公元1368年，朱元璋建立明朝，年号洪武，以金陵（南京）为都。同年七月，大将军徐达受命率军北征。为支持徐达军北征，洪武皇帝令各卫的粮船都到济宁，然后向前方（指元大都）馈运粮饷。这年闰七月二十三日，徐达军到达直沽（天津），缴获元军海船七艘，用船在河上架起浮桥，以便大军过河。隔了一天（二十五日），徐达军至武清县河西务，缴获元军马600匹，船100余艘，粮2600石。又隔了一天（二十七日），徐达军在通州缴获元军马400匹，船100余艘，粮食4500石。次日（二十八日），元顺帝及后妃、太子们开大都健德门北逃。同年八月初二日，明军攻取元大都，元亡。从《明实录》中辑录的明初徐达军北伐时所缴获的船的数量来看，对元代从直沽经武清河西务到通州的大运河漕运的壮观景象，也会想见一二。所以，元世祖巡幸上都回到大都时，能看到积水潭（海子）里“舳舻蔽水”的盛况。这种盛况明代中后期再也见不到了。为什么呢？根源在于明代北京城的新变化。
《明史》记载：徐达率军攻入元大都后，首先查封政府衙门、仓库及其图书档案，派人严密守卫元室宫门，禁止士兵侵扰施暴。同时派遣将领巡察古北口等各重要关隘。仅仅过了八天，即八月初九日，徐达就命令指挥华云龙“修元都城”。所谓“修元都城”，就是废弃较空旷的元大都城北部，于其北城墙南大约五里、坝河上游河道南侧新筑大都北城墙，原坝河上游河道可作为大都新北墙外的护城河。在这里，还应当特别指出，据《明实录》记载：这年八月十一日，“督工修故元都西北城垣”。所谓“故元都西北城垣”，实际上就是明清北京内城的西北角城垣。众所周知，这里的城垣不是北城墙与西城墙直角相交，原来的城墙是从新街口北大街的北口（豁口），斜向西南，到西直门北与西城墙相接，如同一块四方的木板被一刀劈去一角一样。为什么《明实录》对故元都西北城垣的修筑如此重视，而专门记上一笔呢？原来这与积水潭（海子）有关系。
在上文谈到什刹海形成的时候，曾特意交代几句，即在德胜门外以西原来也是一区水泊，是积水潭（海子）的一部分，最早曾称泓渟，后来人称太平湖。由于这片水泊的存在，使明初新筑的故元都北城墙若正东、正西走向，正好通过其中，这对于明初修筑元大都北城墙工程的人们来说，是无能为力的，甚至是做梦都不敢想的事。但是，又不能以水泊代城墙，只好选择水泊最窄处，于其南岸因地就势而修筑城墙。正是因为如此，所以明、清时北京内城的西北角不是直角形。工程这样处理的结果，便把原为一体的积水潭（海子）的西端割弃在城墙外，使原来坝河漕道也不能进入城内积水潭（海子），等于割断了积水潭与大运河连通的一条脉络。
新筑故元都的北城墙工程还未告竣，于八月十四日，改原大都路为北平府，大都城也就改名北平了。但这时候，因为为明朝开国建立功勋的一些著名将领大都率军西讨北伐，北平的安全问题并未彻底解决。例如，洪武二年（1369）二月十五日，元丞相也速率上万骑兵侵扰通州。当时驻守通州的明将曹良臣麾下仅有千人，若正面交战，显然寡不敌众。于是明将施展计谋，“沿河列帜十余里，钲鼓相闻”，造成人多势众的假象，结果吓得元丞相也速率军逃跑了。虽然通州免遭蒙古铁蹄的践踏，但这件事说明已败退的元军残余势力仍对北平构成威胁。这年四月初二日，洪武皇帝得知已败逃的蒙古人仍在窥视北平，就命副将军常遇春率师赴北平。《国榷》记载：开始，常遇春自陕西凤翔率军赶往北平，目的是征讨北逃的蒙古余寇，由李文忠协助。常遇春等率1万骑兵、8万步兵在锦州打败元将江文清，然后驻军全宁（即今内蒙古自治区翁牛特旗）。接着，打败元丞相也速的兵，攻克大兴州（今古北口外滦平县滦河镇），活捉元丞相脱火赤，而后常遇春率明军至开平即元上都。元朝末代皇帝又逃跑了。明军向北追出数百里，俘获并斩杀蒙古军的一些首领，如宗王庆生、平章鼎住等，并俘获一般吏卒上万人，战车上万辆，马3000匹，牛5万头，蓟州（今天津蓟县）以北广大地域完全平定。这样一来，明初北平城的安全才稍得保障。
