紧接着，王石向自己一直在努力摆脱控制的对象——万科最大的股东国有股发出了求援，对一些关键人物展开了秘密的外交行动。此时，在深圳已经营有年的人脉优势，给了王石重要的支撑。与气盛的张国庆相比，私底下王石都深得不少政府和国企要员的欣赏。
有资料记载，当时担任深圳市投资管理公司产权管理部一位马姓部长回忆：“当天晚上，王石打电话给我，我说，我肯定支持你，你说怎么办就怎么办。王石是个很有事业心的人，这几年我是亲眼看着他确实在为企业考虑，所以我支持他、信任他。”
1994年3月31日上午，万科在位于深圳罗湖区水贝工业区的公司总部举行情况说明会。时任万科财务部经理的郁亮宣读了张西甫授权王石代表“新一代”的声明，称君安以“新一代”的名义在新闻发布会上公布《告股东书》和《改革倡议书》是不对的，并宣布取消君安财务顾问资格。此时的王石似乎显得胸有成竹了，也找回了自己咄咄逼人的感觉。
除了对《改革倡议书》“专业性”的评价换了一种说法外，王石进一步表示：君安的这次行动并非收购，而是想全面接管万科。
4月1日，“新一代”正式召开新闻发布会。张西甫解释，因为君安的知名度比较高，而“新一代”本身对证券公司的认识不够专业，所以向君安做出了授权委托。但在接到王石的电话后，便向君安表示不参加下午的新闻发布会，但没有同其总经理张国庆联系上。最后在众多记者的追问下，张西甫承认自己处事不慎，并宣布委托王石为“新一代”本次新闻发布会全权发言人，提前离场。随后，原指望能在此事件中大捞一把的一些小股东们情绪激动，也选择了离场抗议。而王石此时却说：“已经发现有大户狂吃万科股票，大家应该警惕，以免为人操纵。”
这期间，一位上市公司的老总对王石说，万科怕是逃不过这一劫。用王石后来的话说，当时深圳的上市公司怀着复杂的心情看着君安对万科阻击的演变，悲观情绪弥漫，还有点恐惧。
还是来看看王石自己后来写下的一段文字吧：
4月2日万科股票继续停牌。这一招，在君安的进攻方案中是没有预期的。股票不交易，你如何操纵股市？
连续4天的停盘，加之星期日一共5天，我相信市场足已消化君万之争的信息。
君安在一则刊载在报纸上的声明中再次提到倡议发起者之一的海南证券。
郁亮将君安的声明影印给海南证券。文哲授权万科代海南证券发出声明：海南证券从未授权委托君安……如再冒用其名，将保留诉诸法律的权利。
君安的阵脚乱了。
当月4日，万科在深交所复牌，轻微上升后终于稳定下来不再上扬。随即，王石召开新闻发布会：“君万之争已经结束。”
有的媒体披露，当时还有股评家写下了打油诗：“倡议车上搭炒手，红灯二天早白头。翻云覆雨发起人，跟风套牢盼收购。”
一个星期之后，中国证监会市场监管部主任张资平来深圳调查“3·30”事件。王石给了一句“与人为善”，张国庆则说：“就是一盘子臭狗屎让我吃，我也把它咽下去。”尽管王石后来也承认张国庆算是一条汉子，但他更明白，王和张、万科和君安的“梁子是结了下来”。
4.不得已的二次再造
“君万之争”给了王石及其管理团队深刻的警示，万科转型的速度和力度自此都大大增强。更为重要的是，“君万之争”对中国股市的整体发展也有着十分积极的意义。不过这些并不是本书所要探讨的内容。
1997年，在深圳“房地产专题学术演讲及研讨会”上，王石自己总结了万科的四大教训：一是不要轻易上高层项目，否则不是纪念碑、里程碑而是墓碑；二是不追求暴利；三是手中有钱加头脑发热后的决策，往往是灾难性的；四是开发商不应过于考虑政策、政府因素，而应关心自身的专业能力问题。
这也许是王石和万科在失败和痛苦的教训中获得了专业的清醒与理智吧。
随后，再次经历过生死考验后的王石，开始采取了系列性举措。王石与管理层在确立了房地产主业的情况下，万科收缩的步伐明显加快，由多元化向房地产集中。期间，万科采取了三个步骤：对其他业务删繁就简、优化产品结构、由多元化向房地产集中。万科的房地产此后转向住宅开发，投资地域收缩为深圳、上海、北京、天津、沈阳五个城市。
