继续旅行的三人，在一座岛上休整一下，我还换了个神奇宝贝，然后又在海上认识了开船旅行的小美，并且受到小美的邀请，来到船上，继续旅行，朝下一个小岛前进。
“今天天气真好啊，大家都出来吧。”上到船上后，小霞把神奇宝贝们放出来，大家都到水里去玩了，当然旱鸭子可达鸭还是只能在船上看着。
不过好景不长，突然前方出现了大片的黑云，而皮卡丘谨慎的看着那些黑云，两个脸颊也开始出现电火花。
“皮卡丘，你也感觉到了吗？”我摸了摸皮卡丘，皮卡丘对着为我点了点头。
“不用担心，这一切都有我。”我抱起皮卡丘开始收回神奇宝贝，小霞也收回她的神奇宝贝。
海上开始出现风浪，船也因此剧烈的摇晃，小霞也抱紧波克比，大家只能抱着栏杆，不知道船会飘往何处。不过我心里已经大概知道怎么回事了，剧情要来临了。而与此同时，世界各地也出现了各种不同寻常的天气情况，也引起了各类人士的关注。
等稳住船后，他们已经来到了目的地，小美在船的上方，看着远方说道，“亚细亚岛，橘子群岛海域的尽头。”
“洛奇亚，不知道洛奇亚知不知道项链的来历，毕竟海里突然出现那么巨大的快龙，它应该不会不知道吧。”听到小美的话，小我心里想到，手放倒项链的那个位置上。然后在水流的带领下，大家上了亚细亚岛。
“终于得救了，也许是我们运气好吧。”从船上下来后，小霞就稍微平复了心情的说。
“真的得救了吗？”不过这时小建发现了他们远方出现了许多的带着奇怪鸟面具的人，吓了一跳。
“这不是小美吗？”这时其中一个人一边说着一边把面具摘了下来，是一个女人，而且认识小美。
“哎呀，是小优啊”，而小美也认识那个女人，原来是叫做小优，“从曼陀林分校分别后，算起来有五年没见了呢，不过，那种打扮是什么啊！”随后小美又问小优说。
“祭典啦，从今天起，岛上会有祭典举行。”小优回答说。
“小优，你还是当祭典上吹笛子的女巫吗？”小美一听小优的话，就知道了还是以前的祭典，而且小优是充当吹笛子的女巫。
“引退了，我现在也不是小孩子了，祭典女孩由我妹妹担任了。”不过小优则是说她不再是祭典女孩了。
“什么妹妹，谁是祭典女孩了，我当姐姐的妹妹真是不幸。”然后就看到远方出现了一个女孩子，不过穿着很现代，而且还带着一幅墨镜，和四周的人群看起来有超时代的画面。
“那是什么打扮，祭典用的衣服呢”，而姐姐小优也看着妹妹的衣服不太认同，看来这姐妹俩有点分歧。
“我才不要穿那么老土的衣服呢，而且祭典是从傍晚才开始的。”而妹妹吐了吐舌头，然后回答说。
“真是没办法，小美，这是我的妹妹芙萝拉，这样也能当巫女，是祭典的主角，时代真是变了。”小优向大家解释了妹妹后，又吐槽了一下，“这几位是？”随后小优看到了我，于是问道。
“哦，他们是神奇宝贝训练家。”小美介绍说。
“神奇宝贝训练家，喔——喔——太好了。”听了小美的话，大家都激动的欢呼起来，弄的小霞和小建一头雾水，而我则是知道原因，看来又要当勇者拯救世界了。奇怪，为什么要说“又”呢？（小智：“不知道“。)
“传说中，跟着世界的毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒，指挥者，也就是训练家，你就是那个训练家，这是惯例。”而后从人群中走出来一位老爷爷，并且一边说着，最后指着我说是那个训练家，也就是指挥者。
“你是神奇宝贝训练家？”这时，芙萝拉也走了过来，打量着我。
“你好，我叫做小智”我自我介绍说。
“哎呀，伊布和皮卡丘看起来都很不错，不管了，按照惯例，亲一个，这是欢迎之吻。”而芙萝拉听了我的话后就要亲过来。
“哎哎哎，等一下”，而我看着马上要亲过来的芙萝拉，立刻就慌了起来，虽然瑟蕾娜不在这里，不过被她知道会吃醋的，不过还是被芙萝拉在脸上轻轻点一下。话说，小建，你拿着纸和笔在画什么，等一下一定要拿给我看看。
