战国和秦汉时期，南京地区先后出现江宁县的秣陵关城、湖熟城、小丹阳城；六合县的棠邑城，栖霞的江乘城等许多小城邑，但这些不大的城邑，确是南京城池的前身，称得上南京地区最早的古县城，它们与长江和秦淮河一起，孕育了古城南京的历史文明。
秣陵关城
秣陵关城是秦汉年代的政治中心，那里的农业、商业和小手工业当时都比较发达，人口稠密，水陆交通方便，所以秦统一六国设立郡县时，称秣陵县治。后来汉武帝又封皇族刘缠为秣陵侯。直到三国孙权时才把政治中以迁到今南京市区。
当东汉末年封建军阀混战的时候，秣陵地区曾经被徐州来的两个小军阀——笮融和薛礼占有。笮融这个人非常残暴嗜杀，但他却深信佛崇教，金陵一带的佛教由笮融传来的说法，民间早有口碑。
孙坚死后，孙权的大哥孙策向袁术讨回了其父的千余人余兵，与舅父吴景会合准备恢复江南地区。但是，孙策在攻打秣陵关城时股部被箭射伤后，当时秣陵关城内盛传”孙策受箭已死”的谣言。这样就造成了笮融的军队麻痹大意，孙策带伤出征，大败笮融，先后攻下秣、湖熟和江乘三座城威名大振。不久，孙权、孙策在周瑜、程普和黄盖等老将们的帮助下乘胜攻取了吴郡、会稽、庐江、豫江、四郡，从而奠定了东吴立国的基础。
湖熟城
湖熟城在今江宁县东南地区，古为西汉湖熟县和东汉湖熟县的县城所在，也作过刘姓王子的胡熟侯国。湖熟一带，从新石器时代起就一直是秦淮河流域的经济中心和人烟最集中的地方，又是军事上的战略要津。湖熟旧时人称”小南京”。昔日的湖熟镇，古迹多多，如”周郎桥”、”梁太子读书台”，”城岗头”周围先后多次发现过新石器时期的遗物，还发现过多处汉代墓葬。