明朝后期，生活在长白山区的满洲部族渐渐兴盛起来。其首领爱新觉罗·努尔哈赤是一个相貌雄伟，一表人才，心怀大志，内藏不露，声音洪亮，强记不忘，招纳人才，胸怀大志的人物。明万历十一年（1583）夏，努尔哈赤始带兵在长白山、黑龙江间征战。万历四十四年正月初一日，努尔哈赤即皇帝位，建元天命，国号为“金”，亦称“后金”。天命十年（明天启五年，1625）三月，后金定都沈阳，称盛京。
天命十一年八月，努尔哈赤去世。他的第八个儿子皇太极继承皇位，建元天聪。天聪三年（1629），后金大规模兴师伐明。皇太极号令：“朕承天命，兴师伐明，拒者戮，降者勿扰。俘获之人，父母妻子勿使离散。勿淫人妇女，勿褫人衣服，勿毁庐舍、器皿，勿伐果木，勿酗酒。违者罪无赦。”可见，当时后金军的纪律是非常严明的。十年四月，在众大臣再三就“上尊号，正国体”问题的请求下，皇太极祭告天地，行受尊号礼，定有天下之号曰大清，改元崇德。崇德八年（1643）八月，皇太极突然病逝。九月，他的第九个儿子福临继承皇位，建元顺治。
顺治元年（1644）五月初二日，清军进抵北京，京北各县城以及天津、真定诸州县都投降清军。六月十一日，睿亲王多尔衮及诸王、贝勒、贝子、大臣举行会议，决定建都北京。七月初八日，清室以迁都祭告上帝、陵庙。十月初一日，清世祖福临亲自到北京南郊告祭天地，即皇帝位，定鼎北京。顺治二年（1645）五月二十九日，重新修建乾清宫成，又复建太和殿、中和殿、位育宫等。三年十月三十日，复建太和殿、中和殿工程告竣。八年九月十七日，改承天门为天安门。转年七月初五日，改皇城北门为地安门。十一年六月二十六日，慈宁宫建成。十三年闰五月十一日，修建乾清宫、坤宁宫、交泰殿，及景仁宫、永寿宫、承乾宫、翊坤宫、钟粹宫、储秀宫等工程完成。十八年（1661）正月，顺治帝死，他的第三个儿子玄烨即位，年仅六岁，改元康熙。
康熙六年（1667）七月，年仅十二岁的康熙帝亲政，御太和殿受贺。八年十一月，修“太和殿、乾清宫成。上御太和殿受贺，入居乾清宫”。
史料说明，清迁都北京后，虽然也进行了一些宫殿城池的修建，但在整个北京城的建设上，除新建了景山之上的万春亭（中）、观妙（左一）、周赏（左二）、辑芳（右一）、富览（右二）五亭之外，没有多少引人注目的工程。但是，这绝不是说清代在北京城市建设上没有多少作为。应当说，清代在北京城市建设上最大的贡献是营建北京西郊的“三山五园”，即畅春园、圆明园、万寿山清漪园（清末改颐和园）、玉泉山静明园、香山静宜园。这“三山五园”的营建，倾注了清代中后期重大国力，为国都北京城市建设增添了许多亮点和辉煌。康熙、雍正、乾隆以至于嘉庆、道光年间，许多重大朝政都是在京西皇家园林，特别是圆明园中进行的。所以，清代北京西郊皇家园林的兴建，不是一般意义上的城市园林建设，在一定程度上说，是北京城外的另一处政治中心，如同承德避暑山庄？一样。
总之，清朝在北京城本身的建设上，没有明代那么重要和辉煌的成果。但是，北京毕竟是清朝的政治中心，是管辖、号令远比明代更为辽阔的中国土地的国都。因此，北京的城市地位和职能决定了它与京杭大运河更为密切的关系。
清朝末期，随着现代交通工具和设施，如轮船、火车、铁路、汽车、公路等的出现与发展，特别是因为清政府采取了“停漕改折”的措施，盛行数百年的大运河漕运废止了。但是，元、明、清三代忙碌了数百年的大运河漕运，却在京杭大运河的沿线留下了说不完的动人故事，积淀了永葆活力和深厚的运河文化。