慈航法师，俗姓艾，名继荣，字彦才，清光绪二十一年（1895年）生于建宁县溪口乡艾阳村一个耕读世家。6岁那年，小继荣入私塾读书，11岁时，母亲去世，小继荣无奈辍学后拜师学习裁缝。17岁时，父亲去世，次年，继荣前往邻县泰宁大金湖庆云寺剃度出家，法名慈航。半年后，慈航又离开泰宁，来到江西九江能仁寺受具足戒。
受戒后的慈航，曾辗转前往泉州开元寺、宁波天童寺、南京栖霞山、扬州高旻寺、安徽九华山、浙江普陀山等地学习佛法。期间，慈航曾学禅于圆瑛法师，听教于谛闲法师，学净于度厄长老，奋发图强，潜心修学。
因为过早辍学，文化基础薄弱，慈航深感学习的吃力。于是，慈航又于1927年来到位于厦门南普陀寺的闽南佛学院继续深造。三个月后，因为佛学院闹学潮，慈航不得不离开佛学院。虽然慈航在闽南佛学院学习的时间不长，但是因为受到南普陀寺住持兼佛学院院长太虚法师佛教革新以及“人生佛教”等理念的影响，慈航立志要走出寺院，走入社会，革新佛教，普利众生。
慈航在闽南佛学院学习期间，太虚法师就曾语重心长地对他说道：“宝岛台湾是我中华国土，甲午海战后沦为日本殖民地，如若日后有机会，你一定要争取赴台弘法。”
离开闽南佛学院之后，慈航来到南京毗卢寺，任中国佛学会筹备处庶务。1929年，慈航又出任安徽安庆迎江寺住持。慈航在迎江寺创办佛学研究部、僧伽训练班和义务夜校，他整饬寺规，大力宣扬佛法，一时崇佛风气大兴。
为了让太虚法师倡导的佛法革新等理念走向世界，慈航于1930年来到缅甸仰光。慈航在仰光开办中国大乘佛教讲习班、仰光中国佛学会，又创办了《觉世童刊》和《慈航月刊》。“九·一八”事变爆发后，慈航非常关心国家民族的前途和命运，积极支援国内的抗日救亡运动。每次弘扬佛法之前，慈航都要怒斥日本帝国主义的罪行，号召全民投身抗日大业。慈航说：“佛教无国界，但是僧侣有自己的国家。我虽然不鼓励出家人上阵杀敌，但是我们可以去救死扶伤，这就是大乘佛教积极入世的精髓所在。”
抗日战争胜利后，慈航在马来西亚槟城联合众多寺院，隆重举行“追悼抗战阵亡将士大法会”，告慰牺牲的英灵。
1947年，太虚法师在上海圆寂，一时中国佛教革新运动可谓群龙无首。慈航又一次站了出来，他撰写刊物——《中国佛教革命的呼声》，并寄赠国内各大寺院和佛学院，号召全国青年僧侣参与佛教革命，呼吁各地寺院要有规划地发展各类佛教事业。
1948年秋，慈航应台湾新竹县圆光寺主持妙果法师之邀，前往台湾创办台湾佛学院。除了台湾佛学院之外，慈航还先后在台湾创办了“灵泉佛学院”、“狮山佛学院”、新竹青草湖“灵隐寺佛学院”等佛教教育机构。1950年初，慈航入汐止秀峰山“弥勒内院”讲法，开始了其较为稳定的佛法教育，弥勒内院也因此成了台湾的佛学中心。
1954年5月，慈航圆寂，以缸入殓。五年后，慈航弟子遵其遗嘱开缸，发现其肉身不腐。慈航成为台湾第一尊肉身不腐、全身舍利的金身菩萨，也是我国十大肉身菩萨之一。