1995年下半年，万科决定“重返深圳”，一年半后成功完成战略调整，由12个城市遍地开花转向重点在深、沪、京、津四大城市，重点放在深圳。
1997年公司实行增资配股，募集资金3.83亿元，主要用于房地产项目和土地储备。
同年10月，继1995年对贸易机构进行调整和资源整合，以及1996年4月转让深圳怡宝食品有限公司之后，万科管理层又先后转让深圳万科工业扬声器制造厂、深圳万科供电服务公司。
由于集中进行地产品牌的发展，调整持续到1998年之时，万科的收缩基本告一段落，资源的集中为万科积累了丰富的品牌资源。万科地产的品牌效应在专业经营中开始逐渐凸现。
到2001年出售万佳时，万科结束转型调整，进入了新一轮的扩张阶段。
与此同时，万科股权结构的分散时时令王石保持着某种警惕，“君安事件”迫使他必须早日解决万科股权结构中的隐忧。
王石说：“大家都不是规范地去做，万科规范去做就束缚了手脚。但如果我们现在不规范，将来我们可能被淘汰掉。我们现在规范，可能市场还不规范，但我们宁愿被淘汰掉，也不能退出规范。这等于是你对将来下了赌注，你认为将来是规范的。如果中国改革开放进程不规范，并且一直不规范，那我们还是会被淘汰掉的。”
不久，“万科+华润”之约提上了王石的议事日程。这将在后文详述。
2000年6月20日，中国华润总公司成为万科第一大股东。其后，经过数次配股、发行可转换公司债券以及股份转让，华润股份有限公司及其关联公司共持有万科股份190298554股，占总股本的13.64％。万科从公众公司又回复到国有相对控股，股份再造顺利完成。
“但这个过程不是简单回归，而是一种螺旋式上升。在引入华润后，万科不仅要运用产品经营，更要运用资本经营的方式迅速扩大规模。”王石后来如是说。
不过，按业内的通常做法，王石再造后的万科股权结构依然较为分散。
四、享受规则之美
当王石登上珠穆朗玛峰顶后，他并没有常人所说的热泪盈眶，他只是说，这并不是不可企及的目标，只要有“适当的训练、充足的准备、专注的努力”。而无论是从国营到公众，还是由公众转变为国有相对控股，万科二十几年的制度实践，可谓是中国企业制度深处的探险。如同有人所说：王石和万科“对企业经营规范性的追求，更像是一场‘赌博’。”
如今，虽然没能收获“胡润”与“福布斯”之类的财富排行榜之名，王石却收获了“一种发现的乐趣和满足”，万科则在中国企业发展史上留下了“体制生出的规则之美”。
1.打造阳光照亮的体制
“建立规范的公司制度的作用比什么都重要！作为万科的创始人，我个人的能量和影响力在万科早期生存和发展中起着决定性的作用，因此在某个时期靠个人威望就能维持企业的运作。但是，作为职业管理者，必须意识到成熟企业强调的是企业文化和机制，而不是领导者个人，因此必须弱化个人的作用。企业想长远发展，就必须按现代企业制度的标准建立运行机制。建立制度并不难，关键在执行。”这是被媒体广为关注的一段话，说话者就是万科企业股份有限公司董事长王石。
王石自己也曾表示，自己“今天登山，明天飞伞，后天航海”，但万科的发展却越来越好，管的越来越松手，经济增长尤其效率增长更快，看起来像和他没有什么关系一样。其实，这种良好态势的形成，正说明了王石和万科在企业制度探险过程中的得意收获。
“君万之争”后的1994年8月，万科集团总部管理部门进行了调整，调整后的总部架构包括“五部一室”：人事部、财务部、企业策划培训部、经营管理部、证券事务部和总经理办公室。经营与管理相分离的集团管理模式，使决策与执行形成一种制衡，避免决策的盲目性。
此后，万科逐步调整其公司治理结构。作为上市公司，万科利用股权达到股东、董事会、监事会和管理层之间的平衡与制约。万科的流通股本超过了85％，第一大股东华润也仅占总股本的百分之十几，基金和机构持股比例相当高。正是这种股权结构，在机制上形成了对中小股东权益的关注，在决策上形成均衡性。
