元佑六年（1091）八月二十二日，苏轼带着全家到达颖州。此时颖州民众正遭受水灾之苦，官员们正讨论治水方案。先前，开封各县常有水灾，地方官吏没有弄清原因，排湖泽之水人惠民河，惠民河容不下那么多水，导致陈州也以水多为患。现在正计划凿邓艾沟与颖河并流，并穿过黄堆，引水注人淮河，参加讨论者大多想采用这个方案。这时苏轼正好到任，派遣人测量水平，发觉淮河水上涨时水位高出新沟将近一丈，如果凿穿黄堆，淮河水会倒灌进来在境内泛滥，所以决不能这么办。朝廷也同意了他的主张。
颖州境内有惯盗尹遇等几个人，他们不但结队抢劫，还多次杀死被抢主人及捕盗官兵，朝廷通缉逮捕抓不住，被害人家怕得不敢说话。苏轼召来颖州尉李直方说：“你如能抓住这些强盗，我会极力向朝廷保荐你，请求优厚的赏赐。如果抓不住，以不称职的罪名上奏朝廷免去你职务。”李直方回去后侦探到强盗藏身处，分头命令弓箭手去逮捕余党，亲自去捉尹遇。直方挥泪告别了家中90岁老母后，不顾生死持戟刺伤尹遇并抓住他。但是朝廷对此类事很苛求，稍有不合规定处，就得不到奖赏。苏轼请求以朝散郎级别的官职奖赏直方，朝廷没有批准。后来吏部认为苏轼应升官职才符合其考绩，他自认为已许诺直方，没有上报自己升迁事。
苏轼对灾后的颖州民众生活非常关心，作有“可怜忧扰雪中人”诗句。据同僚赵德麟在《侯语录》中记载：“元佑六年冬，汝阴（颖州）久雪，人饥。一日，天未明，东坡先生简召议事日：某一夕不寐，念颖人之饥，欲出百余千，造炊饼救之。老妻谓某曰：子昨过陈，见傅钦之，言签判（指赵德麟）在陈，娠济有功，不问其贩济之法，某遂相招令日待面议曰：已备之矣。今细民之困，不过食与火耳。义仓之积谷数千石，便可支散，以救下民。作院有炭数万秤，酒务有柴数十万称，依原价卖之，可济中民。先生曰：吾事济矣。”苏轼立即写了请求贩济的奏疏，朝廷很快批准了他的请求，使颖州民众免受寒饿之苦。
苏献在颖州还与赵德麟共同治理西湖，还没有完工，他就离开了颖州。而西湖在他走后一月左右的三月十六日治理完毕。
苏轼在颖州有几个意气相投的文友，使他愉快地度过了政务之暇的时光。文友中有欧阳修的儿子欧阳叔弼、欧阳季默，老朋友颖州签判赵德麟，门生陈师道，刘景文也曾从杭州来看望苏轼。他们常在聚星堂饮酒论诗，也一起去游览颖州西湖，一起去颖水上泛舟。苏轼的理趣诗《泛颖》就是这种生活的真实写照：
我性喜临水，得颖意甚奇。到官十日来，九日河之媚。吏民笑相语，使臣老而痴。使君实不痴，流水有令姿。绕君十余里，不驶亦不迟。上流直而清，下流曲而漪。画船俯明镜，笑问你为谁？忽然生鳞甲，乱我须与眉。散为百东坡，顷刻复在兹。
颖水清澈见底，徐徐地流淌着。坐在游船上兴致勃勃的苏轼以清水当镜照看面容，河水清晰地映出他的面庞。忽而水波荡漾，一个东坡成了数百个，但顷刻之间又复还到了原样。《泛颖》表现了形象化的理趣，形象的立体感似乎能伸手触摸得到；且表现的新意妙理引人深思：世上的事物变幻莫测，聚与散常发生在“忽然”、“顷刻”之间。
颖州是欧阳修生活过的地方，这使苏轼对颖州怀有一种别样的感情。他到任不久，作了《祭欧阳文忠文》，借此表达对恩师的深切怀念。由于有对恩师的感恩戴德之情，就感到欧阳修的两个儿子特别亲切，就与他们的交往十分频繁，把两家的情谊继续发展了下来，《十二月二日，与欧阳叔弼、季默夜坐记》就是三人交往的写照。有次泛游颖州西湖，听到歌女们唱欧阳修43年前咏西湖的词，他听后感慨万端，回来后写了一首和词《木兰花令·次欧公西湖韵》：
霜余已失长淮阔，空听潺潺清颖咽。佳人犹唱醉翁词，四十三年如电抹。
草头秋露流珠滑，三五盈盈还二八（写十六日左右的月光）。与余同是识俞人，惟有西湖波底月。
颖水在呜咽，因为文坛失去了欧阳修这位巨匠。歌女们尽管还在唱着欧公吟咏西湖的词，可43年很快过去了，而湖光月色也在缅怀欧公。词中表达出深沉的对故人已去的惆怅感情。
