1998年夏季，董事会与福特家族达成一致，认为小比尔·福特应该出任董事长。小比尔·福特于1999年1月1日正式上任，董事会汲取了亨利二世的经验，任命老牌福特执行官雅克·纳瑟为总裁兼首席执行官，辅佐年轻的小比尔·福特。
不到六个月，纳瑟已经用一批相当年轻的来自福特之外的副总裁替换了许多老资格福特营销执行官。当智囊团组织完毕，福特汽车公司发起了又一波收购狂潮，但这次买的并不是汽车公司——公司想在互联网革命中占据一席之地。
纳瑟希望福特汽车公司在互联网以及电子商务与企业其他业务的配合上处于领先地位，福特汽车公司不仅扩充了自己的公司网站，还在1999年1月～2000年1月之间开通了三个面向顾客的互动网站。另外，福特还与微软、雅虎、三联软件、甲骨文等公司在许多项目上建立了合作关系，投资于Carclub。com，成了面向年轻人的数字娱乐网（Digital Entertainment Network）的创立赞助商。然后，纳瑟又与UUNet、惠普和人民电脑等公司合作，让每一名福特雇员都用上了能上网的家用电脑，每人每月只需支付名义上的五美元费用。
在互联网上拓展并不是雅克·纳瑟改变福特汽车公司的唯一方式。他还发起了旨在让公司进入服务导向型行业的收购行动，他所购买的那些公司里有些只是与汽车行业有模模糊糊联系。福特在英国购买了一些连锁修理店，一家门房服务公司、一家提供保修期延长服务的公司和一家废物回收公司。
在公司内部，雅克继续消减成本战略，方式之一是清除那些没有多少进步潜力或兴趣的高级管理者和机械师。虽然他的基本理念是消灭朽木，但不幸的是，他的工程把所谓的彼得原则制度化了。也就是说，公司里的人会被一直提升到某种他们不能完全胜任的职位。有许多对自己的工作很满意所以不想升职的人被解雇或者被迫离职。
纳瑟也是一种被称做“10-80-10”的评估系统的支持者。这个系统以公司内职位排名前两万位的管理者和白领员工为评估对象。根据某种曲线表，它把位列后10%的底层员工的加薪、奖金和其他好处拿走，转给了排在头10%的高层员工。中间的80%也能得到某些利益。尽管系统看起来是公平的，它却在整个公司内制造了紧张情绪。员工们感觉到他们似乎是在相互竞争而不是像一个团队一样一起工作。
经销商们的忍耐也到了极限。他们不光对福特通过网络销售汽车的初步尝试有意见，还感觉自己受到了福特拥有的某些超级经销商的威胁。这种试验性的理念被称做“汽车集团”，意思是把某个特定区域的福特销售渠道结合起来，形成一个新伞状销售组织，原来那些经销商则用自己的经销权换得这个组织的投资人地位。新设立的那些实体实际上是零售店，因为每辆汽车的最佳价格都已公布出来，不可议价。第一批汽车集团出现在罗切斯特、圣迭戈、塔尔萨、俄克拉何马城和盐湖城。这种概念剥夺了经销商们的独立商人身份。
尽管纳瑟在出任首席执行官后的第一年中推行了这么多变革，但从盈利角度看，福特汽车公司似乎仍在像从前一样大步前进。到2000年春季，公司的资金储备已达到250亿美元，这让投资者们气得发疯。为了平息他们的怨气，公司决定向股东们支付57亿美元的股票升水，股东们可以要现金，也可以要普通股。为了表明自己的忠诚，福特家族选择了当时每股价值28美元的股票。但现金也许是最明智的选择。20个月后，福特汽车公司的股票价格将跌到可怜的八美元。
福特的好日子甚至没能持续到2000年的中期。突然之间，这家上一年还富得流油的公司发现自己陷入了窘境，似乎每一种可能出现的问题都出现了，包括管理层剧变、员工士气低沉和利润的急剧下滑。但这还不是最可怕的。公司产品阵容中的一颗明珠——探险家，也就是公司2/3利润的创造者，成为历史上规模最大、影响最大的汽车安全召回行动的中心，这只是大乱的开端。
在1986年，公司筹划探险家的时候，费尔斯通公司早早就被纳入这一项目，负责全部的轮胎开发工作。事实上，福特汽车所使用的轮胎中绝大部分是费尔斯通供应的。
2000年2月，休斯敦一家地方电视台的报道导致国家高速公路交通安全管理局就装在福特汽车上的费尔斯通轮胎在高速度和炎热天气下容易爆胎的安全问题展开了调查。初步调查后，NHTSA于5月份表示福特轮胎的这一缺陷与33起事故和四个人的死亡有关。这两个数字引发对安全问题的全面调查。在整个夏天，对这一问题的报道越来越多，恐慌越来越大。同时，初期调查受到了阻碍，因为费尔斯通拒绝透露它所收集的有关缺陷轮胎和相关事故的数据。
