“不过天色黑了，我也要回神奇宝贝中心了，免得我的伙伴担心，下次，我在找你玩。”虽然小智也和舍不得拉迪亚斯，不过自己自己出来一天了，也需要回去，避免小刚他们担心。
“我们走吧！”随后就在老爷爷的带着小智向外走去。
“这里是……”，走出来后，就直接进到了一个工作室里，小智好奇的看着四周，和原来的地方不一样。
“是我的工作车间，修理船只的工厂，空闲了，就到博物馆去当导游帮忙，卡侬，你带小智回神奇宝贝中心吧！”
“对了，在白天的时候我见到拉迪亚斯的时候，正有两个坏人在抓她，肯定不怀好意，你们一定要小心。”小智这时想起白天的事情，提醒卡侬和老爷爷说。
“是这样啊！”老爷爷听后若有所思，随后小智就在卡侬的帮助下回到了神奇宝贝中心休息。
“小智，你去哪里来了，那么晚才回？”回到神奇宝贝中心，就看到小霞和小刚在等小智。
小智便把今天的事情告诉了他们，小霞和小刚听了都很吃惊，打算明天和小智一起去看看。吃过晚饭，小霞和小刚很快进去了梦乡，而小智也在擦着神奇宝贝球，今晚注定是一个不眠之夜。
就在大概凌晨时分的时候，小智发现有人从窗户进来了。。
“拉迪亚斯。”拉迪亚斯看到小智后变成人类的样子，扑到了小智的怀里，开始哭诉起来。
“怎么回事？”小霞和小刚被拉迪亚斯的哭声吵醒了。
“不用担心，拉迪亚斯，他们是我的伙伴。”小智安抚受惊的拉迪亚斯。
拉迪亚斯听到小智这么说也放下心来，变回原来的样子，它现在只相信小智一个人。
拉迪亚斯的样子先是吓了他们一跳，不过会想起今天小智和他们说的事，很快接受了一个事情。
“我长话短说，刚才有两个人把拉帝欧斯和博物馆老爷爷和卡侬给抓走了，心之水滴也被抢走了，拉帝欧斯拼命的挡住那两个人的攻击，拉迪亚斯才跑出来的。”小智解释说。
“呜~~~~”就在这时拉迪亚斯的眼睛发出亮光。
“是梦境投影”，看到四周的影像发生了变化，小刚说道，“是博物馆的大厅”。
“是卡侬。”随后就看到卡侬和老爷爷被阿利多斯的丝线绑在了一旁。
“是那两个人，还有心之水滴。”也随后发现就是白天那两个想要抓拉迪亚斯的人，心之水滴也被放在了博物馆的那个机器上，随后莉奥就启动了机器。
“化石翼龙和镰刀盔。”随后就看到博物馆地板上的化石翼龙和镰刀盔的化石被复活了，小刚非常的惊讶。
“我们快走。”看到四周恢复了原样，小智知道时间紧迫，所以就说道，然后大家就向外跑去，乘着卡侬的船向博物馆而去。
“不好，是镰刀盔，它的眼中只有眼白，是被控制的。”刚走了不久，就看到镰刀盔从水里冒了出来，“这里交给我，你们快走，去吧，大岩蛇。”小刚主动留了下来，也派出了自己的大岩蛇来阻住这只镰刀盔。
“赫拉克罗斯，你也去帮忙。小刚要小心啊！”小智非常的相信小刚，派出赫拉克罗斯一起去压制镰刀盔，就再次向前而去。
刚走没多久，小智他们这边则是再次碰到了麻烦，“这次是化石翼龙，这次我来，牛蛙君，去吧。”看到是化石翼龙来袭，小霞跳下船，派出了牛蛙君来迎击。
“化石翼龙，你也去帮忙！小霞，要小心。”小智对着小霞喊道，谢谢完全不怕疼痛的神奇宝贝需要两只才能更好的压制对方。
“好了，知道了，你们快走吧！”小霞和化石翼龙一起挡住化石翼龙。
“那是……”，就在小智和拉迪亚斯感到广场的时候，就看到一道水柱冲天而起，向着广场而来。
“应该是莉奥控制那个机器引起的”，小智随后说道，“快走。”而后就向前跑去。
“不好”，不过他们再跑也没有水流快，水流迅速就把他们围了起来，卡侬担心的说。
“伊布，变成太阳精灵，使用瞬间移动。”小智看着逐渐向他们压来的水流，对伊布说道。
