改革开放以来，农村面貌发生了巨大变化，农业经济快速发展，农产品供给实现了由长期短缺到总量基本平衡、丰年有余的历史性转变，农民生活有了很大的提高。然而，进入20世纪90年代，农业、农村和农民出现了一些新情况和新问题，其中尤为突出的是农民增收困难、税费负担过重。这一时期，山东省农民人均纯收入比上年增长4.3%，不仅低于同期城镇居民人均纯收入增长7.4个百分点，也落后于当年本省GDP增长6.1个百分点。而且，农民税费负担的增长超过农民收入的增长。据有关部门统计，不计农民社会负担和两工，1998年农民人均上缴税金和提留统筹费已由1993年的141元上升至281元，增长了近1倍，年均增长14.7%，高于同期农民人均纯收入年均增长速度。
一、农村税费改革试点前农民税费负担现状
农村税费的概念比较宽泛，它包括农村的各种税收，向农民收取各种费和“两工”等。
1.各种税收。从农村税费改革试点前的税收项目看，农民直接负担的主要有农业税、农业特产税、牲畜屠宰税和农村个体承担的工商税等。
2.各种收费。
（1）乡统筹。农村统筹资金是用于提供农村公共物品的资金。过去人民公社时期，对公共产品的需求主要靠公社内部解决，所需筹集的经费也不进入国家公共收支系统。1983年撤消人民公社、建立乡镇政府时，国家赋予乡级政权的职能是领导本乡的经济、文化和各项社会建设，做好公安、民政、司法、文教卫生、计划生育等工作。由于国家财政没有足够的财力支持乡镇建设，划给乡镇的财力只能满足乡镇政府实现其一部分职能，其余的所需资金由乡镇政府在所辖的农村社区范围内筹措。因此，现行政策允许农村办学、计划生育、优抚、民兵训练、交通这五项公共事业所需费用在全乡范围内统筹。即所谓的“五统”。
（2）村提留。农民除对乡级农村社区承担经济负担外，农民还对村级农村社区承担经济负担。现行政策规定，村级组织可对农民收取公积金、公益金和管理费。公积金用于农田水利基本建设、购置生产性固定资产、兴办集体企业；公益金用于“五保户”的供养、对特别困难户的补助以及其他集体福利事业；管理费用于干部报酬和管理开支。这就是“三提留”的由来，其实质基本上是承担村级组织提供的公共物品的成本。
从表面上看，近几年大部分省市农民向乡村集体经济组织缴纳的提留统筹费占上年人均纯收入的比例没有突破5%的限额，但实际上隐含着两个问题：一是农民上缴的提留统筹费绝对额增长较快，二是一些地方成倍虚报农民收入，人为提高人均收入水平。有的地方甚至层层下压指标、速度，并以此为依据，多收农民的提留统筹费，从1993年到1998年，全国提留统筹费由380亿元增至729.7亿元，年均增长13.9%。按人均计算的提留统筹费由44.6元上升至84元，年增13.8%。
（3）乱集资、乱收费、乱摊派以及各种名目的社会负担。近年来农民反映最强烈的问题，就是各种集资、行政事业性收费等社会负担名目繁多，增长过猛。据有关部门统计，农民来信来访中反映“三乱”的问题居第一位。主要是一些地方巧立名目向农民乱收费、乱集资、乱罚款，收费项目少则几十个，多则百余项。还有一些地方运用司法手段收费，强迫农民借款、贷款缴税费、集资，集体举债，向农民转嫁债务。计划生育、中小学、结婚登记、建房、水电价等乱收费继续存在，有的地方结婚登记搭车收费高达600多元。其次是违反规定的集资没有停下来。道路、水利、用电集资年年增加。有的省市农民在向水利部门缴纳水费（包括水利民工折款）后，还需另外支付支渠长、看口员、接水员、炊事员的工资、招待费和本应由公积金支付的小型农田水利建设费用。有的地方借农村电网改造向农民摊派。报刊摊派问题仍然突出。目前一个中等村的报刊摊派额都在3000~4000元，个别的高达8000~13000元。
