基因武器又称遗传武器。它是采用遗传工程的方法，按照设计制造者的意图，通过基因重组，即通过重新排列DNA中那四种核对酸的排列顺序，把一些特殊的致病基因移植到微生物体内，使之成为一种具有显著抗药性的致病菌。例如人体内的大肠杆菌本来是一种非致病微生物，在通过改变其基因之后，就变成了一种致病菌。
由于这种致病菌利用了人种生化特征上的差异，因此它只对特定遗传型的人种才具有致病作用，而对除此以外的其他人种并不起作用。这样，基因武器的设计制造者就可以“有选择性地”利用这种武器来对某些特定的人种进行杀伤，而不会同时伤害处在同一环境中的其他人种。