“等等，这是什么惯例啊~”小霞这时才反应过来了，迅速走上前去，挡在我面前，对芙萝拉说道。
“这个……小智，你妹妹？”芙萝拉不解问道。
“鬼才是。”小霞马上反驳。
“那是你女朋友吗？”
“鬼才是。”
“那你管那么多干嘛，算了，反正已经和小智确立关系了，其它的都不重要了。”芙萝拉看着故意在小霞面前对着我抛了个媚眼，然后带上她的墨镜。而小霞气的咬牙切齿，但又不好意思那么多人面前发脾气，破坏自己淑女形象。
“来，祭典开始了。”老爷爷这时宣布祭典活动开始了，而小智他们也随着人群加入了祭典当中。
“这边的祭典真的不错啊！”跟着祭典活动了一会儿后，小智他坐在一旁大吃特吃，而在它一旁的神奇宝贝也加入战局，小智对它们说等一下会有很麻烦的战斗，现在它们都在养精蓄锐。
“是啊！”小霞也慢慢融入庆典了。
“是那个女孩，我看出来了”。突然传出一阵悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一位女孩，头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子，很是梦幻，而小建则是说道。
但笛声响起的时候，我的项链发出微弱的光芒，这点我的注意力被芙萝拉吸引了，没有发现，而在不远的深海里，一个黑影却突然睁开双眼。
“真的很漂亮。”我赞美一句，不过下一句却是“真的是同一个人吗？”
“天地愤怒，世界即将毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神的愤怒，小智大人，如果你真是那个优秀的指挥者的话，就请给我们看证据吧，到近海的三个岛上拿到三个宝物，然后放到岛上的祭坛上，然后由我来向众神吹奏奉献之笛，这样就结束了。”芙萝拉跳完舞后就走到我们面前并且对我说。
“那宝物在哪里？”我故意问道。
“在各个岛上的神社中”，芙萝拉一边吃着一个水果一边回答说，“而且到岛上去有船，而且到神社上还有楼梯，很简单的。”芙萝拉又解释了一番，看来历年来的祭典都很简单，不过我想说今年可是不一样的。
“那我们现在就出发吧。”我想到这件事情越早处理越好，于是想要现在就出发。
“不用着急，祭典要持续到明天，明天早上再去也来的及，放轻松。”而芙萝拉则是觉得事情很简单，不需急着去。
“还是现在去吧，早点结束比较好，今天的事今天完成。小霞，你们就待在这里等我的好消息吧。”而我则是坚持自己的想法，收起神奇宝贝，带着皮卡丘和伊布就出去了。
“啊，小智，等等…”小霞还没说完，我便离开了他们的视线。
“船我来开吧，我送小智先去火之岛。”小美这时也跑了出去，说要载我过去。
可惜，船刚到一半，海上就起了风浪，这让我有点进退两难。
而就在此同时，大木博士研究所，“橘子群岛？小智他们现在旅行的地方？如果发生危险，小智一定又会去独自面对。”听了新闻说是橘子群岛的海底洋流发生了变化后，花子担心的说。而后大木博士也接到了内木博士的电话，说橘子群岛的神奇宝贝们也发生了异动。
“终于到岸了”经过了一路的颠簸后，终于可以说是“平安”的抵达了火之岛，不过你们把眼睛里的蚊香去掉那就真的平安到达。
“船长在这里等我吧。”我说了一声后，然后带着皮卡丘和伊布就朝神社跑去。
“这个应该就是宝物了，时间紧迫，我还是快点离开好了。”到神社的路上可以说是比较的安全，没有发生什么事情，而后就看到前面一个建筑物里有一个红色的发光的珠子，我看着它自言自语的说到。
当我走上前去，奋力的把珠子拿了下来，而后就看到红色珠子里好像有一股火焰的燃烧，拿起来感觉很温暖，我也没管那么多，收起来就想要去下一个岛拿其他的宝物。
不过离开的时候又遇到拦路虎…