在“三乱”中，反映最强烈的是农村中小学乱收费。一是学校乱收费，擅自设立收费项目、制定收费标准，一些学校违反审批程序和权限规定，自立项目、自定标准收取水电费、实验费、图书配置费、护校费、毕业生考务费等。二是行政主管部门违反国家的法律法规和政策的乱收费，如下达课外读物征订任务，强制推销医疗保险、平安保险，从中收取较高代办手续费；在招生中实行“双轨制”，有的教育行政主管部门故意压缩计划内学生规模，高额收取线下生借读费，而有的少招计划内学生，多招计划外学生，从而达到高收费、多收费目的。三是地方政府违反规定擅自收取集资费、建校费等，偿还因“普九”达标欠下的债务。四是社会向学校摊派的问题也比较普遍，少数地方修路、建自来水厂、改造电力线路、改换变压器也向学校摊派和向学生收钱。
3.每个农村劳动力承担的“两工”。每个农村劳动力承担的“两工”即义务工和积累工近年来也在逐年上升，由1994年的16.4个上升至1999年的18.2个，个别年份达到23个以上。1999年，每个农村劳动力承担的“两工”折合现金人均负担增加到89.3元，是1994年的2.3倍。
农民负担既是个经济问题，也是个政治问题。农民负担过重，不仅影响农民农业生产积极性和农民生活水平的提高，而且也有损党在农民群众中的形象，影响基层政权的稳固和全社会安定。党中央、国务院一贯重视农民负担问题。从1990年起，中共中央、全国人大、国务院、国务院有关部委局先后发出几十个涉及农民负担的文件，对农民承担的税收、提留、统筹、劳务等各项收费做出了明确规定。如1993年7月22日，中共中央办公厅、国务院办公厅发出《关于对农民负担项目审核处理意见的通知》（以下简称《通知》），《通知》中取消中央和国家机关有关文件涉及农民负担的项目37项；取消要求农民出钱、出物、出工的达标升级活动43项；暂缓执行项目2项；需要修改的项目，如婚姻登记费、公路养路费等17项；纠正具有强制、摊派和搭车收费行为的14项。通过各级党委、政府和基层干部的一致努力，减轻农民负担工作收到明显成效。各种要求农民出钱、出物、出力的达标升级活动明显减少；农民承担的村提留、乡统筹合同内负担得到控制；合同外的收费、集资、基金等社会负担逐年加重的势头得到控制。
国务院农民负担主管部门的统计资料上显示：“八五”期间，全国农民的提留统筹占农民人均纯收入的比例均控制在5%以下。1991年为29.2元，占上年人均收入的5.2%；1992年为31.0元，占上年农民人均纯收入的5.2%；1993年为44.6元，占上年人均纯收入的4.68%；1994年为53.9元，占上年人均纯收入的4.8%；1995年为63.7元，占上年人均纯收入的5.2%。“九五”期间，又进一步下降，1998年降至4%。从这里可以看出，农民人均负担的乡统筹和村提留款占人均纯收入的比例总体是呈下降的趋势，“三乱”的治理也取得一定的成效。但是农民向集体缴纳的提留统筹费和承担劳务绝对额明显增加，减负的工作仍很繁重。
二、农民税费负担过重的成因分析
1.行政体制改革严重滞后。改革开放以来，我国的体制改革主要在经济层面展开。行政层面的改革，虽然有一些进展，但很少有实质性内容，加之配套措施不力和启动时间不长，迄今为止收效不大。因此，虽然市场经济体制已经初步建立，但与市场经济相适应的行政体制，仍处于襁褓之中。现行行政体制运行带有较浓的计划体制色彩：（1）政府职能转变慢，地方政府直接介入微观经济活动，干预农民生产经营的事还较为普遍。偏激一点的说法是，在人民公社时期，乡村干部“催种催收”；现在的村干部不仅“催种催收”，还“要钱要命”（征收税费和抓计划生育）。（2）行政体制的管理型色彩较浓，服务型色彩较弱，甚至一些服务型职能，往往也要通过管理型方式去履行。（3）组织行政化，下级组织过分追求对上代理化的势头没有得到有效的抑制。（4）政府行为不规范，部门权力无约束。各部门片面追求上下对口的倾向，较为普遍。
