（1）法律规定不健全。一方面，排污许可证制度是排污权交易的制度条件。目前国家对排污许可证申请、受理、审批、持证者权利和义务、排污许可证交易等都没有做出明确统一的规定，导致各地自行制定排污许可证管理条例，发放的排污许可证的格式也五花八门，非常不规范。国家环保总局污染控制司曾于2008年1月9日拟定《排污许可证管理条例》（征求意见稿），但至今仍未出台。另一方面，我国排污权交易的推行采取自下而上的模式。目前，试点地区，如浙江、重庆、广州等，已经制定了地方性排污权交易办法，但国家还没有就排污权交易进行立法。各地对排污权的分配、储备、交易等事项的规定存在很大不同，不利于跨区排污权交易和区域公平竞争。[8]
（2）排污费制度不利于排污权交易的推行。一方面，排污费征收标准低于企业污染物减排的成本，导致企业在环保部门核定的排污总量范围内向政府缴纳排污费而不是主动减排或者到交易市场购买排污权；另一方面，超标排污罚款制度的存在，使得超量排污企业通过向政府缴纳罚款而购买新的环境容量，而不是到排污权交易市场购买排污权。[9]由此，排污费制度阻碍了排污权市场需求的产生。
（3）政府过度干预导致排污权交易无法充分发挥其功效。[10]在排污权交易的试点过程中，政府还未完成其从划桨者到掌舵者的角色转变，如《嘉兴市主要污染物排污权交易办法实施细则》第22条规定，“市环境保护局根据不同行业类别、削减成本，会同市相关部门确定排污权交易出让价和排污权交易转让价。”这样的干预导致排污权的市场价格扭曲，治污成本得不到最小化。
（三）污水处理产业化发展面临制度障碍
1.产业化程度不高，市场发育欠缺
目前很多污水处理单位仍然沿袭原有事业单位管理模式。垄断式的管理体制，缺乏活力的经营机制，不仅造成机构臃肿、人浮于事、运行效率低下，政企不分也使得政府对污水处理厂的监督难以到位，城市污水处理始终在低水平徘徊。
2.配套设施建设滞后，污水纳管量偏小
污水管网的建设投资巨大，并且涉及城市建设、规划、交通等多个部门，完全产业化非常困难，应当由政府承担管网的设计、建设和维护。尽管各地加大财政投入，污水处理基础设施近年有了长足发展，但污水管网覆盖率低、污水纳管量偏小，影响了污水处理产业化的进程。
3.污水处理费难以支持污水处理企业的运行
污水处理费的征收主要存在三个问题：一是收费标准偏低，难以支付污水处理企业的运行成本；二是收费率较低，在很多区县存在偷逃、拒交、少交等逃避污水处理费征收的现象；三是污水处理费存在挪用的问题，现行污水处理费由供水部门代收，然后上缴财政，再由财政部门根据污水处理企业的处理水量和水质支付污水处理费，在这个过程中往往出现污水处理费挪作他用的问题。
4.投融资体制不够健全，企业融资困难多
一方面，产业化的投融资法律、政策不够完善。公用事业领域放开后，社会资本进入城市污水处理行业的形式、渠道和过程缺乏系统的规范，相关各方的责权利不明确，加大了投资风险。投资方会由于缺乏保障而谨慎投资或要求更高的回报率；政府监管部门在责权利不明确的情况下，一旦违约，需要承担相当大的风险与赔偿责任。国家对于某些融资方式的限制过严，也使本来已非常狭窄的融资渠道缺乏拓展的空间。另一方面，投资运营企业主体发育欠成熟。城市污水处理行业内缺乏优秀的企业资本主体，投资商水平参差不齐。大部分企业缺乏良好的业绩与信誉，一方面不具备在资本市场上融资的资格，不能满足上市或发行企业债券的资格条件；另一方面又缺乏足够的资金进行投资，而且除了政府政策性贷款之外，企业在金融领域也缺乏信贷基础。[11]
三、我国城市污水管理制度的改革
（一）政府的视角
1.污水管理理念的转变：由末端管理到全过程控制
污水管理要由仅重视污水处理的末端治理向源头控制、循环经济相结合的全过程管理转变。一方面，加强节水管理，从源头上减少污水的排放；另一方面，大力发展循环经济，充分利用中水、污泥以及氮、磷等污水处理营养物。对污水处理副产品的再利用会产生丰厚的利润，因此污水可以实现私有化并且引导新兴产业的产生。[12]此外，污水管理理念的转变还要求污水处理目标的重新定位。我国城市污水处理的目标应当由单纯的“污水处理、达标排放”转变为以水质再生处理为核心的“水的循环再用”，由单纯的“水污染控制”上升为“水生态的修复和恢复”。[13]
2.统筹规划：由供排水分离到供排水一体化
我国的自来水供给规划和污水处理规划是相分离的，污水回用率很低。污水回用率低的原因有污水回用管网不配套、污水处理技术不稳定、污水回用定价机制不合理，以及用水主体担心水质等，其中，污水回用管网不配套是主要原因。而造成污水回用管网建设不配套的原因则在于供水规划与污水回用规划的不一致。在将来的供排水规划中，处理后的污水不应该被当做废物处理，而应当将其纳入到自来水供给的预算当中。[14]
3.管理体制改革：由分散到统一
（1）改变供水和排水分而治之的管理现状。在我国大部分地区，水利主管部门负责供水，城市建设主管部门负责排水设施的建设、运营和维护，这割裂了供水和排水之间的关系，不利于水资源的综合利用。在水资源管理领域，上海市的实践为城市基础设施的投资、建设、运营提供了很好的范例。[15]上海市水务局的成立打破了“多龙管水”的局面，包括水源地保护、河道整治、城乡水利建设以及城市自来水供应、排水和污水治理在内的水资源开发管理被纳入一体化框架之内，促进了海水资源开发的统筹管理，降低了开发管理成本，为市场化融资体制的确立奠定了基础。因此，将来有必要将供水和排水主管部门合二为一，形成具有综合协调职能的水务管理部门。