“…………（火箭队经典台词）。”
“火箭队，我今天很忙，我忙着呢拯救世界，没时间和你们耗。”我知道今天拖越久就会越麻烦，所以没有时间浪费在火箭队身上。
“你拯救世界关我什么事我们是坏人，今天天气很不好，不过趁着现在赶紧把皮卡丘交出来，我就放你过去。”武藏则还是想要抓皮卡丘。
“等一下你们的对手是我们，小智，你快去别的岛吧，这里我来帮你挡住。”这是芙萝拉和小霞他们跑了过来，挡在了火箭队面前。
“小霞，小建，还有芙萝拉，你们怎么来了。”我问道。
“因为…”小霞还没有解释完，又出现意外了。
‘呲呲呲呲啦~~’，不过就在这时突然有了这样的声音，而且大量的闪电袭来，闪电到处的肆虐。
“那是？”对于随后出现的冒着闪电的黄色大鸟，小霞非常的好奇。
“闪电鸟，电系和飞行系的神奇宝贝，同样的，也是传说中的神奇宝贝，它来了。”我严肃的看着闪电鸟，现在还没有打败闪电鸟的实力。而与此同时，闪电鸟也停在了神社上，身体四周发出大量的电流，而本来的火山口也全部被电流而改变了。
“怎么回事？”小霞感到自己好像有点飘起来的感觉，很是担忧。
“是电气场地，它在改变这里的场地属性。”我说到。
“原来如此啊喵”，喵喵在旁边也随后说道。
“皮卡皮卡~”皮卡丘放出电流和闪电鸟交流。
“干什么呢，这种攻击根本就无效的。”武藏看到后则是很不解。
“不是在攻击，是尝试交流啊喵，这是电系神奇宝贝的交流方式，它说这里明明是火焰鸟的岛，为什么要到这里来喵~”喵喵翻译说。
“皮卡丘~~~~”，皮卡丘看到没有反应于是加大了电流的输出，终于使电流缠绕上了闪电鸟，闪电鸟开始变得不耐烦了，也随后给了回应。
“它说这个岛的主人已经不见了，既然不在了，就由我来支配这个岛喵~”喵喵在旁为大家翻译，闪电鸟也随后放出更多的电流，好像是要彻底的改变这个地方，来适应自己，不过突然所有的电流都开始向上传去，仿佛受到了什么吸引一般。
“那个是什么？”而后就在大家的眼前出现了一个庞大的飞行物，小次郎吃惊的喊道。
“这是…”
“啊——”，两个方形金属物突然把我一行人和火箭队圈了起来，火箭队尖叫了起来，而后另外两个金属物也把闪电鸟给关了起来，随后带着大家向飞行物飞去。
“是火焰鸟。”进了飞行物后，我就看到了旁边被关着的火焰鸟。
“原来火焰鸟也被抓来了。”芙萝拉听了我的话后有点吃惊。
“你们是第一批没有收到邀请信来到这里的人，觉得如何，火之神火焰鸟、雷之神闪电鸟，我的新收藏品。”这时从上方传下来一个人，并且对我说道。
“等一下，大叔，收服神奇宝贝为什么不放在神奇宝贝球里，这样不就是侮辱他们吗。”小霞听了大叔的话很生气，对着大叔喊道。
“我不是神奇宝贝训练家，是收藏家，能用我的眼睛看到的东西，才是收藏品，看吧，我的收藏品，不过不要用手，这样才是礼貌。”大叔说完后，就把我们从关着的地方放了出来。
“急冻鸟，开始行动了。”这时大叔前面出现了一段影像，是急冻鸟，“要出来了，冰之神。”随后大叔就又传了上去，完全没有管小智他们，看来是认为我们翻不出什么大浪。
而此时，全世界的神奇宝贝们都开始向亚细亚岛前进，大木博士和花子也乘上了前往橘子群岛的飞行船。
“这里好像写着什么…”芙萝拉看着旁边的石板。
“火之神、雷之神和冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡。”芙萝拉为大家翻译石碑上的文字。
“怎么会这么严重。”小霞惊呼到，这确实难以让人相信。
“如果世界灭亡了，就没有神奇宝贝可抓了，我们会失业的喵~”喵喵这时却想到自己会失业。
“小霞，你们让开，我来救火焰鸟它们。”我示意他们退后，然后拿出神奇宝贝球。