赵德麟在《侯鳍录》中，记载了苏轼在颖州时的一桩文坛轶事：“元佑七年正月，东坡在汝阴州，堂前梅花大开，月色鲜雾。先生王夫人曰：春月色，胜如秋月色；秋月令人惨凄，春月令人和悦。何如召赵德麟辈来饮此花下。先生大喜曰：吾不知子亦能诗耶，此真诗家语耳。遂召与二欧（欧阳叔弼、欧阳季默）饮。先生用是语作《减字木兰花》，有不似秋光，只与离人照断肠之句。”
元佑七年（1092）二月，苏轼罢知颖州，以龙图阁学士充淮南东路兵马铃辖知扬州军州事。他对这种“两年阅三州”频繁的调动很厌倦，同时很怀念身在京城的弟弟，便写下了《满江红·怀子由作》。词的上阅写东流的颖水相送，分明送来了“青山白浪，万重万叠”的愁思。可叹早年约定隐居下来“对床夜雨听萧瑟”的生活没有实现，且“长向别离中”，直至头发都白了。下m想象兄弟们相会在黄河边，互诉“无限事”，那时衣襟上虽沾着重逢时激动的泪水，但眉宇间却满是喜气，会一块去寻找如雪的残花，诗词唱和。全词表现了作者悲愁低沉的情绪与深厚的手足之情。
苏轼从颖州出发，经壕州、寿州、楚州、泅州去扬州。两个儿子苏追、苏过也随行，父子三人游览了涂山、荆山。在经过淮河时，苏轼有感于时常漂泊不定的生涯，写了《淮上早发》一诗：
淡月倾云晓角哀，小风吹水碧鳞开。此生定向江湖老，默数淮中十行来。
早晨的淮河十分美丽，但奔波于江湖中的诗人却无心欣赏美景，只默默地数清这已是第十次在淮河上往来了。
进入扬州境内，苏轼支使开送迎他的官员、士卒，去村庄院落调查了解民情。这一年扬州虽是丰年，但民众的疾苦之状反而不如灾年，原因是历年来的积欠太多，“青吏在门，棒枷在身”，沉重的债务使百姓很穷困，逃到外地或饿死的人不少，而青吏们趁机搜刮勒索民财以饱私囊。“举欣欣然日有所得”。苏轼面对这种情形感慨地说：“苛政猛于虎，水旱杀人百倍于虎，而人畏催欠乃甚于水早。”（《论积欠六事》）
苏轼是三月十六日到扬州任的，他上任后立即上书朝廷要求免除积欠，在他的多次请求下，朝廷于七月下诏免去积欠。苏轼对此无比欣慰，挥笔写下了“诏书宽积欠，父老颜色好”的诗句。发运司主持东南潜运，过去听任船上私运货物，征税也不留难。船主因此很富有，以官船为家，填补官船的亏空，并救济船夫的乏困，所以运货没有疏漏且能及时到达。近年来发运司不许征税者有小过失，一切权宜办法都不许存在，造成了船弊人困，船夫经常盗取运送的货物以救饥寒，公私都有损害。苏轼了解到这种情形后，上奏要求恢复旧例。朝廷批准了他的要求。
苏轼每到一地，一般都有文人名士赶来与他相聚。他的门生晃无咎是扬州通判，听说老师要来，走出老远把苏轼迎接到郡，苏轼在《次韵和晃无咎学士相迎》诗中写道：“赖有风流贤别驾，犹堪十里卷春风”。足见他与晃无咎相见时的心情十分偷悦。明朝时的曹臣在《舌华录》中讲述了个故事，说是有一天苏轼在扬州待客，大书法家米带也在客人之列。酒半酣，米带站起自我夸赞地说：“人们都说我癫狂，我今天想听听苏轼对我的评价。”苏轼笑着说：“我服从大多数人的意见。”
八月，苏轼以兵部尚书调离扬州。本来，57岁的苏轼在政治上已无雄心大志，只想实实在在的为百姓干些好事，然后抽身退步归老林下。这次到扬州任职不到半年时间，又要在调任的旅途中奔波许多时日，使他心里很不痛快，笔下也就发了牢骚：“二年阅三州，我老不自惜。团团如磨牛，步步踏陈迹。”（《送芝上人游庐山》）把许多精力耗费在频繁调动的往来道路上，人生是不会有什么作为的，但这也是没有办法的事，他不想也无法去抗争了。当京官是许多人求之不得的事，但他对此很漠然，对重人互相倾轧的官场存有畏惧心理，只希望“无过亦无功”（《次韵秦少游王仲》），再不受到政敌的攻击就行了。他是怀着明哲保身的心理再次踏上赴京旅途的。