3.党在组织上和思想上存在着非无产阶级的倾向。如尾巴主义、盲动主义、极端民主化、不能正确地开展党内批评、机械地执行纪律、处罚多而不当等等。特别是指出党内存在着“歧视、排斥，甚至是‘反知识分子倾向”，而不是“用无产阶级的方法去使知识分子无产阶级化。认为凡是知识分子无不犯机会主义错误。”
4.不注意执行地下党必须具备的保密制度，没有及时采取秘密工作的方式方法。
5.党群关系方面，不懂得如何争取群众和组织群众，强迫命令群众，而不是说服群众。特别是存在着党群不分的现象，有的地方党的组织代替了工会农会等群众团体。
报告的第四部分是指出今后党的组织任务。报告指出，党应把争取群众作为工作的中心点。报告说：革命的先锋——中国共产党有隔离群众和削弱的危险，虽革命已走人一个新的阶段，党内外组织也开始了一种新的结合，但实际上这种危险还很大，我们必须在国际决议指示下，使在组织上巩固自己的政治影响，建立和发展工农革命组织，并发展党的组织，使党真能成为群众的斗争的革命党。
报告进一步指出，为了使中国共产党成为真正的无产阶级的政党，必须吸收广大的产业工人入党；健全农村党支部；加强集体领导；实行党内民主；加强对党员进行教育等。
特别值得注意的是，报告还提出党要加强对军队的领导，指出：在游击战争中建立红军、党的地方支部，应予极大注意。
周恩来作了组织问题报告之后，大会进行了讨论。瞿秋白、张国焘、项英、王若飞等10人在大会上作了发言。在大家发言之后，周恩来最后作了结论。
向忠发作职工运动报告
7月4日至6日，向忠发向大会作职工运动问题的报告，赤色职工代表格勒尔向大会作题为《中国职工运动之最近任务》的报告，代表们对这两个报告进行了热烈的讨论，先后有项英、李立三、祈松亭、邓中夏、王若飞等20多人在会上发言。随后，格勒尔和向忠发分别作了讨论总结。在此基础上，最后形成大会通过的《职工运动决议案》。
报告和决议的主要内容，是总结党的五大以来，中国职工运动的发展与存在的问题。决议案指出今后的“基本任务是动员群众，使他们围绕工会”。“这个任务不解决，则中国革命不能得到胜利”。
报告和决议指出要完成这一基本任务，就要：反对反动工会，大力组织革命工会。革命工会应当领导工人阶级之日常经济和政治斗争。
要纠正过去党与工会不分的现象，“党与工会组织上的界限要分明”，“党要经过党团指导工会”工作，必须确定每个企业中之工厂委员会、党的支部、工会支部之间正确的关系；
要纠正过去实行的干部委派制度。以往“党时常派遣许多素日完全不知工人生活状况之学生加入职工会中的机关”。所以，“无产阶级的战斗力木得不为之削弱”。
在工会工作中要发扬民主，实行民主集中制，克服脱离群众的强迫罢工、命令主义等错误做法。决议指出：“共产党必须时时记得工会是群众的民主式组织，所以他们必须尽力反对工会中之命令制、指挥制和‘革命官僚的态度对待工人等等的恶习，应当严厉反对知识分子藐视群众无知识无文化而自骄自傲的态度，应当严厉地反对工会工作者‘替代群众，不顾群众而擅自决定一切问题的企图，对于这些现象应当毫不容情地肃清。只有全党坚决地有系统地在职工会中实行扩大民主制的办法，和吸引广大工人中的积极分子到指导地位上来，这样才能够把中国职工运动变成强大的群众组织，而在党的领导下完成无产阶级目前的任务。”
要健全工会组织，工会中要有女工委员会、青工委员会，要从普通工会会员中提拔干部等。
会议在讨论职工运动报告后，还选举出中国共产党参加共产国际第六次大会的代表。
大会通过各项决议
7月7日、8日这两天，大会休会，政治、组织、军事、农民、土地问题等各委员会开会，讨论修改即将提交大会讨论通过的决议。
7月9日，大会开始讨论各项决议案。首先讨论通过的是《政治决议案》。会议讨论通过政治决议案采取的方式是：瞿秋白宣读一段政治决议草案，大家讨论修改一段。这样边宣读、边讨论、边修改，逐段进行，一直到最后全部讨论修改完毕。当大会值日主席宣布全体一致通过这一决议时，全场掌声雷动，全体代表起立，高呼中国共产党万岁！接着，大家高唱国际歌。
这一天的大会，还通过了《职工运动决议案》、《农民问题决议案》、《土地问题决议案》，以及《定“广州暴动”为固定的纪念日的决议》、《关于党纲的决议》、《关于民族问题的决议》、《对国内工作指示的电稿》等。
7月10日，大会进行了三项议程：一是继续讨论通过决议；二是通过修改后的中国共产党党章草案；三是选举第六届中央委员会。
大会首先讨论通过《组织问题决议案》。