行政体制改革滞后，在实践中容易引发下列两方面的实际问题，成为导致农民负担问题的重要原因。
一方面，政府机构膨胀快，运行费用消耗大。从政府运行的一般规律来看，由于公共服务费用筹集的分散性，和其利益分配的集中性；由于政府部门的工作性质，具有一定程度的垄断性；政府部门往往具有较强的追求自我扩张的倾向。这种倾向如果不能得到有效的抑制，必然导致政府机构膨胀，人员增加，“吃饭经费”消耗大。在我国，由于行政体制改革滞后，对于政府部门追求自我扩张的倾向，外部制约机制不健全，作用力度不大；因而，政府部门的自我扩张倾向，通常更为强烈。在这种强烈的自我扩张倾向的作用下，我国政府部门往往“中心工作”较多，其运行费用大的问题更为突出。从改革开放以后，到最近一轮的机构改革之前，在全国范围内，机构改革、精简人员的工作已经进行了好几轮。但每一轮改革之后，随之而来的往往是更大幅度的机构扩张、人员反弹。
另一方面，农村公共产品的供给，对需求的动态适应性不强；供给过剩和部分短缺现象并存，供给成本较高，增长无序的现象难以避免。由于行政体制改革滞后，计划体制的色彩较浓；对农村公共产品的供给起决定作用的，往往不是农村社区内部的需求，而是来自社区外部自上而下的行政指令，如来自上级政府部门的收费和达标升级活动；供给决策程序基本上是自上而下的。因此，政府部门强烈的自我扩张倾向的作用，往往导致农村公共产品的供给以政府为主体，对来自民间方面的供给积极性调动不足。其结果是，农村公共产品不仅在总体上容易出现供大于求，而且供给对需求的动态适应性不强，供求结构错位，供给成本相对较高的问题比较严重。对公共资源的使用，支撑着公共产品供给的形成。由于行政体制改革滞后，加之信息不对称和“搭便车”问题的困扰，对于农村公共资源的使用过程，往往缺乏得力的外部监督机制。因此，对于农村公共资源使用中的浪费及政务冲击村务的现象，对于农村公共产品的生产和供给过程中政府部门的逐利行为难以进行有效的制约。不仅如此，现行行政体制中的地区分割、部门分割，及与此相对应的地区、部门利益的相对独立性，还会导致在农村公共产品的供给中，出现地区之间、部门之间竞相攀比的现象。这些因素的综合作用，往往导致农村公共资源的使用和公共产品的供给，不仅效率低下，而且增长无序。由此，往往产生两方面的后果，一是增加对农村公共资源的筹集需求，进一步提高农村公共产品的供给成本；二是难以避免这种“增加”和“提高”，出现无序的格局。
政府的运行费用和农村公共产品的供给成本，最终都需要通过微观经济主体来承担。农户是中国最大的微观主体群。因此，上述两方面的实践问题，最终必然会引致农民负担的增加。当然，在地区之间，由于经济结构的差异，上述问题可能产生的影响，往往有一定的不同。在那些乡镇企业比较发达的地区，政府的运行费用和农村公共产品的供给成本，可以通过乡镇企业或由其贡献的财政收入来消化。因此，在这些地区，至少从表面上看，农民负担往往不重。但在那些经济不发达、特别是以农为主的地区，政府的运行费用和农村公共产品的供给成本，只能主要依靠农民的税费负担来吸收。在这些地区，农民负担显得很重，往往是难免的。
