柘湖位于宁化县湖村，系人工开凿而成。星湖位于宁化县泉上乡生炉坊，相传系陨石坠陷成湖。天紫湖位于宁化县禾口乡石碧，湖在山顶，系古火山口湖。塘侧有洞，洞内有石床等，又称天子塘。境域内最大的人工湖是泰宁县池潭水库（金湖），湖面面积约36平方公里，蓄水量7亿立方米；其次为永安安砂水库（九龙湖），湖面面积33平方公里，总库容量6．4亿立方米，有效库容4．4亿立方米。
3．地下水
境内地下水按含水质情况，基本可分五类型，即松散岩类孔隙水、碎屑岩类孔隙裂隙水、基岩裂隙水、泛红岩裂隙水、碳酸盐岩类裂隙溶洞水。三明市地下水是以裂隙水为主，地形切割强烈，降水丰富，地下水交替循环强烈。其物理性质一般为无色、无味、无臭、透明，水温15℃～21℃，以淡水为主，水化学总特征是矿化度小，硬度低，水质类型简单。水化学组分中阳离子以Na＋为主，碳酸盐岩类及含钙质丰富的地层中以Ca为主，阴离子以HCO3－占绝对优势。因受地貌、植被、含水介质、循环途径等因素影响，不同类型、不同地段地下水水质都有所差异。2012年，三明市地表水资源量为292．27亿立方米，折合年径流深1272．2毫米，比多年平均值多5．3％，属丰水年份。
四自然资源
1．土地
1985～1987年，三明市进行农业区划调整，其间对土地利用现状、土地资源进行调查。1987年，全市土地总面积31．94万公顷。其中，耕地16．94万公顷，占土地总面积的．31％；园地2．38万公顷，占1．03％；林地186．33万公顷，占80．42％；牧草地6．79万公顷，占2．93％；居民及交通用地10．12万公顷，占4．37％；水域5．04万公顷，占2．17％；其他4．11万公顷，占1．77％。2012年，全市土地总面积29．65万公顷。其中，耕地面积19．24万公顷，占土地总面积的8．37％；园地面积7．15万公顷，占土地总面积的．11％；林地面积183．47万公顷，占土地总面积的79．89％；草地面积3．39万公顷，占土地总面积的1．48％；城镇村及工矿用地面积5．00万公顷，占土地总面积的2．18％；交通运输用地面积2．50万公顷，占土地总面积的1．09％；水域及水利设施用地面积4．52万公顷，占土地总面积的1．97％；其他土地面积4．38万公顷，占土地总面积的1．91％。
2．水利
境内地形以山地和丘陵为主，全年气候温暖湿润，雨量充沛，河流密布，主要河流有沙溪、金溪、尤溪。全市集雨面积在10平方千米以上的河流有250条，其中集雨面积100平方千米以上的河流有75条，都属山区性河流，水量充沛且季节性变化大，为水资源相对丰富的地区。三明市气候属亚热带季风气候，多年平均降水量1519～2044毫米，技术可开发的水能资源244．71万千瓦，是名副其实的“山水之城”。
3．植物
2012年，境内已知野生植物有维管束植物267科1062属843种（不包括栽培种，下同），其中蕨类植物44科89属45种。此外，三明市低等植物种类也较为丰富，因多数种类尚未被人们所认识，无法作出具体统计。
4．菌物
境内已知可供食用和药用的真菌有香菇、红菇、梨菇、松菇、滑菇、鸡土从、胆堆菇、莲花菇、草菇、平菇、蘑菇、木耳、石耳、白木耳、灵芝、茯苓、竹荪等80多种。
5．动物
2012年，境内已知无脊椎动物中的昆虫为20目168科470种；陆生野生脊椎动物30目92科469种，其中两栖动物2目8科29种、爬行类动物3目11科65种、鸟类17目51科316种、兽类8目22科59种。野生水禽66种，主要包括鹭科、鸭科、鹬科、秧鸡科的多数个种类，以及%“科、鹈鹕科、鸬鹚科、鹳科、#科、鹤科、$科、鸥科的少数个种类。
已知有国家重点保护的陆生野生脊椎动物78种，其中列入国家一级保护的10种，包括爬行类的蟒、鼋2种，鸟类的中华秋沙鸭、黄腹角雉、白颈长尾雉、白间雕4种，兽类的华南虎、金钱豹、云豹、黑麂4种；列入国家二级保护的68种，包括两栖类的娃娃鱼、虎纹蛙2种，鸟类的斑嘴鹈鹕、彩鹳、黄嘴白鹭、黑脸琵鹭、小天鹅等52种，兽类的猕猴、藏酋猴、穿山甲、豺、黑熊、黄喉貂、水獭、大灵猫、小灵猫、小灵猫、金猫、獐、水鹿、苏门羚、斑羚等14种。
6．矿藏
境内矿产资源较丰富，经济中占重要地位的矿种有：无烟煤、铁矿、重晶石、铅锌矿、金矿、钨矿、石灰岩、大理岩等。其中，煤已探明工业储量为4．9亿吨，占全省储量49％；白云母已探明的储量378．8万吨，占全省总储量的76．9％；铅已探明的铅矿床共有19处，储量为40．25万吨，占全省储量的32％；钾长石已探明工业储量12．7万吨，占全省8．7％；水泥黏土已探明工业储量1947万吨，占全省0．3％；饰面大理石已探明工业储量1159万立方米，占全省7％。大田县龙凤场硫多金属矿床伴生钴矿，储量为421吨，为福建省已探明的惟一钴矿床。永安李坊特大重晶石矿储量达600万吨，居全国第二位，为福建省惟一的重晶石矿产地。至2012年底，全市已发现各类矿产79种，其中探明储量的矿产49种。探明储量的矿区中，大型矿床6个，中型矿43个，已开发利用的矿产43种。2012年，全市各类在册矿山企业52家，矿山从业人数21062人，产矿石量2362．28万吨，原矿总产值39．96亿元。