“布伊~”，随后伊布变成太阳精灵，眼睛发出蓝色的光芒，带着小智和拉迪亚斯跳过这段距离。
“啊~”，经过一路险阻，小智、拉迪亚斯终于到了博物馆，一走进博物馆，就看到那个巨大的机器底下发出许多的能量，仿佛是失控了，在到处的乱转，拉帝欧斯则是被困在一旁的铁圈中，老爷爷和卡侬被绑在一旁。
“太阳精灵。”站在底下的桑兰看到小智他们后，就对太阳精灵说道，是想要阻拦小智。
“皮卡丘，不用留手，十万伏特。”小智则是没时间和她耗，皮卡丘直接一道电流打过去，命中了太阳精灵、阿利多斯和桑兰。
“皮卡丘，铁尾。”小智趁着这个时候来到了老爷爷和卡侬身旁，皮卡丘用铁尾切断丝线解救他们。
“机器已经失控了。”老爷爷被解救下来后，就立刻说道。
“这样下去，拉帝欧斯会死的。”随后卡侬看到困住拉帝欧斯的铁圈开始不断的加速，快速的吸收拉帝欧斯的能量，担心的说。
这时拉迪亚斯也来到了拉帝欧斯的身旁，不断的撞击着困住拉帝欧斯的铁圈，不过完全的没效，小智立刻走过去，扶起刚才被铁圈弹开的拉迪亚斯。
“拉迪亚斯，让我来。”小智阻止拉迪亚斯继续撞击。
“化~石~翼~龙~”小智放开声音大喊到。
“吼~~~”原本正在周旋的化石翼龙听到小智的呼唤，怒吼一声，使用最强的破坏死光将那个被控制的化石翼龙打到镶进地里，动弹不等。
化石翼龙头也不回，快速飞到小智那，降落在小智的后面。
小智拿出mega进化石，丢给化石翼龙，然后从衣服里拿出项链。“化石翼龙，mega进化。”“吼————”mega进化链条出来，双方互相交融，更加凶恶的mega化石翼龙出现了。“化石翼龙，使用超级冲击，皮卡丘，对着化石翼龙使出最大威力十万伏特。”随着小智一挥手，化石翼龙全身巨大螺旋能量包裹全身，皮卡丘释放出强大的电流迅速包裹化石翼龙。“去吧！”两大技能融合在一起，让化石翼龙全身被金黄色的能量包裹，朝着铁圈冲过去。“轰——”一声巨响，铁圈完全被撞的变成一团麻花掉在地上，化石翼龙飞了出来，全身散发着反噬的电流力量。“拉帝欧斯，没事吧！”拉帝欧斯终于解困了，小智和拉迪亚斯立刻跑上去担心的问道，而那边的机器也因为没有了拉帝欧斯停了下来，桑兰也跑去看莉奥了。“呜————”，拉帝欧斯气息奄奄的趴在地上。“小智，没事吧”，小霞和小刚这个时候也终于赶来了。“差不多娃娃，治愈波动。”小智接着就派出了差不多娃娃来给拉帝欧斯恢复体力，拉帝欧斯脸色变得好一点。“啊呀，怎么整个都变色了。”就在这时桑兰看着心之水滴说道，原来水蓝色的心之水滴，变成了红色，而且中间还有好多的黑斑。“不要碰”，老爷爷看到桑兰想要碰心之水滴，于是立刻阻止，可是还是晚了，桑兰已经碰到了，随后就被心之水滴发出的能量给弹开了，接着心之水滴就爆破开来，变成了碎片，而那个机器则是再一次的失控了，而且比刚才还严重。“当坏人使用心之水滴时，心之水滴会出现裂痕最后消失，和这个城市一起。”老爷爷这使解释说。“什么？”听到这个城市也会消失，小霞吓了一跳。“大海……消失了。”拉帝欧斯稍微了恢复了后，大家走出博物馆，就看到大海渐渐的退去，最后完全的消失了，露出了裸露的河床，看到这一幕，大家都非常的不敢相信。“是海啸。”而就在这时，小刚这时指着远方的海平面惊呼起来，滔天巨浪席卷而来，城市在它看来是多么的渺小，而对小智来说自己在灾难中的力量是多么的微弱。
“城市要沉了！”看到这么大的海啸，老爷爷抱着害怕的卡侬说道。
“小智，怎么办？”小霞这时也着急的看着小智，在她看来经历了那么多的磨难，都是小智一个人能决绝，本能的一种依赖。
