实行县制，废除分封制，以县为地方政区单位。分全国为四十一县，县设令以主县政，设丞为副县令，设尉以掌管军事。县下辖若干都乡邑聚。后来秦在新占地区设郡，郡的范围较大，又有边防军管性质，因之郡的长官称守。后来郡内形势稳定，转向以民政管理为主，于是郡下设若干县，形成秦的郡县制度。
（二）经济上，“废井田，开阡陌，授土于民”
废井田，开阡陌。废止“田里不粥（鬻）”的原则，准许民间买卖田地。
重农抑商政策。奖励耕织，凡努力耕织、生产多的，免除徭役。凡从事末业（工商）及因懒惰而贫穷的，全家没入官府，罚为官奴。
统一度量衡。统一斗、桶、权、衡、丈、尺，并颁行了标准度量衡器，全国都要严格执行，不得违反。
（三）民政上，推行小家庭政策，以利于增殖人口、征发徭役和户口税等
具体规定：凡一户有两个以上儿子到立户年龄而不分居的，加倍征收户口税。禁止父子兄弟（成年者）同室居住。
三、商鞅变法的结果
由上述内容可见，从根本上讲，商鞅变法，经由土地改革，瓦解了封建贵族政治的经济基础；向平民（包括一些贱民）开放权位，形成开放式政治，导致封建贵族政治的崩溃。
（一）开放式政治
周代采取的可称之为“近似封闭式政治”。在西周，贵族是世族，他们在经济上有世袭的采邑，世世有俸禄。由于爵位与官职合为一体，贵族也就是官僚。受封的诸侯或被任命的官僚往往世袭其职，其下级的官吏也无不世袭。
春秋战国时期，各国的改革之后，社会风俗转向“尚贤”。商鞅变法也顺应时局，并前进了一大步。
一是推广郡县制度。封建时代，君权未能超出于贵族集团之上。君位废立，常取决于卿、大夫之公意。确立郡县制度之后，官员的任命取决于君，形成一种“铁打的王室，流水的官”的局面。那么，君王可以摆脱贵族的控制，庶民则有进身而官（或封爵）的机会。于是，贵族集团（乃至“士”集团）逐步衰落，以前贵族圈地分区小规模的井地，不得不解放为整块的农田。“废井田，开阡陌，授土于民”，便顺理成章。
此外，封建制度下，由周王到大夫，都具有“士”的基本身份，与一般庶人，分属两个阶层。郡县制度下，除了少数君主家族及封有爵位的家族外，庶民都是国家的百姓。百姓即是国家以户籍注录的人口，基本上都有相同的身份，亦即所谓“编户齐民”。
二是规定宗室贵戚中凡是没有立军功的人，不得列入宗室的属籍，废除没有军功的旧贵族的特权，依军功大小定贵族身份之高低。又根据军功大小制定了尊卑爵秩的等级，军功越大，赐田宅也越多，官职也越高。军功爵的建立，打击了旧贵族封建领主的势力，培植了一大批新兴的军功阶层，广大农夫成为这一制度的主要受益者。
三是开疆辟土，鼓励移民。商鞅认为，一个国家不论进行农耕和战争都需要一定数量的人力，而人口数量又必须和土地数量保持适当的比例：“地狭而民众者，民胜其地；地广而民少者，地胜其民”。如果人与地的比例不匹配，则应当“民胜地务开，地胜其民者事来”，换言之，人口多土地少的时候就应当开荒、辟土，而土地多而人口少的时候就应当移民。因此，商鞅认为既需要提高土地利用率（开荒、灌溉），又要通过“战”获取土地，还需要“来民”（引进外国移民）以增加人口。“敌国兵力弱了，我们兵力就强了。”就是说我们没有失掉进攻的条件，敌人就失掉自卫的条件。商鞅建议秦孝公发布大的优惠政策，凡是各诸侯国来归附的人，立刻免除他们三代的徭役，不用参加作战。秦国四界之内，岭坡、土山、洼湿的土地，十年不收赋税，并把这些都写在法律中，这足够招来上百万从事农业生产的人。商鞅的移民政策，不但使得秦国人口增加，而且吸引了很多外国人才，如张仪、范雎、李斯等人都是外来移民。
商鞅的新法，非常严苛。他将反对变法的旧贵族，“尽迁之于边城”，甚至连太子触犯新法也不宽饶，先黥了太子的老师公孙贾和付公子虔，后又割去公子虔的鼻子，由此引起秦孝公太子的不满。
秦孝公于公元前338年死去，太子驷即位，是为秦惠文君。一批反对变法的旧贵族乘机攻击商鞅，诬陷他谋反。秦惠文王借此报仇，车裂商鞅。商鞅虽死，但“秦法未败”。秦惠文王继续奉行商鞅的变法举措。
（二）土地制度变革
周之封建下的土地制度，是一种双层式制度设计：宏观上，“天子建国”的“封建”，只是将土地资源作出初次分配。或者更确切地讲，这是一种“王有土地委托经营管理制度”，即以土地为枢纽，凡授予土地者有权向接受土地者征收贡赋，反之，接受土地者有义务向授予土地者纳贡服役（包括兵役）。在微观上，周本部和各个诸侯国，采用的是后来被称为“井田”的土地制度，即“交换式劳役契约”。在这种土地制度下，封建贵族提供“安全”等共用品（publicgoods），农夫提供劳动（耕种“公田”）；贵族获得“公田”上的收益，农夫获得“私田”上的收益。