2.分税制改革不彻底，财政包干体制和税费提成制度的影响较深。从1980年开始，我国财政体制改革，已经经历了好几次。但在整个20世纪80年代和90年代初期，财政体制有一个共同的基本特点：各级财政在划分预算收支的基础上，实行分级包干，属于财政包干体制。财政包干体制导致了各级地方政府，成为相对独立的利益主体，形成了其经济行为的实体化倾向；也推动了诸侯经济、地区攀比、画地为牢、盲目投资、重复建设等低效率现象的产生。前者往往导致那些本应由国家财政开支的项目，被层层转嫁到农民身上。后者则增加了各级政府运行和城乡公共建设对于投入的需求。因而，财政包干体制成为当时导致农民负担不断加重的重要根源。此外，当时的财务管理体制，允许一些行政执法部门，对罚款和收费进行提成，调动了一些部门和个人进行收费和罚款的积极性。这种财务管理体制的运行，也成为拉动农民负担增长的重要力量。
1994年开始实行的分税制改革是我国财政体制中的一项重大改革。经过几年的运行，分税制改革取得了积极的成效，但是，它的不完善之处也是显而易见的。我国现行的分税制改革，主要是在中央和省之间展开的，在省级以下的改革进展较慢。迄今为止，此项改革在各级政府之间，较多地注意了划分收入，但在事权划分上仍很混乱。由于分税制改革的不彻底，特别是在省级以下，现行财税体制的运行，仍然具有财权与事权不对称、各部门自求平衡的特征，财税包干体制的痕迹依稀可见；甚至在某些方面，财政包干体制的特征，还得到了进一步的强化。比如，在不少地方，各级政府不仅层层下达了税费收取任务，还经常根据税费收取的一定比例，对乡村干部进行提成。因而，在现行财政体制下，各级政府、甚至政府各部门，出于自身利益的需要，往往会采取下列两方面的行为。这两方面的行为，都会成为推动农民负担增长的源泉。（1）尽可能地上收财权，下放事权。各级政府部门往往倾向于将那些收入多、增长潜力大的税种收入，全部或高比例上收；将那些需要投入多、难度大的事，向基层下放。其结果是，一方面，增加了乡村支出，削弱了乡村财力，增加了其开支缺口；另一方面，导致在乡村两级，往往是有事权而无财权，只得向农民和乡镇企业伸手。（2）千方百计地广辟财源，自上而下层层自行出台了名目繁多的行政事业性收费及政府性基金、集资、罚款等，以此来向农民伸手，实现“养人”和“建设”。在不少地方，现有财政体制的运行，进一步强化了各级地方政府追求财政“增收”的欲望。为尽可能地提高本级财政的留成，各级政府部门都给其下级，下达了不断增长的财政收入目标和上缴任务。特别是在乡村两级，由于把这些任务的完成情况，同部门利益和乡村干部的个人利益“捆”在了一起；乡村干部往往受到较强的激励，去关心税费的收取；甚至不惜为此进行各种超常的努力，采取非常的手段。比如，在有些地方，有关乡村如果能够超额完成税费的收取任务，乡村主要领导人不仅能够得到相应的奖励，还有可能被提升。如果不能如期完成任务，则往往被上级政府当做“政绩不好”，而受到批评、甚至“降职”处理。通常认为，农业税实行的是轻税政策；但是，实施分税制改革后，农业税、农林（业）特产税被划为地方税种，此举激发了地方政府在这些方面加强税收征管工作的积极性。以至于加上地方税农业附加因素，广义农业税的实际征收税率，比分税制改革前出现相当幅度的提高。如果将农业与工商业进行横向比较，现有的农业税税率甚至并不像大家想像的那样低。
