《语类》：“问天地之气，当其昏明驳杂时，理亦随而昏明驳杂否？曰：理却只恁地，只是气如此。又问：若气如此，理不如此，则是理与气相离矣。曰：气虽是理之所生，然既生出，则理管他不得。如这理寓于气了，日用运用间，都由这个气。只是气强理弱。”朱子之意，盖亦如横渠，谓气之清虚者无碍，无碍则神；重浊者有形，有形则不免有碍也。如人，禀天地之气以生，元依据这个理。然形质既成，则其所受之理，即不免随其形质之偏，而有昏明之异。至此，则理亦不能超乎形气，而自全其善矣。所谓“管他不得”也。然此固非理之罪，所谓“理却只恁地”也。
又：“可机问：大钧播物，还是一去便休？还有去而复来之理？曰：一去便休耳，岂有散而复聚之气。”此说与伊川“天地之化，自然生生不穷，更何资于既毙之形，已反之气”同。殊与质力不灭之理相背，不免陷于断绝之讥。
朱子之论阴阳，亦以为同体而异用，与横渠同。语录曰：“阴阳只是一气。阳之退，便是阴之生。不是阳退了，又别有个阴生。”答杨元范曰：“阴阳只是一气。阴气流行即为阳，阳气凝聚即为阴。非直有二物相对”是也。
阴阳亦人之观念，而非实有其物，故逐细分析，可以至于无穷。（人非分别不能认识。凡人所认识，皆有彼此之分，即可以阴阳名之）此理朱子亦见及。《语类》：“统言阴阳只是两端，而阴中自分阴阳，阳中亦有阴阳。乾道成男，坤道成女。男虽属阳，而不可谓其无阴；女虽属阴，而不可谓其无阳。人身气属阳，而气有阴阳；血属阴，而血有阴阳”云云。此说殊有裨于实用。知此，则知大小善恶等，一切皆比较之词，而非有一定之性质。以临事，不滞固矣（如人之相处，凌人为恶，见凌于人为善，此通常之论也。然世实无凌人之人，亦无见凌于人之人，视所值而异耳。甲强于乙，则凌乙，而乙不敢凌甲。则甲为凌人之人，而乙为见凌于人之人。然丙弱于乙，乙又将凌之；丁更强于甲，亦不免凌甲；则甲又为见凌于人之人，乙又为凌人之人矣。知此，则知世无真可信之人，亦无真可托之国。同理，亦无真不可信之人，真不可托之国。吾国当日俄战前，群思倚日以排俄；德日战后，又欲结美以攘日；近日高唱打倒帝国主义，则又不分先后缓急，欲举外人一切排之；皆不知此等理误之也。故哲学思想真普及，则群众程度必增高）。
凡言学问，必承认因果。因果者，现象界中，自然且必然之规律也。此规律，以时间言，则不差秒忽；以空间言，则不爽毫厘；此为旧哲家所谓数。朱子之思想亦如此。《语类》云：“有是理，便有是气；有是气，便有是数。”又云：“数者，气之节候”是也。
理学家之所谓理，非普通人之所谓理也。普通人之所谓理，乃就彼所知之事，籀绎得之，约略言之而已。至理学家之所谓理，则必贯通万事而无碍，乃足以当之。盖就知识言，必于万事万物，无所不晓，而其所知乃真；以行为言，必其所知既真，而所行始可蕲其不缪也。此等思想，在今日科学既明，固已知其徒存虚愿。然在昔日，哲学家之愿望，固多如是。职是故，理学家之于物理，亦多有格致之功。以此虽非急务，固亦在其学问之范围内也。朱子之好学深思，实非寻常理学家所及。故于物理，探索尤勤，发明亦多。衡以科学，固多不足信。然自是当时哲学家一种见解，而于其学问宗旨，亦多有关系，固不可以不知也。今试略述其说如下：
朱子推想宇宙之生成，亦以阴阳五行之说为本。其言曰：“天地始初混沌未分时，想只有水火二者。水之滓脚便成地。今登高而望，群山皆为波浪之状，便是水泛如此。只不知因什么事凝了。初间极软，后方凝得硬。问：想得如潮水涌起沙相似。曰：然。水之极浊便成地。火之极清，便成风云雷电日星之属。”又曰：“大抵天地生物，先其轻清，以及重浊。天一生水，地二生火，二物在五行中最轻清。金木重于水火，土又重于金木。”又论水火木金土之次曰：“窃谓气之初，温而已。温则蒸溽，蒸溽则条达，条达则坚凝，坚凝则有形质。五者虽一有俱有，然推其先后之序，理或如此。”又曰：“天地初开，只是阴阳之气。这一个气运行，磨来磨去。磨得急了，便拶许多渣滓。里面无处出，便结成个地在中央。气之清者，便为天，为日月，为星辰，只在外常周环运转。地便在中央不动，不是在下。”又曰：“造化之运如磨。上面常转而不止。万物之生，似磨中撒出。有粗有细，自是不齐。”又曰：“昼夜运而无息，便是阴阳之两端。其四边散出纷扰者，便是游气，生人物之万殊。如磨面相似。其四边只管层层散出。天地之气，运转无已，只管层层生出人物。其中有粗有细，如人物有偏有正。”朱子设想宇宙之生成如此。
