鉴于第二届学员中有个别学员受苦不过，自行退学，有些学员不遵守纪律。农讲所总结了第一、二届军事训练的经验教训，“凡在军事训练用心之人，现在即为农民运动最努力的人”。“为养成有组织有纪律之农民运动干员，同时为武装农民之准备，必使学生习惯军事生活及集体行动”。因此加强了军事训练和管理，将学员依军队组织编成一个连，名日农民自卫军模范连。每连分三排。每排分三班，每班13.15人不等。
除了技术训练外，讲习所还授以军事应具有的常识。另外，依照农民协会章程组织设县农民协会。以学员的地区和语言不同，分为若干区、乡、组织各级农民协会，使学员过团体生活，讨论各自地方农民问题，以提高实际工作能力。
4月1日，本届学员毕业，共计l14名。其中有15名留下继续受军事训练，准备派往各乡训练农民自卫军，有5名留作第四届军事助教。20名留在农民部当见习员，派往各乡做宣传工作，其余者回原籍，从事农运工作。
四、第四届（1925年5月1日至9月1日）
根据国民党中央农民部颁布的第四届招生章程，农讲所4月1日开始招生，4月30日进行人学检查，结果录取了98名，其中除了广东之外，有部分湖南、广西籍学员。5月1日正式开学。主任谭植棠，他是广东共产主义小组成员之一，曾任《广东群报》组织和宣传所教导主任。
本届学员开学之时，广东省农民协会在广州举行成立大会，并讨论农民运动各种问题。农讲所决定全体学员一律到会参加旁听。该会开了12天，农讲所学员5月17日上课，学习时间每天8小时。
为使学员熟悉军事动作，以备毕业派往各地指导农民组织农民自卫军。故特别注重军事训练，每天上午3小时专做军事训练。下午5小时教授其他各种学科。晚上则练习组织各级农民协会，星期日到农村实习。
学员管理以准军人生活约束，全体学员组成一个中队，下分三个小队，每小队分三分队。第四届学员开学不久，刘震寰、杨希闵在广州发动叛乱，形势日益紧张，各县工作需要，农讲所决定暂将全体学员派回原籍工作，并于6月4日一律离所。平定刘、杨之后，农讲所于7月1日复课，海陆丰学员因海员罢工，交通不便，一时未能回所，共有学员50多名，于是增收旁听生25名。
9月1日，第四届学员毕业，计正取学员51名，旁听生25名，其中留所见习者16名，其余回原籍领导农民运动。
五、第五届（1925年9月14日至12月8日）
本届学员分为甲乙两班，甲班64名，乙班50名，共计114名，他们来自全国8个省（广东、湖南、广西、湖北、江西、安徽、山东、福建），其中湖南省籍最多，计有毛泽民等43名。原定10月1日开学，3日上课。因甲班学员均系外省远道而来，而且先期到所数十名为了珍惜时间，故提前9月14日开学。主任彭湃。
本届学员除照章教授学科和军事训练外，特别注意训练学生的自治能力和养成有组织有纪律的战斗员，组织了学生自治会。为了有效培养和锻炼学员实际工作能力，农讲所以更多的时间让学员参加实际工作。
10月1日，全体学员参加番禺县第二区农民协会成立大会。11月3日，全体师生到石井兵工厂参观，并练习实弹射击。11月7日是苏联十月革命8周年纪念日，农讲所除开会纪念外，还派学员到各自演讲，颇受群众欢迎。11月19日，组织旅行团（分为3队22组）到曲江城，参加曲江县农民协会成立大会，会后到各街市及附近农村发表演讲等等。
12月8日，第五届学员举行毕业典礼，甲班64人，乙班50名，共计114名，全部毕业。
毕业后，甲班学员分派往河南、湖南、安徽、山东、广西、福建等省开展农运工作，广东学员派往东江、南路各地，以加强基层领导力量。
六、第六届（1926年5月3日至9月11日）
1926年1月，中国国民党第二次全国代表大会在广州召开，应到会代表256人，实际到会代表189人。大会通过了“接受总理遗嘱并努力实行之”的议案，通过了《中国国民党第二次全国代表大会宣言》以及政治、常务、军事、工人运动、农民运动、青年运动、商民运动、妇女运动等决议案。
大会重申孙中山制定的联俄、联共、扶助农工三大政策和反帝反封建的革命纲领。
大会讨论通过了关于农民运动决议案。为了加强农民运动的领导，规定各省区党部应设立农民部并与中央农民部发生密切关系，使中央农民部能随时予以指导。设立了农民运动委员会。以毛泽东、林伯渠、阮啸仙、萧楚女等为委员。
根据国民党“二大”精神，国民党中央农民部决定举办第六届农讲所，2月初向全国发出通告，要求各省选派学员来所学习，3月16日，农民运动委员会召开会议，专门讨论第六届农讲所问题，决定由主任制改为所长制，聘任毛泽东为所长，他当时既是中共中央委员，又是国民党中央修补执行委员和国民党中央农民部农民运动委员会委员。
3月底各省学员开始来广州，4月举行入学测试。5月3日，第六届农讲所正式开学。原定学员名额300名，因来学者多，加收16名，6月又增收11人，共327名，其中绝大部分来自全国18个省，如直隶22名、山东23名、河南29名、热河4名、察哈尔5名，绥远8名、陕西16名、四川25名、湖北27名、江西22名、湖南36名、安徽13名、江苏10名、福建16名、广西本省2名。
5月3日开学后，因课堂为广东省第二次农民代表大会所用，到5月15日才开始上课，其中有两星期为赴海丰实习，实际理论授课13个星期，共计25门，包括革命理论和方法，特别是农民运动的理论和方法。如三民主义、社会问题与社会主义、帝国主义、中国民族革命运动史、中国政治状况、中国财政经济状况、中国农民问题、农村教育、军事运动与农民运动、海丰农运状况等等。讲授任务主要是共产党员承担，如毛泽东、萧楚女、恽代英、周恩来、彭湃、李立三、罗绮园、于树德等。其中萧楚女为专任教员，除了课堂授课外，还指导学员课外的理论研究，毛泽东亦亲自参与。指导学员课外理论研究的方法是发给学员各种书籍。凡重要书籍，在阅读之前，由专任教员列出问题，公布出去，让学员看书，根究所问，随看随作答案，限期交卷，再由专任教员将答卷发还学员，按标准答案自行修改。
因为本届学员来自全国十几个省，毕业后将回本省从事农运工作，对于各省实际的农民问题亟待研究，于是把学员组织成13个问题农民研究会。每个研究会由各该省学员组成，推干事一人，书记若干人主持其全国性问题的社会调查。
为了适应全国农运发展，农讲所还编了丛刊《农民问题丛刊》，供各地从事农运工作者参考，毛泽东亲自为丛刊写了《国民革命与农民运动》的序言。军事训练，实行正规军训练十个星期，上操128小时，要求学员毕业后，能成为农民武装自卫军之领导，有50名赴韶关实习一个星期，全体则赴海丰实习两星期。赴海丰实习安排在将毕业之时，理论课程已全部学过，主要是深入农民群众，考察其组织，目击其生活，验证所学的理论，增强从事农运的决心。
9月11日，第六届学员举行毕业仪式，除了3人因病外，10月15日，所有学员均送回原籍，从事农运工作。
广州农民运动讲习所从1924年7月～1926年9月，先后举办了六届，培训了近800名毕业生，派往全国各地从事农民工作。