人体内部各脏腑之间的生理活动，由于受某些因素的影响，使原来所处的相对平衡状态遭到破坏，因而引起疾病的发生，这—过程称之为发病，而引起发病的某些因素称之为病因。时振声教授认为，中医的病因学说是在古代朴素的辩证法和唯物论思想指导下形成的，是直观的、笼统的，是根据发病过程和临床表现推理出来的，即所谓“审证求因”。如果没有发病过程的表现，也就不存在所谓的病因，因此中医的病因与发病是密切联系不可分割的。以下仅就《内经》中的病因与发病的内容，及其两者之间的关系，和对后世的影响略述于后。
祖国医学认为疾病的发生，其关键在于机体原来相对平衡的状态遭到破坏，亦即所谓阴阳失去平衡。《素问·阴阳应象大论》云：“阴胜则阳病，阳胜则阴病，阳胜则热，阴胜则寒”，说明阴阳偏胜则疾病的病机属性有寒热之不同。阴阳失调的过程反映了机体与病因之间的关系，亦即正邪关系。中医独特的诊疗体系着眼点在调整机体的阴阳失调，因此对发病过程的认识，重点不在于明确病因，而在于机体的抗病能力，故《素问·评热病论》谓：“邪之所凑，其气必虚”，《素问·刺法论》谓“正气存内，邪不可干”。正与邪的斗争不仅决定着发病，而且也决定着疾病的转归。如《伤寒论》的六经辨证是以阳气及阴气的多少来决定疾病的发展和转变的。正气增长则邪气消退，邪气增长则正气减弱，随着正邪的消长，机体反映出两类不同的病机与证候，即所谓虚证与实证。《素问·通评虚实论》云：“邪气盛则实，精气夺则虚”。因此在疾病过程中尤其要注意正气的问题，即使是祛邪也是要达到扶正的目的。重视机体的正气是祖国医学在发病学上的重要贡献，也是符合辩证唯物论思想的。
一、正虚是发病的根本
《灵枢·百病始生篇》云：“风雨寒热，不得虚，邪不能独伤人，卒然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人，此必因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃客其形”。明确指出了发病过程必因正气虚衰，而后外邪方能乘虚而入，此外来之虚邪贼风，与机体之虚，两虚相得，乃客其形。《素问·八正神明论》亦云：“以身之虚，而逢天之虚，两虚相感，其气至骨，入则伤五脏”，亦是此意。
《素问·太阴阳明论》云：“贼风虚邪者，阳受之，食饮不节，起居不时者，阴受之”，外邪侵犯肌表，肌表属阳，故曰阳受之；内脏属阴，饮食内伤，故曰阴受之。《灵枢·五变篇》云：“人之有常病也，亦因其骨节皮腠之不坚固者，邪之所舍也，故为常病也”。也说明外邪侵入，是因骨节皮腠之不坚。外邪侵及人体，中于阳，甚则传入于内，如脏气实则邪不能入脏，则还之于腑。故《灵枢·邪气脏腑病形篇》云：“邪之中人也，无有常，中于阴则溜于腑，中于阳则溜于经”。如果外邪中于脏，必“阴阳俱感，邪乃得注”。如“形寒饮冷则伤肺，以其两寒相感，中外皆伤，故气逆而上行”“有所击仆，若醉入房，汗出当风则伤脾”“有所用力举重，若入房过度，汗出浴水则伤肾”之类即是，必有内伤于脏，而后外邪方得传入于腑，而阴阳俱感，表里同病。
以上说明了中医认为发病先有正虚，外邪方得乘虚而入。而内伤诸因素，如七情、饮食、劳倦、房室均可导致正气虚弱，这在发病学上有其重要意义。
二、体质强弱影响发病
人的体质因素在发病过程中起很重要的作用，体质不同对病邪的反应不同，也可有不同的发病过程。《灵枢·论勇篇》云：“有人于此，并行并立，其年之长少等也，衣之厚薄均也，卒然遇烈风暴雨，或病，或不病，或皆病，或皆不病，其故何也？少俞曰……皮厚肉坚，固不伤于四时之风”，指出体质不同，表现各异，薄皮弱肉则不胜四时之虚风，皮厚肉坚则不伤于四时之风。《素问·逆调论》云：“人身非常温也，非常热也，为之热而烦满者，何也？岐伯对曰：阴气少而阳气胜，故热而烦满也。帝曰：人身非衣寒也，中非有寒气也，寒从中生者何？岐伯曰：是人多痹气也，阳气少而阴气多，故身寒如从水中出”。指出阴气少、阳气胜的人，虽未外感温热之邪气，亦觉热而烦满；阳气少、阴气多的人，不是衣服单薄，亦非感受外寒，但仍觉身寒如从水中出，这是体质不同，故表现也不相同。热病的转变亦与体质有关，如《素问·热论》谓：“人之伤于寒也，则为病热，热虽甚不死；其两感于寒者，必不免于死”。这里所说的两感，是表里俱受邪，病情较重，之所以形成两感者，其人必有内虚的因素，以致形成这种阴阳俱感、内外皆伤的局面，否则中于阳仅表现出三阳经证候，即使入内中于阴亦留于腑，表现较两感为轻，预后亦较两感为佳。《伤寒论》中的六经转变，当然亦与体质因素有很大关系，素体虚者，感受外邪，可以形成太阳与少阴两感之证，亦可由太阳病迅速传变为少阴病。如《伤寒论》第283条云：“病人脉阴阳俱紧，反汗出者，亡阳也，此属少阴，法当咽痛而复吐利”，即是太阳病转属少阴，由于太阳是少阴之表，素体阳虚者，外感风寒可导致由太阳病迅速转变为少阴病，尤在泾称为太阳飞渡少阴。又如外感湿邪可以寒化，亦可热化，素体脾胃虚弱者则多见寒化，素体阴虚或有胃热者则多见热化。所有这些，都说明体质因素不仅可以表现出不同的症状，而且也可决定病情的转归。
