1939年9月，第二次世界大战爆发，国内正处在抗战相持阶段，国民党的反共摩擦活动也日益加剧。这时候的盛世才，对亲苏亲共已表现出动摇，并开始上下其手，酿造血腥，接连制造杜重远案、阿山案、回案、崔荣昌案、六星社案、陈培生案等等各种所谓“反政府”的“阴谋暴动案”。浓重的杀气压在四周，新疆民众，尤其是公务人员，人人自危，提心吊胆。
杜重远被软禁被逮捕入狱，继而被秘密杀害，受杜案牵连而被逮捕者达1200余人。盛世才在《四月革命的回顾与前瞻》中说：参与此次阴谋暴动案主要者汉族有，杜重远（新疆学院院长）、张宏与（财政厅长）、李佩柯（官药房经理）、王兆庆（城防营长）、姚雄（伊犁警备司令兼行政长）、陈培生（边务处长）、崔荣昌（团长）、杨德祥（阿山警备司令）、姜作周（中学校长）、刘贵斌、邢国文；维族有，阿不都大毛拉（建设厅长）、库尔班尼牙孜（公安管理处副处长）；哈族有，沙里夫汗（阿山行政长）、艾林群王、布哈特贝子；回族有，蓝延寿（副厅长）；归化族有，别克迭也夫（公路局长）。这个阴谋组织，预备在九一八民众纪念大会上起暴动，如九一八准备未成熟，即在三十年四一二举行暴动。
盛世才的这一次“肃清”运动，虽未直接打击中共党员，但却把中共的群众几乎扫光了。同时又逼使被逮捕的“人犯”在口供中牵连到当时苏联驻迪化的代理总领事欧杰扬克，说欧杰扬克支持托派杜重远等夺取新疆破坏抗战的阴谋。
莫斯科即派葛内金、恰克雷金来迪化参加审讯工作。葛、恰二人提审了维族“人犯”24名。这些人把以前的供词完全推翻了，他们以所受酷刑之伤痕为证，证明他们的冤枉。而盛世才除了“人犯”的口供外，又拿不出其他任何证据来，于是葛内金等怀疑到盛世才所派的审判人员，如公安管理处处长李英奇、视察处处长刘秉德等人，别有企图，蒙蔽政府。葛等举出许多理由，证明这个阴谋案完全是子虚乌有，并写成意见书提交盛世才。盛当时非常震怒，立即亲提翻供的“人犯”，或者刑讯，或者抚慰。这些“人犯”在这种情势下，自然不敢再翻。库尔班色衣托夫等人且亲自撰悔过书，把以前的自供更扩大了，并声明他们的翻供完全出于葛内金等诱导。盛即据此，把各项审讯笔录译成俄文，共162册，819页，包括53名“人犯”的口供与总结，寄交在莫斯科学习的盛世骐转呈斯大林。盛世才两次给斯大林上书，说明此事。斯大林并未理会此事，只是将陈培生调回，又分到中国其他地方做地下工作。
盛世才1937年、1940年搞的阴谋暴动案，都是在所谓“革命”的外衣下进行的“肃反”工作，打击的对象都是所谓托派分子和其他各种“反动”分子。炮制杜重远案时，盛世才曾经发布三个布告：第一个是1939年冬发出，内容是“为了防止敌探汉奸，由国内混入新省进行破坏工作，定出对国内来人的限制，和对国内来人冒名顶替和假造履历的处罚办法”；第二个是1940年春发出，“号召公务员及民众互相监视和检举敌探汉奸托匪”；第三个是1940年5月底发出，也是号召切实检举敌探汉奸托匪，并允直接向他告密。盛世才的这些做法与苏联大清洗的影响不无联系。20世纪30年代苏联大清洗时期，在莫斯科举行了三次举世瞩目的大审判，可以说是这次大清洗的主要标志。第一次在1936年8月，被审的是所谓“托洛茨基—季诺维也夫联合总部”阴谋集团，季诺维也夫等16人被枪决；第二次在1937年1月，被审的是所谓的反革命组织“平行总部”，拉狄克、皮达可夫等17人被处死；第三次在1938年3月，被审的是所谓“右派托洛茨基集团”，布哈林、李可夫等21人被枪决。1937年6月还审判了一批著名红军将领，图哈切夫斯基、亚基尔、乌博列维奇等8人，罪名是参加“反苏托洛茨基军事组织”。在此，仅以这次为例看一看大清洗情况。斯大林以图哈切夫斯基元帅为序幕，导演了一场惊心动魄的肃反运动。在这一过程中，5名元帅中有3人被处决，1人长期沦落异国；此外，15名集团军司令中有13人，85名军级干部中有57人，196名师级干部中有110人，406名旅级干部中有220人都被合情合理地“清洗”掉了。军队干部如此，地方干部，以及那些不显眼的技术人员不用多想，绝对好不了多少。对自己的同志都不肯刀下留情，至于阶级异类的地富，情况显然也就更糟了。可以看得很清楚，所有这些受害者的主要罪名均同托洛茨基有关；当然，另外还有一个罪名是外国间谍，这是为了加重罪行。审判完全凭口供定罪，酷刑之下，屈打成招。
盛世才加给杜重远的罪名也是托派，诬说杜重远等人受重庆托派首领陈原的派遣来新疆。杜重远在审讯笔录中说：“我决非托派，硬说我是托派，此系最痛苦者，比受刑还苦。真奇怪，听你们所说，就像比我自己还清楚，但问我自己有这样事没有，我自己总比你们详细……我不了解，为什么一定说我是托派。汉奸、托匪都加到我的头上了，我究竟是什么东西，只有我自己知道。这些话都不说，一说就有问题，就说我翻供，我决不翻供……哎呀，我那个供是怎样写出来的呀！”杜重远还有一条“罪状”，是以日本帝国主义为背景，受汪精卫活动费2万元来新疆活动。
当时中共在新疆的代表陈潭秋指出：这次案件的意义是新疆反动派用诬蔑陷害的手段，向进步分子的大举进攻。他们利用杜案罗织株连，企图将进步分子一网打尽，虽然在这一案件中被捕的确实有些坏分子，但左翼文化人与新疆本地的进步青年也捕了不少，他们在新疆活动据我所知也做出明显的成绩，并无任何反政府的言行，虽然他们中间有的人对政府设施曾表示不满。所谓“阴谋暴动案”在新疆是连续不断地发生。“每次逮捕都引起社会极大的不安，人人感觉自危，大家只好缄口埋头敷衍吃饭。”
杜重远案件是盛世才背叛六大政策，反苏反共表面化的一个严重步骤，是盛世才向右转的公开信号。虽然这时盛世才还举着亲苏亲共的旗帜，但是抛弃这个旗帜，只不过是时间问题了。