“出来吧，喷火龙，化石翼龙。”我放出两个大将。“喷火龙，对着火焰鸟使出爆裂燃烧，化石翼龙，对着闪电鸟使出破坏死光。”它们两个的攻击足以破坏那些金属物。
‘砰——’，随着一声巨响，产生了爆炸，而火焰鸟和闪电鸟也成功的脱逃了。
“成功了”，看到火焰鸟和闪电鸟逃了出来，小霞高兴的喊道。
“是啊。”我也很高兴，不过它们现在正处于愤怒状态，随后它们就撞破墙壁飞了出去，开始破坏飞行物。
“怎么办，要撞上了。”由于飞行物被火焰鸟和闪电鸟破坏，所以失控了，开始向下坠去，看着向下坠去的飞行物，火箭队担忧的喊了起来。
“大家快点抓住喷火龙和化石翼龙。出来吧，大针蜂。”没错，我在之前换的就是大针蜂，让喷火龙载着阿美和小建，化石翼龙载芙萝拉和小霞，大针蜂抱着自己，自己抱着皮卡丘和伊布，然后一起离开飞行物，至于火箭队就只能祈祷他们安全了，我实在是无暇顾及了，不过以他们的“坏人主角光环。”或许除了自己就他们最不怕死了。
“小智，你看。”成功着陆后，小霞指着前方对我说道。
“看来我们降落在雷之岛了，我正好需要这里的宝珠，你们等我一下。”看到前方的神社和黄色的宝珠，我就知道是到了雷之岛，而后就上前把宝物拿到了手，黄色的透明宝珠里面有电流在乱动，而且有麻麻的感觉传来，像皮卡丘的电击疗法，我赶紧把它放到口袋里，而后带着大家离开。
“他们完全的愤怒了”，随后传来了火箭队的声音，看来他们也安全着陆了，不过火焰鸟、闪电鸟和不知什么时候出来的急冻鸟愤怒了，开始乱放技能，完全变成一场大乱斗。
“我们快点到祭台上去吧。”等它们到祭台的时候。一只河马王正等着他们。
“把宝物放到那里。”河马王用心灵感应对着小智说道。
“嗯”我听后立刻向那边跑去，把火之宝物和雷之宝物放到了祭台对应的位置上。
“他们过来了。”小霞这时看着向这边一边飞一边放着技能的火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，对我说道。
“可恶我们还差一个。”我说到。
“海之神，洛奇亚”，不过就在他们到的时候，从海里传来一股漩涡激流，把他们阻碍在了外面，而后出现了一只神奇宝贝，河马王看到神奇宝贝的真容后说道。
“这是…海之神？”芙萝拉听了河马王的话重复说。
“海之神只有在拯救世界的时候才会出现，不过也无法阻碍世界的灭亡”，芙萝拉看着天空中和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟缠斗的洛奇亚说道，看来她知道一些传说。
“小智，只有当火之神、雷之神和冰之神拥有的宝物与海之笛调和的时候，才能消除他们的愤怒，现在能完成这件事的只有优秀的指挥者——小智。”而后洛奇亚通过心电感应向我表达了解决这次事情的方法。
“为什么你会知道我？不过算啦，这些等一下再说吧！大家就在这里等我吧。”我这时站了出来。
“可是…小智…”小霞还想说些什么，不过被我打断了。
“我已经拿到两个宝物了，只剩下冰之宝物了，我现在站在拯救世界最近的位置，虽然这一路也许会很艰难，可是我想要拯救这个世界，如果世界毁灭了，就没有神奇宝贝了，没有大家了，我不能让世界毁灭，而且传说中也只有优秀的人类指挥者才能拯救这个世界，我现在是最符合的了。”我也看着前方的冰之岛和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟。
“我们走吧，洛奇亚。”我骑着洛奇亚离开了。
在骑着洛奇亚前进的时候，三只鸟发现了我们，火焰鸟不断的释放喷射火焰，闪电鸟释放十万伏特，急冻鸟释放急冻光线，不过洛奇亚都用技能和防护罩给挡住了，不过这撑不了多久。
“出来吧，暴鲤龙，化石翼龙，大针蜂和喷火龙。”我决定派出神奇宝贝拖延一下它们。“暴鲤龙，你对付火焰鸟；化石翼龙，你对付闪电鸟，大针蜂，你对付急冻鸟。喷火龙，你协助洛奇亚保护我。”
