进入监狱以后，他发现自己置身于但丁曾描绘过的那种惨不忍睹的景象之中，令人不堪忍受成为其中一员的巨大痛苦。几百人抬头凝视着他，这些人虚弱得除了从他们躺着的地方努力地向他微笑以外什么也做不了，他们像一具具尸体一样直挺挺地躺在污秽不堪的简易窄床上，虽生犹死，几乎已经为葬礼做好了准备。
他回到吉普车里，驱车前往圣托马斯集中营，这里的情况比比利比德监狱要好一些。但这里的景象也一样惨不忍睹。
当总司令部计划夺回科雷吉尔多时，麦克阿瑟采纳了参谋长萨瑟兰的采用空降部队和两栖部队同时发起进攻的办法。
2月16日，第503伞降步兵团大约2000人进行空降着陆，与此同时，1000步兵在悬崖底部的狭长海岸上登陆。这次进攻完全出乎日军意料之外，日军总共约有5000人。第二天美军又空降了1000人的增援部队。夺回罗克的战斗十分激烈，第5航空队的重型轰炸机用凝固汽油弹几乎炸平了科雷吉尔多的大部分地区，与此同时，海军驱逐舰在直射射程内从海上向岛上的岩洞和隧道入口处射击。
罗克之战是对装备精良、很好地隐蔽在战壕中的敌人的一次残酷的近距离作战。2月21日夜，共有2000日本人在马尼拉隧道中自杀，他们用数百吨烈性炸药将自己炸死。然而战斗还在继续。有组织的抵抗又持续了一个星期。美军收复科雷吉尔多的代价是1000人伤亡。
当这场战斗还在激烈进行时，麦克阿瑟对另一所监狱发动了突袭。马尼拉的南部有一个大潮，叫做拉古纳。拉古纳湖南岸耸立着洛斯巴诺斯拘留营，这里关押着2000多名美国人和菲律宾人，这些人当中主要是传教士和修女。2月24日，第11空降师几百名滑翔兵发起强渡大潮的两栖进攻。拘留营的日本卫兵惊讶得乱作一团，以致忘记屠杀他们的囚犯了。所有的被拘留者没有受到任何伤害，都获得了自由。
这次戏剧化的突袭是整个事件的闪光点，否则这里将是一幅悲剧性的场面。负责马尼拉作战指挥的日本海军上将岩渊山治手下有3．5万人。他拒绝执行山下奉文保全马尼拉的政策，而是把他自己无政府主义的观念强加给这座城市里无助的居民、古老的建筑和倒霉的军队。让马尼拉变成战场并不能使日本赢得丝毫的战略或战术优势，破坏这座城市也不能给日本带来荣誉和光彩。残杀马尼拉人不会让日本的失败推迟一天时间。一切都无济于事。守军拥有大量的自动武器，弹药库里充斥着军械。每一个主要路口都设置了路障；街道上布满地雷；数千建筑物里都理置了饵雷；马尼拉湾的海军舰艇被拆解了武装，船上的大炮被拖到岸上。就像他们征服其它地区时的做法一样，日本兵围捕了大批市民，然后不分青红皂白地将他们屠杀。这些暴行是根本没有任何理由、也开脱不了的。
麦克阿瑟发现自己不得不为这座城市而战，这是一场会毁灭这座城市的战斗。他尽力不伤害这里的人们。肯尼建议轰炸称为“内城”的有城墙的市区，把它夷为平地，免得步兵还要把守军从城里“抠”出来，麦克阿瑟对此建议不予考虑。“不，我不能让你这么做，”他告诉肯尼，“你可以全歼日本人，这没问题，但是那里还有几千菲律宾人也会死。”结果，麦克阿瑟不让肯尼向马尼拉的任何地方投放炸弹。因为当时轰炸的精度还不能保证让人口密集的城市中大量无辜市民免遭杀害。
起初，麦克阿瑟尽量避免在这场战斗中使用重型炮，但是当他的部队受到日军炮火的猛烈袭击时，他不得不解除了这些限制。当时的美国大炮是全世界最好的。这种火炮的协同动作与控制能力都很出色。麦克阿瑟发现，一旦开火，这种炮几乎能摧毁人类能建造出的任何东西。在马尼拉之战中，大部分建筑物是被美国的炮火毁坏的，而死难的数万菲律宾人中大部分则是日本人杀害的。