在宣读决议之前，周恩来向大会介绍，7月7日、8日这两天，组织委员会讨论修改组织问题决议草案的情况，他最后说：现在向大会宣读的这个决议草案，是由国际代表瓦西里也夫起草的。由于起草得很急，翻译也很仓促，所以请大家听读时注意。他说完之后，即宣读组织决议草案。宣读完之后，周恩来又说明组织委员会对这个决议草案的看法。组织委员会认为：这个草案对几个组织问题说得很清楚，也讲明了党在秘密条件下应当注意的问题，对党需要培养干部人才和在群众中的宣传、组织工作也作了说明。但是，这个草案对于党在组织上存在的问题和危险及过去的错误都讲得不够，本应该进行补充，但未来得及。因此，组织委员会向大会提出下面的提案：
“（一）大会承认瓦西里也夫同志的草案作为组织问题决议案的基础，至于最后的修改，大会委托新中央与共产国际组织部共同执行。
“（二）对瓦西里也夫同志的草案应添上底下几部分：（1）根据周恩来同志起草的‘提纲的材料，指出中共组织工作中的主要缺点；（2）指出党与工会工作的区别；（3）指出新的干部的培养与党内教育训练的工作。
“（三）大会委托新中央在最近期间根据组织决议案与修改的章程，详细制订指导地方革命工作的方法：（1）工厂支部工作方法；（2）群众组织中党团组织和工作方法；（3）各级党部组织法；（4）地方党部工作方法；（5）秘密工作的方法。
“（四）大会委托新中央与共产国际组织部规定国外的中国党员中的工作方法。
“（五）大会委托新中央根据组织决议案与修改后的章程，编辑一通俗小册，详细叙述中国共产党组织工作中过去现在以及将来的任务，使一般下层党的积极分子能够明了党的组织工作的状况。”
随后，值日主席提议对提案进行表决，大会一致通过了这个《关于组织问题草案之决议））。
同日，大会还通过了《苏维埃政权组织问题决议案》、《宣传工作决议案》、《共产主义青年团工作决议案》、《妇女运动决议案》等。
大会的第二项议程是讨论通过《党的章程））。周恩来在宣读草案之前，说明章程修改委员会没来得及全部修改完毕，所以提交大会修改。之后，他便宣读党章，代表们逐条讨论修改。最后大会一致通过了新党章。
选举第六届中央委员会的问题，经过多次研究。
第一次是7月4日晚上召开的第十一次主席团会议。会上，共办国际代表米夫提出意见说：在党的工作处于秘密条件下，为了工作的方便，中央委员会的人数不宜太多，应该较上一届的人数少一些。关于选举的办法，米夫提议先由大会选出选举委员会，由选举委员会提出40人的名单，征求各代表团的意见。各代表团圈定后，再由选举委员会归纳出候选人的名单提交大会。会上，大家基本上同意米夫的意见，决定由蔡和森、李立三、瞿秋白、苏兆征、项英、余茂怀和一位国际代表组成选举委员会。选举委员会先提40～45人的名单交大会主席团，再由主席团交各代表团征求意见，并归纳制定出候选人名单，提交大会表决。关于第六届中央委员会的人数，会议决定：中央委员21人；中央候补委员11人。
第二次是7月8日下午召开的大会主席团第14次会议。会上介绍了51位候选人的情况。经过讨论。对51人名单中的3人，作了调整。
第三次是7月9日早晨召开的主席团第十五次会议。主要是讨论通过第六届中央委员会选举法。
第四次是7月9日下午，大会秘书长周恩来在大会上报告第六届中央委员会选举法二大会通过了这一选举法。
第五次是7月10日上午召开的主席团第十六次会议和各省代表书记联席会议。会上，周恩来报告了各代表团对51人名单的预选结果。接着，米夫提出了正式委员21人，中央候补委员11人的名单。在会议讨论这个名单时，瞿秋白提议正式委员和候补委员应各增加2人，使正式委员23人，候补委员为13人。会议进行了充分讨论，最后通过了23人的正式委员和13人的候补委员名单。
最后一次是7月10日上午大会正式选举第六届中央委员会。会上，由大会主席团和各省代表团书记联席会议通过的名单上的人员全部当选。第六届中央委员会正式产生。
大会胜利闭幕
7月11日，大会举行闭幕式。大会在《国际歌》的歌声中开始。向忠发致闭幕词。苏兆征代表第六届中央委员会致词。中央委员周恩来致词。他说：我们这次大会是空前未有的，过去的大会非常简单，讨论很少。这次大会却不同了，为求得革命的真理，得到了许多的批评。我们不要以为有了批评就是不好的，因为只有在批评讨论之下，才能得到正确的道路。我希望大家莫要忘了布尔什维克自我批评精神！在会上发言的还有候补委员周秀珠、李子芬以及王若飞、方维夏、夏曦、刘义等人。致词完毕，代表们高呼革命口号。大会在高亢的《国际歌》和《少年先锋队歌》的歌声中胜利闭幕。