乌什首领献城投降图乾隆二十三年（1758年）正月，清廷宣示大小和卓罪状，不久即命都统雅尔哈善为靖逆将军、额敏和卓为参赞大臣，率领满汉官兵万余人于该年五月自吐鲁番进攻库车，镇压回部叛乱。库车为回部门户，背靠山岗，城垣坚固，叛军据城固守，清军久攻不下，乃断其水草，四面围困。霍集占闻库车被围，亲率数千叛军来援。六月，清领队大臣爱隆阿率部于半途迎击霍集占，歼其前部，又于鄂根河再创叛军，寺其大纛，断其归路，霍集占负伤，率残兵八百余人退入库车城。清军因库车城墙为柳条沙土密筑而成，不怕炮轰，遂命兵丁挖掘地道。挖至离城二丈之地，为守城叛军察觉，以藁草焚烧，地道中清军六百余人全部被烧死。七月二十四日夜，霍集占率骑兵四百余人偷出西门，由北山口遁去。事先，雅尔哈善拒绝采纳部下分兵据守，防敌逃遁的建议，终日饮酒下棋；及至发觉敌兵夜遁，副都统顺德纳又以夜黑不肯发兵，至天明始遣人追击，叛军早已远去。八月，库车守将阿布都克呼木亦率数十骑逃走，所余3000老弱八日二十五日出降。清军以万余之众，围城三月之久，损兵折将，仅得一座空城。乾隆帝大怒，诏杀雅尔哈善、顺德纳等，改命刚刚平定天山北路的兆惠率兵前来。
霍集占自库车逃出，行至阿克苏，伯克霍吉斯闭城不纳；又至乌什，也未能入城，遂退回叶尔羌。布拉尼敦则占据喀什噶尔，与霍集占互为犄角。是年九月，兆惠率军自伊犁开往南疆，阿克苏、乌什、和田等城先后归顺清军。兆惠命定边右副将军富德驻兵阿克苏，自率马步兵4000于十月初三日抵达距叶尔羌40里的辉齐阿里克。十月初六，霍集占从城东、西、北三门各出数百精兵袭击清军，皆被兆惠击败。兆惠因叶尔羌城周围十余里，自己兵少不能攻城，遂隔叶尔羌河扎营，号称“黑水营”，以待援军。兆惠分兵800，命副都统爱隆阿率领以截断喀什噶尔援路，自率千余骑于十三日自东向南，计划渡河劫取回人牧群以充军食。不料甫渡四百，桥梁折断。霍集占闻知，急派骑兵数千出城袭击，又以步兵抄两翼攻其背后。兆惠率部下将士且战且退，被敌兵截为数段，只得人自为战。激战一天，杀敌千余，战马多陷入泥淖，阵亡将士过百，余亦多数受伤。兆惠身先士卒，左冲右突，两易战马，两胫皆伤，终于率众浮水还营。清军因马匹不足，兵力单薄，不能复战，遂掘濠结寨，固守大营。霍集占派万余人渡河，筑长围以困清军，并先后采用炮轰、水淹、偷袭等各种手段袭击黑水道。清军将士在兆惠率领下，忍饥受寒，奋勇迎敌，历时三月之久，黑水营岿然不动。乾隆二十四年（1759年）正月，富德率所部千余人及新到索伦、察哈尔兵2000增援黑水营。行至叶尔羌东北呼拉玛地方，与叛敌5000余骑遭遇，转战四昼夜，初九日渡过叶尔羌河，复为叛军所困，难以前进。时巴里坤大臣阿里衮奉命率兵600、马驼3000，合爱隆阿之兵千余骑前来接应。遥见叶尔羌河沿岸十余里火光冲天，知为两军相持之地，遂横张两翼，直冲敌阵，解富德军之围，合兵一处，长驱进援黑水营。兆惠听到炮声，知援军已至，士气大振，率部树梯冲出。十四日，两军汇合，敌兵溃败，兆惠等还兵阿克苏。