3.农业税制改革滞后，农业税收入的正常增长，不适应农村公共支出迅速增长的需要。现行的农业税制，仍主要沿袭1958年制定的《农业税条例》的框架。该条例执行初期的基本背景是，新中国成立的时间不长，计划体制的框架基本确立，需要巩固；在农村经济和财政收入的总量和增量中，农业、甚至粮食占据举足轻重的地位；农业的纳税主体主要是农业合作社。自农村改革开始以来，我国农村经济的运行环境、产业构成、乃至纳税主体，都发生了根本性的变化，整个国家的税收制度也经历了全面的改革。但是，除采取了一些微调措施外，农业税制基本上是几十年一贯制，已经越来越不适应农业和农村发展的需要，甚至成为推动农民负担问题产生和发展的重要原因。（1）农业税制老化，不适应农村经济发展和结构调整的需要。农业税的征收主要是针对种植业，特别是粮食生产；导致农民从事种植业与从事林牧渔业相比，从事第一产业与从事第二、第三产业相比，税收负担往往畸轻畸重。传统的粮食主产区相对于非粮食主产区，税收负担过重的问题也比较突出。从严格意义上讲，农业特产税是农业税的一部分，并不是一个独立的税种。当初设立此项税种的目的，在于调节农林特产收入，平衡农林特产与粮食作物生产的负担，稳定粮食生产。随着短缺经济的消失，设立此项税种的条件已经部分消失。从实践来看，农业特产税据实征收难、征收成本高的问题，也比较突出；许多地方的农业特产税，大都用于平衡地方财政预算收支，没有返还于农业，扶持粮食生产。现行农业特产税政策，不利于调整农业结构、提高农民收入。（2）计税土地与实际土地面积严重脱节，“有地无税”和“有税无地”现象日益严重；计税常年产量一定几十年不变、使农业税实际上变成了包税制。增设农业特产税以后，广义的农业税重复征收和漏征现象并存，问题比较突出；加之农业税和农业特产税性质含混不清，不利于实现农业税负的公平性、合理性，难以有效发挥税收对农业发展、农业结构调整和农村收入分配的调节作用。（3）农业税计税常年产量，严重低于实际产量；地方政府通过农业税筹集的资金增长乏力，不能满足农村公共支出迅速增长的需要，被迫转向在农业税之外，开拓新的税费收取渠道。特别是在那些经济结构以农业为主、农业税成为地方财政主要收入来源的地区。
4.现行农村提留统筹制度和有关政策规定，在一定程度上，导致了农民不合理负担的合法化和农村税费关系中不公平现象的产生。20世纪70年代末80年代初，随着联产承包制的实施，农村提留统筹制度也随之确立下来。但是，这种农村提留统筹制度从根本上说，仍然对应于人民公社体制“三级所有、队为基础”的框架和以农业为主的经济结构。与这种制度相对应，农民负担主要包括农民交给国家的、留给集体的两部分。20世纪80年代初期废除了人民公社体制以后，与之相对应的农村提留统筹制度仍然保留了下来，并沿袭至今。
农村现行提留统筹制度的问题，也在很大程度上，与农村土地产权不清有关。随着联产承包制的确立、人民公社制度的废除，与土地相对应的农村集体经济组织，在我国多数地区，实际上已经不存在了。但我们在有关政策规定上，仍然抱着农村土地集体所有的教条。按照《农民承担费用和劳务管理条例》的提法，村提留、乡统筹费属于集体资金。这意味着，存在乡村两级集体。因此，从逻辑上看，这个条例并没有真正承认废除人民公社制度的现实，充其量只是把过去人民公社的“三级所有、队为基础”，变相地转换为“三级所有、户为基础”。可见，现行的农村提留统筹制度，实际上沿用了“三级所有、队为基础”的收益分配方式，导致了一些不合理的过时事情合法化。从运行实践上看，它扰乱了农村公共分配关系，与废除人民公社制度的改革现实相矛盾；它人为增加了农村产权关系的模糊，导致了税、租、费分配关系的紊乱；为侵害农民利益、增加农民负担提供了可能；是导致农民负担不断加重的根源之一。
