南京冠生园陈馅月饼事件被央视曝光后，江苏省和南京市有关卫生防疫部门、技术监督部门于当天下午组成调查组进驻该厂，对其加工现场进行检查。9月4日，南京冠生园的月饼成品和馅料库被卫生监督部门全部封存，企业被勒令全面停产整顿。从9月4日清晨开始，当地商家紧急将冠生园的各类月饼产品撤下柜台，并决定停止销售冠生园月饼。另外，购进冠生园月饼的商家也纷纷向厂家要求退货，外地的经销商纷纷退货和撤销订单。
这就意味着：1918年起创立的倾注了多少代人心血的南京“老字号”冠生园就因此轰然倒下。
在南京采访期间，市民们的街谈巷议，都把眼下的企业破产与年前的曝光事件直接联系起来。甚至连出租车司机听说记者是来采访冠生园的，也脱口议论了几句：“被电视台和报纸这样曝光以后，还有谁敢去买冠生园的东西？这样的黑心企业就应该让它破产！”南京市商贸局的一位人士也说，在媒体集中曝光之前，南京冠生园的经营情况还算不错，每年都会有一定的利润，但是，曝光之后，不只是月饼，就连其他产品如元宵、糕点等也卖不出去了，企业很快就垮掉了。
使用陈年馅做月饼的隐情被揭露后，冠生园的确受到巨大的市场冲击。工商部门进厂调查，卫生防疫部门再三检测，“南京冠生园”月饼在全国范围内被撤柜。南京分布最广的连锁商业零售企业——苏果超市的一位营销人士介绍说，虽然撤柜后商家又接到通知说“南京冠生园”的月饼陈馅在菌群卫生指标方面均为合格，可以恢复在市面上销售，可是，一些顾客一听说是“南京冠生园”的产品，就避之唯恐不及，都没人敢买。
“陈馅事件”不仅沉重打击了南京冠生园，还给当年的月饼市场走势蒙上了一层阴影。据统计，2001年，全国月饼市场与往年同期相比，销售减量高达四成。