管子说：“君主治国须注重‘三本、四固’，处理好‘五事’。这样，百姓才能安居乐业。”
朱元璋登基后，先考虑的问题：臣子的爵位与俸禄，经深思熟虑，认定授爵与臣子品德相称，政务精通，上有君子，下有庶民。明朝的江山才能保住、发展与光大。所以说：朱元璋建立明朝，一统天下，就基于居功立业的突破。
朱元璋称吴王后，1366年八月，命刘基等人营建吴王新宫，地处钟山南端，并在旧城以东增筑新城。有意识地为下一步称皇帝作准备。在应天修建了天坛、地坛，为其四代祖先兴建了太庙，命人重新修订了历法《大统历》，并设立了监、翰林院等。1367年9月，新宫、新城工程全部竣工。12月11日，李善长率文武百官奉表劝朱元璋称皇帝，朱元璋装成谦谦君子的样子没有同意。第二天，李善长又率文武大臣奉表劝进，并说；“陛下谦让之德著于四方，感于神明，愿为民生计，早徇群臣之请。”朱元璋半推半就地应了群臣的请求。于是大臣们拟出即位礼仪，着手准备朱元璋登基。1368年正月初四，朱元璋在应天南部设坛祭告天地，在一片乐声中，朱元璋身穿绣满卷龙图案的衮服，头戴冕冠，在对上天毕恭毕敬地行三礼，后由读祝官高声宣诵昭告上天，国号大明，建元借武，朱元璋在文武百官和百姓呼声中正式即皇帝位。接着，他起驾去太庙祭祀皇族祖宗，并在太庙中追尊四代祖父母、父母为皇帝、皇后，再祭告社稷，即土地神。等到所有的仪式完了之后，朱元璋在新宫奉天殿中面南而坐，庄严地接受了朝贺。这位昔日的农家娃、乞食游僧，名正言顺地成为明朝的开国皇帝，之后，朱元璋册封马氏为皇后，立朱标为皇太子，以李善长为左丞相，缘达为右丞相，凡文臣武将均加官进爵，皇族无论死活多被封王。一个新的封建政权诞生了。历史又揭开了新的一页。朱元璋定国号为大明，这是刘基建议的，大明出自明朝，源于韩林儿的小明王称号，改小为大，小明王的称号又取自白莲教“明王出世之意，具有很大的意义。朱元璋用大明作新王朝的国号，第一，表示新政权是继承小明王的，明教徒都是一家人，共享荣华富贵，既可以取得经过浴血奋战闯过来的所有将士们的支持，也可以争取到被奉白莲教的广大群众的拥护，同时向世人宣告明王已经出世了，天下太平了，人民能够过上安稳日子了。第二，大明按儒家理解，明是光明，就是火，明字是日、月组成。古礼有祀”大明“朝”日夕“月的说法，古时候”大明和日、月都是朝廷的正祀，为历代皇家所重视。按阴阳五行说：南方属火，属阳，朱元璋起自南方；北方属水，属阴，元璋克大都，推翻元朝，就是以火制水，以阳销阴，以明克暗。所以，以大明为号，也可以取得汉族地主阶级及其知识分子的支持。朱元璋称帝之后，设都应天。
应天背靠钟山，又临长江，龙蟠虎踞，形势非常险要，从经济角度看，它地处江南，是鱼米之乡，当时全国的经济中心，加上朱元璋身边有不少文臣武将是淮西子弟，家离应天不远，也表示赞同。1368年八月，朱元璋下诏以应天为南京，汴梁为北京。实行了两京制。这样，皇帝在春天可巡狩。随后，北伐又攻下了大都，平定了山西、陕西等地；有人提出应定都于长安或洛阳，也有人提出了北平，总之，众说纷纭，朱元璋觉得都有道理，又都不怎么太满意。后来，他想了又想，认为南京有“长江天险，龙蟠虎踞，江南形胜之地，真足以立国”只是离中原远点，为此，就立了离中原较近的临濠为中都，1369年9月，正式下诏以临濠为中都，先改临濠为中立府，后又改叫凤阳府，设置凤阳县，并下诏营建中都，1923年6月，中都皇陵城竣工，它的规模十分庞大，建筑也非常考究，御道的踏防均刻有九龙四风云朵和龙凤海云朵。所用的城砖也非常规范，一般长四十厘米，宽二十厘米，厚十一厘米，重五十斤或七十斤。此工程耗资巨大，费力费工，进展十分缓慢。到1375年（洪武八年）共六年之久，中都宫殿皇城这才落成。四月，朱元璋去中都察看工程，并慰问将士；但他却正好看到了军士、工匠、民夫们厌镇事件。（厌镇法即厌胜法，是古代方士的一种巫术，说能以诅咒制服所憎恶的人或物）。尽管说朱元璋不会杀了这些不满的人民，但此事也警醒了朱元璋；当年修黄河，民众反元朝，灭之；此时，民困国乏，大规模的营建中都，劳民伤财，是一个重大的失误，想到这里，朱元璋不寒而栗，这不是在走元朝覆辙的老路吗？朱元璋在离开中都前，祭告天地向神明请罪说土木之工既兴，役重伤人……此臣之罪有不可免者。同时，又发生了淮西勋臣打击、陷害非淮西大臣之事，胡帷庸派医生给刘基下毒药致死；朱元璋由此想到，如果回老家风阳立都，这些淮西勋臣们利用家乡错综复杂的宗族关系，恃功骄望，横行乡里，不听约束，更不好控制，四月底，朱元璋下诏，罢中都彼作，同年九月，朱元璋下令改建南京的大内宫殿，力求简朴，只求安固，凡雕刻奇巧都不用了。1377年（洪武十年）十月，改建完毕；宫殿朴素但规模壮观，朱元璋很满意，第二年，下诏以南京为京师，定都南京。同时取消北京称号，仍叫开封府，定都一事宣告结束。朱元璋晚年，也曾动过建都关中的念头，却因为皇太子朱标在这个时候突然病逝了，所以没有办到。