钙化等。
一、再生
再生是指机体细胞、组织损伤或死亡后，由邻近健康细胞分裂增殖进行修补的过程。可分为生理性再生和病理性再生。生理性再生是指机体在正常的生命活动过程中，不断由新生的同种细胞来补偿正常衰老死亡的细胞的过程。如正常情况下红细胞的寿命只有120天，所以骨髓中的造血细胞就不断的再生以补充死亡的红细胞。生理性再生其实就是机体内部的一种正常的新陈代谢过程。病理性再生是指机体组织细胞在致病性因子作用下发生损伤或死亡后所进行的再生过程。当损伤较小而且受损组织细胞的再生能力较强时，新生的组织基本上能够完全恢复其原来所具有的结构和机能，称为完全再生；如果发生的损伤范围较大或损伤组织细胞的再生能力很弱时，损伤或死亡的组织不能完全由结构和功能相同的原组织来修复，而是由结缔组织来替代，形成疤痕组织，称为不完全再生。
机体内各种组织的再生能力差别很大，分化程度低的组织比分化程度高的组织再生能力强。上皮组织、结缔组织、小血管、肝细胞、骨髓等的再生能力较强，软骨、肌肉组织的再生能力较弱，神经细胞完全无再生能力，心肌和骨骼肌的再生能力极其微弱，对于损伤的修复几乎无任何意义。但神经细胞的轴索受损后，在其所在的神经细胞未受损时其再生能力却是很强的，每天可以3～4mm的速度生长。
此外，组织细胞的再生能力还与机体的营养状况、年龄、激素、神经系统的状态以及局部组织的损伤程度、血液循环等情况有关。
二、肉芽组织
肉芽组织是由旺盛增生的毛细血管、纤维结缔组织（成纤维细胞）和各种炎性细胞组成的幼稚结缔组织，因外观为鲜红色颗粒状，质地柔软湿润，富含血管，形似鲜嫩的肉芽，故名。其功能一是抗感染及保护创面，清除创面病理产物；二是填补创口和组织缺损；三是机化坏死组织、凝血块、梗死灶、死亡的寄生虫体（卵）和其他异物。
肉芽组织常见于病理性产物的改造过程中，如较大的梗死灶、血栓、纤维素性渗出物、死亡的寄生虫卵或虫体以及其他较大的异物等。肉芽组织形成初期，细胞间有多量液体成分，故比较柔软，以后才逐渐由纤维母细胞形成胶原纤维和酸性粘多糖予以填充。肉芽组织内的毛细血管大都向创面垂直生长，并形成以小动脉为轴心的毛细血管网，与纤维母细胞一起构成分布均匀、突出于创面的小团块，使肉芽组织表面成颗粒状。肉芽组织初期不含神经纤维，故无痛觉。后来随着毛细血管的不断新生，可有植物神经逐渐生成，并形成网状。随后肉芽组织纤维化，神经组织又逐渐减少。
肉芽组织的成熟过程也即疤痕形成过程，此时肉芽组织逐渐发生纤维化，细胞间液体成分逐渐减少，网状纤维和胶原纤维逐渐增多，网状纤维胶原化，胶原纤维变粗，使肉芽组织色泽灰白，质地较硬，缺乏弹性，称为疤痕组织。疤痕组织中的细胞成分、液体成分和血管可继续减少，胶原纤维发生玻璃样变性，部分被分解吸收，结果使疤痕体积缩小，变得苍白坚实，而且下陷于创面，并对相邻组织起牵拉作用，引起组织器官变形或腔室狭窄。疤痕越大，收缩就越显著。关节附近的疤痕收缩可造成相应关节的运动障碍。
生长过于旺盛的肉芽组织可使疤痕组织形成过多，呈瘤状隆起于创面，称为疤痕疙瘩。
三、机化和钙化
（一）机化
是指新生肉芽组织对疾病过程中产生的各种病理性产物或异物进行取代的过程。某些异物不能被肉芽组织机化（如残留于体内的断针头、缝线等），由肉芽组织对其进行包裹限制，称为包裹形成。还有一个例外就是脑组织发生坏死后，坏死灶的机化过程不是由肉芽组织来完成，而是由神经胶质细胞完成的。
各种病理性产物机化过程基本相同，都由与病理产物相邻近的健康部位产生的反应性炎症开始。炎性反应灶中的白细胞、巨噬细胞及其中的酶可使病理产物逐渐被溶解、吸收，同时病理产物周围的组织生长出肉芽组织，并逐步向病理产物中生长、伸展、穿插，最终将病理产物完全取代，最后以肉芽组织的成熟（即疤痕形成）而结束。但液化性坏死周围会形成神经胶质细胞性或结缔组织性包囊，将坏死灶局限起来，灶内物质被吸收后，就形成一个含有清亮液体的小囊。
机化是机体修复组织器官损伤的重要方式之一，如血栓的机化可使血栓块缩小，血管再通，部分地甚至全部恢复栓塞部位的血液循环。但有的机化过程则能造成永久性的病理状态。如关节附近的损伤组织发生机化后，会妨碍该关节的正常运动；心机梗死后机化形成的疤痕可限制心脏的收缩功能；肺内纤维素性渗出物机化后（即所谓的肺肉变），可使所在肺泡失去呼吸功能；心包、胸腹膜发生纤维素性炎时，渗出物的机化可造成心脏活动受限、胸腹膜粘连，如此等等。
（二）钙化
是指钙盐在变性、坏死组织、其他病理性产物或正常活的组织内沉积的过程，前者称为营养不良性钙化，后者称为转移性钙化。详细内容请参阅本章第二节之病理性物质沉积。