原生动物的种类很多，它们组成了一个单细胞动物的“大家庭”。根据运动胞器、细胞核以及营养方式可以分成4个纲：鞭毛虫纲、肉足虫纲、孢子虫纲、纤毛虫纲。
1.鞭毛虫纲
多数种类表膜坚韧，能维持一定体形，以鞭毛运动。鞭毛一到多根，一般自体前端发出，用于环境的识别或游动的工具，例如绿眼虫、衣滴虫、锥虫。
（1）绿眼虫
绿眼虫是长梭形绿色的单细胞动物。体内含有叶绿素，它一般在有阳光的地方进行光合作用，进行植物型营养。
它的前端略圆，后端尖削，体表有弹性带斜纹的表膜。细胞核大并呈球形，虫体中后部的内质中还含有大量的叶绿体。前端有一鞭毛，常作螺旋运动。在胞咽附近有一杯状红色眼点，起感光作用。
绿眼虫生活在有机质丰富的池沼、水沟或缓流中，温暖的季节能大量繁殖，常使池水呈现绿色。
绿眼虫可作为环境监测水域内有机物增多、污染的生物指标，以确定污染的程度。此外，绿眼虫还具有耐放射性的能力。许多放射性物质对其生活和繁殖没有什么影响，因此，可以用来净化水的放射性物质。
（2）锥虫
锥虫呈柳叶状，运动胞器是唯一的一根鞭毛。寄生在血液中的鞭毛虫，其鞭毛与虫体之间连成为波动膜，借以增强在黏滞性较高的血液中的活动能力。
锥虫有细胞核1个，体内有一称作动基体的特殊细胞器。在锥虫体内唯一的线粒体内（能量的供应部），含有丰富的DNA，能自我复制，完成细胞的增殖和分化。
锥虫种类多，分别寄生在各种脊椎动物（鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类）的血液和组织液中。有个别种类，如枯氏锥虫，则寄生在人的细胞内。
锥虫是人和家畜重要的寄生虫之一，主要通过粪便和唾液传播，对家畜有严重致病作用。
2.肉足虫纲
最主要的特征是虫体的细胞质可以延伸形成伪足，伪足是其运动及取食的细胞器。体表具有一层很薄的细胞膜，使虫体有很大的弹性，可以改变虫体的形状，并做变形运动。例如大变形虫、砂壳虫。
（1）“永生”的变形虫
变形虫细胞膜纤薄，全身直径通常只有约0.1毫米，最大的变形虫直径也只有0.4毫米。用肉眼看，它不过是一个模模糊糊的小白点，必须在显微镜下才能看清它的构造。
变形虫整体只有一个细胞组成，没有任何生理器官，所有的生理运动（消化、呼吸、排泄等）都由这唯一细胞承担。
变形虫通常在污水、池塘或湿土中生存。其运动、捕食、抗敌全靠伸张自如的“伪足”。它外形多变，没有固定的形态。
变形虫一般是以单细胞藻类、小型单细胞动物作为食物。当遇到食物时，变形虫会伸出伪足进行包围，由细胞质里面的食物胞消化。
当变形虫长大之后，就开始繁殖，由一个分裂而变成两个。这样，老的变形虫就消失了。所以人们称变形虫为“永远不死”的动物。
变形虫这一家族有许多种类。例如在海水中生活的有孔虫、夜光虫、放射虫；在淡水中生活的有太阳虫；在人体和动物体内寄生的有疟原虫、痢疾内变形虫。
痢疾内变形虫寄生在人的大肠里。它能溶解肠壁上的细胞，引起“阿米巴痢疾”，危害人体健康，严重时能致人死亡，所以不能小看它。
变形虫可以作为判定水质污染程度指标的动物。自然界常见的是大变形虫，大变形虫可吞噬草履虫。
在变形虫的呼吸作用中，吸入的氧和排出的二氧化碳都由细胞膜负责。变形虫的繁殖方式也相当简单，主要靠有丝分裂繁殖，即原来的遗传物质先复制，然后连同整个细胞一分为二，形成两个新的个体。
变形虫是最低等的原始生物之一，在生存条件上，跟多细胞生物一样。由于变形虫结构简单、培植容易，因此成为生命科学实验的主要材料之一。
（2）砂壳虫
砂壳虫大小因种类而异，30～300微米不等，能伸出片状或叶状的伪足。