面对三圣鸟，喷火龙它们都是很傲的神奇宝贝，还不畏惧的对着它们出招，不过结果很出乎我意料…
暴鲤龙对着火焰鸟使出水炮，而火焰鸟使出大字火直接将水全部蒸发，然后对着暴鲤龙使出喷射火焰，将暴鲤龙放到火里烤一样，暴鲤龙发出惨痛的叫声…
而化石翼龙飞到闪电鸟身边时，被闪电鸟的电流困住，动弹不得，化石翼龙的外层岩石皮肤根本无法阻断电流的入侵…
另一边，大针蜂可以说被废除了攻击，它的双针都被裹上一层厚厚的冰，根本无法使用，只能拼命躲避急冻鸟的攻击…
“可恶，难道真的只能这些吗？”我从背包里拿出来化石翼龙和大针蜂的mega进化石。
我之前一直不用mega进化，是因为觉得神奇宝贝它们本身的潜力还没有完全挖掘出来，贸然使用mega进化会让它们产生过分依赖这股新力量，这对它们的未来发展是这次弊端，所以决斗场上他宁愿输掉，也不愿提前使用mega进化，不过现在情况不一样，只能破例了。
不过看着手里只有两个mega进化石，我突然在想暴鲤龙怎么办，看来只能喷火龙一起来辅助攻击了。
不过洛奇亚眼睛向后看了看小智，似乎知道小智有困难，它用念力从羽毛里取出一样东西，飞到小智手里。
“洛奇亚，这是…”我看到飞到自己手里的东西，居然是mega进化石，还是暴鲤龙的。
“这是我在海里的一个遗迹中发现的，当初发现它的不一样，所以收藏了，现在送给你了，反正留着给我也没什么用。”洛奇亚说到。
“那真是谢谢你了，洛奇亚。”我说到，对他来说得到这个是一件开心的事。
“伊布，爸爸希望你能帮我一个忙，将暴鲤龙它们救到这里来。”我抱起伊布，一副拜托了的样子。
“布伊~”（只要爸爸拜托的事，我一定为爸爸完成。）伊布对着小智软绵绵的笑了笑，然后变成太阳精灵，用瞬间移动将暴鲤龙它们带了过来。
“谢谢你伊布。”我摸了摸太阳精灵的脑袋。
火焰鸟它们突然发现原来那些胆大妄为的家伙突然不见了，等它们回过神来看到全在洛奇亚那里，气冲冲的杀了过来。
“现在没时间解释那个多了，各位，接住这个。”我将mega进化石对应抛给了暴鲤龙，化石翼龙和大针蜂。
然后将项链拿了出来，紧紧的握住它，这也是我第一次使用mega进化，心中总是有一丝紧张。
我先闭上眼睛，慢慢调整自己的心情，然后舒一口气，睁开那充满自信的眼睛，全身散发着淡蓝色的波导，却出乎意料的平静，喊道:
“暴鲤龙，化石翼龙，大针蜂，mega进化…”
“吼——————”，一声巨吼响彻天地，就连远处的小霞她们也发现了洛奇亚那里的情况。
“那是什么…”小建指着那个方向，他们只看到三条如同基因链一样的东西，散发着光芒…
而我这边，key石分出三条半截的链条，同暴鲤龙它们的对接，光芒包裹着它们的身体，各自的形态也开始改变…
暴鲤龙的头部上空出现一个蓝红色的能量，随后转换了形态，下弯的尾部变为上翘，胡须增长，背鳍扩展延伸，黄白色的腹部变为黑色，身体两侧有红色的线条，头部触角拉长，属性从水飞变为了水恶，
化石翼龙在光华中发生变化，一根根骨刺一样的尖石从身体刺出，仿若刺猬，给人不可靠近的感觉。
大针蜂双针变成真正的双枪，不管是是双枪还是尾后针，都给人一种不可小觑的感觉，加上那严肃锐利的眼睛，好像一个准备完毕的骑士，随时可以出击。
等光芒散去后，我直接后退坐倒下，大口大口的喘气。
“皮卡丘~”“布伊~”（小智（爸爸），没事吧。）
“我没事，就是有点用力过度一样，休息一下就好，mega暴鲤龙，mega化石翼龙，mega大针蜂，你们的任务还是阻止三圣鸟。”我摸了摸皮卡丘和伊布，同时给暴鲤龙下令到。
暴鲤龙它们对着我点了点头，朝三圣鸟冲了过去。
