一、动物检疫的原则
动物检疫是一项具体的技术行政行为。根据行政法的基本原则和检疫工作技术性强的特点，动物检疫应遵循以下原则。
（一）依法实施的原则
动物检疫是政府行政行为，其检疫机构、人员、对象、标准等等都是依法设定的，这就决定了动物检疫必须依法实施，做到依法检疫。检疫人员必须在兽医法律法规规定的权限内行使检疫职权，并对检疫结果负责，不作为或滥用职权都要承担相应的法律责任。被检疫一方也必须按照法律规定，主动报检并接受检疫，配合检疫人员作好检疫处理工作。不论是检疫方还是被检疫方，合法行为将受法律保护，违法行为则受到法律制裁。因此依法实施是动物检疫首先要明确的一个基本原则。
（二）尊重事实的原则
检疫处理是检疫工作的最后一道程序，不论对检疫合格的动物及其产品，还是患病动物及其产品，在进行检疫处理时必须要以事实为依据，以法律为准绳。检疫人员必须亲临现场，依照法定的检疫方法、项目、标准对法定检疫对象进行认真检查，在综合判定的基础上做出相应的检疫处理决定，严禁不经检疫随意开具检疫合格证明等渎职行为。检疫人员要根据检疫结果做出相应的检疫处理，依法办事，不得出具“人情证”、“违心证”，不得以权谋私，吃请受贿，出具“私心证”，更不准借手中职权进行打击报复，应出证而不出证。检疫员既要对国家、社会和消费者负责，也要对生产经营者负责。
（三）尊重科学的原则
动物检疫是一项以兽医科学理论和技术为基础的技术性工作，检疫人员必须以科学的兽医理论为指导，使用法定的检疫方法、先进的检疫技术和设备，使理论与实践完美地结合起来，并根据自己丰富的实践经验进行判断，以得出最切合实际的检疫结论。
（四）促进生产，有利流通的原则
发展畜牧业生产的目的是要为人们提供丰富的动物产品，满足人们多方面的需要，也使从事动物及其产品经营活动的单位和个人取得合法的经营收益，促进社会经济的发展，而这一切必须通过动物及其产品的合法流通才能实现，流通越顺畅，所取得的效益可能就越高，对生产的促进作用也就越大，而动物及其产品流通的各个环节都离不开动物检疫。所以开展动物检疫工作必须要充分考虑到这一要求，既要达到检出染疫动物及其产品并依法进行处理的目的，又要最大限度地避免检疫工作可能对经营者正常经营活动造成的不利影响，确保畜（货）流其畅。这就要求检疫必须做到科学、准确、快速、便捷。
（五）预防为主的原则
《动物防疫法》第五条规定，国家对动物疫病实行预防为主的方针。动物检疫的目的之一是为了及时发现处于各个流通环节中的动物和动物产品是否染疫，并及时采取处置措施予以控制和消灭。因此，动物检疫实际上是把预防为主的方针从一个侧面（因为预防为主还包括免疫等内容）给具体化了，其本身就是预防为主方针的一个重要组成部分。要使预防为主的方针得到很好的贯彻落实，就必须把检疫工作落在实处。动物检疫贯穿于动物和动物产品流通的各个环节，是一个互相衔接的完整体系，但其中又以产地检疫为重要，产地检疫是整个动物检疫工作的基础，动物及其产品在离开原产地后的后续流通环节中的动物检疫监督，大都是以对产地检疫的监督为主要内容的。
（六）检疫与经营相分离的原则
动物检疫是行政执法行为，只有与经营行为完全分开，才能避免动物检疫机构既当“运动员”，又当“裁判员”的情况发生，也才能体现出检疫行为的公正性，真正代表国家的利益。
二、动物检疫的分类
根据动物及其产品的流通范围和运转形式，动物检疫可分为国内检疫和进出境检疫两大类。
（一）国内检疫（内检）
对国内动物、动物产品在其养殖、生产、屠宰、加工、销售、运输、贮藏等各个环节进行的检疫叫国内检疫，简称内检。主要包括产地检疫、屠宰检疫、运输检疫和市场检疫。随着畜禽定点屠宰、集中检疫的全面实施，市场检疫正在逐渐退出检疫环节，取而代之的是市场检疫监督。
国内检疫由国务院兽医主管部门主管。县级以上兽医主管部门主管本行政区域内的动物检疫工作，并由其所属的动物卫生监督机构具体实施。
（二）进出境检疫（外检）
对出入国境的动物及动物产品进行的检疫叫进出境检疫，也叫国境检疫或口岸检疫，简称外检，包括进境检疫、出境检疫、过境检疫、携带及邮寄物品检疫和运输工具检疫等。由国家进出境检验检疫局统一管理全国进出境动物检疫工作，由口岸所在的动植物检疫机关具体实施。
三、动物检疫的范围
根据我国现行动物检疫法律规定和动物及其产品的流通范围的不同，不同种类的动物检疫其范围也不相同。
（一）国内检疫
《中华人民共和国动物防疫法》规定：国内动物检疫的范围主要是动物和动物产品，动物是指家畜、家禽和人工饲养、合法捕获的其他动物。家畜主要是指猪、牛、羊、马、驴、骡、驼、兔、犬等，家禽主要指鸡、鸭、鹅等，其他动物是指实验动物、观赏动物、演艺动物、家养野生动物等。动物产品是指动物的肉、生皮、原毛、绒、脏器、脂、血液、精液、卵、胚胎、骨、蹄、头、角、筋以及可能传播动物疫病的奶、蛋等。
（二）进出境检疫
《中华人民共和国进出境动植物检疫法》规定的进出境动物检疫范围除了动物和动物产品外，还包括其他检疫物以及装载动物、动物产品和其他检疫物的装载容器、包装物及来自动物疫区的运输工具。动物是指饲养、野生的动物，如畜、禽、兽、蛇、龟、虾、蟹、贝、蚕、蜂等；动物产品是指未经加工或者虽经加工但仍有可能传播疫病的动物产品，如生皮、毛绒类、肉类、脏器、油脂、水生动物产品、奶制品、蛋类、血液、精液、胚胎、骨、蹄、角等。其他检疫物是指动物疫苗、血清、诊断液、动物源性废弃物等。进出境动物检疫的范围要比国内动物检疫的范围广。