一、产地检疫环节中的动物检疫处理
（一）检疫合格动物的处理
经检疫合格并符合出证条件的，按照农业部《动物防疫证照填写及应用规范》的要求，规范出具《动物产地检疫合格证明》、《出县境动物检疫合格证明》、《出县境动物产品检疫合格证明》；对运载工具进行消毒后出具《动物及产品运载工具消毒证明》。
（二）检疫不合格或不符合出证条件的处理
根据情况的不同采取以下措施：
1.临床健康检查不合格的，如果染疫则按前述一、二、三类疫病的规定处理；如为疑似染疫动物，则采取隔离观察或进一步检查的措施，排除可疑者按合格动物处理；确诊染疫者，按上述各类疫病处理。
2.不符合产地检疫出证条件中最常见的是动物不在免疫有效期内，有两种情况：一是被检动物未经免疫或虽经免疫，但已过了免疫有效保护期；二是刚注射过疫苗，但尚没产生免疫保护力（如高致病性禽流感疫苗注射后最迟7d才能产生有效免疫力；口蹄疫疫苗注射后最迟14d才能产生有效免疫力；猪瘟、猪丹毒、猪肺疫三联冻干苗注射后2～3周才可产生免疫力；狂犬病则要长达20d后才能产生有效免疫力等），也应属于不在免疫有效期的情况。在这两种情况下，动物在之后的运输、销售、屠宰时待宰时间过长等情况下受到高温、寒冷、饥饿、缺水、惊吓等应激性因素的作用，机体免疫力下降，仍有可能染疫发病并造成传播扩散。因此，产地检疫员接到报检后，要认真查验免疫记录，遇到前述情况时，应要求畜主进行补免，取得免疫证明，佩戴免疫耳标（家禽除外），并等动物产生有效免疫保护力后再重新向产地检疫员报检。
二、运输环节动物卫生监督的检疫处理
（一）放行
对承运人或畜主查证、查标（免疫标识，下同）、验物，证、标、物相符且证、标全部有效的，应在其持有的检疫证明上加盖动物卫生监督验讫印章后予以放行。
（二）补检、重检
对证、标、物不符、检疫证明无效或动物未经检疫的，应进行重检、补检，检疫合格者，对运载工具进行消毒，出具检疫和消毒证明后放行。
（三）劝返
在重大动物疫病封锁期间，有动物或动物产品进出或穿越疫区时，承运人或畜主证、标、物相符且证、标全部有效的情况下，为防止动物中途染疫或疫源向外传播扩散，应劝其原路返回出发地。
（四）染疫及疑似染疫动物的处理
检出染疫动物时，以动物所在车（船）为疫点，按前述各类动物疫病采取相应措施。如为疑似染疫动物，则应将动物卸载到隔离圈内观察；如无隔离圈则以车（船）为圈隔离观察；动物经观察确实无疫的，应放行；确诊为染疫的，则按前述各类动物疫病进行处理。
三、宰前检疫环节的检疫处理
（一）合格动物的处理
对宰前临床检查健康，免疫标识和各种检疫证明齐全有效的动物，发给准宰证，准予屠宰。无产地检疫证明或免疫标识，或证、标、物不符的，不准屠宰。
（二）不合格动物的处理
对宰前临床健康检查不合格的，根据其所患疫病的类别、性质，分别采取禁宰、急宰处理。确诊或疑为一、二类疫病或其他已基本扑灭或原来没有流行过的各种疫病时，应当及时向当地重大动物疫病防制指挥部、兽医主管部门和动物卫生监督机构报告，并采取相应的防控措施。对人畜共患的疫病，还要报告当地卫生主管部门。
1.禁宰 确诊为炭疽、鼻疽、猪瘟、口蹄疫、猪传染性水疱病、急性猪丹毒、高致病性禽流感、牛肺疫、恶性水肿、气肿疽、狂犬病、羊快疫、羊肠毒血症等恶性或危害严重的传染病的动物，以及同群动物中体温异常者，禁止屠宰，应采取不放血的方法扑杀后湿法化制或焚毁。如为高致病性禽流感则全群禁宰销毁。
对进行过炭疽芽胞苗预防注射的动物，必须经过14d方可屠宰。曾用于制造炭疽血清的动物，不准作为肉用。
2.急宰 确诊为布氏杆菌病、结核病、巴氏杆菌病、假结核病、肠道传染病、乳房炎、鸡马立克氏病、鸡白血病、鸡痘、鸡传染性喉气管炎、鹦鹉热、禽霍乱、禽伤寒、禽副伤寒等疫病的畜禽以及其他非传染病的患病动物、物理性原因致伤有死亡危险、体温超出正常范围的动物等均应急宰。
确诊为禁宰类动物疫病的，其同群动物测温后体温正常者应急宰。
如无急宰间应在指定地点或等宰完健康动物、运出所有产品后，在屠宰间进行急宰。宰后的一切用具、场地、血液、污物及工作服等应彻底消毒。
3.冷宰 检查确认为物理性原因致死的动物可冷宰。
对病死、中毒致死及不明原因死亡的动物，不得冷宰，应作工业用或销毁。需要进行死因诊断的，应在指定地点对动物尸体进行病理解剖诊断后予以销毁。
四、市场环节动物卫生监督的检疫处理
（一）准予销售
对畜主查证、查标、验物，证、标、物相符且证、标全部有效的，准予销售。
（二）补检、重检
对证、标、物不符、检疫证明无效或动物未经检疫的，应进行重检、补检，检疫合格的，重新出具检疫证明后准予销售。
（三）染疫动物及疑似染疫动物的处理
检出染疫动物时，以动物所在摊位（笼、铺）、车辆为疫点，按前述各类动物疫病采取相应措施。如为疑似染疫动物，则应将动物卸载到隔离区内观察；市场没有设定隔离区的，以车（摊位、笼、铺）为圈隔离观察；动物经观察确实无疫的，应准予销售；确诊为染疫的，则按前述各类动物疫病进行处理。