先是大小和卓叛清独立时，回疆人民因长期受准噶尔压迫，不愿再受他族统治，故众心一致，乐为所用。及至黑水营之役，见清军以数千人当数倍之敌，战守数月不屈，不觉气为之夺；加以在大小和卓统治下，赋役繁重，难以承担，稍有迟延，立遭破产之祸；且布拉尼敦等久居伊犁，与曾在当地垦种之人相善、及归长回疆，仍亲信其人，反与旧部疏远，因而众渐离心。兆惠等兵还阿克苏后，援军是年六月，清军兵分两路；兆惠率15000人由乌什攻取喀什噶尔；富德率13000人和田攻取叶尔羌。大小和卓闻清军大至，不敢再据守孤城，携其妻孥亲从与辎重越葱岭西逃。清军先锋千余人追至霍斯库岭，斩首500。七月，兆惠与富德相继占领喀什噶尔与叶尔羌，大小和卓的所谓“巴图尔汗国”垮台。清军乘胜追击，八月进至伊西洱库河。布拉尼敦遣家眷逃走，霍集占则率万余人据险顽抗。富德、阿里衮等分路阻截，并派兵向叛军发起进攻，又命回部伯克鄂对、霍吉斯等树旗招降回众。降者峰涌，霍集占虽手刃多人，仍难阻止，只得率亲信数百人窜入巴达克山。十月，巴达克山首领素勒坦沙率兵拒战于阿尔浑楚岭，将布拉尼敦与霍集占等擒杀，献其头于清军，驰送京师。至此，大小和卓发动的回部叛乱最后平定。
清廷在平定回部叛乱后，于天山南北建立军府制。乾隆二十七年（1762年）十月在惠远城设伊犁将军，统辖新疆南北两路军政事务；在南疆，于喀什噶尔设参赞大臣，叶尔羌、英吉沙尔、和田、乌什、阿克苏、库车等地设办事大臣，领队大臣，加强了中央政府对新疆地区的控制。
征讨缅甸
缅甸与中国的官方往来始见于后汉和帝永元九年（97年）；元世祖时曾三次派兵征讨，责其贡赋而还；明初设宣慰司以示羁靡；清乾隆初年，缅甸使臣曾至中国，旋告中断。缅甸与中国云南边疆接壤之地横亘千余里，其间山川交错，道路丛杂，民间贸易十分繁盛，两国商贾时相往来，但也常常引起纠纷。缅王雍藉牙、莽纪觉在位时，时常兴兵扰云南边界，强迫当地土司向其交纳贡赋。乾隆三十年（1765年），莽纪觉死，其弟孟驳继为缅王，势益张，屡次派兵侵扰中国九龙江一带，虏掠人口，抢劫财物。云贵总督刘藻调集各镇清军8000余人分路防战，皆为缅兵所败。清廷革刘藻职，改派大学士杨应琚为云贵总督，负责征缅事务。
乾隆三十一年（1766年）三月，杨应琚抵达云南。时瘴疠大作，缅兵渐退，清军乘机收复车里、孟艮、整欠等地。但杨应琚急功冒进，听信腾越副将赵宏榜之言，于是年六月命赵宏榜率兵五百出铁壁关，乘蛮莫部长赴阿瓦未归之机占据蛮莫所属地方新街，杨应琚也于十月初六进抵永昌，逼蛮莫、木邦归附清朝。缅兵探知木邦等部欲降顺清廷，遂派兵攻陷木邦、景线等地，然后以舟师数千溯伊洛瓦底江进逼新街。清军寡不敌众，为缅兵所败，都司刘天佑战死，赵宏榜烧毁辎重器械，败退铁壁关。清廷又调两广总督杨廷璋赴云南会办军务，以提督李时升率兵进驻铁壁关，分遣清将出边，以图收复木邦、新街等地。缅兵见清军大集，一面派人向清军假意投降，一面分兵绕万仞关，纵掠永昌、腾越等地，于十二月攻入勐卯，并兵犯铜壁关，游击班弟阵亡。乾隆三十二年（1767年）三月，清廷以伊犁将军明瑞代杨应琚为云贵总督，诏杨应琚入京，不久赐自尽。
