洪承畴皆受了土耳其军的投降後，便命茅元仪在对土耳其军缴械完後，以战俘叛变为由，将土耳其军杀的一个不剩。
茅元仪大惊道:「总司令，这不好吧！军刑法规定，虐待战俘是要判军法的，何况他们也已投降，不须赶尽杀绝吧？」。
洪承畴道:「茅将军，我也并非嗜杀成性，你知道我由华中军区带了多少兵马来吗？计有:正规军八万，後备军二十万，加上你的西北军六万，如此便已三十四万人要吃粮，在加上降军二十万人，你说按照战俘处理规定，我们弟兄不吃全给战俘吃，也把我们新疆地区给吃垮，那按规定不得虐待战俘，茅将军可愿意将贵军军粮全数奉送战俘，让弟兄们饿肚子？」。
茅元仪沉思道:「好吧！谨遵军令办理」。於是这二十万降卒便在石河子被屠杀，洪承畴则上奏称，军粮无法支应五十万以上大军，故降卒嫌粮食过少不够充饥，酿成暴动，杀害我数名警戒宪兵，因此才派部队清剿。
仲坤贤接到奏摺後心想:这二十万大军应该也不至於缴了枪械才要造反，必定是洪承畴蓄意派人编造爆乱事情，是为了粮食不足，才痛下杀手的，但随即一想，现在便处罚洪承畴，恐造成将士离心，只好先睁只眼、闭只眼，故作不知情，还是遣专使表扬洪承畴，颁发勳章。
而中央科学研究院副院长汤若望在耗费十年的精力下，终於按照仲坤贤的指示研发出第一台采用煤炭及木头来燃烧发动的蒸汽机，而汤若望也在一个月後辞世，仲坤贤哀伤之余，以文官最高爵位_公爵，追赠汤若望为研毅公，葬於北京，而此时的中国比西方早了快一百二十年时间，进入工业大革命，蒸汽机被广泛运用在各工厂、军事等用途上，仲坤贤与吕豪则将军校上课时所学的兵器基础原理告诉罗柏特，让兵研所针对车辆、船舰，进行研发与制造，没多久第一架的原始战车、自走炮及蒸汽船舰便纷纷问世，经过大量生产後，便投入到四国联军战争中。