对此，有舆论做出了如下评价：“由于集团本身是上市公司，而集团与分公司的关系简单明了，并完全对外公开，一张由上而下的树状图把其关系描述得清清楚楚，没有可供想象和猜测的空间。”
对此，舆论界则有一种颇为流行的说法——“阳光照亮的体制”。
王石本人则说：“开放透明的体制，这是对外，也是对内。我相信，阳光是最好的消毒剂，只有做到开放与透明，企业才能永葆健康与活力，才能做到基业常青。”
笔者结合万科的内部资料，就所谓的“阳光照亮的体制”整理出如下几个方面：
一是投资者交流与信息披露的透明度。
1998年，万科门户网站“www.vanke.com”设立。其中，专门为中小投资者和媒体开设了“投资者关系”和“记者专区”。同时，投资者还可以在《万科周刊》的网站—www.vankeweekly.con——设立的论坛上与公司进行交流。
除网上交流外，万科还设立了股东来电、来信、来访的接待程序。可以应投资者的要求，安排与集团一线公司负责人见面，并引领投资者参观公司在各地的项目，让投资者深入了解公司经营发展状况。
与此同时，万科参照国际通行做法，除按规定进行例行的信息披露外，坚持在每年年报、中报披露时于境内、境外分别举办业绩推介会，通过面对面的形式听取投资者对公司发展的意见和建议。
二是万科的法人治理结构。
华润成为万科第一大股东后，万科的股东人数依然超过21万。在此情况下，万科在相关的各项操作中，始终秉承公平、公正、公开的原则，按规范运作。万科与大股东在业务、人员、资产、机构、财务等方面一直是完全分开的，保证了公司具有独立完整的业务及自主经营能力。
三是分红、融资善待股东，维护中小股东的利益。
万科稳定的分红派息政策，向老股东倾斜的低价配股策略，向老股东优先配售的可转债方案及其较高的利率，从细微处体现了“善待股东”的理念。
四是“增量—存量”管理。
万科利用“增量—存量”投资决策管理模式，有效地控制了投资决策风险。“增量管理”指的是万科对新增投资、新设业务的管理，包括进入新的行业、投资新的项目、新设公司及增资扩股等。增量项目必须经过公司常设联席机构“项目论证委员会”论证，通过后再提交给公司董事会审议，必要时提请股东大会审议批准。
“存量管理”则指预算内控制，也就是公司日常经营管理，其中包括调整业务结构、控制经营节奏、成本和质量控制、制订并实施经营计划等。“存量管理”是公司总经理的职责。
“增量一存量”投资决策模式，明确了委托人（股东）和代理人（经理层）之间的责权分界线，避免了项目重复审议或规避董事会审议等操作漏洞，同时也为企业设定了最低的风险警戒线。
五是培养职业经理人。
万科是国内最早推行“职业经理人”理念的企业之一。从股份制改造开始，公司的产权和经营权就是完全分离的。公司设定的一个目标就是通过自身的发展，培养出一批适应市场运作的职业经理队伍。王石一直呼吁，要在中国培养一个“职业经理阶层”，而他把自己也定位为万科的“第一大职业经理人”。
1997年，万科确立了全面培养职业经理人的管理思路。作为这一计划的一部分，公司加快了业务架构的调整，完善了分权和授权的机制，并快速建立了投资、决策的专业委员会运作模式，以期为职业经理建造运作的良好平台。关于这部分的详细内容，后文将有专门章节讲述。
也许是对万科“阳光照亮的体制”认可，万科的公司治理在资本市场上也得到了公认。2003年，万科获得了英国《投资者关系》杂志组织的全球主要机构投资者和基金经理评出的“第三届亚洲区中小型公司最佳投资者关系奖”。
2.万科的“清零”运动
“主题年”这个惯例在万科已经持续了十几年。所谓“主题年”，是指每到年底万科高层们都要在写字板上写下他们认为适当的词汇，以碰撞出一个最适当的，作为下一个“万科主题年”的主题。
开始于1995年的“万科主题年”，目的是对公司经营管理中的重点环节逐个地进行局部创新，每年解决一个问题。因此，有舆论说，从这个意义上万科每年都在变革。“颠覆”则是王石对万科2005主题年核心词汇的选择。