豆科植物和十字花科植物对钼反应最敏感，缺钼时容易发生“缺钼症”。但豆科植物的缺钼症状与缺氮症状相似，没有专一性；而十字花科植物则有特殊的症状，可以作为缺钼指示植物。植物缺钼一般叶片失绿，失绿部位在叶脉间，先形成黄绿或橘红色斑点，继而叶缘卷曲、凋萎以至干死。成熟的叶片有的尖端有灰色、蓝色褶皱或坏死斑点，叶柄和叶脉干枯。缺钼症状首先表现在老叶，继而在新叶上出现。有时生长点死亡，花的发育受到抑制，子实不饱满。
土壤钼有效性受多种因素影响。一般母质含钼过低，土壤有效钼的含量就不高，如我国黄土高原及沿黄河的黄土沉淀物发育的土壤缺钼。土壤酸碱度在pH=8时钼有效性高，而南方砖红壤、赤红壤和红壤等全钼含量高，但pH低，则有效态钼含量低。一些研究还表明，在过分瘠薄的土壤上施磷肥后，会因植物对钼的吸收而引起土壤缺钼，硫肥的过量施用也会导致缺钼。土壤中的活性铁、锰含量高，也会与钼产生拮抗，导致土壤缺钼。
根据肥效试验，豆科植物、十字花科植物、柑橘及蔬菜类易缺钼，施用钼肥对大豆、花生、紫云英、绿豆等均有明显效果，在酸性土上小麦施钼也有增产效果。