洪武三年（1370）四月初七日，封皇子朱棣为燕王。同年七月初五日，决定在北平建燕王邸。洪武十三年三月十一日，燕王朱棣到达北平，行前得到其父洪武皇帝赐予的燕山中卫、燕山左卫、燕山右卫三个卫的官兵，共有5770人，作为护卫，另有僧道衍（姚广孝）随从。燕王朱棣到北平后，先是由大将军徐达镇守北平，后有名将冯胜、傅友德、蓝玉等备边北平。从洪武二十三年（1390）至三十一年，差不多每年燕王都要率领一批骁勇的将军和士兵出塞，北征蒙古残余势力。
在永乐间营建北京宫殿城池时，于永乐十七年（1419）十一月，“拓北京南城，计二千七百余丈”。所谓“拓北京南城”，是指将当时的北京城南城墙向南移建。原来大致在今长安大街南侧，即元大都和明初北平城的南城墙。向南拓建2700余丈后，于崇文门、正阳门（前门）、宣武门东西一线新建北京城南城墙。在未拓展北京南城之前，通惠河自元大都文明门（大致在东单十字路口南侧）西边的水关（应在正义路北口处）流出城内，然后斜向东南，大致经北京市政府院内、台基厂二条南、崇文门内船板胡同、北京火车站等地，下与东便门外的大通河（即通惠河）相接。拓展北京南城之后，原在元大都或明初北平城文明门外的一段通惠河被圈入北京城内。旧日北京内城东南隅（北京火车站下）有一段河道，人称泡子河，是明、清北京城内的一处风景名胜地。这泡子河就是明永乐间被圈入北京城内的一段通惠河。由于这段通惠河被圈入北京城内，由通州至北京的漕船便只能到城东南角外的大通桥下，已进不了北京城内了，积水潭（海子）也就失去了漕运码头的功能。原在元大都文明门西边的通惠河，由出城处（大致在正义路北口）向南延伸，至明北京内城崇文门西流出城外，与北京内城的南护城河相接。明初通惠河向南延伸的这段河道，于民国间被正义路当中的绿化带所遮掩。
但是，这并不是漕船不能驶入积水潭（海子）的唯一原因，更重要的是，据《明实录》记载：宣德七年（1432）六月十七日，明宣宗朱瞻基皇帝嫌皇城东安门外在通惠河畔居住的很多居民，距皇城东墙太近，整天喧嚣之声响彻大内，不得一时安静，所以让行在（永乐皇帝驾崩后，明室曾准备还都南京，故称北京为行在）工部负责将皇城东墙改筑于河的东岸，即将皇城东墙外的一段通惠河包入皇城之内。在皇城西南角墙外，有大片的空闲地，原来在皇城东墙外沿河居住的居民都要搬迁到那里去。为此，让锦衣卫指挥、监察御史、给事中各一员，共同去考察度量要迁居人家的旧居占地多少，房屋多少，如数划给人家土地，让他们另建新居。凡官吏、军民、工匠都给假二十天，以便盖新屋，治新居。
这年六月十八日，行在工部请求：修筑东安门外皇城墙需要65000人，民夫不足，请以成国公朱勇所统率的士卒35000助役。宣德皇帝说：“现在正是夏天，如此炎热，怎么能够开工呢？等秋天天凉以后再说吧！”所以，于这年八月十三日，“移东安门于（通惠河上）桥之东。”这标志着于通惠河东岸新建皇城东墙的工程基本告竣。明宣德年间，皇城东墙的外移将原在皇城东墙外的通惠河也圈入皇城东墙内。皇城绝对是一般人不得入内的皇家禁地，这就使北京城内的通惠河再也不能行船，彻底失去了航运的价值。
虽然漕船不能驶入积水潭（海子）了，但积水潭仍然是大通桥以下通惠河的水源地，即通过北京城内一段通惠河向大通桥以下的漕运河道供水。这一功能使积水潭仍然与京杭大运河保持着密切关系。但是，明代的积水潭多是专指德胜门内以西的水域（即西海），而其他水域主要是叫什刹海了。当然还有其他一些名称。
关于什刹海名称的由来，说法不一。根据现在掌握的资料，主要有三种说法：