又推想宇宙之毁坏。其见地，亦与旧说所谓浑沌者同。《语类》：“问天地会坏否？曰：不会坏。只是相将人无道极了，便一齐打合，混沌一番，人物都尽。此所谓不坏者，即是坏。但不断绝了。”“或问：天地坏也不坏？曰：既有形气，如何不坏？但一个坏了，便有一个生得来。凡有形有气，无不坏者。坏已复生，不知其极。天地亦不能不坏，坏已不能不生。气之作用如此。”又曰：“万物浑沦未判，阴阳之气，混合幽暗。及其既分，中间放得开阔光朗，而两仪始立。邵康节以十二万九千六百年为一元，则是十二万九千六百年之前，又是一个大开辟，更以上亦复如此。真是动静无端，阴阳无始。小者大之影，只昼夜便可见。五峰所谓一气大息，震荡无垠。海宇变动，山川勃湮。人物消尽，旧迹大灭。是谓洪荒之世。尝见高山有螺蚌壳，或生石中。此石即旧日之土，螺蚌即水中之物。下者却变而为高，柔者却变而为刚。”云“有形有气，无不坏者。天地亦不能不坏，坏已不能不生。”可见其深信物理规则。又谓“虽坏而不断绝”，“动静无端，阴阳无始”；则其说，虽置之认识论中，亦无病矣。
生物之始，朱子亦以意言之。《语类》：“问初生第一个人时如何？曰：以气化。二五之精，合而成形，释家谓之化生。如今物之化生者甚多，如虱然。”又曰：“生物之初，阴阳之精，自凝结成两个，一牝一牡。后来却从种子渐渐生去，便是以形化。”
张子以鬼神为二气之良能，程子以鬼神为造化之迹，朱子则兼取其说。《语类》：“问：《近思录》既载鬼神者造化之迹，又载鬼神者二气之良能，似乎重了？曰：造化之迹，是日月星辰风雨之属。二气良能，是屈伸往来之理。”又曰：“且就这一身看，自会笑语，有许多聪明知识，这是如何得恁地？虚空之中，忽然有风有雨，忽然有雷有电，这是如何得恁地？这都是阴阳相感，都是鬼神。看得到这里，见得到一身只是个躯壳在这里，内外无非天地阴阳之气。如鱼之在水，外面水，便是肚里面水；鳜鱼肚里水，与鲤鱼肚里水一般。”又曰：“以二气言，则鬼者，阴之灵也；神者，阳之灵也。以一气言，则至而伸者为神，反而归者为鬼。日自午以前是神，午以后是鬼。月自初三以后是神，十六以后是鬼。草木方发生来是神，凋残衰落是鬼。人自少至壮是神，衰老是鬼。鼻息呼是神，吸是鬼。”如此，则宇宙之间，一切现象，无非鬼神矣。故曰：“以功用谓之鬼神，以妙用谓之神。”
如此，则所谓鬼神，初不足怪，亦不必以为无何则？不足怪，自不待以为无也。朱子论世俗所谓鬼神怪异者曰：“雨露风雷，日月昼夜，此鬼神之迹也。此是白日公平正直之鬼神。若所谓有啸于梁、触于胸，此则所谓不正邪暗，或有或无，或去或来，或聚或散者。又有所谓祷之而应、祈之而获，此亦所谓鬼神。同一理也。问：伊川言鬼神造化之迹，此岂亦造化之迹乎？曰：皆是也。若论正理：则似树上忽生出花叶，此便是造化之迹；又如空中忽然有雷霆风雨，皆是也。但人所常见，故不之怪。忽闻鬼啸鬼火之属，则便以为怪。不知此亦造化之迹，但不是正理，亦非理之所无也。”又曰：“如起风、做雨，打雷、闪电，花生、花结，非有神而何？自不察耳。才说见鬼神事，便以为怪。世间自有个道理如此，不可谓无，特非造化之正耳。此为得阴阳不正之气，不须惊惑。所以夫子不语怪，以其明有此事，特不语耳。南轩说无便不是。”此等说，今日观之，未为得当。然在当日，无实验科学可据；而自古相传之说，其势方盛，势难遽断为无。故虽有哲学思想者，于神怪之说，亦多认其有，而以物理释之（如王仲任即其人也）。其说虽未得当。然其务以平易可据之理，解释奇怪不可思议之事，则固学者所有事，而与恒人不同者也。