苏轼回到常州，正值神宗驾崩，哲宗即位，又恢复苏轼为朝奉郎、知登州（今山东蓬莱），不久又召为礼部郎中。苏轼过去和司马光、章相好。当时司马光是门下侍郎，章知枢密院，二人意见不合，章常常用开玩笑的方式轻慢留难司马光，司马光很苦恼。苏轼对章说：“司马君实现在在人们中的声望很高。从前许靖因为徒有虚名没有实际，被蜀先主瞧不起，法正说：‘许靖的声誉，传播天下，如果不给他礼遇，你一定会因为瞧不起贤才而受到麻烦。’先主采纳了他的意见，就加封许靖为司徒。许靖尚且不可轻慢，何况君实呢？”章认为很对，司马光赖此得以稍安。
朝廷迁为起居舍人。苏轼经历了一番忧患，不希望骤然踏进要地，就向宰相蔡确推辞。蔡确说：“明公徊翔久了，朝中人士没有一个能比得上你的。”苏轼说：“从前我和林希同在馆阁之中，而且他的年纪比我长。”蔡确说：“林希一定要先于明公吗？”终于不同意苏轼的推辞。元祐元年（1086年），苏轼以七品服入侍延和，皇上即赐银绯，迁中书舍人。
当初，在神宗时，差役法实行长久后产生了流弊。编户充当役夫的人不习惯服役，役头又用暴虐的方法役使他们，造成编户大量破产，狭乡的百姓甚至有终年不得休息的。王安石做宰相后，改差役法为免役法，使编户按等级的高低出钱雇用役夫，执法的人常常超过标准索取，成为人民的祸害。司马光做了宰相，只知道免役法给人民带来的灾害，而不知道它也有有利的一面，就想恢复差役法，派遣官员去筹备设置机构，苏轼也被派参与了这个工作。苏轼说：“差役法、免役法，各有利弊。免役法的流弊，在于聚敛百姓的钱财，以至十室九空，，上面聚敛了很多钱财，下面给人民带来了钱荒的灾难。差役法的流弊，在于人民常在官府服役，不得专力农耕，而贪暴的官吏和奸猾的差役得以借此做坏事。这二种役法给人民带来灾难的轻重，大概是相等的。”司马光说：“那末，以你看这件事情应该怎么办呢？”苏轼说：“一切政策法令，前后应该互相衔接，这样事情就容易办成，做一件事情，一点一点地逐步进行，那末百姓就不会受到惊扰。夏、商、周三代的办法，是士兵和农夫合而为一，到秦王朝才开始一分为二，到了唐朝中叶，又把府兵制改成了募兵制，士兵一生都在军队里。自从那时以来，民不知道兵，兵不知晓农，农民拿出粮食和布帛来养兵，士兵拿出性命来保卫农，天下人民都感到方便。虽然圣人再出，也不能改变这个办法。今天的免役法，其实和上面所说的差不多。明公想骤然取消免役法实行差役法，就正像要取消长征的兵而恢复民兵，这是不容易的呀！”司马光不以为然。苏轼又把这些看法在政事堂上陈说，司马光很生气。苏轼说：“从前韩琦指责陕西义勇，您为谏官，争论得很厉害，韩公不高兴，您也不顾。我从前听您详细地讲过这个故事，难道今天您做了宰相，就不允许我把话讲完了吗？”司马光笑了，不久任命苏轼为翰林学士。
哲宗文二年（1087年），苏轼兼侍读。他每次进宫侍读，当读到治乱兴衰、邪正得失的时候，总是反复开导，希望皇上得到启发有所领悟。哲宗虽然恭默不语，但总是点头肯定了苏轼的看法。他们曾经拜读祖宗《宝训》，因而涉及时事，苏轼一个问题一个问题进行分析说：“现在是赏罚不明，善和恶没有人勉励和阻止；又黄河的水势正向北方流，却要强迫它向东流；西夏入侵镇戎（今宁夏固原），屠杀和掳掠了几万人，统兵的主帅却不把消息报告朝廷。如果每件事情都像这样，我担心会逐渐地造成衰乱的加剧。”
苏辙像苏轼经常闭门锁居禁中，有次被召入对便殿，宣仁皇后问他：“你以前是做什么官？”苏轼说：“臣是常州团练副使。”又问：“现在是什么官？”回答说：“臣现在是待罪翰林学士。”宣仁后又问：“你怎么会从团练副使这样迅速就做了翰林学士呢？”苏轼说：“因为受到了太皇太后和皇帝陛下的恩典啊！”宣仁后说：“不是的。”苏轼便反问道：“难道是大臣们的舆论推荐了我吗？”宣仁后说：“也不是的。”苏轼吃惊地说：“臣虽然没有规矩，但是也不敢从其它通途进身翰林。”宣仁后说：“这是先帝的旨意呀！先帝每次读到你的文章，总是感慨地说：‘奇才，奇才！’只是没有来得及晋用您就是了。”苏轼不禁失声痛哭，宣仁后和哲宗皇帝也哭了起来，左右的人也都个个感动得流出了眼泪。随后，宣仁后和哲宗命苏轼坐下并赐茶，最后让太监取下御前的金莲烛照送苏轼归院。
