2005年8月26日，独联体国家元首理事会会议在喀山举行。尽管受到了“古阿姆”集团的掣肘，但会议还是通过了完善和改革独联体机构以提高效率等决定；同时，还通过了独联体成员国有关联合国成立60周年的声明、独联体国家开展人文合作的协议、切尔诺贝利核电站事故20周年告独联体国家人民和国际社会宣言书、至2010年独联体成员国军事合作构想、2006—2008年度独联体成员国打击非法移民合作纲要、2005—2007年度打击恐怖主义和其他极端主义暴力表现合作纲要、独联体成员国共同边界政策构想等多项文件。普京认为，保障安全是独联体合作的战略重点之一，符合所有独联体国家的利益。喀山会议的成果，特别是各成员国所表达出的继续加强合作的意愿，有助于将独联体在各领域的合作提升到新的水平。
2006年5月9日苏联卫国战争胜利61周年之际，普京给独联体各国元首分别去信，呼吁独联体国家团结起来共同应对面临的挑战和威胁。他写道：
“在那场艰苦的战争中，他们（苏联红军战士们）并肩作战，反抗纳粹的侵略，捍卫后代的和平与幸福……因此，我们这一代人的职责，就是要珍视我们共同的历史。”此外，俄罗斯总统办公厅还增设了对外地区及文化合作局，希望借此对邻国的文化、人文合作产生深刻的影响，文化和教育是俄罗斯能够有效影响独联体国家屈指可数的工具之一。实际上，对外地区及文化合作局真正的任务是对抗“颜色革命”，帮助独联体内亲莫斯科的领导人赢得选举。
2.加强对独联体中亲莫斯科政权的支持
2000年3月，俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦宣布在独的斯罗俄在对存事军的亚中美国在后，”11·9。“心中恐立反建内架框的体联安全更构成了严重威胁。面对地缘政治的严峻现实，俄罗斯在继续推进同中亚各国政治、经济联系的同时，重点加强了与中亚国家的军事合作。2002年12月25月，在俄罗斯和吉尔吉斯斯坦签署了主要旨在加强双边安全领域合作的《比什凯克宣言》后，普京宣布独联体集体安全条约组织在中亚地区的快速反应部队已基本建成。2003年10月23日，俄罗斯首个海外军事基地——坎特空军基地——在中亚吉尔吉斯斯坦正式启用。目前，在中亚五国中，除乌兹别克斯坦外，其他国家均不同程度驻有俄罗斯军队。尽管土库曼斯坦是中立国，但其境内仍有俄罗斯边防军行动小组长期驻扎，帮助协防边界，而且俄罗斯还要为其提供技术装备和协助提高防空能力。这样，俄罗斯同美国在中亚地区争夺势力范围和能源控制权的较量已经全面展开。2005年3月，吉尔吉斯政权更迭后面临困难，俄罗斯立即提供4000万美元的燃料、种子和化肥，帮助吉开展春耕，使俄吉关系保持密切。在这种背景下，吉尔吉斯斯坦2006年5月19日警告说，如果美国不同意将美驻吉军事基地的租金增加，美国将可能面临被禁止使用这一基地的危险。吉总统巴基耶夫说，美国要想继续使用吉尔吉斯的玛纳斯军事基地，每年向吉尔吉斯支付的使用费必须从270万美元增加到2亿美元。巴基耶夫表示，在吉尔吉斯下周与五角大楼举行谈判时，使用费问题没有讨价还价的余地。目前，该基地是美国在中亚的最后一个军事基地。巴基耶夫指出，阿富汗战争结束后，美国在吉尔吉斯已经没有理由保持军事存在。