暴鲤龙使用鲤鱼跃龙门，跳到和火焰鸟一样的高度，对着火焰鸟使用高压水泵。火焰鸟对着这个没见过的神奇宝贝的出现吃了一惊，使用大字火迎击，不过这次是暴鲤龙压住火焰鸟，将火焰鸟击退。
化石翼龙使用舍身一击，将闪电鸟撞开，闪电鸟再次想使用电流控制它，但这次只能让化石翼龙停顿一下子，之后化石翼龙就适应了这些电流，不再受任何影响。
大针蜂整个身体高速旋转，变成一把巨大的枪，带着急冻鸟破冰掉进水里，新的身体让它的速度变得很快，轻易的躲开了急冻鸟的攻击。
喷火龙看的是十分眼红，这种强大的力量它也很想拥有，不过它刚刚看到需要那种相匹配的mega进化石，现在还没有它的。“我的石头到底在哪？我也想拥有这种力量。”这是喷火龙的想法。
小智这边，有暴鲤龙它们的阻挡，很顺利的来到了冰之岛，穿过冰之森林，来到了冰之洞穴，小智他们在经过了长长的冰之洞穴后成功的平安到达了冰之岛的神社。
“终于拿到了，冰之宝物。”我看到神社后，就立刻跑上前去把宝物拿了下来，蓝色的宝珠中有蓝色的冰冻射线在跳动，还有凉凉的感觉，我马上将他收起来。
“宝物呢？”沿着冰山向下跑去，洛奇亚出现了，并问我。
“当然拿到了。”我拿出宝物给洛奇亚看。
“上来吧”，随后洛奇亚就把小智驮上了背，不过这是一道火焰和闪电打了过了，洛奇亚马上开启防护罩，赶紧离开这里，火焰鸟和闪电鸟在后面紧追不舍。
在进过原来那个地方的时候，我看到暴鲤龙和化石翼龙正痛苦躺在那里，身上受了不少伤，而大针蜂也只能靠闪避勉强拖住急冻鸟。
“看来即使得到新力量，也不是这些神兽的对手。”我的想法没错，火焰鸟它们经过了那么长岁月的时间，除了见识短一些，战斗经验却非常丰富，不是说你认真训练就能马上比的上的。
“暴鲤龙，化石翼龙，大针蜂。加油，再拖住它们一会儿就看了，拜托你们了”我大喊道。
暴鲤龙和化石翼龙听到后，艰难的爬了起来，再次变火焰鸟和闪电鸟扑过去，即便被它们狂虐，也毫不在意，它们不想让小智失望。
“洛奇亚，加快速度。”暂时摆脱了火焰鸟和闪电鸟的纠缠，我对洛奇亚说道。
“我明白。”而后洛奇亚此时也全力加速，现在天气由于三神鸟长时间的失控，天气也开始反复无常起来，乌云遮蔽了天空，不断的劈着闪电，飘着雪花，还有龙卷风从水中卷出。
“洛奇亚，小心后面。”就在马上就要到达祭坛的时候，突然从后方飞来四个三角形的金属环，我一看，就跑是那个收藏者的机器，于是立刻提醒洛奇亚，而后洛奇亚也反应过来，使用了它的专属技能空中爆破，金色的能量呈射线超远距离的射向坠落于雷之岛的飞行物，直接把它破坏掉了，而没了飞行物的控制，金属环无力的掉了下去，砸破冰面，坠于大海。
“小智，快点过来。”没了阻碍，终于平安的到达了祭坛所在的位置，小霞她们也跑了过来。
“我没事，第三个宝物我也拿到了。”我就立刻跑上祭坛，把最后的宝物放到了所处的位置，“芙萝拉，拜托你了。”看到三个宝物就位后开始发出红色、黄色和蓝色的光芒，最后综合为绿色充填于祭坛，并从中流出绿色的泉水，绿色的泉水把周围的铭文充填后，攀上四周的七根石柱，把石柱转变为了翡翠，鲜绿欲滴后，小智对芙萝拉喊道。
“嗯”，随后芙萝拉走上祭坛，吹奏起了笛子，随着‘呜~呜~呜~~呜~呜呜呜——’的笛声的不断传播，七根翡翠般的石柱也随着韵律和音符而发光，绿色的泉水不断的涌出，从祭坛向下流去，泉水向大海远处扩散，绿色的开始晕染，大海完全染成了发光的绿色。
“啾啾啾~~”，而就在这时，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也随之复原了，围绕在四周飞舞，，乌云散去，天空开始慢慢放晴，明媚的阳光照耀着大地，覆盖的冰雪慢慢消融，绿光散尽后大海终于又呈现了蓝色，展现了它的广博。
“上来吧，小智。”洛奇亚看到世界复原后，俯下身对我说道。