（2）理顺污水处理行业主管部门和环境保护主管部门之间的职能关系。污水处理行业主管部门应当追求污水处理设施的投入和运行效率等经济方面的目标，以提供良好的污水处理公共服务；而环境保护主管部门应当追求污水治理的环境目标，保护清洁水源。因此，污水处理行业主管部门和环境保护主管部门应当根据其不同的角色功能和目标确定各自在污水管理中的职责。污水处理行业主管部门的职责应当主要包括以下两个方面：第一，污水处理设施的规划和布局，包括污水管网、污水处理厂、再生水回用管网等基础设施的规划和布局。第二，污水处理产业化发展的监督和管理，包括污水处理行业的市场准入、市场监管和市场退出。环境保护主管部门在污水管理中的职责应当包括以下两个方面：第一，监督和管理排污单位的排污行为，保证排污单位按照排污许可证的规定合法排污。第二，监督和管理污水处理单位的运行，保证污水处理设施正常运行和污水处理质量达标。
4.理顺污水处理费和排污费的关系
污水处理费和排污费在性质上明显不同。污水处理费是污水处理单位向排污单位收取的有偿服务费，污水处理费的计算是按污水处理成本加合理利润的方法。排污费是环境保护主管部门向排污单位收取的环境容量使用费，排污费的计算是以环境容量资源的价值为基础。根据当前的规定，符合国家排污标准的企事业单位在缴纳了污水处理费之后不用再缴纳排污费。也就是说，合法排污的企事业单位仅需向污水处理单位支付污水处理服务费，而无须向环保主管部门缴纳排污行为的环境使用费，即合法排污单位无须为环境代价买单。然而，合法排污的企事业单位排出的污水在经过污水处理单位达标处理之后，仍然会对环境造成一定影响，其排污行为仍然是对环境容量的使用。因此，即使合法排污企事业单位缴纳了污水处理费，其还应当支付环境容量使用权的对价——排污费。唯一不同的是，缴纳了污水处理费的排污单位应当支付的排污费数额，应当根据污水处理单位处理后的水质计算。
5.标准制度：科学性和适用性相结合
第一，标准的制定要与污水处理厂的规模以及当地的经济和环境发展水平相适应。一方面，污水处理标准的制定要与污水处理厂的规模相适应；另一方面，污水处理标准的制定和适用要因地和因时制宜，即要考虑当地执行污水处理标准的经济实力、生产技术条件以及标准实施时的环境承载能力。
第二，健全标准体系。一方面，要制定和完善污泥标准。污泥标准是污泥处理处置的依据和准绳。[16]构建和完善污泥标准体系要从污泥产生到处理处置的全过程着眼，不仅要进一步制、修订城镇污水处理厂污染物排放标准、污泥泥质等产品标准和监测分析等方法标准，还应大力加强污泥处理处置环保标准的制订工作，如污泥土地利用环保标准、污泥焚烧环保标准、污泥填埋环保标准和污泥建材利用环保标准。另一方面，要加快制定地方标准。各地方的经济社会发展水平以及水环境容量有所不同，因此应当允许各地方在国家标准制定原则的指导下，根据自身的情况灵活地制定污水处理标准，以提高标准的可执行性。
（二）市场的视角
1.完善排污权交易制度
（1）合理确定排污权初始分配的方式。排污权的初始分配主要涉及污水排放总量控制、分配方式和权利证明三个问题。其一，污水排放的总量控制应当以区域水环境容量为基准，结合经济和社会发展水平，制定水污染物排放削减目标，逐步实现容量控制。其二，我国的排污权交易刚刚起步，为了减少政治阻力、增加企业参与交易计划的积极性，现阶段应当采取无偿分配的方式。但是无偿分配应当是在历史排放量基础上的有限制的分配，即企业无偿获得的排污权数量应当是其前三年平均排放量占整个排放部门的排放量的比例与该排放部门排放配额总量的乘积。[17]无偿分配并不是否定环境容量资源的价值，而是将排污权交易与现行的排污收费制度结合起来，排污收费的水平要高于二级市场的排污权价格，从而鼓励排污权交易。另外，为了实现老企业和新进企业环境容量使用权的公平对待，国家在排污权初始分配中要为新企业的进入预留储备配额。其三，排污权的权利证明。当前，我国企业的排污权依据是排污许可证记载的排污量。然而，根据《行政许可法》第9条的规定，排污许可作为行政许可的一种，原则上是被禁止转让的。[18]笔者认为，应当将排污许可证和排污权证明分开，单独发放排污权证书。排污权证是可以和排污许可证并存的。排污许可证是对排污者排污资格的认可及其被允许排污量的确认；而排污权证是排污者拥有排污量这一资产的凭证，它确立了排污者的权利地位，保障了排污者的利益，增强了其融资能力，也能提高其治污的积极性。[19]
（2）排污权交易中心的定位和功能。目前已经成立的排污权交易中介机构中，天津排放权交易所主要为二级市场交易服务；长沙环境资源交易所则专注于以拍卖方式配置排污权；浙江省排污权交易中心的性质为事业单位，实行收、支两条线管理，经费由财政保障。理论上，排污指标初始分配的主体是环境保护行政主管部门，交易中心主要在二级市场上发挥对交易的管理和服务功能。在交易方式上，存在两种路径：一是交易中心仅仅起到中介作用，交易在排污单位之间进行；二是排污单位将富余排污指标卖与交易中心，交易中心再向需要的排污单位出售。[20]