清初使用的满文调兵信牌五月，明瑞至永昌，调集京师健锐、火器二营，满洲兵3000，贵州、云南、四川等地汉、土兵及索伦、厄鲁特等兵共三万余人大举征缅。九月，清军分兵三路：明瑞亲率17000大军自宛顶攻木邦为东路，参赞大臣额尔景额带兵9000出虎踞关攻新街为西路；领队大臣观音保等居中策应，定期令攻缅甸京师阿瓦。东路军于九月二十四日出发，十月初十进抵木邦，守兵弃城逃奔，清军遂不战而克木邦。明瑞留五千兵镇守，自率12000人架设浮桥渡锡箔江，翻山穿林，破象阵，夺木寨，于十一月二十七日进逼蛮结。缅军二万人在蛮结据险设立营寨十六座抗拒清军。十二月初二，明瑞将全军分编为十二队，以扎拉丰阿、李全等率左哨，观音保等率右哨，自居中路，乘大雾潜入密林深处，向敌寨发动猛攻。明瑞等身先士卒，率兵弁用刀砍象，象负痛四面冲突，清军乘势攻袭，直闯缅军营寨，短兵相持，连破三寨，其余各寨缅兵相继溃逃，清军遂克蛮结。明瑞军在蛮结休兵数日，继续前进至象孔，距阿瓦仅七十里。因粮草不济，又得不到西路军消息，只得回军勐笼就食，然后取道大山向木邦方向撤退。缅军探知清军粮尽，一面随后尾追，一面派兵攻取木邦。镇守木邦的五千清军被击溃，参赞珠鲁讷自杀。缅军乘胜自木邦迎击明瑞军，合随后尾追之兵，不下四五万人。明瑞军腹背受敌，于乾隆三十三年（1768年）二月为缅军所败，观音保等战死，明瑞自尽，所部万余人溃入宛顶。西路军自上年出师以来，至老官屯为缅兵所阻，相持月余，额尔景额病逝，其弟额尔登额代领其众，畏敌不前，株守旱塔。清廷屡促其进兵，仍进展缓慢，以致贻误军机，使东路军孤军深入，终为缅军所败。清廷将西路统帅参赞大臣额尔登额、提督谭五格等处死，命大学士傅恒为经略，阿里衮、阿桂为副将军，舒赫德为参赞大臣，鄂宁为云贵总督，明德为云南巡抚，调兵遣将，再图大举。
四月，缅甸因与暹罗发生争战，不愿再与清朝构衅，遂送还俘虏八人，致书清军，请求罢兵。清廷不许，计划与暹罗订约夹攻缅甸，终因海陆交通困难，未能实现。乾隆三十四年（1769年）四月，傅恒等至云南永昌，调集各地满、汉、蒙古等大军五六万人，分兵三路，再次大举征讨缅甸：一路由戛鸠江出河西，经孟拱、孟养两土司地陆行直指阿瓦为正师；一路由东岸经孟密夹江而下为偏师；一路先于蛮莫打造战船，然后由水路顺流南下为策应之师。七月二十日，清军祭纛兴师。傅恒亲率大军渡戛鸠江西进，一路兵不血刃，抚孟拱、克孟养，于十月初一进抵新街。阿桂等亦率东路军出虎踞关，进军蛮夷。这时蛮莫所造战船已成，闽粤水师亦至，遂与傅恒三路会合，向伊洛瓦底江进发。缅军探知清军消息，事先以舟师扼据江口，陆师屯兵两岸抗拒。十月二十二日，提督哈国兴与海兰察等率水师乘上风猛攻江中缅军，缅军大乱战船自相撞击，兵卒数千落水而死，江水为之变赤。与此同时，阿里衮、阿桂等亦率陆师向两岸缅军发起进攻。