起初，费尔斯通公司不愿意召回缺陷产品。8月早期，在NHTSA的命令下，费尔斯通最终宣布召回650万个轮胎，其中包括全部用在福特探险家上的四种轮胎。但是尽管公众对这一问题反应强烈，费尔斯通却拖了将近一个星期才宣布召回，而且在一开始，它拒绝对那些想用其他品牌的轮胎替代费尔斯通轮胎的顾客做出赔偿。福特经销商们很快就被要求换轮胎的顾客淹没了，而两家公司不得不向整个世界提供好轮胎。费尔斯通甚至被迫耗费巨额成本从日本往美国运轮胎。为了省轮胎，福特汽车公司关闭了三家探险家和游侠生产工厂，改变了他们的产品。
就在NHTSA所统计的费尔斯通/探险家缺陷致死人数超过140人时，福特汽车公司正竭尽全力地对它的顾客采取先发行动。雅克·纳瑟出现在了两则安民电视广告中。这两则广告在召回期内开始播映，尽可能详细地解释了召回过程中所发生的事情以及福特汽车公司的反应。
NHTSA在9月初强烈建议费尔斯通把其他一些型号的轮胎也纳入召回范围，费尔斯通拒绝了。在试图平息指责声的过程中，它还把福特汽车公司也拉下了水，声称要么探险家本来就容易翻车，要么福特设定的胎压标准太低所以轮胎更容易变热和破裂。
福特汽车公司被迫与费尔斯通打上了口水战，不停地否认对方含沙射影的指责——探险家应对事故负责。两家公司争先恐后地在记者招待会上、在国会委员会前、在NHTSA的会议中、在其他任何能找到一两个听众的地方讽刺对方，出具堆积如山的证据。在年末，双方都发表了有关产品缺陷问题的分析报告，都得出结论说轮胎的生产方法和设计缺陷使它们易于发生故障，但费尔斯通仍然指责说福特汽车公司的建议胎压太低。另外，费尔斯通还详细说明了探险家的胎面负载（车重）有多么高。
正准备在2001年年初推出新探险家车型的福特汽车公司是最想了结这个安全问题以及公共关系上的灾难。召回已经让公司付出了五亿美元的成本。为了展示自己与众不同的经营方式，福特汽车公司把轮胎也纳入了新车担保范围内。这样一来，它就能让顾客们知道它会对产品的每一个方面负责。另外，把轮胎纳入担保范围也使福特可以坚持要求它的轮胎供应商们与它分享所有有关投诉或问题的数据。
正努力在经济低迷中维持探险家火热销售势头的福特汽车公司不想让费尔斯通的污点影响它的王牌产品、F-150卡车和其他任何车型。5月21日，包括全球采购副总裁卡洛斯·马佐林在内的福特代表们来到纳什维尔（Nashville）的费尔斯通总部，希望与轮胎制造商讨论自愿召回行动。但费尔斯通仍坚持认为它的轮胎没问题，唯一的问题在于福特的汽车。在会议结束时，费尔斯通总裁约翰·兰普从他的公文包里抽出一封信时，递给马佐林，简简单单地说了一句，“我很遗憾这样做，但从现在开始，我们已经与你们断绝关系。”
第二天，福特汽车公司宣布召回所有仍装在福特探险家和卡车上的费尔斯通轮胎——总共1300万个轮胎，小比尔·福特下令将召回的轮胎碾成碎粉，铺在了福特运动场和新墨西哥一条高速公路的地皮下。这是他反资源浪费行动的一部分。据估计，召回成本为21亿美元。
几星期后，费尔斯通再次挑起争端，正式请求NHTSA对福特探险家的那些让它易于翻车的缺陷进行调查。观察家们又一次被福特和费尔斯通已经结怨如此之深震惊了。还没人听说过一家公司要求政府调查另一家公司这种事。
调查仍持续了很长时间。有人又提出了几种新理论，其中一种认为，福特和费尔斯通都没有过失产品，问题在于所有的运动休闲车都容易发生轮胎破损和翻车。但轮胎问题还是让福特汽车公司耗费了至少30亿美元的成本。另外，271名福特顾客的死亡是更惨重的代价。尽管NHTSA最终免去了福特的罪名，宣布福特探险家的设计不应对事故负责，但整件事情还是给福特总部蒙了一层阴影。
这期间，福特汽车公司仍然推出了一些令人激动的新车，例如，在1999年，福特与哈利—戴维森公司（Harley-Davidson）合作生产了一种限量版的F-150超人卡车，基本价35750美元的F-150超人在摩托车爱好者中很受欢迎。2002年6月，2003墨丘利掠夺者（Marauder）出现在展示厅中，给销量一直下滑的墨丘利部注入了一股新活力。自1948年1月推出战后全新F-1卡车以来，卡车部一直是公司最稳定的财源，2003年1月，福特汽车公司推出了新设计的F-150卡车。另外，福特汽车公司开始借助老品牌来提高利润和形象认知度。福特雷鸟在2002年的复出让消费者欣喜若狂。公司只生产了2.5万辆雷鸟，几个月内就卖光了。
