在《被封禁的海岬》中捉走人类小孩的矶女其实也并不是凶恶的妖怪，只是因为孩子们触犯了禁忌。现在的人类不重视传统，不再像以前那样对孩子讲传说和古训，孩子也就不知道要遵守那些古老的禁忌。在以前，远离被封禁的海滨，否则就有可能被矶女之类的海妖捉走，是日本人从小就被告诫的。但是到了现代，这些古训就被遗忘了。水木茂认为，“以前的古训肯定是有其道理的。”传说无论怎样离奇，其中包含的道理却是真实的。人类不遵守和妖怪的约定而惹得矶女发怒虽然并非确有其事，但人类肆无忌惮地向自然索取并因此遭到自然的报复，却是毫无疑问的事实。
但是，水木茂并非无视时代的发展，一味强调“复古”。他在《鬼太郎》中塑造了一个顽固的“复古派”——毛羽毛现。毛羽毛现是太古时代的妖怪，喜欢到处闲逛，偶尔会给不注意卫生的人家带来疾病，对人类并没有太大的危害。然而他在四处寻找定居点的时候，被现代的人类世界污染，得了很重的病，因此对现代文明十分痛恨。他对眼球老爹说：“我们这类人，迟早都要回到太古年代去。过去的水流和空气都很适于居住。”在妖怪横丁园闲逛的时候，毛羽毛现看到那里的建筑后大发脾气：“妖怪和人类一样，建造了这样混乱的城镇，盖起了可笑的建筑，还想让汽车行驶吧。妖怪就应当如同太古时代一般，居住在自然的环境下。”他认为妖怪横丁园的妖怪们正在毁灭文明，并称他们为“堕落分子”。于是，毛羽毛现用自己的法力制造了一个“太古时代”，还把镇上的妖怪们都变成了恐龙模样，鬼太郎为了救猫女也变成了恐龙。毛羽毛现以为自己在创造“理想中的世界”，说是要让妖怪们体验一下完美的“太古文明”。对于这样偏执的妖怪，水木茂显然是不赞同的。最后，眼球老爹请出了妖怪界有名的制药大师、与世无争的井仙人来对抗顽固的毛羽毛现，终于使妖怪小镇恢复了原来的模样。
科技发展使妖怪的生存产生危机，不仅仅表现在对妖怪居住地的侵略上。有时候，由于科技的力量取代了“妖力”，妖怪就没有了用武之地。在《黄泉七使者》这一集中出现的呼子是个法力微小的普通妖怪，他只有招呼大家的能力。自古以来，他都勤勤恳恳、尽己所能地工作，给迷路的神、妖怪和人引路，虽然法力有限，也是别人所无法代替的。但是到了现代，人类有了手机等高科技物品，就不需要呼子了。在呼子看来，现代的人类真的很像是妖怪，在人类生活中出现的那些事物，原本是妖怪才有的法术，什么手机啊电脑啊，摁摁按钮敲敲键盘就什么都有了。因此，无法实现自己价值的妖怪们连谋生都成了问题。
何况，妖怪需要的不仅仅是一个安宁的栖息地。因为妖怪和人类一样有感情，他们也需要关心和交流，害怕孤独寂寞。据水木茂先生描述，在妖怪的黄金年代——平安时代，人和妖怪既互相尊重又有情感上的交流。特别是对宠物型的妖怪，人们有一种由衷的喜爱。那些日久成精的锅子、草鞋、伞等妖怪，仍被人们看做自己家庭的成员。到了现代，人类夺走的不光是妖怪的家园，还收回了对妖怪曾经投入的情感。由于不再相信妖怪的存在，与妖怪交流便无从谈起。《奥柏柏沼泽的妖怪川獭》就描述了渴望跟人类交朋友的川獭和一目入道在希望破灭之后巨大的失落感，以及在失落和愤怒的驱使下对人类的报复。自古以来，川獭一直生活在水沼里，喜欢吃鱼，喜欢恶作剧，和周围的人们友好地相处。到了现代，人们和妖怪越来越疏远，川獭的朋友越来越少。感情的缺失不仅对人来说难以忍受，也会让妖怪做出极端的事情来。人类对妖怪的疏远和敌意只会使妖怪变得凶残，丧失理智，自暴自弃，最终再把怒火发泄到人类自己身上。
综观日本妖怪的产生，有很大一部分是因怨念凝结所致。不仅人类会由于无法排遣生前的怨恨而变成妖怪，由物品和器具变成的妖怪也各有自己的委屈和苦衷。《怪物宅邸》中的妖怪草鞋想不通的是：人类能走路多亏了鞋子。既然如此，为什么人类不好好珍惜鞋子呢？鞋子总是被踩在脚下弄脏，天天闻着臭脚的味道，还总是被踩坏，然后被理所当然地扔掉。鞋子明明在保护着大家的脚，却得到这样不公平的待遇。正是因为怀着这样的委屈和怨恨，妖怪草鞋才决定报复人类。其实，妖怪草鞋是很容易满足的，只是想得到人类的珍惜和公正的待遇。当他听到鬼太郎说完感谢鞋子的话之后就痛哭流涕：“鞋子本来就是让人穿的。虽然又臭又疼，可没有人穿的话还是会很寂寞。”
