正月下诏亲征噶尔丹。于西苑蕉园设内监官学，以敕授太监读书。
二月康熙帝亲统六师启行,征噶尔丹。命皇太子留守，凡部院章奏听皇太子处理。妃赫舍里氏逝，追赠平妃。
五月侦知噶尔丹所在，康熙帝率前锋先发，诸军张两翼而进。前哨中书阿必达探报噶尔丹闻知皇上亲率大军而来，惊惧逃遁。康熙帝率轻骑追击。上书皇太后，备**况，并约期回京。康熙帝追至拖纳阿林而还，命内大臣马思喀追之。康熙帝班师。抚远大将军费扬古大败噶尔丹于昭莫多（今蒙古人民共和国乌兰巴托东南），斩首三千，阵斩其妻阿奴。噶尔丹以数骑逃遁。
七月以平定朔漠勒石于太学。
十月大将军费扬古献俘至。
十一月噶尔丹遣使乞降，其使格垒沽英至，盖微探康熙帝的旨意。康熙帝告之说：俟尔七十日，过此即进兵。
康熙三十六年（1697年丁丑）
正月上谕：朕观《明史》，一代并无女后预政，以臣凌君之事。我朝事例，因之者多。朕不似前人辄讥亡国也。现修《明史》，其以此谕增入敕书。
二月康熙帝再次亲征噶尔丹于宁夏，命皇太子留守京师。遣官祭黄河之神。
三月康熙帝驻跸宁夏，察恤昭莫多、翁金阵亡兵士。祭贺兰山。上阅兵。命侍卫以御用食物均赐战士。
四月康熙帝回銮。费扬古疏报闰三月十三日噶尔丹仰药死。康熙帝率百官行拜天礼。敕诸路班师。
七月以朔漠平定，遣官告祭郊庙、陵寝、先师。
十月始令宗室及满洲诸生应乡试、会试。
十一月和硕恪靖公主下嫁喀尔喀郡王敦布多尔济。
康熙三十七年（1698年戊寅）
正月康熙帝巡幸五台山。命皇长子允禔、大学士伊桑阿祭金太祖、世宗陵。
三月封皇长子允禔为直郡王、皇三子允祉为诚郡王，皇四子允禛、皇五子允祺、皇七子允佑、皇八子允禩俱为贝勒。
五月裁上林苑。
七月命吏部月选同、通、州、县官引见。霸州新河成，赐名永定河，建河神庙。奉皇太后东巡，取道塞外。
八月巡幸塞外，奉皇太后临幸喀拉沁端敬公主府邸，赐金币及其额驸噶尔臧。皇太后望祭父母于发库山。赐端敏公主及其额驸达尔汉亲王班第金币。
九月康熙帝次克尔苏，临科尔沁亲王孝庄文皇后之父满珠习礼墓前酹酒行礼。
十月康熙帝行围于辉发。驻跸兴京，谒永陵，遣官赐奠武功郡王礼敦墓。谒福陵、昭陵，临奠武勋王扬古利、直义公费英东、弘毅公额宜都墓。
十二月谕宗人府：闲散宗室，才力干济，精于骑射，及贫无生计者，各察实以闻。