第一，是因为积水潭边有十座佛刹。已故故宫博物院老专家单士元先生在1992年撰写的《对什刹海的感情》一文中说：“儿时生于什刹海，不识什刹海名称之渊源。传说在大片湖泊周围有古刹十，因而得名。……早年在什刹海畔德胜桥有‘什刹海禅林’古庙一座，其碑为明代万历年间建。据此，什刹海之名在明代已有矣。在什刹海广化寺得见一碑，为清朝咸丰二年（1852）记重修庙宇之事。碑文是清代督抚巨臣徐继畲所撰写。去岁，三晋名流为徐继畲先生举行纪念会，在纪念文册中刊有影印碑文。碑文首曰：‘都城西北隅有巨浸曰什刹海，以环海有丛林十，故名。广化寺者，十刹之一’。”依据单先生文章中的观点，什刹海是因为环海有十座古刹而得名。这不只是单先生的观点，还引证清咸丰年间重修广化寺碑文为证，尤令人信服。那么，明代什刹海周围有哪些古刹呢？据明万历十八年（1590）出任宛平县知县的沈榜所撰、万历二十一年（1593）刻印的《宛署杂记》记载：仅在围绕什刹海的日中（忠）坊就有：（1）碧峰寺——古刹，一名碧云寺，正统初太监夏时等建。（2）大悲寺——嘉靖四十一年（1562）建。（3）积善寺——隆庆二年（1568）建。（4）龙华寺——成化二年（1466）锦衣卫指挥万贵在古刹旧址上建。（5）寿明寺——天顺初太监段信等在古刹废址上建。（6）净业寺——嘉靖三十七年（1558）建。（7）兴德寺——正统十二年（1447），太监阮某修宅，掘地得元至正二年（1342）碑，知其地为元至正间所建的龙泉寺。阮太监遂改建殿宇，赐名兴德寺。（8）千佛寺——万历九年（1581）建。（9）万寿寺——正德十五年（1520）建。（10）海藏寺——元皇庆二年（1313）建，明成化三年（1467）重修。（11）天寿万宁寺——元至正五年（1345）建。（12）慈善寺——万历十四年（1586）建。（13）广化寺——古刹，弘治初重修。（14）观音寺——正统三年（1438）建。（15）瑞云寺——成化二十二年（1486）建。（16）广济寺——成化十六年（1480）建。按原文共列举了18个寺，其中有海印寺，元初建，万历时已废。龙泉寺，元建，明正统中太监改建为兴德寺，故未录入。这16个佛寺都在日忠坊内。明代日忠坊地处什刹海周围，北至德胜门东西城墙，南至今新街口东街、羊房胡同、柳荫街、地安门西大街，西至新街口北大街，东至旧鼓楼大街、地安门外大街。上列日忠坊内的明代佛寺，足以说明这里佛教兴盛。或许因为这十几个佛寺中，有十个香火最盛、最为有名，于是当地居民就因这十座佛刹而称其所围绕的湖水为“十刹海”了，后演变为“什刹海”。“十”、“什”同音又同义。这样的解释与上文所引清咸丰年间广化寺碑碑文所说相合。
第二，是因为积水潭边有座十刹海寺得名。晚明成书（崇祯八年，1635年刊印）的《帝京景物略·十刹海》条说：“京师梵宇，莫十刹海若者。”意思是说，十刹海寺是北京城里最好、最重要、最有名的寺。十刹海寺在后海的西北岸畔。和尚修懿写的《十刹海》诗，说：“十刹海非刹，凝然古德风。市居岩壑里，门向水田东。耆宿推三藏，师资事遍融。乞随瓢偃仰，立俨岳衡嵩。听法俱高衲，执巾无侍童。直言等贵贱，醒语破愚蒙。僧不骄恩帑，佛宁藉像工。平平数椽屋，密密六时功。哀悯西山寺，游观额大雄。”这首诗概括地介绍了十刹海寺的特点及住持僧人的品行、功德。有人认为，什刹海的得名就是因为水边有这样一座十刹海寺，说白了就是水因寺而得名。这种观点近年来比较流行。但是，先有十刹海寺而后有“什刹海”之名，在逻辑上似乎说不过去，这就好比说先有了“石景山区”、“房山区”政区名称之后，才有“石景山”、“大房山”山名一样，有颠倒主次、混淆因果之嫌。如果说“什刹海”是因“十刹海寺”而得名，那么，“十刹海寺”又是因何而得名的呢？显然，这与该寺门临海子，而海子周围又多佛刹有关系。如果说这样解释“十刹海寺”的得名不无道理的话，那么问题就比较清楚了，是十刹海寺因什刹海而得名，而不是什刹海因十刹海寺而得名。