经过春秋战国时期各国的改革，封建土地制度日益落幕。李悝变法特别是商鞅的变法，则是给封建土地制度致命的一击。
（1979年在四川青川出土的秦牍，是秦武王二年即公元前309年颁布的《为田律》，文字记录了秦统一前田制变化的历史及整治田亩的具体规定。）这一时期，封建土地制度之上层设计即“王有土地委托经营管理制度”，已经不存在了，因为诸侯国的权威不再需要周天子的承认，土地和人民不是分封的，而是可以通过强权获得；贵族日益没落，“公田”要么荒芜，要么转卖。
商鞅变法之废“井田”，保证了“私田”的权益，允许自由买卖（注：可以自由买卖，则土地相当于现代经济学所说的“私有”）。“舍地而税人”，将秦国军赋从过去的“因地而税”（不利于垦荒）改为按人口征收（等于是鼓励人们开荒），百姓承担的赋税公平，就会尽力从事农业生产不改做其他行业。
有一点需要明确：后世乃至当代的主流观点认为，商鞅变法废除“井田制”之后，实行了土地私有制。我认为，这种观点是值得商榷的。
实际上，商鞅变法的目的并非是推行土地私有制。一方面，秦政府仍拥有大量的“公地”，如无主荒田、山林川泽及新占他国土地等。另一方面，商鞅“废井田，开阡陌”，使民得买卖土地，这就是承认农民对土地的占有，为他们取得土地提供机会和条件，从而使农夫有积极性去开荒。这样，政府才有足够的税源、粮食和兵源。因为，在古代，农业是国民经济的支柱产业，只有发展农业才能获得足够的粮食，才能保障税收，并进而促进人口增加，保障兵源。
四、商鞅变法的评价
从预期目标上看，商鞅变法是非常成功的。据《史记》记载，商鞅在秦国推行变法18年之后，“秦民大悦，道不拾遗，山无盗贼，家给人足。民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治”。战国末期思想家韩非子曾说：“七国之雄，秦为首强，皆赖商鞅”，“（商鞅）举法明教，秦人大治”。按照李斯《谏逐客书》的说法：“孝公用商鞅之法，移风易俗，民以殷盛，国以富强，百姓乐用，诸侯亲服，获楚、魏之师，举地千里，至今治强。”西汉名臣桑弘羊曾盛赞商鞅“功如丘山，名传后世”。毛泽东甚至说商鞅“可以称为中国历史上第一个真正彻底的改革家，他的改革不仅限于当时，更影响了中国数千年”。
商鞅变法，后遗症亦很大。第一，商鞅变法最大的后遗症，恐怕是“开放权位”，形成开放式政治。由于任何人都有机会做官，获得爵位，那么，各种社会精英都去寻求当官的机会，很少有人在学问和技术创新等方面予以积累。于是，这样的社会是一个平铺的社会，没有各种各样的“组织”，缺乏力量。所以，黄仁宇说：中国就像一个庞大的“潜水艇夹心面包”。上面一块长面包称为官僚阶级，下面一块长面包称为农民。两者都混同一致，缺乏个别色彩。当中的事物，其为文化精华或者施政方针或者科举制度的要点，无非都是一种人身上的道德标准，以符合农村里以亿万计之的小自耕农的简单一致。以这种道德标准辅助刑法，中国缺乏结构上的实力足以成为一个现代国家，她缺乏必要的应变能力。
第二，“重农抑商”，是李悝式的“小农计划经济体制”的发扬光大。商鞅以农业为“本业”，以工商为“末业”。规定：生产粮食和布帛多的，可免除本人劳役。因弃本求末，或游手好闲而贫穷者，全家罚为官奴。商鞅主张对农业以外的其他行业，尤其是赢利率较高的商业征收重税，并根据商人家的人口数量向他们摊派徭役，而农民的徭役远比商人要少。这样农民的负担就会轻，商人的负担就会重。那么，农民就会讨厌经商，商人就会因为没有厚利可图而转向务农。
在古代社会中，农业作为主导性的经济部门是由当时的生产力水平决定的。从长远来看，工商业的规模受制于农业的剩余率，但前者的存在又从流通、技术和资金等各方面为后者发展提供助力。商鞅所倡行的“重农抑商”着眼于既定生产力状况下农业与商业之间此消彼长的关系，其效果是双重的，在确保一定时期农业发展的同时，窒息了其他经济部门在更长历史阶段中的自发增长。在这个意义上，商鞅变法堪称中国后世僵化的产业管制模式的始作俑者。
第三，推行小家庭政策，抑制了土地的规模经营、财富的积累和技术的创新。为鼓励小农经济，商鞅规定凡一户有两个儿子，到成人年龄必须结婚分家，独立谋生，否则要出双倍赋税。商鞅让90%的民众依附于土地，不能随便搬迁，并且让耕者有其田，农民地位高，还可以通过“农战”获得名利，这样就会安居乐业，心理安全度高。这种农耕环境是适合繁衍人口的。而游牧民族由于四处飘荡，人口很难增加，古代很多游牧民族因为人口减少而消亡；现在发达国家生育率低，一个重要原因就是流动性大、就业压力大等导致心理不安全，心理在游荡（古代游牧民族是身体在游荡）。但是，小规模的家庭政策，与前述政治、经济等方面的政策可谓三位一体，都导致了平面或曰平铺社会的形成。