东汉建安元年（196年），析侯官县设建安县，隶属会稽郡，为福建省历史最为古老的五个县之一。三国吴永安三年（260年），设建安郡，治建安县。晋朝太康元年（291年），属江州。唐武德四年（621年），设建州，故“福建”之名乃于福州和建州各取首字而来。唐乾元元年（758年），隶属福州都督府。
唐代宗大历十二年（777年），割沙县属汀州。五代南唐保大四年（946年），升归化场为归化县，永安场为建宁县，松源镇为松源县。
南宋绍兴三十二年（1162年），建州升格为建宁府。
元至元元年（1264年），建宁府隶属江浙行中书省。十五年，改建宁府为建宁路，改隶福建。十七年，改建宁路威总管府，隶属福建宣慰。至正二十二年（1362年），设建宁分省，不久后被废。
明洪武元年（1368年），建宁路复名建宁府，隶属福建布政司。景泰八年（1457年），增设寿宁县。至此，建宁府共下辖8县，分别为建安（县治在今建瓯市）、瓯宁（县治在今建瓯市）、浦城、建阳、松溪、崇安（县治在今武夷山市）、政和、寿宁。
清承明制。
辛亥革命后，建安、瓯宁两县合并为建瓯县。1934年，建宁府隶属福建省第十行政督察区，后改为第三行政督察区。1945年设周宁县。
1949年5月13日至1950年2月，建宁府各县相继解放。1956年，增设南平市，后又先后改名为建瓯专区、建阳专区、南平专区、建阳地区、南平地区。1989年，改崇安县为县级武夷山市。1992年，建瓯撤县设县级建瓯市，1994年，建阳撤县设市，同时撤销南平地区，设省辖地级南平市，原南平市改为延平区。
现建宁府故地八县分属南平市和宁德市，其中为南平市辖3个县级市：武夷山市、建瓯市、建阳市和3个县：浦城县、松溪、政和，宁德市辖寿宁和周宁。