看《鬼太郎》时不仅能感受到水木茂对妖怪的理解和同情，还能够清楚地体会到他对妖怪的喜爱和推崇。《鬼太郎》中常常会有类似的话：“人类的文明多少有点靠近妖怪了，但还差很多。”同时还有对即将逝去的妖怪文明的惋惜。水木茂把这种惋惜通过对鬼太郎的塑造表达了出来。鬼太郎并不是普通的妖怪，而是幽灵族唯一幸存的后裔。在人类诞生以前，幽灵族在地面上生活，人类的出现扰乱了幽灵自由自在的生活状态。随着人类的迅速蔓延，幽灵族的生活被彻底破坏。他们被迫住进了森林，然而人类却并没有停止对自然的索取。在人类对自然的大肆开发面前，幽灵族和别的妖怪一样节节败退。当森林的安宁也被驱散后，幽灵族又不得不住进洞穴，他们原来的生活和饮食习惯也被迫改变，在洞穴里以蚯蚓、蝼蛄为食。尽管如此，还是有很多幽灵被饿死，剩下的幽灵只能趁夜深人静时跑出洞穴抓虫子吃。恶劣的生活环境使他们的外貌也变得越来越丑陋，再加上他们喜欢吃虫子、青蛙的眼珠之类的东西，幽灵族成了受人嫌恶的可怜种族。在世的幽灵越来越少，鬼太郎的父母是他们那一族最后的幸存者。为了生存，鬼太郎的父母从人迹未至的深山中来到了城市，却不幸得了重病。为了存钱治病，他们开始卖血。然而八个月后，鬼太郎的父母还是悲惨地死去了。三天以后，鬼太郎出生在墓穴里，因此被叫做“墓场鬼太郎”。
眼球老爹［即目玉］的出现，则代表了幽灵族与人类别无二致的舐犊之情。水木茂说，蜥蜴的尾巴断了还可以再生，幽灵族大概也具有不可思议的生命力吧，或者是身为父亲一心想要保护自己种族的这份信念，凝聚成了一种力量，并全部灌注在死去的父亲的一颗眼珠上，使眼珠复活，一心一意看护自己的孩子，保护他平平安安地成长。鬼太郎虽然在人类世界和妖怪界都赫赫有名，但是也常常要面临妖怪的指责：“身为妖怪，却在为人类做事，真是堕落！”但是他在指责面前却不为所动，因为他知道人类的行为虽然有很多不妥之处，但人类并非不可救药，更何况并不是每个人都是如此。而妖怪的报复却不问青红皂白，而且报复的对象还常常是弱小群体和孩子们，报复的手段也相当凶狠，常常造成致命的伤害。所以，每当人们遭到妖怪的危害，他就会挺身而出。
《鬼太郎》中浸润着古朴的哲学和思想。比如说，《白山怪》是在提醒人们要踏踏实实、勤勤恳恳地努力，不能贪图省力。图谋不轨的白山怪承诺能够帮助人们实现梦想，其实是在利用人们好逸恶劳的心理为自己牟利。鬼太郎告诫人们：不努力却想实现愿望，必然要付出相应的代价。《古城里发光的黑眼》中的目目连，是能够监督人类行为的妖怪。如果有人做了亏心事，那么他的行为就会被目目连看到，然后被目目连夺走眼睛，变成自己的一部分。这个妖怪之所以被称为目目连，据说是因为它的形态是一双眼睛连着一双眼睛排列着，常常在房屋的推拉门、地板或是墙壁上出现一大片连接排列的眼睛。在下雨的夜晚，尤其容易出现这样的情景。鸟山石燕的《今昔百鬼拾遗》中就有对这种妖怪的描绘。《妖怪神秘列车》则告诉人们：所谓福从天降，从道理上讲是不可能有的事。人们每天都过着平凡的生活，当偶然遇到意想不到的好运千万不可得意忘形，因为所谓的好运也许并不像你想象的那么简单，其中也有可能暗藏着妖怪设下的陷阱。如果把“妖怪设下的陷阱”略去不谈，这种思想其实与“福兮祸所伏，祸兮福所倚”、“塞翁失马，焉知非福”等中国传统哲学思想相差无几。