“呜呜呜————”，这时拉帝欧斯和拉迪亚斯叫了起来，然后就要向前冲去。
“等一下，拉帝欧斯，拉迪亚斯，请你带我一起去。”小智说到，他知道现在只要靠他们的力量才能拯救这座城市了，而且一定要用心之水滴来平衡大海的力量。但他实在是不想让拉帝欧斯牺牲自己来弥补人类犯的错误。
拉迪亚斯迷蒙的看着拉帝欧斯，而拉帝欧斯却摇摇头，拒绝小智的要求，带着拉迪亚斯冲了上去。
“化石翼龙！”小智大喊到，化石翼龙马上飞过小智面前，小智将皮卡丘和伊布都丢下去，不让它们跟过来。
“皮卡丘~”（小智，你要干什么！）
“布伊~”（爸爸，住手！）
跟了小智那么久，它们当然知道小智的想法，但是现在想追过去却很难，小智已经骑着化石翼龙飞走了。
“呜————”，随后拉帝欧斯和拉迪亚斯使出力量变成巨大的光球冲了过去，直接进入了海啸中，随后一点亮光急剧的膨胀，覆盖了整个的海啸，光亮慢慢的弥散，照耀着海水上，海水渐渐的平复了下来，再次回归到了平静，而后巨大的光亮快速的缩减，成一道光柱直达天际。
小智就趁这个机会冲进了光束里面，他在里面看到一个蓝色的世界，这里完全不受重力影响，小智完全可以飘着。拉帝欧斯上方出现一个朦朦胧胧的蓝色的小球，那就是准备全新完成的心之水滴。
不过看到拉帝欧斯痛苦的表情，这恐怕正在抽取它的生命和灵魂。
“化石翼龙，用命令你带拉帝欧斯和拉迪亚斯离开。”小智回头对化石翼龙说到。
“吼~”（那你呢？）
“我不用你管，还有不要回来接我，这是命令。”小智对化石翼龙怒斥的说到，小智很少对神奇宝贝发脾气，就算自己受到它们的攻击也只是一笑而过。
化石翼龙看着小智的怒斥，只能不情愿的带着拉迪亚斯和拉帝欧斯离开这里。
小霞他们看到化石翼龙带着虚弱的拉帝欧斯和拉迪亚斯回来，却不了小智的身影。
“小智呢？快告诉我小智呢？”小霞对着化石翼龙怒吼到。
化石翼龙什么也没说，看着那道冲天的光束。
“什么…小智还在那里！”这是候大家也知道化石翼龙想表达的意思，但现在根本没办法过去，只能默默为小智祈祷。
在光束里，小智看到失去拉帝欧斯力量支持的心之水滴正在弱小，好像要消失一样。他取下了项链，将项链紧紧握在手里，其实他也没有把握，到他在赌，赌赢了皆大欢喜，赌输了即便付出自己的生命，小智也要拯救这个城市，也拯救拉帝欧斯。
会想起放出洛奇亚说的话，小智摊开手看着项链，缓缓说到“如果你真的能帮我解决困难，那就把你无所不能的力量借给我吧！不想拯救这个城市，我不想看到人类犯下的错误要用神奇宝贝的生命来弥补，我宁愿用自己的生命来承受所以的后果。”
项链微微一动，似乎是回应小智，开始散发出蓝色的光芒，自己的波导力量和大量蓝色的气息涌现出来，不断注入心之水滴，心之水滴又开始继续成型，最后形成一个完整的心之水滴。
“太…好…了。”在心之水滴完成的那一刻，小智非常高兴，但是他感觉自己非常累，累的眼皮都有点打不开了，一手握着项链，一手拿着心之水滴，在光束消失后，微笑的掉了下来，扎进了冰冷的海水里。
“快看，大海”，这时小霞指着海面说道，然后大家就看到海水慢慢的朝着水都而来，把裸露的河床慢慢的覆盖，所有的巷道再次被海水所充填，城市又恢复了原来的样貌。
“他果然还是做出来这个决定，看来我没有看错人。”昏迷中的小智突然感觉自己脑海里听到了这个古老的声音。
“真是一个不计后果的人，不过这样的人我喜欢。”另一个声音出现在小智的脑海里。
“他的未来充满荆棘和艰辛，这是他的命运，也是我们的幸运。”又一个声音说到。
“只要他愿意，我们愿意跟随他一辈子！”许多声音同时响起。
这时候小智突然睁开眼睛，不过看到的却是…