1991年12月，国务院发布的《农民承担费用和劳务管理条例》，是一项具有法律效力的重要文件，旨在限制农民不合理负担的增加、保护农民利益，把对农民负担的管理纳入法制化的轨道。制定该条例，动机是良好的；实施该条例，也取得了一系列积极的效果。但是，该条例本身的缺陷，也是相当明显的，它实际上把现行提留统筹制度，用法律的形式固定了下来，把本应由政府而不应由农民来承担的费用，合理合法地让农民来承担，在客观上导致了农民的不合理负担合法化。该条例在一定范围内还为面向农民的税费收取提供了方便。按照《条例》规定，农民的合理负担，包括农民向国家缴纳的农业税，完成国家的农产品定购任务，依法承担的村提留、乡统筹费和劳务（农村义务工和劳动积累工）以及其他费用；承担这些合理负担，是农民应尽的义务。村提留和乡统筹费，是农民直接向集体经济组织缴纳的。但是，自从20世纪80年代初期废除了人民公社制度以来，在我国大多数农村，乡村作为集体，都只是虚幻的，实际上是不存在的。因此，设立村提留、乡统筹，实际上是对农民的超经济强制，变相地平调了农民的财产，侵犯了农民的财产所有权。当前，在许多地方，从相当程度上讲，村民委员会名为自治组织，实是乡镇政府的派出机构。村提留、特别是乡统筹，性质含混，是村级组织的运行费用、村级公共建设费用的重要来源和对乡镇建设财力不足的重要补充。在一定程度上讲，村提留、乡统筹费名为集体资金，实为“二税”性质，造成税费之间界限不清、管理混乱，存在着诸多不合理、不公平因素。
此外，按照现行提留统筹制度，以乡或村为单位，提留统筹费的提取，不得超过上年农民人均纯收入的一定比例（上述条例规定是5%）。我们姑且不论这一比例是否定得过高，与农民实际收入的增长水平是否协调；此项规定还容易导致农民灾年负担过重，农户之间因收入差异而出现负担畸轻畸重，违背公平负担的原则。
5.农村缴税纳费主体分散，税费征收交易成本高。随着联产承包经营责任制的实行，农户成为我国农业生产的基本单位，也是我国农村数量最多的微观经济主体。与此相对应，农村经营和纳税主体高度分散，导致了农村税费收取过程中，交易难度增加、交易成本提高。当前，农村税费收取过程中的“跑、冒、滴、漏”现象，经常受到有关方面的批评。这些现象的发生，也增加了农村税费征收的交易成本。目前、农村税费征收方式中的许多问题，如按人或按地均摊，按乡村、而不是农户人均纯收入的一定比例计提；乘收取国家征税之机，搭车收费；委托乡村或粮站代收、代扣，农民交粮过程中“户交村结”；诸如此类的措施，已经产生了一系列的负面影响，降低了农村税费收取的合理性和公正性，为有关部门增加农民负担，提供了方便条件。
6.现行体制下农民不利的交易地位和农民自我保护组织的缺乏。在当前以家庭小规模分散经营为主的体制下，农户作为一个生产经营单位，基本上还不是一个健全的市场主体。因而，一方面，在市场上，他们难以实现与其他行为主体的公平交易；另一方面，在分配上，更不可能平等地与农村基层组织谈判，维护自身利益。农户规模小、数量多的特点，决定了要将农户组织起来，往往成本高、难度大。由此往往进一步导致农民自我保护组织缺乏，农民合作组织、农民协会等发展严重不足；现有的为数较少的这类组织，在保护农民利益的能力方面也较为薄弱。由于这些方面，对有关部门增加农民负担的行为，无论是农民，还是各种农民组织，都难以进行有效的监督和抵制。这是导致现阶段农民负担增长的重要原因。
从上文分析可见，导致农民负担过重的根本原因，主要在于制度因素。而制度因素又可以主要归结为两个方面，其一是农村税费制度因素，其二是农村税费制度外的制度因素，如行政体制、财税体制等等。要从根本上解决农村税费问题，必须双管齐下，将农村税费制度改革与税费外制度改革结合起来。其中，2000年开始，2003年全面推进的农村税费改革试点就是党中央、国务院为了减轻农民负担、规范农村税费关系、深化农村改革的重大举措。