“好。”而我则是非常高兴的攀上洛奇亚的背，皮卡丘和伊布也跳上了我的肩膀，而后洛奇亚就带着我飞上了大海上空，我俯瞰着下方的大海非常的兴奋，途中化石翼龙它们也跟了过来，我先把它们收回球里去，经历了这么一场大战，它们现在需要休息。
虽然刚才也经历过，不过那是毕竟是要带回冰之宝物，没有时间欣赏，而且这时洛奇亚的身后从海里带出一股海流，在空中前进，非常壮观，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也飞在一旁，之前来橘子群岛的神奇宝贝们也要各自回自己的故乡了，现在是真正的天海交融了。
飞行了一段时间后，海流回落于大海中了，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也各自飞回了自己的岛屿，洛奇亚则是把我送到了祭坛所在的岛上，芙萝拉这时也停止了吹奏，祭坛也恢复了原样。
“就把我当成传说中的存在吧，对于这个世界来说也是一种幸福。”事情都圆满的结束了，时间也到了傍晚，红色的夕阳映照着大家，大海也被染成了红色，洛奇亚此时也要离开了，他通过心灵感应对大家说道。
“等等，洛奇亚，你们不认识这个？还有听说这是用你和凤王的羽毛做的。”我举起来它的项链和GS球。
洛奇亚看了看项链，又看了看GS球，然后说“小智，这是你应得的，具体的我不太清楚，现在也不能告诉你，不过我可以说的是，这是时间球，我能说的只有这些。”随后洛奇亚就潜入了水中，离开了。
“这是我应得的，到底是怎么回事？”我在洛奇亚那里不但没有得到答案，反而得到了更多的疑问。
“小智，小智——”，这时一旁有人在呼喊我，打断了我的思路。
“妈妈。”原来是花子他们终于从祭坛后的山上爬了下来，我看着急切的跑过来的妈妈，不过却非常的尴尬，没听妈妈的话。
“小智，我看到了，为什么做这么危险的事，总是把自己置身于危险之中。”花子气喘吁吁的跑过来就非常生气的问我说。
“可是，小智拯救了这个世界。”小霞则是在一旁替我说话，希望缓解一下气氛。
“那又怎么样，你还是小孩子，不能乱来啊；拯救世界，赌上性命去做？小智不在的话，就没有小智的世界了，就没有我的儿子了，因为有你，所以才有世界。”花子说着说着语气就弱了下来，眼中开始出现泪水。
“好了，别哭了，花子。”
“好，快点来研究这件事吧，返回真新镇了”，大木博士刚到这里后就急着要回去研究了，而后就跑开了，因为是同一班机，所以也只好跟着走了，我本来还想要和妈妈多聊一会儿呢，不过现在没有机会了。
又解决了一件事，第二天，我又要踏上旅行，岛上的居民都为我送行，不过这时候芙萝拉出现了拦住了我们。
“小智，等一下，我有个秘密要告诉你，一个很重要的秘密。”芙萝拉还是穿着庆典的衣服，对着我招了招手。
“什么秘密？”我也突然感到很好奇，所以走了过去。
“这个秘密就是…”芙萝拉先在小智耳边轻轻说到，然后突然按住小智的，在小智的脸上亲了一下，这给我的感觉和之前那比点一下不一样。
“诶诶~”小霞和小建看的是一阵目瞪口呆。
我这边也是惊呆了，在芙萝拉看来我现在很好笑。
“这个吻是离别之吻，也是送给拯救世界英雄的吻，我已经知道你有女朋友的事情了，这是就算是给你留个纪念，这可是我真正意义上的初吻~”芙萝拉调皮的眨了眨眼，然后马上跑着离开了。
我这时候才回过神来，看着芙萝拉的离开，也只能摇了摇头，带着还在目瞪口呆的小霞和小建离开了。
芙萝拉看着离开的我，眼中带着失落。不过这时候，我的声音传来了“芙萝拉~以后我一定还会来这里的。”
芙萝拉听到小智的声音后收起来眼中的失落，她从包里拿出笛子吹起来，声音比之前吹的每一次都要美妙，她要用最美的笛声为小我送行，送个自己心中的英雄。（洛基亚的剧情打到手酸。。。）