东京审判中最为吸引人们注意的就是南京大屠杀，虽然在大屠杀事件发生的当时全世界就都已经知道日本陆军的残暴，但绝大多数日本人还是在东京审判的时候才知道这个事件。当时国民政府的统计数据是日军第六师团杀害了23万人，十六师团杀害了14万人，其他日军部队杀害了6万人，共计南京市民被残杀了43万人，国民政府一直到东京审判时还是坚持这个主张。
东京审判容许一般人参加旁听。审判开始以后一般是每周有1500名日本人和450名盟国人士参加旁听，而在法庭开始审理南京大屠杀案件的时候，日本人参加旁听的人数增加到了2000人以上，这个数字的增加说明了日本人对这个事件的关心程度，从日本人的立场来说，他们很希望能够推翻检察方的指控。
但是发生的事实很令日本人失望，被告松井石根大将以及辩护律师伊藤清几乎没有做出什么像样的辩护，辩护方面只提出了日军第十军法务部长塚本浩次大佐、“中支方面军”参谋中山宁人大佐和原日本驻上海总领事日高信六郎这三名证人。塚本浩次大佐在证词中表示在他所处理的案件中“有包括军官在内的四五起抢劫和强奸案件，很少几起伤害和偷窃案件，两三起杀人案件，但没有纵火和集体杀人案件”。中山宁人的证词是：“如果把屠杀行为分成①杀害一般市民；②杀害俘虏；③损害外国人利益；④强奸和抢劫的话，则①类事件绝对没有发生，②类事件实际上是作战的结果，③类事件有一些，但是是日本兵还是中国兵所为不得而知，④类确有发生。”而参加过日军入城式，后来又3次去过南京的日高信六郎在证词中说明了南京当时的氛围：“一般市民的反日感情很强，包括老人和妇女在内，谁都有可能成为间谍。”至于残暴行为，日高总领事证实松井石根大将曾经亲口对他说：“有一些部下做了坏事。”
辩护方面提出的物证则是当时“国际安全地区委员会”给日军的感谢信，内容是感谢他们没有炮击难民区，以及赠给为难民区运送粮食的日本兵个人的礼物。
辩护方面提出的一份最重磅的证据就是驻上海美国总领事给美国国务院的电报，说确实有中国兵参加了抢劫行动。
所有人都知道这几份证据未免过于贫瘠，无法推翻控方提出的大量证人和证词。
辩护方面没有积极地采取辩护行动的原因是辩护律师中就有人明确地知道历史真相，当时为岛田繁太郎担任辩护律师的泷川政次郎当时在北平就听说了南京大屠杀，他在1938年夏到南京的时候特地坐黄包车在市区内兜了一圈，事过半年，南京市内依然随处是被烧毁了的民房，黄包车夫告诉他这都是日本兵烧的，车夫还说南京市的女人几乎全部都被日本兵强暴过。
所以辩护律师们采取的方式，就是放弃对日军暴行的辩护，而把重点放在作为方面军最高指挥官的松井石根大将，应不应该为部下的行为负责以及负责到何种程度。
松井石根不是犯有“破坏和平罪”的甲级战犯而是犯有“下令、准许或容许虐待战俘或平民或者故意、鲁莽或疏忽责任，未有阻止暴行”的乙级战犯，对乙级战犯的判决要简单得多，而且远东军事法庭已经有例在先，主持新加坡大屠杀和马尼拉大屠杀的山下奉文大将和巴丹死亡行军的本间雅晴中将，已经在马尼拉被判处了死刑，所以松井石根理所当然地被远东国际军事法庭判处了死刑。
但是应该指出，当时的国民政府在日本辩护律师放弃辩护努力的时候，并没有努力立证，而是敷衍了事。本身国民政府把东京审判就仅仅看成为一种复仇的手段，这一点非常之遗憾，本身控方在法庭上提出来的证据在定量支持“30万人的被害者”上就有困难，而且还缺少日方的供词。值得指出的是，参加南京大屠杀的第十六师团后来在莱特战役中被美军全歼，原来的13000人仅剩下620人，而麦克阿瑟曾经请国民政府协助在这些人中寻找参加过南京大屠杀的凶手，但没有得到国民政府的积极回应。这样就造成了远东国际军事法庭的最后判决书中，有一处奇怪的地方，也就是在本文中是“非战斗人员12000，便衣兵员2万，俘虏3万以上……据估计在最初的6个星期内，南京周围被杀害的非战斗人员在20万以上，发生强奸案2万以上”。然而在对松井石根本人的判决书中则是这样的文字：“数千名妇女被强奸，被杀害的人数在10万以上。”而国民政府对于这个明显的矛盾居然没有提出异议，这就埋下了一个“南京大屠杀人数未定”的祸根。
其实“30万”这个数字在远东国际军事法庭上并没有正式出现过，“20万”的数字采取了许传音博士在法庭证词中的“一般认为在20万左右”的说法。“30万”这个数字，实际上是出自南京军事法庭对原第六师团师团长谷寿夫中将的判决书。
东京审判之后，有30万受害者的南京大屠杀也就成为了定论，即使在日本也没有人提出过疑问，最多就是在提到南京大屠杀的时候说“杀害了好几十万人”，虽然还有人不肯承认30万，但也都接受了东京审判的结果。