东岸阿桂令骑兵左右冲突，缅军大溃；西岸阿里衮亦连破敌寨，清军三路大捷，直逼老官屯。缅军以重兵分扼东西两路，坚守老官屯大寨。清军屡次进攻，皆因缅军防守严密而未能奏效。时清军阵亡者日众，且水土不服，副将军阿里衮、水师提督叶相德、总兵吴士胜等相继病故，傅恒也身染重病，攻势渐缓。十二月初七，缅王孟驳遣使请和，双方订立和约：缅甸对清朝奉表纳贡，遣返俘虏，归还土司侵地；清朝将木邦、蛮莫、孟拱、孟养诸部人口归还缅甸。清军焚舟熔炮班师。是役清军前后共耗费军饷1300余万两。
土尔扈特部东归
土尔扈特部是厄鲁特蒙古四部之一，本来游牧于天山以北地区。大约十七世纪三十年代，土尔扈特部首领和鄂尔勒克率其所部及和硕特部和杜尔伯特部的一部分向西迁徙到伏尔加河下游地区。在以后的一个多世纪里，土尔扈特部逐步被沙皇俄国控制，被迫向沙皇俄国提供兵力，自身的政治事务也要受到沙俄当局的干涉。
十八世纪六十年代，俄土战争爆发，沙皇政府强征土尔扈特人参加战争，在战争初期死伤已达七八万人。但无厌的沙俄政府计划再由土尔扈特征兵，甚至要16岁以上的男子都开赴俄土战场。这可怕的灭族之灾使得整个土尔扈特部人情汹汹，土尔扈特首领、年轻的渥巴锡汗在这种生死存亡的时刻，终于作出最后决定，率领全族返回祖国。
土尔扈特在伏尔加河流域期间，并没有中断同祖国的联系。他们同我国西北地区的其他厄鲁特各部始终关系相当密切。在崇祯十三年（1640年）土尔扈特首领亲自参加过制定《蒙古厄鲁特法典》的会议。土尔扈特部向厄鲁特各部的婚嫁联姻也是很经常的活动。土尔扈特部与清朝中央政府也有一定的联系，在顺治和康熙朝都曾数次入贡。康熙五十一年（1712年），康熙帝还派遣图理琛率使团穿越俄国，跋涉万里去看望土尔扈特部。由于同祖国有长期不断的联系，土尔扈特部始终保持着对故乡土地的眷恋，在遭到沙俄政府残酷压迫的时候，终于被迫发出了呼吼：“让我们到太阳升起的地方去！”决心举族东迁。
乾隆三十五年（1770年）秋，渥巴锡汗从俄土战场回到本部，同他的侄子策伯克多尔济等人秘密部署重返祖国的行动。他们本来议定，待伏尔加河结冰之后，河左右两岸的全体部从一起出发。但这年冬天天气温暖，河水迟迟不冻，而沙俄的阿斯特拉罕省当局和驻土尔扈特的使团又得到了一些土尔扈特部将要东返的消息，正在加紧对其动向的监视。在万分紧急的情况下，渥巴锡决定先率东岸的近17万人出发。
乾隆三十六年（1771年）1月4日，渥巴锡召集全体战士，控诉了沙俄对土尔扈特部的压迫，发出重返祖国的号令。第二天，全部族一万多户陆续出发，踏上征程。殿后的一万多名战士点燃了渥巴锡的木制宫殿和无数的村落，还杀死了住在那里的上千名俄国官员和商人，表示了同沙皇俄国彻底决裂的决心。
沙皇叶卡特琳娜二世得知土尔扈特部向东迁移的消息后大发雷霆，立即派出大批哥萨克士兵进行拦截追击。土尔扈特部在越过乌拉尔河，进入哈萨克草原后，遭到过哥萨克的一次突然袭击，损失达9000人。此后，渥巴锡率军在奥琴峡谷歼灭了一支拦截的哥萨克部队，才基本上粉碎了哥萨克的追堵。