哲宗三年（1088年），苏轼权知礼部贡举。恰巧大雪纷飞，天气奇冷，考生们端坐庭中，都冻得不能说话。苏轼放宽了原来那些严格的规定，让考生们能尽量发挥自己的才能。巡视考场的一些内侍们常常挑剔和侮慢考生们，还拿了意思比较暖昧的单词，以此诬蔑考生们有罪，苏轼把这种情况统统报告了宋哲宗，赶走了这些讨厌的巡场内侍们。
哲宗四年（1089年），苏轼因为议论朝政多了，被执掌大权的大臣所忌恨。苏轼担心会不被见容，要求外拜龙图阁学士、知杭州。还没有起行，谏官告发前宰相蔡确知安州时写诗借郝处俊的事件讥刺太皇太后。大臣们在议罪中认为应该迁谪到岭南。苏轼给皇帝上了一道密疏说：“朝廷如果从轻处理蔡确的罪行，那么对于皇帝来说，孝治就显得不够；如果从重处置蔡确的罪行，那么对于太皇太后的仁政就会带来小小的影响。我认为应该由皇帝下令设置专案，专门处理这个案件，而由太皇太后再写一道手诏赦免他，那么于仁于孝就可两全了。”宣仁看后心里赞赏苏轼的建议，但却没有用这个办法。苏轼车马出京郊，皇上用对待前执政大臣的恩例，派遣内侍赐给苏轼龙荣、银合，慰劳非常丰厚。
苏轼回到了杭州，恰巧碰上大旱、饥荒和瘟疫等几种大灾疫同时并作。苏轼向朝廷提出请求，免除本路上供大米三分之一，又得到了朝廷赐予的度僧牒，把它换了粮食以赈济灾民。第二年的春天，又减低价格出售常平仓的粮食还煮了很多粥和药剂，派人带着医生分别到各个街坊为灾民治病，被救活的人很多。苏轼说：“杭州，是水陆的交会处，因此遭疫病而死的也常常要比其它各处多。”苏轼还收集多余的钱款，一共得到了2000缗，又打开口袋取出五十两黄金，专门造了一个病房，稍稍蓄积了些钱粮，准备着给饥民治病之用。
杭州本来靠近海，地下水既咸又苦，居民很少。唐代刺史李泌才开始汲引西湖的水，开掘了六口井，人民的用水才丰足。白居易又疏通西湖，使湖水流入漕河，再从漕河引入农田，被灌溉的农田有千顷，人民因此富足。湖水中多茭白根，自唐朝到钱氏，每年都要疏浚整治，宋代开国以后，不再对它整治疏浚，因此杂草丛生，湖水干涸，形成为葑田，湖水没有多少了。漕河没有了湖水，就取浙江的潮水，漕船在杭州城市中心行驶，潮水中又多淤泥，每三年要淘掘一次漕河水道，成为人民的一大祸害。李泌造的六口大井，这时也几乎成了废井。苏轼看到茅山有条河专门承受浙江的潮水，而盐桥的一条河却专门容纳西湖的湖水，于是就开通了这二条河道以通漕运。又建造了堰闸，作为蓄积和疏泄湖水的闸门，使浙江的潮水不再进入市中心。还用剩余的力量修复了那六口废井。又把积在湖中的葑田，前后贯通起来，修筑了南北直径长达三十里的堤岸，方便市民的通行。吴地人民种菱，春天总是统统除去，不留寸草。苏轼就招募人在西湖中种菱，这样茭白根就生长不起来了。种菱的收入用来准备修竣湖堤，采用救济灾荒的余钱万缗、粮食万石，以及请得百僧度牒，用来招募役夫。长堤修成后，在湖中种荷花，在堤上种杨柳，远远望去就像一幅美妙的图画，杭州人命名它为苏公堤。
杭州有个和尚叫净源，过去住在海滨，和外国海客交通，海船到了高丽，众口一辞地赞美他。元丰（1078～1085年）末年，高丽国王的王子义天来朝见宋王朝，净源也去拜访过他。到现在，净源死了，他的徒弟窃取了他的画像，乘了海船去高丽报告高丽王的儿子，义天也派了他的手下人来祭祀净源，并拿了他们国母的二座金塔，说是祝大宋皇帝两宫的寿辰。苏轼不收，并向哲宗上奏说：“高丽已经很长时间没有向朝廷进贡了，失去了大宋朝廷恩赐给他们厚利的机会，现在又想来朝见，但是又摸不透我们对待他们态度的厚薄，所以借着祭死去的净源和尚的名义而向在宋朝廷行祝寿的礼。我们如果接受了他们的礼物而不回谢，他们一定会产生怨恨的心，如果接受了他们的礼物而又赐给他们厚礼，那么正中他们的计策。现在应该不让他们了解朝廷的态度，让州郡自己去处理这件事。那个愚蠢的和尚扰乱通高，替国家惹起事端，防微杜渐，此风不可长，应当痛加惩处。”朝廷都依从了苏轼的奏议。没有多久，高丽的贡使果然到了，按旧例，高丽使者所到的吴越七州，应该支出二万四千余缗的接待费。苏轼命令这些州郡根据具体情况酌量裁减。这样一来，七州的百姓得到了物资交易的利益，而再没有侵扰的灾害。
