传说在800年以前，有一位至圣尊神，门下有两个徒弟：智慧之神和光辉之神。智慧之神的皮卡丘觉醒，但控制不了能量，最后，智慧之神与光辉之神用超感波导给皮卡丘传力，皮卡丘终于掌握觉醒力量，成为了第一只炎丘。而这超感波导也自然传给了后代，被称为智光之力，只有智光智力的帮助，皮卡丘才能真正觉醒。要想拥有智光之力，只有两位神的后代联合在一起，用超感波导完全融合，才能发出此力。我们追随这他们的后代，来到700年前，600年前，500年前，400年前，一直到3年前——一位带着红色帽子的少年带着皮卡丘踏上神奥之旅，并在此遇到了一位蓝头发的女孩，直到分离，又到了现在——
“好累啊！”小智说。“好友多长时间才能到达下个城镇啊！”“忍一下，我们快到了！”徐子峻看看地图说。“智光之力，指的是小智与小光吗？”聂瑞萱一直惦记着这件事，她好像又想到了那件事——“爸爸，这是什么啊？”那时，聂瑞萱还小。“这是智光白金石，记住，我们是莱特一族，要努力发掘智光两神的波导能力。据你爷爷的预言，这次的两神后代是一男一女，配合默契。加油，好好寻找吧！”——“爸爸，这块白金石真的行吗？”聂瑞萱小声的囔囔着。“要走了聂瑞萱！”徐子峻大喊。“奥！我知道了！”聂瑞萱赶上队伍。
一个小镇的神奇宝贝中心里。“小智小光，我说一件严肃的事。”聂瑞宣说。“又来了，聂瑞萱！”小光急忙捂住脸。“不，我告诉你们，你们是智光两神的后代。你们那住这块白金石！”聂瑞萱一本正经的把石头放在小智小光的手上。“这是？”突然，智光感受到了身体里的智光之力。“让皮卡丘觉醒的智光之力。”聂瑞宣说，智光也感受到了。“加油，快发出波导！”智光尝试发出了波导。他们感受到了对方的力量，还感觉到了皮卡丘虚弱的觉醒能力。“皮卡丘，我们来为你传输能力吧。”智光默契的说。“皮卡？”皮卡丘很疑惑。“智光之力，启动！”两人发出了波导。“皮卡！！！！”皮卡丘突然觉醒了！他四处飞转，还看看手脚，一会又自行便会了皮卡丘，消耗的实力也不大。“成功了！”智光来了一个清脆的击掌。“终于完成了。”聂瑞萱欣慰的笑着。
“好了，你们也给承认对方的实力了吧。你们的波导互通了，对方想什么也能知道。小光你该对我说实话了吧？”聂瑞萱一脸坏笑的说。“聂瑞萱！”智光说。“默契十足嘛！”聂瑞萱笑道。
然而在另一边茂密的针叶森林里。曾博宇正在记录植物。“这个是蓝桔树，记下来。”“叶叶！”“腾拉！”叶精灵和藤藤蛇在四处玩耍。“蜥蜴！”“蔓藤！”蜥蜴王和巨蔓藤在互相切磋。“什么！”曾博宇感受到了一股力量。“还是这样吗。智光之神的力量。小智和小光，作为智光两神的后代，要加油啊！”曾博宇想了想，说：“如果这样的话，木狐仙也该出现了。”“叶叶？”“好了，大家！出发，大庆市！”曾博宇收回了神奇宝贝，叶精灵趴在他肩上，然后，曾博宇赶向火车站。“寻找木狐仙之旅，出发！”“叶叶！”