中共中央非常关心南方各地红军游击队同国民党地方当局的谈判，惟恐他们在谈判中受骗吃亏，所以只要一接通联系，就及时从延安派出干部前去指导工作。1937年9月，中共中央先后派董必武到武汉，派郑位三、萧望东等到湖北七里坪，帮助指导湘鄂赣边和鄂豫皖边红军游击队与地方当局及驻军的谈判。董必武还亲自陪同鄂东南红军游击队负责人江渭清与国民党武汉行营主任何成浚谈判。毛泽东除派郑位三等人赴鄂豫皖边外，还于9月15日通过林伯渠给鄂豫皖红二十八军高敬亭部转发了具体指示：“一切大问题听候两党中央谈判解决，不论国民党插入一人，时时警戒，不要上国民党的当”，从而使部队改编工作得以顺利完成。
国共两党从武装对抗到和平谈判，这是一个重大的战略转变。在这个战略转变过程中，并不是所有的南方红军游击队领导人都能跟上形势的发展。有少数地区的红军领导人不了解中国共产党建立抗日民族统一战线的重大战略意义，认为国共合作、红军改编为国民革命军是向国民党“投降”，因而坚持不改变土地革命时期政策，拒绝下山改编。湘赣红军谭余保部怀疑前去宣传中央精神的陈毅“叛变革命”，将其捆绑审讯，后经调查了解证明陈毅确系党中央所派，在陈毅的说服教育下，才转变态度，下山改编。最突出的是赣东北的杨文翰游击队和刘维泗游击队，不仅拒不下山，还把前去传达中央指示的原中共皖浙赣省委书记关英、县委书记李春生等人当作叛徒杀害。最后，这些部队脱离了党的领导，终为国民党军所消灭。
在“左”倾思想出现的同时，随着国民党内战政策的暂时转变，中共党内有些人则开始产生右倾情堵。在长期与党中央失去联系的南方红军游击队中，这种右倾思想比“左”倾思想表现得更为突出。当时，甚至有人以接受国民党的委任为荣。1937年7月，何鸣领导的闽粤边红军游击队因右倾麻痹，丧失警惕，陂国民党第一五七师师长黄涛诱骗，集中开进漳浦县城，结果被全部缴械。同年9月，湘鄂赣边红军在变判中接受了国民党派去的副官主任、军需主任。为此中共中央特派董必武前去武汉，“否认旧谈判一切不利条件，重新提出有利条件”。9月14日，张闻天、毛泽东又专门发出指示，指出湘鄂赣谈判“完全错误”，同时提醒鄂豫皖等地谈判不得蹈湘鄂赣及闽粤边之覆辙。最后严肃指出，“统一战线中，地方党容易陷入右倾机会主义，这已成为党主要危险，请严密注意。”
当时，留在南方坚持三年游击战争的中共和红军游击队的最高领导人项英，由于对全面形势不甚了解，在1937年年9月到南昌同国民党江西省政府进行谈判时，在国民党江西省党部纪念周上也曾经发表带有右倾错误的演说，反映出他在统一战线问题上的模糊认识。9月29日，项英又发表了《告南方游击队公开信》，要各地游击队“接信后立即集中，听候点编”。国内数家大报立即刊载了项英的公开信。为此，中共中央书记处于10月1日致电在南京的博古和叶剑英等，明确指出在目前“把各区游击队完全集中，对于我们是十分不利的”。“项英同志似还不明白统一战线中保持独立性原则，似还更不明白不应五条件集中而应保持南方战略支点的原则。他在南昌的作法带着危险性。望速通知他来延安讨论。”
10月2日，张闻天、毛泽东又发一急电致博古、叶剑英：“速电项英到南京，告以政策。到宁后并令其来中央讨论。南方游击队万不宜集中，项在江西的做法上了国民党的当。”10月3日，张闻天、毛泽东又专门向南方局发出指示：“国民党企图集中南方各游击队，我们决不可中其计。速派人传达党的正确方针。”此时在南昌接洽谈判的项英，由于还不了解国共两党中央对南方红军游击队改编问题上的分歧意见，所以还在极力集中部队。10月11日，博古向党中央转报了项英通过江西省保安处发给博古的第一个电报：“久别以来，音信断绝。现为改编各边区部队抵达南昌。已与江西省政府商妥一切，即日返赣南以求迅速集中。闻诸兄在京，特此电达，请派人来弟吐联络。如有电复及来人，可到省保安处找。”当天晚上，博古亲笔起草给项英、陈毅的回信。在信中，博古除了详细介绍了主力红军长征、西安事变和平解决经过和国共合作、红军改编八路军等情况外，汁对南方各边区红军游击队改编问题，特别以何鸣部队因集中进城被粤军欺骗缴械为例子，给项英、冻毅交待了党中央指出的“最低限度”之3点指示：“1.不允许国民党派人到队伍中来，队伍可以变番号为保安独立大队，或其他各名义，只受地方最高机关之节制，这为保持军队之独立性及我们的绝对领导；2.要求与国军同等待遇，极力求得物质、军队与经济之补充接济；3.各地队伍不集中，不要求大地方，不脱离根据地。”提醒他们不要受骗。博古将此信以及“陕北出版之《解放》全部14期及中央决议、宣言、大纲、地方工作指示与地方红军谈判必须坚持的条件各一份”派交通员顾建业随身携带，送给项英。
在南方红军游击队集中问题上，何鸣事件引起了中共中央的特别重视和警惕。在国共双方没有正式达成谈判协议的情况下，中共中央曾反复地向南方诸同志强调上述3点“最低限度”的指示。具有丰富斗争经验的中共中央领导人对关于新四军问题谈判的长期性、复杂性早有思想准备，正如10月15日毛泽东在关于鄂豫皖边红军改编问题给林伯渠的电报中指出的那样：“请你给信与郑位三、高敬亭，重复说明坚决（持）独立陆，拒绝外人，严防暗袭及持久的艰苦奋斗等项。告诉他们，还要准备相当长的时间才能与国民党成立协定，取得给养（董老正在南京交涉）。”
经过中国共产党的不懈努力，以及国共两党的反复协商，双方于1938年初终于就南方红军游击队改编新四军问题正式达成协议。在叶挺、项英、陈毅、张云逸等人的统一指挥下，1938年1月到3月，新四军所属4个支队先后编组完毕，全军共10300人，6200支枪。
1938年3月至4月，第一、第二、第三支队先后到皖南歙县岩寺集中，第四支队亦到皖西立煌（今金寨县）流波瞳集中。4月5日军部进驻岩寺。在军部指挥下，所属4个支队迅速沿长江南北向东挺进。从此，新四军于大江南北驰骋敌后，愈战愈强，发展成为华中敌后抵抗日本侵略军的一支主要武装力量，为抗日民族解放事业作出了彪炳史册的历史贡献。
独立自主游击战华北抗日根据地的开辟
中共中央在1937年8月22日至25日召开的洛川会议上，认真讨论了作战方针问题。毛泽东提出了红军必须实行战略转变，把过去的正规军和运动战转变为游击军和游击战。红军的基本任务是创建根据地，箝制和消灭敌人，配合友军作战，进行战略支援。红军的作战方针是，独立自主的山地游击战，包括有利条件下消灭敌人兵团。会议作出了相应的决定，但在八路军作战方针应以游击战为主还是运动战为主的问题上，未取得完全一致的认识。