《素问·金匮真言论》有言：“夫精者，身之本也，故藏于精者，春不病温”。认为冬不藏精，至春能病温。朱丹溪亦谓“恣嗜欲以戕贼，至春升之际，下无根本，阳气轻浮，必有温热之病”。李东垣亦认为房事劳伤、辛苦之人，肾水涸竭，无以制春木之发生，所以发为温病，此皆以房劳立说。吴鞠通云：“示人春养生以为夏奉长之地，夏养长以为秋奉收之地，秋养收以为冬奉藏之地，冬养藏以为春奉生之地。盖能藏精者，一切病患皆可知，岂独温病为然哉！《金匮》谓五脏元真通畅，人即安和是也……不藏精三字须活着，不专主房劳说，一切人事之能摇动其精者皆是”。藏精与否，实质上也是针对体质而言的，不藏精不专主房劳，这种看法较为合理，如仅指房劳，则其义则过于狭窄。
三、四时气候影响发病
六淫即四时气候的变化，古人认为外来病因与四时气候变化有关，故特别强调要适应四时气候的变化。如《素问·四气调神大论》云：“夫四时阴阳者，万物之根本也，所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根”。《素问·生气通天论》云：“苍天之气清净，则志意治，顺之则阳气固，虽有贼风，弗能害也，此因时之序”，这些均说明只要适应自然环境的变化，外感一类的疾病就不会发生。
四时气候的变化可以发生各种各样的急性热病(包括疫疠)，它仅仅作为诱因而存在。《内经》认为感四时之常气，则病伤寒与温病，如感受非时之气，是病疫疠，虽然《内经》认识到疫疠的发病特点呈流行性，但病因仍属六气。至吴又可《温疫论》问世，则认为疫疠是杂气为病，与六气有别。如吴氏云：“夫疫者，感天地之戾气也，戾气者，非寒、非暑、非暖、非凉，亦非四时交错之气，乃天地间别有一种戾气”。吴氏的认识在中医界长期占有统治地位，以致认为伤寒温病与温疫之间有明显的区别，实际上伤寒、温病与温疫均是指多种急性热病而言。不能将古人认为的六气所致的急性热病与戾气所致温疫对立起来，因为前者所包括的是多种急性热病，后者所包括的也是多种急性热病，都是属于现代医学传染病范畴，只不过后者呈暴发性或流行性而已。
古人对于伏邪学说中邪伏部位的认识，除了肌肤、筋骨外，还有柳宝贻的邪伏少阴、俞根初的实邪多发于少阳募原、虚邪多发于少阴血分阴分、章虚谷的邪伏血气之中等。由于古人对伏邪的部位是从临床表现推理而来，因此不必追究其到底伏于何处，问题在于外邪能否伏藏于机体。吴又可《温疫论》认为：“风寒所伤，轻者感冒，重则伤寒。即感冒一证……当即为病，不能容隐，今冬时严寒所伤，非细事也，反能藏伏过时而发耶？……况风寒所伤，未有不由肌表而入，所伤皆营卫，所感均系风寒，一者何其檬懵，藏而不知；一者何其灵异，感而即发？”可见吴氏对于伏邪之说是采取否定态度的。吴氏认为：“伤寒与中暑，感天地之常气，疫者感天地之疠气，在岁运有多寡，在方隅有厚薄，在四时有盛衰。此气之来，无论老少强弱，触之者即病。”指出疠气(戾气)为病是触之者即病，但又提出邪伏募原之说，谓“温疫之邪，伏于募原，如鸟栖巢，如兽藏穴，营卫所不关，药石所不及。至其发也，邪毒渐张，内侵于肺，外淫于经，营卫受伤，诸证渐显，然后尽得而治之。方其浸淫之际，邪毒尚在募原，必待其或出表，或入里，然后可导邪而去，邪尽则愈”。吴氏提出邪伏募原与冬寒伏藏至春化温的伏邪概念不同，但是容易混淆。吴氏提出的杂气说，在中医病因学上是一重大发现，是由比较明确的病原侵入机体，经过一定时间而发病，相当于现代传染病的潜伏期。但是冬寒伏藏化温的伏邪不能与潜伏期等同，因为六气的病因，基本上与其病机相混，是从临床表现来审证求因的，可以认为是急性热病的诱因，但不是真正的病因。伏邪学说也是从临床表现推理而来，因此伏邪学说的意义不在于感邪后发病的迟早，而在于区别温病初起的不同证候类型。一般认为急性热病在初起阶段，出现表证，解表后热退或病程较短，症状轻微的，称之为新感；如果一发病即显露出里热炽盛的情况，则会很快化燥伤阴。其中病程较长、症状严重的，称之为伏邪。临床上往往多见是表证出现后，变化迭出，病程延长，症状危重，这种类型则称为新感引动伏邪。
同样是患了疾病，有的症状轻微，有的症状严重，古人以内有伏热来解释，也就是用伏邪学说解释，由此可见，伏邪学说实质上也是属于体质因素的。又如在传染病中，有一些潜在性感染，在机体抗病能力强盛的情况下并不发病。如果由于外感六淫或内伤诸多因素，使机体抗病能力减弱，人体相对稳定被破坏，因而发病，亦可认为是伏邪外发，可以用伏邪学说来解释，这样伏邪学说似又有病因学的概念了。但是古人所指的伏邪学说，恐怕仍以体质因素，即内有伏热的概念做以解释较为妥当。