但总的来说，福特汽车公司得来不易的质量和生产率高标准在2001年正在下滑。而且，公司涉足了太多的风险行业——互联网、汽车修理和其他服务，以至于忘记了生产和销售一种成功的汽车有多么难。
当福特汽车公司正走在错误的方向上变得越来越明显时，公司里的人发现很少听到董事长小比尔·福特的声音。那时候，小比尔·福特对公司的重要影响在于环境问题。他相信，生态效应是未来的潮流，而福特汽车公司要想保持竞争力，必须生产出高技术含量、有环保意义的汽车。小比尔·福特想在福特汽车公司和整个汽车行业提倡一种“绿色态度”。比如，福特说服董事会拨款20亿美元把整个荣格河工厂重塑为一个新型工业革命基地——一片名副其实的绿地，在工厂内外，除了高科技的抗污染技术，还有片片草地。他想把福特汽车公司的这座伟大的20世纪圣像转变为清洁、有生态效应的新型可持续生产设施。2000年，比尔·福特宣布公司将把其旗下所有轻型货车（包括所有SUV）的平均行驶寿命在2005年年底前提高25%，这个消息讨好了在美国社会的环保论者。
为增加在公司的影响，扭转公司颓势，小比尔·福特开始行动了。身为董事长，小比尔·福特不认为首席执行官的领导是公司所需要的那种。在任期内，纳瑟拓宽了福特的经营领域，不负众望地解决了费尔斯通轮胎问题。但福特的许多最有前途的管理人才离开了公司，而最重要的是，他忽视了汽车制造这个核心业务，他并没有保住公司核心业务的竞争力。商业世界正被他领导下的福特汽车公司在2001年亏损55亿美元这一事实惊得目瞪口呆。2001年10月30日，小比尔·福特解雇纳瑟，亲任首席执行官，并保留董事长一职。
为拯救福特汽车公司，小比尔·福特招募了一些老练的汽车业管理者，这些人大多有在欧洲销售汽车的成功经历，许多来自英国。曾在20世纪90年代创造过捷豹复兴奇迹的尼古拉斯·谢勒成为首席运营官。正担任欧洲福特首席执行官的英国人戴维·W。瑟斯菲尔德被调到世界总部，成为国际业务副总裁。由于公司的利润率变化太快，在多年的高利润后又在2001年亏损，一些有名的金融专家得到了小比尔·福特的重用。其中之一是富国银行前董事长卡尔·赖卡特，另一个是已在1995年退休的前福特董事会副主席艾伦·吉尔默——在67岁高龄，他又担任了福特汽车公司的首席财务官。
在小比尔·福特的领导下，福特汽车公司把自己简单化了。它摆脱了那些让它把注意力从生产和销售汽车上转移开的项目，几乎立刻剥离了那些原准备转变为服务公司的消费者导向和互联网导向企业。汽车集团超级经销商被取缔，经销商们松了一口气。绝大多数员工都对10-80-10评估计划的取消感到高兴。
不过，变简单也意味着变小。2002年年初，担任首席执行官仅三个月的小比尔·福特宣布了世界范围的大规模重组计划。按照计划，公司将砍掉四种车型——包括历史悠久的林肯大陆，五个工厂和3.5万个工作岗位——公司劳动队伍的10%。
另外，为解决员工对管理层薪水过高的不满，小比尔·福特决定，除了股票期权，公司不会向管理者们提供任何薪水或奖励性补贴。这样的做法大大拉近了他与公司普通员工的距离。
不过，小比尔·福特的挽救没有立竿见影的效果。捷豹的经营亏损近两亿美元；世界各地的工人怒骂关闭工厂的举动；而公司的债券评级——对企业信誉的一种评估，跌到了近乎垃圾债券的程度。另外，直接竞争四面袭来：通用汽车公司发起了价格战，对它的顾客提供免现款融资服务；戴姆勒—克莱斯勒仍作为“最新工业复兴”故事被媒体称赞；而丰田和尼桑继续在卡车市场上开拓着自己的领地。
在2002年，福特股票一落千丈，总成交量下跌了8.8%。从5月份到10月份，股价令人震惊地剧跌60%。在10月10日，福特汽车的股票值7.6美元，仅仅14个月前还是23美元。
为拯救福特，一向拒绝在公司广告中露面的小比尔·福特出现于题为“无边界”的系列广告中，因为营销官员告诉他他的名字对公司非常重要，福特汽车公司和福特家族本就是连体。
在为2003年6月的百年庆典做准备的过程中，公司开始更仔细地审视自己的整个历史。对公司伟大传统的回顾会让消费者和雇员们记住，福特曾多次渡过艰难时期，而且总是从艰难迈向成功。每一次，公司都是带着革新和进步走出困境的。
拼搏一年后，福特汽车公司2003年全年净收益4.95亿美元，合每股27美分，与2002亏损9.8亿美元相比，福特汽车公司2003年的业绩呈现好转趋势。