砂壳虫整个原生质包在一个硬壳内，壳呈半球形、卵圆形、梨形等。口在壳体的一端，位于主轴正中。
砂壳虫分布在淡水的池塘、湖泊、沼泽、水库以及森林土壤中，可作为鱼类的饵料。
3.孢子虫纲
没有运动胞器，全部进行寄生生活。例如间日疟原虫、簇虫。
（1）疟原虫
疟原虫的基本结构包括核、胞质和胞膜，环状体以后各期尚有消化分解血红蛋白后的最终产物——疟色素。疟色素呈棕黄色、棕褐色或黑褐色。
疟原虫种类繁多，寄生在人体的疟原虫有4种：间日疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫和卵形疟原虫。它们能分别引起间日疟、恶性疟、三日疟和卵形疟。
寄生在人体内的4种疟原虫，生活史基本相同，需要人和按蚊两个宿主。它寄生在人体内的肝细胞和红细胞内进行裂体增殖，然后在蚊体内完成配子生殖，继而进行孢子增殖。
疟原虫可通过表膜的渗透或经胞口以吞饮方式摄取营养。在肝细胞内寄生的红细胞外期疟原虫，以肝细胞的胞质为营养。
疟原虫在人体寄生到一定程度可引起疟疾。症状有贫血、脾肿大，严重的会引发全身衰竭、意识障碍、呼吸窘迫、多发性惊厥、昏迷、肺水肿、异常出血、肾功能衰竭甚至死亡。疟原虫是危害人体较严重的害虫。
疟原虫的流行环节：
①传染源：外周血中有配子体的患者和带虫者是疟疾的传染源。
②传疟媒介：按蚊是疟疾的传播媒介。
③易感人群：除了因某些遗传因素对某种疟原虫表现出不易感的人群及高疟区婴儿可从母体获得一定的抵抗力外，其他人群对人疟原虫普遍易感。
对于疟疾，要采取综合性防治措施，以防治传染源和防蚊灭蚊为重点，二者相结合以减少蚊虫孳生地。同时，人们可服用一些预防性抗疟药，加强对现症病人的治疗和疟疾发作休止期的治疗，从而控制疟疾的复发和减少传染源。
（2）簇虫
簇虫寄生在无脊椎动物体腔和消化系统内。代表属是寄生在蚯蚓中的单房簇虫属以及寄生在蝗虫和蟑螂中的簇虫属。
簇虫体长形，蠕虫状，长达10毫米。通常在宿主细胞中发育，又从细胞里转移到某些体腔内繁殖。它利用渗透作用摄取食物。有些种类用一种前钩（猪肉绦虫，蛔虫等）吸附在宿主体腔内壁，而另一些种类可自由活动。
4.纤毛虫纲
纤毛虫纲的原虫也称浸液虫。全身细纤短毛，有大核和小核，进行交替生殖。种类多水生，部分寄生（结肠小袋虫寄生在人体内），例如尾草履虫。纤毛虫纲是原生动物中种类最多、结构最复杂的一个纲。
草履虫是一种身体很小、呈圆筒形的原生动物。它只有一个细胞构成，是单细胞动物，雌雄同体。
草履虫体长只有80～300微米。从平面角度看上去，它身体形状很像一只倒放的草鞋底，因此被叫做草履虫。
草履虫身体表面包着一层膜，膜上密密地长着许多纤毛。它靠纤毛的划动在水中旋转运动，同时也依靠纤毛捕食。
草履虫靠身体的表膜吸收水里的氧气，排出二氧化碳。
草履虫喜欢生活在有机物丰富的池塘、水沟、洼地等地方。大多数草履虫是吞噬式营养，但绿草履虫是例外，它体内含共生绿藻，绿藻中含有丰富的叶绿体，可利用动物体排泄的含氮废物作为无机盐的来源，通过植物式光合作用制造有机物。
目前世界上草履虫大约有22种，我国常见种类至少有下述几种：大草履虫（又叫尾草履虫）、双小核草履虫、多小核草履虫、绿草履虫。
草履虫细胞功能分工如下：
口沟：用来取食。
外膜：呼吸（吸收水里的氧气，排出二氧化碳）。
大核：营养代谢。
小核：生殖作用。
食物泡：食物泡是草履虫进行胞吞作用产生的，进入细胞后将与初级溶酶体融合，形成次级溶酶体。
伸缩泡及收集管：收集代谢废物和多余的水，并排出体外。
胞肛：排出食物残渣。
纤毛：草履虫靠纤毛的摆动在水中旋转前进。