《鬼太郎》还表现了妖怪之间的“相生相克”。第五代《咯咯咯的鬼太郎》第24集《梦境中的决斗》中的还枕是个本性恶劣的妖怪，会在人熟睡之后把枕头垫在他的脚下，让睡着的人们永远沉沦于虚幻世界并永远消沉下去。还枕又称“反枕”、“枕返”、“枕小僧”，人们熟睡后有时会发现睡前枕着的枕头不知什么时候跑到了脚下，古时的人们就把这种情境看做是妖怪还枕在作怪。到了后来，还枕不再仅仅是和人们开开玩笑那么简单，而是能够统治人们梦境中的世界，这个世界会随着还枕思想的变化而变化。还枕还常常在深夜出现在孩子们的枕边，把他们最珍视的梦破坏掉，使他们意志消沉。然而还枕并非所向无敌，他的天敌就是喜欢吞噬人类噩梦的貘。在这一集中，鬼太郎就是借貘的神力击败了还枕。但水木茂并没有停留在“妖力对决”的层面上，而是生发出了这样的道理：梦想是一个人最珍贵的东西。如果你的梦想给了别人力量和希望，那它就不再是你一个人的梦想，而是成为大家的信念，存在于大家心中的梦是无法被摧毁的。如此积极向上的主题，恐怕也是《鬼太郎》之所以受到各界人士一致好评的原因之一吧！
第37集《鬼太郎败北：怨念之鬼发》是一个由头发引起的可怕故事。黑鬼发和白鬼发像是一对姐妹，她们相依相生，都是由于剪掉头发而产生的。黑鬼发是由古时因贫穷而不得不剪掉长头发的女性的怨念生出的妖怪；白鬼发则是由剪掉了头发的善良女子因不愿去嫉恨别人的长发而产生的悲哀凝结而成的。黑鬼发出于怨恨，只要见到谁长着美丽的头发就要剪掉，即使原本不想那么做也控制不了自己的行为。白鬼发为了阻止黑鬼发作恶，只好把她封印了。但是，黑鬼发的法力不光是剪去人类的头发，还能附在被剪去头发的人身上，控制这些人的行为。因此，要想制服黑鬼发，必须要把她跟被附体的人类一起封印。在这一集里，水木茂告诉大家这样一个规律：物以类聚，人以群分，妖怪并不是随随便便地作恶，而常常是要找和自己的心理有相似之处的人。被黑鬼发附体的人，也是因为心中有阴暗的一面，才让妖怪有机可乘。在这一集的结尾，分别代表悲哀和怨恨的两个头发妖怪都消失了。悲哀消失，怨恨也会随之消失。或者说怨恨消失了，悲哀也就会烟消云散。想想看，这确实是个真理。
从水木茂等人的作品可以看出，日本的妖怪文化的价值不仅仅表现在民俗学方面，它其中包含的哲学也令人深思。就拿《鬼太郎》来说，这部作品究竟在不知不觉中塑造了多少人的性格？影响了多少人的人生？如今早已是不计其数了。许多《鬼太郎》的读者说，这不仅仅是一部介绍传统妖怪的漫画，还是那种能左右你的人生态度的漫画。这也是这部漫画历久弥新、至今仍拥有庞大读者群的原因。水木茂还不惜笔墨描绘了鬼太郎对亲情和友情的依赖和信任。如果说眼球老爹的形象是父辈对孩子的牵挂和担心的凝结，那么鬼太郎对老爹的孝敬和依恋就是对舐犊之情的回应：“在遥远的国度，您的心还是在护佑着我。今后也还要继续拜托您了！”鬼太郎并非攻无不克战无不胜，他有缺点，并且不止一次地死去。但是他总能死而复生，眼球老爹和他的妖怪朋友们总能够在他陷入绝境的时候帮助他，使他重获灵力。他的“亲友团”与“毛针攻击”、“体内电击”等一样，是他克敌制胜的法宝之一。为鬼太郎配音的野沢雅子这样评价过《鬼太郎》：“在饰演鬼太郎时我并没有把他当做一只妖怪，而是以饰演普通少年的心境来进行录音，还有就是把他当做能珍惜友情的、正义的朋友来扮演。这是一部不单是恐怖，就是连人类丑陋的一面都加以描绘的作品。这样的作品，才是现今爱惹事的孩子所需要的。”
对孩子过度沉迷于游戏的现象，《鬼太郎》中也有涉及。孩子们沉迷于游戏，缺少其他的娱乐和对身体有益的活动，人们之间的关系变得越来越冷漠，对别的事情的关心也越来越少，于是就会有妖怪摄取孩子寿命的恶行。“人类如果沉迷于某种游戏，恐怕总有一天会迷失自我。但若是仍放任不管的话，最终会导致自身的灭亡。”由此可以看出，尽管是以传统妖怪为题材，《鬼太郎》其实与社会现实并不脱节。传统的妖怪传说本来就是生根、成长于百姓的生活之中，作为妖怪文化的复兴者，水木茂自然也没有脱离现实。