马尼拉市中心被打得四分五裂，建筑物和建筑物，房间和房间之间分崩离析。这一战制造出了历史中最血腥的也是本世纪里最壮观的火葬场之一。“火焰有1000英尺高，而它喷冒出来的大片大片的黑色浓烟则高达2000英尺。"一位胆战心惊的将军记录下了他在战斗开始阶段从飞机上看到的情景。
美军进入马尼拉后不久，麦克阿瑟司令部的参谋们就拟出了胜利大游行计划，但是战斗迫使这一计划推迟，再推迟，最后取消了。在收复马尼拉以前，整个城市只剩下4个没有遭到破坏的公共和商业建筑了。这座被称为“东方明珠”的城市已是废墟瓦砾堆。日军实际上被歼灭3．5万人。麦克阿瑟的战斗伤亡人数是6500人。
1945年7月，美国陆军数十万人从欧洲战区出发前往太平洋战区，陆军部时刻监视着日军在九州的大规模集结。一些激进分子描述了一幅令人生畏的场面，说是一个巨大的杀人场正在筹建之中。仓库里近5000架神风特攻机只加注了够飞单程的汽油。美军从8万日军手中夺取冲绳，却付出了伤亡5万人的代价。如果按这个比例推算正像马歇尔担心的那样，攻占九州美军将伤亡27.5万人。
新近被授权指挥太平洋战略空军部队的卡尔·斯帕茨将军7月31日到达马尼拉，向麦克阿瑟出示了投放原子弹的命令。史汀生设法将日本文化中心——京都——从预定要轰炸的城市名单中撤销了。由长崎取而代之。斯帕茨说，一切都准备就绪。
麦克阿瑟断定这颗炸弹将使日本退出战争。8月2日，他告诉肯尼战争将在两个星期内结束。5天后，日本南部的天空万里无云。当天下午，麦克阿瑟在马尼拉市政大厅召开了异乎寻常的不准记录发表的记者招待会，邀请了25名战地记者参加。他谈到了这次战争，但是他脑海里真正想到的却是即将出现的新战争。他坐在舒适的真皮扶椅中讲了一个小时。他说：“子弹”将把战争恐怖扩大几万倍。现在是技术当家。他还清楚地记得，还只是在10年以前，第一架泛美大型远程客机到达马尼拉时，全世界都为这一巨大的成就欢呼。而1945年，每天有几百架飞机飞越太平洋，却没有人对此大惊小怪了。
至于日本，它已经被打败了，它的当权者也知道这一点。苏联准备加入对日战争，为这场战争增添他们的力量，他欢迎这种变化。“苏联士兵每牺牲一个就意味着美国可以少牺牲一个。”苏军将歼灭日军部署在满洲的两个野战集团军，他不希望冲突的时间持续太长。记者们回到他们的办公室，而来自华盛顿的消息刚刚通过电传打字机传来：广岛已经被一颗原子弹炸毁了。
然而直到此刻，代表日本政府的6位军官实际上绝拒投降。他们认为美国的入侵太血腥、太恐怖了，因此美国当然应该向他们提出更好的投降条件。在无记名投票表决中，他们投票主张继续战斗。
两天后，8月8日，苏联向日本宣战。斯大林不想在瓜分太平洋战争的胜利果实时被排除在外。8月9日，美国在长崎投放了第二颗原子弹。日本战时内阁投票结果是3比3，日本天皇自1941年来首次发表意见。他建议他的政府寻找投降的途径。
8月15日，麦克阿瑟被任命为盟军最高司令官，也就是说由他接受日本投降。他不想私下处理这一事件，不像艾森豪威尔那样，允许德国在上午很早的时候，在一间阴暗的普通教室里向他投降。麦克阿瑟想要一个仪式，要举办一个盛大的有纪念意义的仪式，让全世界都能看到。海军对让他接受投降的事不太高兴，但是在“密苏里”号战列舰上举行这一仪式有助于抚慰他们受伤的自尊心，还肯定会让哈里·杜鲁门高兴。总统的女儿玛格丽特曾为这个重达45万吨的庞然大物剪彩下水。9月2日这一天，在“密苏里号”军舰上，麦克阿瑟作为美国的全权代表，与中国、苏联、英国等代表一起，接受了日本的正式投降。全世界终于迎来了它短暂的没有硝烟的和平的日子。