2005年5月，乌兹别克斯坦平息安集延武装骚乱，受到西方国家的谴责和制裁，俄则对乌当局的行动加以支持，反对欧盟和美国等西方国家对乌兹别克斯坦实行制裁，使乌由亲西方投向俄罗斯的“怀抱”。9月23日，俄罗斯与乌兹别克斯坦在距离乌首都塔什干250公里的“福里什”山地军事训练场举行了两国历史上首次联合反恐演习。11月14日，普京与来访的乌兹别克斯坦总统卡里莫夫举行会谈并签署了两国联盟关系条约。条约规定，如果俄乌两国中的一方遭到第三国侵略，另一方必须为其提供必要的帮助，包括军事援助；当和平局势受到威胁或是俄乌两国中的一方受到侵略威胁时，双方必须立即启动相关磋商机制，联合采取有效措施解决危机。普京在条约签署仪式后说，俄乌两国关系发展顺畅，双方在很多领域保持着积极合作。卡里莫夫指出，俄罗斯始终都是乌兹别克斯坦的可靠盟友，两国签署的这项条约将保障双方在所有领域的战略利益。他认为，“加强俄罗斯在中亚的地位是确保该地区和平与稳定的可靠保障，符合两国人民的根本利益”。
虽然有着丰富天然气资源的土库曼斯坦对独联体内部的合作不是很感兴趣，但其能源的出口仍有赖于俄罗斯的过境管道，而俄罗斯也积极寻求通过能源合作拉近与土库曼斯坦的关系，以维护自己在中亚的地位。土库曼斯坦的天然气主要输往乌克兰、俄罗斯和伊朗。2003年4月，俄罗斯与土库曼斯坦在莫斯科签署了为期25年的政府间天然气合作协议。根据该协议，土将向俄出口2万亿立方米的天然气，到2010年，土向俄天然气的年供应量将达到700亿立方米。按照协议条件，该协议将给土带来2000亿美元的收入。俄天然气工业公司准备扩大土天然气的进口量，并提高从土进口天然气的价格。
俄天然气工业公司代表团已与土方商定，在2006年，以每千立方米65美元的价格从土进口300亿立方米天然气。2006年1月23日，俄罗斯总统普京在莫斯科会见了到访的土库曼斯坦总统尼亚佐夫，双方一致表示将进一步扩大两国的能源合作规模。普京表示，能源合作是俄土两国双边合作中最重要的内容，建议对两国间有关经贸合作的条约和法律文件进行清理，以使两国的经贸合作更加顺畅。尼亚佐夫则表示，土将同俄罗斯一起开发亚洲和欧洲的能源市场，他强调，土库曼斯坦同俄罗斯的能源合作已经超出了经济的范畴。
3.全面支持白俄罗斯，联手应对“颜色革命”的威胁
“9·11”后，随着俄罗斯同西方关系的迅速好转，使白俄罗斯在俄罗斯地缘战略中的地位有所下降，莫斯科开始更多地从经济角度审视俄白联盟。2002年6月，普京关于俄罗斯不愿为了俄白联盟而承担风险的表态给俄白关系蒙上了阴影。2003年8月，普京致信卢卡申科，希望其尽快签署有关白俄罗斯使用俄卢布作为唯一支付手段的协定，以加快两国建立统一经济空间和加深一体化进程。但卢卡申科认为，应首先完成建立统一经济空间的文件和签署有关联盟国家宪令。但“颜色革命”改变了俄罗斯对白俄罗斯的看法。
2005年4月4日，普京在索契会见卢卡申科，双方在一系列重大问题上达成共识。4月21日，美国国务卿赖斯会见了白俄罗斯反对派领导人，面授改变白俄罗斯政权行动的四个主攻方向，声称“白俄罗斯实行变革的时刻到了”。
在2006年3月19日举行的白俄罗斯总统选举中，卢卡申科以绝对优势获胜，第三次当选白俄罗斯总统。来自欧安组织的观察员指责白俄罗斯选举“缺乏自由和公平”，欧盟酝酿对白俄罗斯采取更多的制裁措施，美国政府也表示不承认选举结果，要求重新举行投票。但是，俄罗斯却认为此次选举完全符合公认的各项准则，选举结果的合法性毋庸置疑，普京对卢卡申科的当选表示祝贺。很快，2006年6月17—25日，俄罗斯与白俄罗斯在白境内举行了代号为“2006联盟之盾”的大规模联合军事演习。在此次演习中，俄白两国分别派出了18800名和7000名官兵参加，还出动了包括最新式的苏30、苏27等战斗机和远程轰炸机参与演习。演习旨在检验两国联合防空系统和俄白联盟国家军事安全体系的可靠性。
4.利用能源武器打压独联体内的亲西方势力普京应对“颜色革命”威胁的最强硬手段，当属抛出能源武器这个撒手锏，反击独联体内的亲西方势力。除土库曼斯坦以外，独联体国家的天然气主要依靠从俄罗斯进口。