第三，什刹海有人题为“石闸海”。清末著名的洋务派代表人物张之洞（字香涛，又字孝达、香岩，谥号文襄），家住什刹前海的白米斜街。在其著作《广雅堂诗》中，将什刹海写作“石闸海”。虽然不知道他称为“石闸海”有没有文献根据，但是考虑万宁桥处有澄清石闸，称为“石闸海”也不是没有道理。因为“石闸海”与“什刹海”音相近，故而混用了。也就是说，这第三种说法也值得重视。
明代除了出现十（什）刹海的名字之外，什刹海不同的区位还有其他一些名称。例如，《帝京景物略·水关》条说：“京城外之西堤、海淀，天涯水也。皇城内之太液池，天上水也。游，则莫便水关。《志》有之，曰积水潭，曰海子，盖《志》名，而游人不之名。游人诗有之，曰北湖，盖诗人名，而土人不之名。土人曰净业寺，曰德胜桥，水一方耳；土人曰莲花池，水一时耳。盖不该不备，不可以其名名。”这段话的意思是说，北京城西郊的西湖玉河、海淀的水，对于北京城内的居民来说，犹如天涯之水，离得太远了。皇城内的太液池，是皇家御苑，百姓禁地，犹如天上之水，难以涉足。而人们游览，最方便的去处还是德胜门西的水关。这里的水，志书称为积水潭、海子，这都是志书中的名字，游人不这么叫。游人写的诗文中，称为北湖，这是诗人的称呼，而当地居民不这么叫。当地居民叫净业寺，叫德胜桥，是专指德胜桥之西一方的水；又叫莲花池，是专指夏天莲花盛开时的水。这些名称都应该有，人们也都应该知道，但是不能以这些名称作为水关之水的正式名称。
由《帝京景物略》的这段记述，人们得知在明代什刹海还有积水潭、海子、北湖、净业寺、德胜桥、莲花池等名称。此外，从其他相关史书及文人游客的诗文中，得知什刹海还有海子套、西涯、北海子、西湖、后湖等名称。
因为明代的什刹海，水面宽阔，水质明净。深处，鱼群竞游，水鸟聚集；浅处，荷花片片，蒲苇丛丛。沿岸柳荫杨影间，那些佛寺道观，园林别墅，楼阁亭台，与湖光水影相融合、相衬托，使什刹海的风光格外优美，春如西湖，夏比秦淮，秋似洞庭，更有南方各处名胜而没有的冬天冰雪之景。一年四季的不同景色，无不使人陶醉，令人流连。因此，明代在什刹海地区有不少的私家园林，如太师圃、镜园、刘茂才园、方园、漫园、湜园、杨园、王园、泌园、濯园等。明朝的文人游客留下了大量的歌咏什刹海美景的诗文。仅据《帝京景物略》《长安客话》等书的记载，选录几首如下，以飨读者。
湖北公安人袁宏道的《暮春游北门临水诸寺，至德胜桥水轩待月》诗：“一曲池台半畹花，远山如髻隔层纱。南人作客多亲水，北地无春不苦沙。熟马惯行溪柳路，山僧解点密云茶。满川澄月千条缕，踏踏苍波过几家。”
山东东阿人于慎行的《雨行北安门外湖上》诗：“湖上朱栏依画舟，一天凉雨汉宫秋。平桥芦荻萧萧冷，别浦鸥凫汎汎流。雾色迷茫三苑树，波光隐见五城楼。由来仙掌多浓露，十里芙蓉接御沟。”
江苏长洲人周光祚的《过德胜桥净业寺看荷花》诗：“客久江南梦，朝寻城北游。芦穿湖绿黛，柳匝幙青油。拥寺千花艳，巡堤一鹭幽。为生车马色，从未试扁舟。憩向无尘处，过桥得水庄。雨愁荷柄弱，风喜柳丝长。乍入暑全去，言归身满香。缓行堤不已，只此似吾乡。”
湖南茶陵人李东阳曾在什刹前海西边居住，这里地名称西涯，故他取“西涯”以为号。他有著名的《西涯杂咏》十二首，盛赞什刹海的美景风情，如其中一首咏《海子》：“海子西入城，中与龙池连。高楼河口望，正见打鱼船。”后来，李东阳迁居西单的李阁老胡同，故有《再经西涯》诗一首：“新筑湖堤面面平，乱桥敧岸石纵横。轻鸥著水惊还去，老马缘溪恋复行。旧日邻家今几在，别来光景共谁争。匆匆不尽逢僧话，刚说无生便有情。”
明代的文人游客歌咏什刹海的诗文还有很多，举不胜举。有以上数则，足以说明明代什刹海文化的博大精深。