浙江的潮水从海门东来，势如雷霆，而浮山矗立在江中，和渔浦的各个山头犬牙交错，水流盘旋、浪花激射，每年被撞坏的公家和私人的船只无法计算。苏轼建议在浙江上游的石门，沿着山势的走向往东凿一条漕河，引浙江潮水和溪谷诸水，长20余里，再进入浙江。再连接诸山作为堤岸，这样不到十里便能到达龙门大慈浦，又从浦北曲折抵达小岭，在小岭中凿一条长六十五丈的通道，使水流经过通道到达岭东的古河，再疏浚开掘古河数里，便可到达龙山漕河，这样就可避开浮山险隘，人们以为有利。奏书上闻朝廷，那些憎恶苏轼的人竭力阻挠，这个工程因此没有成功。
苏轼又说：“三吴的水，汇聚而成太湖，太湖的水，充溢而成松江，然后流入东海。东海每天有二次潮水，潮水浊而松江清，潮水常常想淤塞松江的水道，而江水畅流，随即将潮淤清除，海口常通，因此吴中地区就少水患。从前苏州东面，公私船只都用竹篙点水而行，没有岸上拉纤的。自从庆历（1041～1048年）以来，在淞江两岸大筑纤路，又修筑了长桥，因而扼塞了松江的水路，所以现在三吴多水，希望凿穿纤路，修千百座桥，以加速松江水势的畅通。”结果也没有被采用，人们都以此为憾事。苏轼20年间二次到杭州，有恩德于人民，所以杭州人民家家有他的画像，吃饭的时候一定为他祝愿。又造了苏轼的生祠，以此报答苏轼的恩德。
哲宗六年（1091年），苏轼被召为吏部尚书，人还没有到达京师，又因为弟弟苏辙被任命为右丞，所以又改授苏轼为翰林承旨。苏辙不接受右丞的官职，希望同哥哥一起充当从官，不被允许。苏轼在翰林几月，再次因为遭谗而请求外放，结果以龙图阁学士的职位而出知颍州（今安徽阜阳）。起先，开封府的许多县多水灾，官吏不研究事情的本来，就决破圩岸，使水流注入惠民河，惠民河道无法承受，导致陈州（今济南淮阳）也多水灾。又打算凿开邓艾沟，使它和颍河相通，而且准备开凿黄堆，企图把水流注入淮河。苏轼刚到颍州，就派官吏用水平器测量水位，发觉淮水涨水时的水位比将开的新沟几乎高出一丈，如果开凿黄堆，淮水倒流颍地必然造成灾患。苏轼把这情况奏闻朝廷，朝廷听从了他。
颍州郡有惯贼尹遇等，屡次抢劫杀人，又杀死了捕盗的官兵。朝廷派了有名的捕快去捕捉他们，也没有结果。被害的人家担心再次遭到贼人的毒害，就隐匿他们的行迹，不敢揭发。苏轼召来了汝阴县尉李直方，对他说：“您如果能擒获这批惯贼，我定当向朝廷尽力推荐，要求优赏；如果抓不住这批惯贼，我也用不尽职的理由禀奏朝廷，免除您的职务。”李直方有母亲且已老，就同母亲诀别，而后出发。不久，便侦缉到了这批盗贼的藏匿所在，分别捉拿了尹遇的党徒，而且同尹遇肉搏，刺伤了尹遇，抓住了这个惯贼。朝廷却因为李直方地位太低、官职太小，还不能由朝廷直接给他赏赐，所以在论功行赏时没有及于李直方。苏轼要求根据自己这几年的功劳，应当改封个朝散郎的官职，再把这个官职赏给李直方，朝廷不依。后来吏部又认为苏轼应当升迁，以符合对他的考评，苏轼提出把授予自己的官职给予李直方，吏部又不肯向上报告。
哲宗七年（1092年），徙扬州。过去的发运司主持东南漕运的方法，是随便驾船的人私载货物，稽查商船、征收商税的人不得留难。所以驾船的人总是很富厚，他们以官船为家，以补他们的弊漏，而且周济船工经济上的困难，所以装载的货物都能迅速到达而不会出问题。近年来对这一切都统统禁止了，所以舟弊人困，操舟的人没有办法，就常常盗窃漕运的货物，来解救自己的饥寒，结果是给公家和私人都带来了损害。苏轼请求恢复以往的办法，朝廷依从了。不到一年，苏轼被授命为兵部尚书兼侍读。