普京把这把撒手锏首先抛向乌克兰。普京深知乌克兰在独联体中的重要地位，就任总统后，很快亲自出访乌克兰。俄罗斯以停止电力和能源供应向乌克兰施加压力，迫使库奇马解除了亲西方的外交部长塔拉修克的职务。
2000年底，基辅爆发了大规模示威活动，西方趁机以“民主和人权”为借口向库奇马施压。库奇马被迫向普京求助，普京助库奇马度过了政治危机，俄乌双方还签署了乌偿还天然气债务的协议。乌克兰宣布允许俄罗斯公司购买乌实行私有化的资产。
随后，库奇马利用议会矛盾，迫使得到美国支持的亲西方的总理尤先科辞职。2001年5月，普京任命同库奇马个人私交甚密的前总理切尔诺梅尔金出任俄罗斯驻乌克兰大使，试图利用切氏的影响加强对乌克兰的控制。2002年9月，以社会党领导人，前议长莫罗兹为首的反对派再次掀起大规模的游行示威活动，要求库奇马下台。与此同时，布什政府以乌克兰违反联合国决议，向伊拉克出售先进的防空雷达系统为借口，宣布停止对乌5000多万美元的经济援助。普京对内外交困的库奇马再次出手相助。除亲自率团访问乌克兰外，在摩尔多瓦首都基希讷乌召开的独联体首脑会议上，普京不顾一些独联体国家的反对，将一直由俄总统担任的独联体元首会议主席一职让给了库奇马。
同时，俄乌划界谈判也取得较大进展（1998年乌俄双方成立勘界委员会，开始正式划分国界）。2003年1月28日，乌克兰总统库奇马和前来参加独联体首脑非正式会晤的俄罗斯总统普京签署了乌俄边界条约。但两国在划分海上边界问题上仍有较大分歧。2003年9—10月间，双方因俄方在刻赤海峡朝乌克兰边界方向修建堤坝而再起争端。俄乌总理会晤后，就两国间的堤坝争端达成解决方案：俄将不会恢复在刻赤海峡的建坝工作，乌克兰则将其边防部队撤出图兹拉岛；双方还同意在三个月内就亚速海刻赤海峡海域地位达成协议。
2004年底，乌克兰的“橙色革命”成功后，在独联体引发了连锁反应，很快形成了以乌克兰和格鲁吉亚为首的亲西方势力。自尤先科政府上台后，乌克兰“向西靠拢”的倾向更加明显，乌国内因此出现了要求收回塞瓦斯托波尔、中止俄罗斯军事存在的呼声。乌克兰与俄罗斯政治分歧不断升级，乌自然成为俄第一个“教训”的目标。在这种背景下，自2006年以来，俄罗斯开始重新修订与独联体一些国家的天然气供应合同。
2005年3月，乌克兰建议俄罗斯放弃陈旧的贸易模式，将天然气从乌过境价提高到2~2.5美元/千立方米。对此，俄方则要求将输乌天然气价格提高到欧洲标准。俄方最初提出，输乌天然气不得低于160美元/千立方米，乌方迟迟没有回应。2005年末，俄罗斯天然气工业股份公司致函乌克兰石油天然气公司：从2006年1月1日起，将俄输乌天然气价格从每千立方米50美元提升到230美元。乌克兰政府对此表示不满，拒绝接受。俄罗斯天然气工业股份公司2006年1月1日降低通向乌克兰的天然气管道的送气压力后，该公司发言人说，俄方决定将通向乌克兰的天然气管道的输气量每天减少1.2亿立方米。这一数字相当于每天俄对乌的天然气出口量，意味着俄通往乌的天然气管道中输送的将全部是出口欧盟国家的天然气。在欧盟压力下，1月4日，俄乌达成妥协。俄方将以230美元/千立方米的价格向“俄乌能源”
公司出售俄天然气。“俄乌能源”公司将俄天然气与来自土库曼斯坦、哈萨克斯坦和乌兹别克斯坦等中亚国家的天然气混合，再以95美元/千立方米的价格出售给乌克兰。
“俄乌能源”公司是专门从事将土库曼斯坦天然气输送到乌克兰的中介公司。该公司于2004年7月在莫斯科成立，根据“俄乌能源”公司创立时所签署的一揽子文件，从2005年1月开始，公司为乌克兰购买土库曼斯坦的天然气，然后将购买的天然气输送到乌克兰。该公司一半的股份属于俄天然气工业股份公司，另一半的股份属于奥地利赖夫艾森银行。