7．森林
1996年，第二次森林资源二类调查统计，全市林业用地面积189．5万公顷，占土地总面积的82．5％。在林业用地面积中商品林地141．9万公顷，占土地总面积的74．9％；生态公益林地面积47．6万公顷，占25．1％。在商品林地面积中用材林面积101．7万公顷，占71．7％；薪炭林0．08万公顷，占．01％；经济林9．4万公顷，占6．6％；竹林19．3万公顷，占13．6％；疏林地0．56万公顷，占0．4％；灌木林地0．71万公顷，占0．5％；未成林造林地4．03万公顷，占2．8％。在生态公益林中防护林39．26万公顷，占82．5％；特用林8．37万公顷，占17．5％。全市森林覆盖率76．8％。全市各县（市、区）森林覆盖率为：三元区81．6％、梅列区80．1％、明溪县1％、永安市83．2％、清流县81．7％、宁化县73．6％、大田县62．3％、尤溪县73．2％、沙县75．5％、将乐县84．2％、泰宁县75．1％、建宁县77．3％。2012年，全市林地面积189．47万公顷，森林覆盖率76．8％，活立木蓄积量1．15亿立方米，人均林木林地资源居全省第一，是全国少数几个超亿立方米的设区市之一。
四自然灾害
1．寒害
包括倒春寒（3月下旬至4月上旬）、五月寒（5月下旬至月中旬）、秋寒（9月下旬至10月上旬）。倒春寒出现频率为0～34％，以西北部与东南部较重；五月寒出现频率为20～5％，高海拔地区几乎每年出现；早秋寒出现频率为30～5％。霜冻及冰雹可造成局部地区的灾害。其中，1993年1月15日～2月22日，尤溪县发生冻害，极端最低气温达－．8℃。1999年12月17～27日，三明市出现一次强寒潮天气过程，全市市日最低气温均低于－5℃，以建宁的－10℃为最低。
2．干旱
干旱可分为春旱、夏旱、秋冬旱三种。三明境域出现的以夏旱为多。据有关资料统计，境域发生夏旱最多，占59．1％；秋旱次之，占17．3％；春旱再次，占10％；夏秋、秋冬、冬春连旱分别占6．4％、3．6％和1．8％；纯冬旱占1．8％。有关资料统计，从宋至20世纪末，据三明境域共发生旱灾112年次，平均8．06年发生一次。其中全境域性大旱14年次，局部性大旱19年次。其中，2003年夏季，三明市出现60多天大范围日极端最高气温≥35℃以上，其中13天日极端最高气温≥40℃的异常高温天气，全市日极端最高气温为42．4℃（尤溪7月16日出现），也是全省之最。
3．洪涝
以暴雨为前提，暴雨洪涝多发生在3～8月间，而重大洪涝灾害较多发生在5～6月份。三明境内每年都有洪涝灾害发生。1993～2005年，全市共发生62次强降水过程，造成重大洪涝灾害，年均洪涝灾害约4次以上，其中百年一遇以上特大灾情4次，即1994年2次以及1998年、2002年各一次；发生洪涝灾害最多年份是2005年，达15次之多，为有历史记录历年之最，导致重大人员伤亡和财产损失。
4．地震
1993年，三明境域未发生3．0级以上地震。1994年5月4日，永安西南即北纬25°35′～25°36′，东经117°10′～117°1′发生4．4级、4．5级地震各一次，造成十多处山体滑坡，数间民房倒塌。1997年，永安西南即北纬25°35′，东经117°11′发生5．2级地震，造成十多处山体滑坡。1993～2005年间，三明境域发生3．0级以上地震77次，其中发生4．0级以上地震6次，造成地质灾害的有3次。
5．地质灾害
三明市发生的地质灾害以滑坡、泥石流、崩塌、地面塌陷为主。滑坡是境内地质灾害最主要的灾种，据地质灾害调查资料统计，全市已调查的滑坡共1458处，占已调查地质灾害点总数的75％，广泛分布于三明市的中低山丘陵区，灾害类型以土质滑坡为主。崩塌是境内主要的灾种之一，全市已调查的崩塌共237处，占已调查地质灾害点总数的12．2％，分布的范围主要为房前屋后的人工边坡（228处）、主要交通干线和矿山边坡较陡的地段。境内泥石流灾害较不发育，一般为中小型河谷型和山坡型泥石流，全市调查的泥石流共18处，占已调查地质灾害点总数的0．9％，主要分布于地形切割强烈，坡卫降一般较大、雨量相对集中的低山丘陵区。地面塌陷主要分布于矿山采空区和覆盖型岩溶区，主要的引发因素是采矿活动和大量抽取岩溶水。全市已调查的地面塌陷共29处，占已调查地质灾害点总数的1．5％，其中矿山采空区塌陷13处。
993～2005年，全市共发生各类地质灾害2462起，造成18人死亡、16人受伤、4人失踪、毁坏房屋2690座10761间、毁田6294．8公顷。地质灾害还造成交通基础设施严重损毁，直接经济损失达22730．62万元。