“好熟悉的天花板！”
“皮卡~”“布伊~”（小智（爸爸），你醒了。）这是皮卡丘和伊布的脑袋出现在小智的面前。
“我没事！”小智摸了摸它们的脑袋，然后把手放倒胸口上，发现项链挂在自己的脖子上才松了一口气。
“哎呀~压死我了！”这时候一个人影飞扑了过来，砸在了小智身上。
“小智，我还以为你…你…”拉迪亚斯眼泪汪汪的看着小智，当初她知道小智为了解救自己（脑洞大开）和城市，差点牺牲掉自己。
“傻瓜！我是不会死的。”小智摸了摸拉迪亚斯的脑袋。
“小智，你醒了！”这时候卡侬，老爷爷他们也进来了。
“真是非常谢谢你了，你救了这个城市。”老爷爷带着卡侬和拉帝欧斯对小智发出感谢。
“没什么，这是我应该做的！我睡了多久。”小智缓缓说到。
“一天了，小智。”小刚说到。
“那我们要走了！白银大会快要开始了，我要快点拿到最后一个徽章，要不然赶不上了。”小智这时候马上下床，突然身体一晃动，差点摔倒了。
“小智，身体还没恢复吧，不要太勉强了，我们在停留一段时间吧！”小霞看到小智这样担心的说到。
“不，是我肚子饿了。”小智这时候摸了摸肚子，他已经少吃了三餐。
“哎呦~”一阵华丽的摔倒声响起，小智尴尬的挠了挠后脑勺。
吃过午饭，小智他们也要告别这里，继续踏上旅程了。
“路上要小心”，老爷爷和对着小智他们说道，“奇怪了，卡侬和拉迪亚斯它们怎么没来送行呢？”随后老爷爷有点奇怪的说。
“没事了，也许它们也累了，在休息呢！”虽然小智也有点遗憾没有见到拉帝欧斯和拉迪亚斯，不过还是说道，“那我们走了。”
“小智，是卡侬！”就在这时，小霞发现卡侬正在朝这边跑来。
“不，是拉迪亚斯！”小智说到，马上停下船走了上去。
“谢谢你，小智。”拉迪亚斯跑过来后，就递给小智一张纸，小智打开后，就看到画的是自己还有皮卡丘和伊布的样子，看起来非常温馨的一幅画。
随后拉迪亚斯就突然靠近小智，亲了小智的脸颊，这让小智呆了一下。
小霞吃惊的忘记了抱住波克比，而小刚也惊呆了，一副羡慕嫉妒恨的表情，皮卡丘和伊布则是一副小智有出息的高兴表情。
就在拉迪亚斯转过身离开的时候，小智突然伸出手拉出来拉迪亚斯的手，这一幕就像那种恋人想离开却又舍不得的情景。（不过小智并没有什么不纯洁的念头，而且此喜欢非彼喜欢，有的人马上面壁思过去。）
“拉迪亚斯，我很喜欢你，跟我走吧！”小智低着头，缓缓说到。
拉迪亚斯愣了一下，心里小鹿乱撞，她也紧紧抓住小智的手，她很想跟着小智一起走，但自己的责任又是守护这座城市，守护心之水滴，一下子让她的内心陷入两难的境地。
小智一直保持着这个动作，他在等待，等待拉迪亚斯的答复，这一幕持续了很久很久。
“跟他一起走吧！”突然看到身旁出现了拉帝欧斯的身影。
“啊~哥哥。”拉迪亚斯被这突然出现的拉帝欧斯吓了一跳。
“你也不小了，是时候要出去见识一下外面的世界了，跟着小智走我很放心，这里你不用担心，我和其它族人会好好保护这里的。”拉帝欧斯说到。
“谢谢哥哥。”拉迪亚斯最后做出来决定，高兴的扑到了小智的怀里，小智用一颗神奇宝贝球将拉迪亚斯收服了，然后放出来一起告别拉帝欧斯。
“小智，我的妹妹就拜托你照顾了。”拉帝欧斯对小智喊道。
“我会好好待她的。”小智说到。
在挥手和拉帝欧斯告别后，小智将化石翼龙传送了回去，带着拉迪亚斯一起继续旅行。
“妹妹，他的人生注定不平凡，你跟着他才是最好的选择。”拉帝欧斯自言自语的说到，其实在他们从海里救出小智的时候，拉帝欧斯看到了小智手中的心之水滴和脖子上的项链的时候，它就明白了一切，所以让拉帝欧斯跟着小智离开。